쟁점금액은 투자금(차입금)이므로 신청법인에 부과된 법인세는 취소하여야 한다는 신청 주장의 당부

• 가. A(이하 “신청법인”이라 한다)는 B에 소재하여 건설업을 영위하는 법인으로서 사업장 소재지는 2008.4.21.부터 2020.8.28.까지 B시 △△△ 668- △△ 1동 3층(이하 ″쟁점부동산″이라 한다)에 있었으며, 이후 현재의 B시 △△△ 317-△으로 이전하였다.
• 나. 쟁점부동산은 유한회사C가 1996.2.29. 취득하여 보유하고 있다가 2006.4.2.이전에 자연재해 등으 로 3층이 멸실 되었는데, 주식회사D가 시공하여 3층을 증축하였다. 신청법인도 2008년 4월부터 2020년 8월까지 쟁점부동산을 사업장으로 사용하였다.
• 다. 멸실 후 증축된 쟁점부동산 무허가·미등기 상태로서 시공을 했던 주식회사D가 2007.7.22.이전 소유권을 취득한 후, 신청법인이 주식회사D의 채무를 인수하는 조건으로 소유권을 신청법인으로 변경하였다. 미등기 상태이므로 등기사항전부증명서 상 소유권의 변경이 확인되지 않는다. 유한회사C는 2019.4.30.‘B 시 △△△ 668- △△ 토지, 건 물 을 주식회사E 에 토지,건물을 양도하였고, 쟁점부동산 관련하여 2020.3.23.부터 2020.3.25.까지 총7회에 걸쳐 신청법인 이사 F의 개인계좌로 35억원(이하 “쟁점금 액” 이라 한다)을 입금하였다. 2020.11.12. 쟁점부동산은 주식회사E로 소유권 변경 후 말소되었으며, (말 소)건축물 대장 및 청구인 주장을 참고한 말소 과정은 다음과 같다. (그림생략)
• 라. G 지방국세청장(조사2국)은 2022.8.9.부터 2022.9.27.까지 쟁점부동산 소 유자인 유한회사C에 대해 세무 조사를 실시하고, 유한회사C가 신청법인에 쟁점금액을 입금한 사실을 확인하고 B 세무서(이하 “처분청”이라 한다) 에 기타법인세 자료(자료구분 익금)를 통보하였다.
• 마. 처분청 은 기타법인세자료에 의해 2024.10.1. 신 청법인에게 2020 사업연도 법인세 946백만원을 고지하였으며, 쟁점금액이 신청법인의 이사 F에 귀속 되었음을 확인하고 신청법인에 2024.10.3. 소득금액변동통지 하였다.
• 바. 신청법인은 이에 불복하여 과세전적부심사청구 1) 를 거쳐 2024.12.29. 이의신청을 제기하였다.

(주위적 청구) 신청법인은 유한회사C로부터 합의서 (이하 ”합의서①“ 이라 한다, 2020.3.23.), 투자약정서(2020.3.23.)에 따라 쟁점금액을 투자 받기로 하였고, 신청법인의 이사 F의 통장 (IBK기업은행 610-001474--*) 으로 입금 받은 후 투자약정서에 따른 주택건설사업을 추진하고 있는 바, 쟁점금액은 투자금(차입금)이며, ‘자산수증이익’ 등이 아니다.

• 가. 신청법인은 유한회사C와 ″쟁점자산에 대한 소유권 및 점유권을 2020.3.25.까지 주식회사E 에 인도 및 양도할 것을 약속한다.″라는 합의서①을 작성하였으며, 이행을 전제로 신청법인이 지정하는 회사에 쟁점금액을 유한회사C가 투자하기로 하였다. 투자약정서를 살펴보면, ″주택건설 사업 설명을 듣고 △△ 억 원을 투자하고 주 택건설 사업이 마무리 된 후, 정산을 하여 이익금의 10%를 투자자인 유한회사C 에 매 사업시마다 배정한다. 또한 유한회사C의 의견을 반영하여 ‘갑’은 투자금 및 수익률을 재투자 할 수 있다.″라고 되어 있다. 신청법인은 쟁점금액을 신청법인의 이사 F의 계좌로 입금받아, 투자약정서에 따라 주택건설사업을 추진하고 있는 바, 쟁점금액은 투자금(차입금)이며 “자산수증이익”이 아니다. 투자금은 유한회사C의 계좌에서 2020.3.23.부터 2020.3.25.까지 3일에 걸쳐 쟁점금액이 F의 계좌로 입금되었고, 그 후 H, 수표출금 등을 거쳐서 2021.3.5.까지 쟁점금액이 신청법인의 계좌로 입금 되었다. 과세전적부심사(처분청 2024.9.11. 결정, 불채택)의 심리자료에 따르면 ″ 2022년도에 G지방국세청 조사2국에서 유한회사C를 세무 조사하였으며, 조사서 내용에 따르면 유한회사C는 (중략) △△△△ 백만원에 대해서는 기타투자자산으로 재무제표에 계상한 것을 확인 하였고 (후략)″라고 기재되어 있다.
• 나. 위 내용과 같이 합의서①, 투자약정서, 현금흐름, 주택건설사업 진행 상황, 유한회사C 의 회계처리 등에 따르면 쟁점금액은 합의서①과 약정서에 의한 자유로운 의사결정에 의한 투자금이므로 2020 사업연도 법인세 및 소득금액 변동통지를 취소하여야 한다. (예비적 청구

①) 신청법인에 익금 산입된 쟁점금액은 쟁점부동산의 양도에 따른 수입금액이므로 취득가액(부외원가) 658백만원을 손금으로 인정하여야 한다.

