신청법인이 쟁점금액을 고유목적사업준비금으로 설정하여 비영리사업회계에 전출한 시점에 쟁점금액 전액이 고유목적사업에 지출된 것으로 볼 수 있는지 여부

• 가. AAAAAA(이하 “신청법인”이라 한다)은 1990.00.00.사립학교법에 따라 설립된 학교법인으로, 2004.12.1. LLL으로부터 서울특별시 〇〇구 〇〇동 BBB-1번지 대 69.9㎡, CCC-1번지 대 124㎡, DDD번지 대 60㎡ 총 253.9㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 출연받아 신청법인의 수익용 기본재산으로 보유하다가 EEEEEE 교육청(이하 “관리청”이라 한다)의 허가를 받고 2014.1.28. JJJJJJ 주식회사에 8,463백만원에 매각하였으며, 쟁점부동산 처분이익 6,980백만원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 고유목적사업준비금으로 설정하고 정기예금에 예치한 후 쟁점금액을 비영리사업회계로 전출하였으며, 이를 고유목적사업에 지출한 것으로 보아 고유목적사업준비금과 상계하여 2013.3.1.〜2014.2.28.(이하 “2014 사업연도”라 한다) 법인세를 신고하였다.
• 나. FFFFFFFF(이하 “처분청”라 한다)은 2023.7.13.〜2023.12.7. 신청법인의 납세 협력의무․세법상 의무사항 준수 여부 등에 대한 검증을 실시하여, 신청법인이 쟁점금액을 정기예금에 예치한 후 쟁점금액을 비영리사업회계(학교회계)로 전출시킨 것만으로는 고유목적사업에 사용하였다고 볼 수 없다고 판단하여 쟁점금액을 2018.3.1.〜2019.2.28. 사업연도(이하 “2019 사업연도”라 한다)의 익금에 산입하고 그 이자상당액 752,646,081원(이하 “이자상당액”이라 한다)을 납부세액에 가산하여 법인세 2,814,892,214원(가산세 686,167,733원 포함)을 부과하겠다는 과세예고통지를 하였고 신청법인은 이에 불복하여 과세전적부심사청구를 제기하여 예비적 쟁점이 채택되었다.
• 다. 이후 처분청은 과세전적부심사청구의 결정에 따라 가산세를 제외한 법인세를 GGGGGG에게 통지하였고, GGGGGG은 2024.3.4. 법인세 2,128,724,480원을 결정․고지 하였다.
• 라. 신청법인은 이에 불복하여 2024.5.22. 이의신청을 제기하였다.

(주위적 쟁점) 신청법인은 법인세법 시행규칙제76조 제4항 후문에 따라 쟁점금액을 비영리사업회계로 전출하였고 쟁점금액의 처분을 관리청에서 허가하지 않아 학교운영비, 인건비 등을 쟁점금액이 아닌 학부모 및 이사장의 개인 출연 기부금으로 집행하였으므로 법인세법 시행규칙 제76조 제4항 후문 및 공익법인세무안내 책자, 유권해석 등에 따라 쟁점금액은 고유목적사업준비금의 사용으로 보아야 한다.

• 가. 신청법인은 쟁점금액을 비영리사업회계에 전출하였으므로 고유목적사업에 사용한 것으로 보아야 한다. 1) 법인세법 시행규칙제76조 제4항에서 전단은 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 실제로 지출한 경우 고유목적사업에 지출한 것으로 인정하면서, 후문은 사립학교법에 따른 학교법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전출한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다고 규정하고 있다. 이는 교육의 공공성을 고려하여 교육사업에 대한 재원 공급을 촉진하기 위함이며, 학교법인의 비영리사업회계가 사립학교법에 따라 고유목적사업 외 용도로 사용되는 것을 제한할 수 있는 행정, 법률적 장치가 있음을 고려한 것이다.

2. 따라서, 법인세법에서는 일반적인 비영리법인의 경우 실제 지출이 발생하여야 고유목적사업에 사용한 것으로 보는 것과 다르게 학교법인의 경우 비영리사업회계로 전출이 이루어지고 나면 쟁점금액을 지출하기 위해 관리청의 허가를 받아야 하는 등(사립학교법제28조 제1항) 고유목적사업 외의 용도로 지출될 수 없으므로 해당 전출이 이루어진 시점에 고유목적사업에 사용한 것으로 간주하는 규정인 바, 신청법인은 2014사업연도에 쟁점금액을 비영리사업회계로 전출하였으므로 비영리사업에 지출하여 고유목적사업에 사용한 것으로 보아야 할 것이다.

• 나. 신청법인은 쟁점금액을 고유목적사업에 지출하기 위하여 지속적으로 관리청에 허가를 협의하였으나 허가가 나지 않아 정기예금으로 예치된 것일 뿐이므로 쟁점금액을 명목상 전출금에 불과하다고 볼 수 없다.

1. 쟁점금액은 신청법인이 보유하던 쟁점부동산이 도시 및 주거환경 정비법에 따른 수용으로 불가피하게 발생한 것이며, 신청법인은 당초 계획에 없던 쟁점부동산의 매각에 따라 수령한 대금을 정기예금으로 예치하고 필요에 따라 법인 및 학교운영의 지원과 시설확충 등에 사용하기로 의결함에 따라 관리청으로부터 수익용 기본재산 처분을 허가받았으며 신청법인은 관리청의 허가 내용에 따라 기본재산으로 증자하여 비영리사업회계로 전출 처리하면서 2014사업연도 고유목적사업준비금을 설정하고 손금에 산입하였다.