• 가. 판결문, 확약서, 탄원서, 민원문서, 내용증명서 등에서 확인 할 수 있듯이 쟁 점부동산의 소유권은 신청법인에 있어, 주식회사E는 쟁점부동산 을 철거할 수 없었고, 철거를 진행해야 했던 유한회사C는 2020.3월 쟁점부동산 을 쟁점금액에 인수하고 2021.1월에 철거를 진행 할수 있게 되었다. 이 사실은 합의서①과 확인서에서 확인된다.
• 나. 과세전적부심사결정서에 따르면, “쟁점부동산의 취득 당시의 등기 사항 전부증명서 상 소유자와 양도당시의 소유자가 ‘유한회사C’로 확인 되는 점”, “쟁점부동산 취득 시부터 양도까지의 재산세 부과대상자가 ‘유한회사C ’ 로 확인 되는 점으로 볼 때, 쟁점부동산의 취득 사실 여부가 확인되지 않아 신청법인이 주장하는 부외원가는 인정되기 어렵다.”고 되어 있다. 그러나 신청법인의 쟁점부동산 취득 및 양도 과정과 판결문(G고등법원 2020라△△△△)에서 알수 있듯이, 쟁점부동산은 무허가·미등기 건물 로 복잡한 사건들이 얽혀있어, 등기사항전부증명서나 재산세 부과대상자 만으로는 쟁점부동산의 소유권을 명확히 확인 할 수 없으나, 신청법인의 소유로 보아야 한다. 판결문(G고법 2020라 △△△△ 건물인도단행가처분)의 기초사실에 ″기록 및 심문 전체의 취지에 의하면, 다음과 같은 사실이 인정된다. (중략) 주식회사D는 2008.9.10. 채무자 유한회사C 에게 이 사건 증축건물에 대한 소유권 및 권리 일체를 양도 하는 내용의 소유권 및 채권양도 계약서를 작성하였다.″라고 명시되어 있다.
• 다. 쟁점금액은 투자금 또는 합의금 명목으로 받은 금액이지만, 그 실질은 자산 양도에 따른 대가입니다. 따라서 수익비용대응의 원칙에 따라 쟁점부동산의 취득가액을 비용(손금)으로 인정해야 합니다. 신청법인은 2008 사업연도부터 2020 사업연도까지 쟁점부동산의 취득 원가를 재무상태표 상 자산항목으로 계상한 적이 없으며, 이는 신청법인이 비용으로 처리하지 않았음을 의미한다. 2008.8.12. 주식회사D와 작성한 약정서에 쟁점부동산 매매와 관련 하여 “3. 매매가액 658백만원, 4. 대금의 지급: 양도인이 상환해야 하는 채무금과 본 건물매각대금을 상계처리 한다.” 라고 명시되어 있다. 이에 쟁점부동산의 취득가액이 658백만원임을 알 수 있고, 취득원가(부외원가)는 손금으로 인정되어야 한다. 신청법인은 쟁점부동산을 양도할 당시 소유권을 보유하고 있었으나, 취득원가가 재무제표에 계상되지 않아, 쟁점부동산 양도시 그 대응원가가 손금으로 인정되지 않았다. (예비적 청구②) 취득가액(부외원가)과 관련된 증빙이 부족하다면, 법인세법 제66조 【결정 및 경정】제3항에 따라 추계 조사하여 소득금액을 재산정하여야 한다. 신청법인의 2020 사업연도의 법인세 수입금액 36백만원으로 신고 하였으나, 유한회사C의 세무조사와 관련하여 기타법인세자료 통보금액은 35억 원으로 2021 사업연도 수입금액 30백만원 대비 118배 이상 증가한 바, 이는 ″소득금액을 계산할 때 필요한 장부 또는 증명서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우″에 해당한다. 따라서 법인세법 제104【추계결정 및 경정】제1항 추계 조사하여 소득금액을 재산정해야 한다. (예비적 청구③) 신청법인은 2020 사업연도 법인세 경정으로 소득금액 변동통지(상여, F)를 받았는데, 쟁점금액을 신청법인의 주택건설 사업에 사용하고 있어 사외유출이 되지 않았으며, 또한 익금 산입된 쟁 점금액은 F 에게 귀속되지 않았으므로 F에게 한 상여처분을 취소하여야 한다. 처분청은 2024.10.3. 신청법인의 2020 사업연도 법인세를 경정하면서 쟁점 금액에 대해 소득금액변동통지(상여, F)를 하였다. 상여 처분된 쟁점금액은 유한회사C에서 F의 계좌 (IBK기업은행 610-001474-01-*)로 입금하였고, F의 계좌에서 H에게 10억(`20.3.27. 이체), 수표발급 24억(`20.3.24.외 3회, 신청법인 대표자 I 관리), J에게 1억(`20.3.25.이체)등 이체 및 수표발급 하였다. 이후 H의 계좌에서 신청법인 계좌(수협 2060-005-40, 신협 134-004-035**4)로 `2020.6.11.부터 `21.12.30.까지 총21회 3,504백만원 입금 되었다. 입금된 금액은 신청법인의 주택건설(△△ 아파트 신축공사)의 사업자금으로 사용되었다. 또한 상여처분과 관련하여 F가 제시한 진술서, 인감증명서, 합의서①, 건강보 험자격득실확인서의 내용과 같이 상여처분된 쟁점금액은 F가 신 청법인의 대표자 I에게 통장을 빌려 주었을 뿐, 관여하거나 취득하여 사 용한 사실이 없다. 따라서 쟁점금액은 F의 계좌를 잠시 사용하였을 뿐 F에게는 어 떠한 경제적 이익이 없으므로, 상여처분을 취소하여야 한다.

(주위적 청구) 신청법인은 과세전적부심사청구 및 이의신청시 쟁점 부동산 의 이전 대가인 ‘양도에 따른 수입금액’임을 지속적으로 주장하여 왔다. 하지만, 이의신청의 추가 항변에서는 쟁점금액을 ‘투자금’으로 번복하며 당초에 제출된 합의서①, 약정서를 근거로 제시하고 있으나 이는 동일한 서류를 청구법인에게 유리한 쪽으로 임의해석한 부분으로 신청법인의 과거주장과 배치된 신빙성이 결여된 주장으로 처분청의 처분은 정당합니다. 청구법인이 ‘투자금’이라고 주장하는 근거서류인 유한회사C와 합의서, 투자약정서, 재무제표 등을 살펴보면, 2019.4월 유한회사C가 쟁점부동산을 주식회사E에 양도 후, 쟁점부동산 이 철거 되지 않아서, 소송이 제기되어 이를 해결하기 위하여 신청법인과 유한회사C가 2020.3.23. 합의서를 작성하는 과정에서, 신청법인이 무허가 건물의 소유권 및 점유권을 인도 및 양도(명도기간은 2020.3.30.까지)를 목적으로 유한회사C가 쟁점금액을 지급한 것으로 이는 쟁점부동산의 철거 등에 따른 상호 ‘합의금’에 해당하여 신청법인의 ‘투자자산’이라는 주장은 근거가 없다. (예비적 청구①) 신청 법인의 취득가액 (부외원가) 658백만원의 손금 산입 인정 여부를 판단하기 위하여 당초 제출한 판결문, 확약서, 탄원서, 약정서 등을 살펴본 바, 판결문 1) 에 기재된 내용만으로 쟁점부동산의 소유권이 신청법인에 귀속 되었다고 단정 할 수 없어, 취득가액(부외원가)을 인정할 수 없다. 확약서, 탄원서 등을 살펴보면, 확인자는 유한회사C, K, L로 이는 아래 2019년~2020년 기준 국세청 전산자료에 확인되는 바와 같이 신청법인과 특수관계가 있는 자로서 기재된 사실만으로 쟁점부동산의 소유권을 확인하기에는 신빙성 이 부족하며, <신청법인과 유한회사C의 관계> (표생략) 약정서를 살펴보면 기재된 매매가액 686백만원에 대한 원가내역, 금융증빙 등 을 포함한 정확한 산정 근거가 없으며, 쟁점부동산을 취득한 2008 사업연도 법인세 신고서 재무상태표(舊 대차대조표) 상 해당 유형자산 항목에도 매매가격 658백만원 장부가액 확인할 수 없다. 국세청 전산자료 상 2008년 당시 양도인 주식회사D와 양수인 신청법인의 대표자는 모두 I로 동일하며, 주식회사D는 2006.3.3.부터 폐업일 2009.12.31.까지 쟁점부동산의 임차인으로 둥재되어 있어 신빙성이 부족하다. <주식회사D의 사업자등록 사항 변경이력> (그림생략) 위와 같이 쟁점부동산에 대해 금융증빙 및 산정근거 등이 없이 제출된 판결문, 확약서, 탄원서, 약정서등 서류 만으로는 쟁점부동산의 소유권과 취득 가액을 인정하기는 어렵다고 판단된다. 쟁점부동산이 양도에 따른 수입금액이라고 주장하는 부분에 대해 살펴보면, 소유권과 취득원가에 대해 구체적으로 입증하지 못하는 이상 해당 합의금은 원가 없이 무상 취득한 자산수증이익 성격으로 볼 수 있으며, 양도에 따른 수입금액으로 가정하면, 아래의 증축 당시 취득연도(2007년)와 양도연도(2019년)의 구조(철골조), 용도(근린생활시설), 면적(398.4㎡) 등을 반영한 기준시가 변동률을 고려했을 때, 거래가액 658백 만원은 793백만원으로 가치가 환산되나, 쟁점금액을 양도의 대가로 보 기 에는 현저히 차이가 있어 신청법인의 주장은 합리적이지 않다고 판단된다. (표생략) * 변동률 (양도당시 기준시가/취득당시 기준시가) ** 거래가액(658백만원)×변동률(120.5%) (예비적 청구②) 추계경정대상 수입금액을 2020 사업연도 총매출액 36백만원이 아닌 쟁점금액을 대상으로 재산정 해 달라는 내용과 관련하여 신청 법인의 사업수익금액(매출)과 사업장 이전에 대한 대가인 합의금은 소득의 성격이 다르다. 소유권과 취득원가에 대해 구체적으로 입증하지 못하는 이상 해당 합의금은 원가 없이 무상 취득한 자산수증이익의 성격으로 추계결정은 적절하지 않으 므로 신청법인의 주장은 이유 없다고 판단된다. (예비적 청구③) 유한회사C 에서 F에게 입금한 쟁점금액은 2020.3.24.부터 2020.4.20.까지 수표 등으로 인출된 것은 확인되나, F의 계좌에서 바로 법인 사업용 계좌로 입금되지 않은 점, H 와 신청법인과의 관련성, 수표 등으로 인출된 금액, 해당 금액이 유한회사C 에서 F에게 입금된 쟁점금액과 동일한 금액이라는 부분이 명확하지 않아 청구법인이 제출한 소명자료는 구체적이지 않고 신빙성 이 부족하다. 최종적으로 신청법인의 계좌로 입금 될 때까지 기간(2020.3.26.부터 2021.12.30.까지)이 1년 9개월 이상 소요된 점으로 보아 쟁점금액을 사적 사용 없이 신청법인 계좌로 입금되었다고 보기 불분명한 점, H가 신청법인에 입금한 금액은 3,504백만원으로 당초 H계좌로 입금된 1,000백만원가 차이가 나는 점 신청 법인 계좌에 입금되어 사업에 사용된 지출 내역의 증빙이 없는 점 등으로 보아 신청법인의 소명자료는 구체적이지 않고 신빙성이 부족하다. 또한 세무조정으로 익금산입하여 수정 신고를 하지 않은 점은 법인 세법 시행령제106조 제4항의 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금 산입하여 신고한 경우에 해당하지 않는다. 이러한 사항을 종합적으로 미루어 볼 때, 사내유보가 아닌 소득의 귀속자 F에 대한 상여 처분은 적절 하다고 판단된다.

• 가. 쟁점

1. (주위적 청구) 쟁점금액은 투자금(차입금)이므로 신청법인에 부과된 법인세는 취소하여야 한다는 신청 주장의 당부 2) (예비적 청구①) 쟁점부동산의 취득가액(부외원가)을 손금으로 인정하여야 한다는 신청 주장의 당부 3) (예비적 청구②) 취득원가를 손금으로 인정할 수 없을 경우에는 법인세법 제66조 【결정 및 경정】제3항에 따라 소득금액을 추계 결정을 해달라는 신청 주장의 당부 4) (예비적 청구③) 신청법인의 법인세 (2020 사업연도) 경정으로 받은 소득금액변동통지(상여처분, 소득자 F)는 취소되어야 한다는 신청 주장의 당부

• 나. 관련법령 1) 법인세법 제4조 【과세소득의 범위】

① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.

2. 청산소득(淸算所得)

3. 제55조의2에 따른 토지등 양도소득 2) 법인세법 제15조 【익금의 범위】

① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외 하고 해당 법인의 순자산(純資産)을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 이익 또는 수입[이하 "수익"(收益)이라 한다]의 금액으로 한다.

② 다음 각 호의 금액은 익금으로 본다.

1. 특수관계인인 개인으로부터 유가증권을 제52조제2항에 따른 시가보다 낮은 가액으로 매입하는 경우 시가와 그 매입가액의 차액에 상당하는 금액

2. 제57조제4항에 따른 외국법인세액으로서 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산하여 같은 조 제1항에 따른 세액공제의 대상이 되는 금액

3. 조세특례제한법 제100조의18제1항 에 따라 배분받은 소득금액

③ 수익의 범위 및 구분 등에 필요한 사항은 대통령령 으로 정한다. 3) 법인세법 시행령 제11조 【수익의 범위】 (2019.2.12. 대통령령 제35122호로 일부개정되기 전의 것) 법 제15조제1항에 따른 이익 또는 수입[이하 "수익"(收益)이라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다.

1. 통계법 제22조 에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류(이하 "한국표준산업분류"라 한다)에 따른 각 사업에서 생기는 사업수입금액[기업회계기준(제79조 각 호의 어느 하나에 해당하는 회계기준을 말한다. 이하 같다)에 따른 매출에누리금액 및 매출할인금액은 제외한다. 이하 같다]. 다만, 법 제66조제3항 단서에 따라 추계하는 경우 부동산임대에 의한 전세금 또는 임대보증금에 대한 사업수입금액은 금융회사 등의 정기예금이자율을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 이자율(이하 "정기예금이자율"이라 한다)을 적용하여 계산한 금액으로 한다.

2의2. 자기주식(합병법인이 합병에 따라 피합병법인이 보유하던 합병 법인의 주식을 취득하게 된 경우를 포함한다)의 양도금액

6. 채무의 면제 또는 소멸로 인하여 생기는 부채의 감소액(법 제17조 제1항제1호 단서의 규정에 따른 금액을 포함한다)

7. 손금에 산입한 금액중 환입된 금액

8. 제88조제1항제8호 각 목의 어느 하나 및 같은 항 제8호의2에 따른 자본거래로 인하여 특수관계인으로부터 분여받은 이익

9. 법 제28조제1항제4호나목에 따른 가지급금 및 그 이자(이하 이 조에서 "가지급금등"이라 한다)로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 채권ㆍ채무에 대한 쟁송으로 회수가 불가능한 경우 등 기획재정부령으로 정하는 정당한 사유가 있는 경우는 제외한다.

• 가. 제2조제5항의 특수관계가 소멸되는 날까지 회수하지 아니한 가지급금등(나목에 따라 익금에 산입한 이자는 제외한다)
• 나. 제2조제5항의 특수관계가 소멸되지 아니한 경우로서 법 제28조 제1항제4호나목에 따른 가지급금의 이자를 이자발생일이 속하는 사업연도 종료일부터 1년이 되는 날까지 회수하지 아니한 경우 그 이자

10. 그 밖의 수익으로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액 4) 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정 하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]의 금액으로 한다.

② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일 반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 조세특례제한법 제100조의18제1항 에 따라 배분받은 결손금은 손금으로 본다.

④ 손비의 범위 및 구분 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 5) 법인세법 제66조 【결정 및 경정】

③ 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계(推計)할 수 있다.

④ 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류나 누락이 있는 것을 발견한 경우에는 즉시 이를 다시 경정한다. 6) 법인세법 시행령 제104조 【추계결정 및 경정】

① 법 제66조제3항 단서에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 소득금액을 계산할 때 필요한 장부 또는 증명서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우

2. 기장의 내용이 시설규모, 종업원수, 원자재ㆍ상품ㆍ제품 또는 각종 요금의 시가 등에 비추어 허위임이 명백한 경우

3. 기장의 내용이 원자재사용량ㆍ전력사용량 기타 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우

② 법 제66조제3항 단서에 따른 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나의 방법에 따른다.

1. 사업수입금액에서 다음 각목의 금액을 공제한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정하는 방법. 이 경우 공제할 금액이 사업수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 본다.

• 가. 매입비용(사업용 유형자산 및 무형자산의 매입비용을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)과 사업용 유형자산 및 무형자산에 대한 임차료로서 증명서류에 의하여 지출하였거나 지출할 금액
• 나. 대표자 및 임원 또는 직원의 급여와 임금 및 퇴직급여로서 증명서류에 의하여 지급하였거나 지급할 금액
• 다. 사업수입금액에 소득세법 시행령 제145조 의 규정에 의한 기준경비율(이하 "기준경비율"이라 한다)을 곱하여 계산한 금액 2. 기준경비율이 결정되지 아니하였거나 천재지변 등으로 장부나 그 밖의 증명서류가 멸실된 때에는 기장이 가장 정확하다고 인정되는 동일업종의 다른 법인의 소득금액을 고려하여 그 과세표준을 결정 또는 경정하는 방법. 다만, 동일업종의 다른 법인이 없는 경우로서 과세표준신고 후에 장부나 그 밖 의 증명서류가 멸실된 때에는 법 제60조에 따른 신고서 및 그 첨부서류에 의하고 과세표준신고 전에 장부나 그 밖의 증명서류가 멸실된 때에는 직전 사업연도의 소득률에 의하여 과세표준을 결정 또는 경정한다.

3. 조세특례제한법 제7조제1항제2호 가목에 따른 소기업이 폐업한 때(조세탈루혐의가 있다고 인정되는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유가 있는 경우는 제외한다)에는 다음 각 목에 따라 계산한 금액 중 적은 금액을 과세표준으로 하여 결정 또는 경정하는 방법

• 가. 수입금액에서 수입금액에 소득세법 시행령 제145조 에 따른 단순경비율을 곱한 금액을 뺀 금액
• 나. 수입금액에 직전 사업연도의 소득률을 곱하여 계산한 금액
• 다. 제1호의 방법에 따라 계산한 금액

③ 법 제66조제3항 단서에 따른 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 제2항에 따라 계산한 금액에 다음 각 호의 금액을 더한 금액을 과세표준으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정한다.

1. 제11조(제1호는 제외한다)의 수익(비영리법인의 경우에는 법 제4조제3항 에 따른 수익사업에서 생기는 수익으로 한정하며, 이하 이 호에서 "사업외수익"이라 한다)의 금액에서 다음 각 목의 금액을 차감한 금액

• 가. 사업외수익에 직접 대응되고 증명서류나 객관적인 자료에 의하여 확인되는 원가상당액
• 나. 사업외수익에 해당 사업연도 중에 지출한 손비 중 환입된 금액이 포함된 경우에는 그 금액
• 다. 부동산을 임대하는 법인의 수입이자가 사업외수익에 포함된 경우에는 부동산임대에 의한 전세금 또는 임대보증금에 대한 수입이자 상당액

2. 특수관계인과의 거래에서 제88조 및 제89조에 따라 익금에 산입하는 금액

3. 법 제34조 또는 조세특례제한법에 따라 익금에 산입하여야 할 준비금 또는 충당금이 있는 법인의 경우 그 익금에 산입하여야 할 준비금 또는 충당금 7) 법인세법 제67조 【소득처분】 다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

1. 제60조에 따른 신고

2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정

3. 국세기본법 제45조 에 따른 수정신고 8) 법인세법 시행령 제106조 【소득처분】

④ 내국법인이 국세기본법 제45조 의 수정신고기한내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당되는 경우로서 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 세무조사가 착수된 것을 알게 된 경우

3. 세무공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수한 경우

4. 납세지 관할세무서장으로부터 과세자료 해명 통지를 받은 경우

5. 수사기관의 수사 또는 재판 과정에서 사외유출 사실이 확인된 경우

6. 그 밖에 제1호부터 제5호까지의 규정에 따른 사항과 유사한 경우로서 경정이 있을 것을 미리 안 것으로 인정되는 경우

• 다. 사실관계
• 가. 국세청 대내포털시스템 등에서 확인되는 내역은 다음과 같다.

1. 신청법인과 신청외법인의 사업자등록내역 (표생략)

• 가) 신청법인의 사업자 변경 이력은 다음과 같다. 신청법인은 2008.4.21. ‘B시 △△△ 668- △△ (△△△ 25번길 △△)’ (쟁점부동산)에서 개업한 이후 2020.8.28. 현 사업장 소재지(B시 △△△ 317- △)로 이전한 것으로 확인되고 신청법인의 대표자는 I(개업일~2012.11.7.) →H(배우자, 2012.11.8.~2014.6.11.)→I(2014.6.12.~2024.3.20.)→M(자, 2024.3.21.~2024.9.3.)→I(2024.9.4.~현재)으로 변경되었으며, 모두 특수관계인으로 확인된다. * 괄호 안의 관계는 I 기준임 2020.8.28. 신청법인 상호가 (유) △ 트 △ 에서 현재 상호로 변경되었다. 2020.8.28. 현 사업장 소재지로 이전하였고 사업장 소유주 임대인은 유한회사C 에서 유한회사 △△ 이엔지로 변경된 사실이 확인된다. (그림생략)
• 나) 유한회사C의 사업자 변경 이력은 다음과 같다. 유한회사C는 1996.3.1. ‘B시 △△△ 668- △△ ’(쟁점 부동산)에서 개업한 이후 2020.8.28. 현 소재지(B시 △△△ 620)로 이전한 것으로 확인되고 유한회사C 의 대표자는 L(개업일~1997.3.9.)→K(자, 1997.3.10.~2005.10.4.) →L(2005.10.5.~2020.10.25.)→K (자, 2020.10.26.~2021.6.23.) →N(며 느리, 2021.6.24.~2024.3.12.)→K (자, 2024.3.13.~ 현재)으로 변경되었다. * 괄호 안의 관계는 L 기준임(N은 K의 배우자)
• 다) 주식회사D의 사업자 변경 이력은 다음과 같다. 주식회사D는 ‘B시 △△△ 1168- △△ ’에서 개업한 이후 2006.3.15. ‘B 시 △△△ 668- △△ ’ 쟁점부동산 소재지로 이전한 이후 2009.12.31. 직권 폐업되었다. 주식회사D 대표자는 개업 당시 I에서 2008.9.30. O로 변경된 것으로 확인된다. 2) 신청법인은 쟁점금액에 대해 과세전적부심사청구 및 이의신청에서는 ‘ 매매대금’(합의서①)으로 주장하였으나, 항변서에는 ‘투자금’(합의서①)으로 변경하였고 당 초 주장은 예비적 청구①로 변경하였다. < 과세전적부심사청구서 (2024.7.29. 일부발췌)> (표생략) < 이의신청서 (2024.12.29. 일부발췌)> (그림생략) < 항변서 (2025.2.3.일부발췌)> (그림생략) < 합의서① (2020.3.23.일부발췌)> (그림생략)

3. 신청법인의 2020 사업연도 법인세 신고 및 경정 내역 (표생략) 쟁점금액과 관련하여 2020 사업연도 법인세 신고서에 주위적 청구의 투자금 관련 부채, 예비적 청구①의 쟁점부동산의 매매대금, 예비적 청구③의 사외유출된 금액의 회수와 관련된 사항은 확인할 수 없다.

• 나. 쟁점부동산의 소유권 이전 등 이의신청 관련 연혁은 다음과 같다. (표생략) 1) 쟁점부동산의 등기사항전부증명서 상 소유권 변경 내역이 다음과 같이 확인된다. (표생략)

• 신청법인이 쟁점부동산을 취득한 것으로 주장하는 2008년의 공부상의 소유자는 ‘유한회사C’로 확인되고, 2019년에 주식회사E로 소유권이 이전된 사실이 확인된다. 2) 쟁점부동산의 (말소)일반건축물대장 내역은 다음과 같다. (표생략)

• 쟁점부동산의 말소 건축물대장을 통해 2019.4.30. 및 2020.11.12.에 주식회사 E와 주식회사 무궁화신탁으로 소유권이 이전된 후 2021.1.22.에 전체 면적 1,631,04㎡이 철거 완료된 사실이 확인된다. (그림생략)

• 2019.10.30. 말소건축물 대장에 등재된 위반건축물과 관련하여 B시청에 위반건축물의 소유자(점유자)등을 문의한 바, 다음과 같이 회신을 받았다. (그림생략)

• 다. 신청법인이 제출한 투자금 관련 증빙 서류는 다음과 같다.

1. 유한회사C와 신청법인이 작성한 합의서① (2020.3.23.) (그림생략)

2. 유한회사C와 신청법인 이사 F가 작성한 투자약정서 (2020.3.23.) (그림생략) 3) 신청법인의 B시 △△△ 1168- △△ △△ 홈즈아파트 건축(신축)허가서(2021.11.4.) (그림생략) 4) △△ 홈즈아파트 민간건설공사 표준도급계약서(2023.12.20.) (그림생략) 5) △△ 홈즈아파트 조감도 (그림생략) 6) 과세전적부심사청구 심리자료 일부발췌 (유한회사C의 재무제표 관련) (그림생략) (편집상 여백입니다)

• 라. 처분청이 2020 사업연도 법인세 경정(자산수증이익)과 관련하여 제출한 자료는 다음과 같다.

1. 유한회사C의 G지방국세청(조사2국) 종결보고서 (일부발췌) (그림생략)

2. 유한회사C의 대표 K가 작성한 합의서② (2020.3.23.) (그림생략)

3. 주식회사E가 유한회사C에 발송한 손해배상 청구 관련 공문① (2020.2.17.) (그림생략)

4. 주식회사E가 유한회사C에 발송한 손해배상 청구(최고) 관련 공문②(2020.3.18.) (그림생략)

• 마. 신청법인이 예비적 청구① 中 쟁점부동산 소유권 관련하여 제출한 자료는 다음과 같다.

1. G고등법원 2020라△△△△ 건물인도단행가처분 판결문(2020.3.18., 일부발췌) (그림생략)

2. 유한회사C가 신청법인에게 발송한 내용증명서(2018.12.21.) (그림생략)

3. 유한회사C가 G고등법원에 보낸 탄원서(2019.1.25.) (그림생략)

4. K, L이 쟁점부동산 관련하여 작성한 확약서(2019.3.28.) (그림생략)

5. B 시청이 쟁점부동산에 발생한 민원에 대해 유한회사C, 주식회사E에 발송한 공문 (2019.9.11.) (그림생략)

6. 신청법인이 쟁점부동산을 양도한다는 확인서(2020.3.25.) (그림생략)

• 바. 신청법인이 예비적 청구① 中 쟁점부동산의 취득가액(부외원가) 관련하여 제출한 자료는 다음과 같다.

1. 주식회사D와 신청법인이 작성한 쟁점부동산의 매매 약정서(2008.8.12.) (그림생략)

2. 주식회사D와 신청법인이 작성한 채권채무 양도양수계약서(2008.8.12.) (그림생략)

3. 과세전적부심사결정서 일부발췌

• 2008 사업연도 재무상태표에 계상된 토지 및 건물은 쟁점부동산이 아니라는 부분 (그림생략)

• 사. 쟁점부동산에 대해 유한회사C와 주식회사E가 작성한 매매계약 내용은 다음과 같다. (조사내용 “나” 중 표5) “갑” (매도인): 유한회사C, K “을” (매수인): 주식회사E, 주식회사P (표생략)

• 매매대금 지불방법 (표생략)

• 매매대금 지불 변경사항 (표생략)

1. 쟁점부동산외 11필지 부동산 매매계약서 (2018.6.7. 일부발췌) (그림생략) 2) 쟁점부동산외 11필지 부동산 (변경)매매계약서 (2019.4.17. 일부발췌) (그림생략) 아. 신청법인이 쟁점금액은 매매대금이므로 부외원가를 손금에 산입해야 한다는 주장 (예비적 청구①)부분과 관련하여, 매도인 유한회사C와 매수인 주식회사E 사이에 거래된 쟁점부동산이 포함된 1동의 매매가액과 신청법인의 쟁점부동산 매매가액은 다음과 같다.

1. 유한회사C의 매매가액과 신청법인이 주장한 매매가액 비교 (표생략) 등기사항전부증명서, 말소건축물대장의 면적(멸실전의 3층면적) 쟁점부동산 (G고등법원 2020라 △△△△ 판결문 中) 쟁점부동산이 포함된 1동의 매매대금

2. 쟁점부동산과 유사한 건물 취득가액 비교 가) (쟁점부동산) 신청법인이 제시한 약정서(2008.8.12.)에 매매대금은 658백만원으로 표시 되어 있고, G고등법원 판결문의 기초사실에 증축건물의 구조는 ‘철골조’, 2007.7.22. 이전에 증축이 완료되었다. 라고 표현이 되었있다.

• 나) (유사건물) 쟁점부동산과 건축시기가 유사한 ‘B시 △△△ 668- △△ 외 1’ 건물의 공사원가는 다음과 같다. (표생략)

• △△△ 668- △△ 외 1필지의 1㎡당 공사원가 442,278원(=16억÷3617.63㎡)

• 쟁점부동산의 증축건물에 적용시 442,278×398.4㎡=176,203,555원 < △△△ 668- △△ 외 1필지 도급계약서> (그림생략)

• 자. 신청법인이 제출한 자료에 근거하여 정리한 자금의 흐름 (표생략) * H는 신청법인 대표자 I의 배우자 1) 신청법인은 쟁점금액이 사외유출 되지 않았으며, 위 내용과 같이 최종적으로 신청법인 의 계좌에 입금되어, 신청법인의 “ △△ 홈즈아파트” 신축공사 자금으로 사용되고 있으므로 사내유보라고 주장하였다.

2. 법인세법 시행령제106조【소득처분】제4항에 따라 쟁점금액과 관련한 신청법인의 수 정신고 이력은 없다. (2021.10.22. 수정신고는 “성실신고확인서 미제출 가산세”)

3. 신청법인의 이사 F는 본인의 계좌는 도관으로 사용 하였다고 주장하였으며, 이와 관련하여 진술서, 인감증명서, 합의서①, 건강보험자격득실확인서를 자료로 제출하였다.

4. F는 국 세청 대내포털시스템에서 2016년부터 2024까지 ㈜ △△ 코리아(제조/호이스트, 크레인)에서 근로소득이 발생한 것으로 확인된다. <신청법인이 제출한 쟁점금액 계좌 일부발췌> (그림생략) 5) 신청법인의 이사 F는 2025.02.18.에 세무대리인을 통해 다음의 진술서를 심리담당에게 제출하였다. (그림생략) <F의 근로소득 관련한 자료 > (그림생략)

• 라. 판단 (주위적 청구) 쟁점금액은 투자금(차입금)이므로 신청법인에 부과된 법인세는 취소하여야 한다는 신청 주장의 당부 신청법인이 쟁점금액을 ′투자금′으로 주장을 하면서 합의서, 투자약정서, 확인서 등을 제출하였으나, 제시한 자료만으로는 실질적으로 투자금으로 판단하기에는 어려움이 있으며, 처분청 또한 ′자산수증이익′으로 주장을 하고 있으나, 이에 대한 구체적인 근거 자료가 부족한 것으로 보인다. 따라서 처분청은 재조사하여 쟁점금액의 성격을 명확히 한 후 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다. 주위적 청구의 결과 재조사 결정이 되었으므로 예비적 청구①과 예비적 청구②에 대한 판단은 하지 않는다. (예비적 청구③) 신청법인의 법인세(2020 사업연도) 경정으로 받은 소득 금액변동통지(상여처분, 소득자 F)는 취소되어야 한다는 신청 주장의 당부 처분청의 소득금액변동통지와 관련하여, F의 개인계좌로 입금된

금액이 2020.3.24.부터 2020.4.20. 사이에 H(I의 배우자)에게 1,000백만원 이체, 2,400백만원 수표 출금(I 관리)된 후에 신청법인 의 주장과 같이 법인으로 귀속이 되었는지, 사외유출이 되었다면 그 실질 귀 속자는 누구인지에 대해 처분청은 재조사하여 그 실질에 따라 처리하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 이의신청은 신청주장이 이유 있으므로국세기본법제66조 제6항 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 1) G고등법원 2020라 △△△△