2. 이후 신청법인은 설립자의 상황 변화로 과거처럼 일정금액 이상을 지속적으로 출연하기 어려울 수 있다고 판단하여 ‘수익용 기본재산(현금)’을 처분하여 학교 운영비 등으로 사용함으로써 원활한 학교 운영을 하고자 관리청에 여러 차례 처분 허가 여부를 협의하였으나, 관리청은 방침에 따라 허가해줄 수 없다는 의견만을 고수하였고, 관리청의 허가 없이 수익용 기본재산을 처분할 수 없어 신청법인은 학부모 납입금, 수익용 기본재산에서의 이자와 설립자 개인 출연금으로 운영을 할 수밖에 없었다.

3. 대법원의 판례에 따르면 학교법인 등의 경우 비영리사업회계로 전출한 것과 관련하여 비영리사업회계로 전출할 당시에 이미 그 대부분을 수익사업에 사용하도록 용도가 예정되어 있었는지와 실제로 자산을 수익사업에 사용하였는지 여부에 따라 명목상 전출에 해당하는지 여부를 판단하고 있으므로(대법원 2013.3.28.선고 2012두690 판결 참조.), 신청법인이 비영리사업회계로 전출할 당시 수익사업에 사용할 목적이 없었으며, 고유목적사업에 지출하고자 하였으나 관리청의 미승인으로 정기예금에 예치한 것일 뿐으로 명목상 전출이라 볼 수 없다.

• 다. 비영리사업회계로 전출하여 실제 고유목적사업에 지출되어야만 영구적인 손금을 인정한다고 가정하더라도 신청법인이 2014〜2019 사업연도 사이에 지출한 운영비, 시설비, 인건비 등 6,980백만원은 현금성자산으로 현금성격인 쟁점금액과 통합적하여 운용하는 것이 일반적이므로 쟁점금액은 학교법인의 운영자금으로 지출된 것으로 보아야 한다.

1. 신청법인이 설치․경영하는 HH고등학교는 1981년 일반고등학교로 시작하였고, 2003년 자립형 사립고를 시작할 기점으로 관리청으로부터 교직원의 인건비와 학교․교육과정 운영비를 지원받지 않아 신청법인 설립자인 LLL가 출연한 재원으로 2014〜2019 사업연도 사이에 매년 1,070백만원에서 1,210백만원의 금액을 학교운영비, 인건비, 시설비 등을 지출하였다.

2. 신청법인은 쟁점부동산이 불가피하게 수용되었고 학교운영에는 안정적인 이자수익이 필요하므로 쟁점금액을 정기예금으로 예치하며 그 이자수익을 학교법인 운영에만 사용하여 왔고, 관리청의 불허 방침에 따라 부득이하게 기부금과 이자수익을 통해 재원을 충당하여 온 것이며, 현금성자산은 그 구분이 불가능하므로 쟁점금액을 정기예금에 예치해두었다 하더라도 6,980백만원에 달하는 운영비용은 쟁점금액을 지출한 것으로 보아야 한다.

• 라. 국세청의 장기간에 걸친 다수의 예규 등 지속적인 공적인 견해표명에 대한 신청법인의 신뢰는 보호되어야 한다.

1. 국세청은 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인이 수익사업에 대한 각 사업연도 소득금액계산시 법인세법제29조의 규정에 의하여 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 비영리사업회계로 전출하는 경우, ‘전출시점에 고유목적사업에 사용한 것으로 보는 것’이라는 내용의 예규(법인 46012-2406, 1999.6.25., 서이 46012-10126, 2003.1.17.)를 다수 내놓은 바, 신청법인 입장에서는 비영리사업회계에 전출한 시점에 비영리사업에 지출한 것으로 판단할 수 밖에 없었다.

2. 국세청의 공익법인세무안내 책자(2013년, 2019년, 2023년)에 수익용기본재산토지를 매도하여 6개월 이상 수익용기본재산으로 정기예치하고, 그 운용소득을 직접 고유목적사업에 사용하는 경우 이를 고유목적사업준비금으로 사용한 것으로 해석한다고 기재되어 있었고, 신청법인은 과세관청의 공적인 견해표명을 정당하게 신뢰하여, 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계로 전출하면서 정기예금에 예치하고 그 이자수익을 고유목적사업에 사용하고 있었던 바, 신청법인의 정당한 신뢰는 보호되어야 할 것이다. (예비적 쟁점) 법인세법 시행규칙제76조 제4항 후문과 공익법인 세무안내 책자를 신뢰한 신청법인이 그 의무를 불이행한 것에 대한 정당한 사유가 존재하므로 납부세액에 이자상당액를 가산하는 것은 부당하다.

• 마. 신청법인의 세법상의 의무 불이행은 이자상당액을 가산하는 것을 면제할 정당한 사유에 해당한다. 1) 법인세법 시행규칙제76조 제4항 후문의 “사립학교법에 따른 학교법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전출한 경우, 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다”라고 명시하고 있으며, 공익법인세무안내 책자에서 수익용기본재산을 매도하여 6개월 이상 수익용기본재산으로 정기예치하고 그 운용소득을 고유목적사업에 사용하는 경우 이를 고유목적사업준비금으로 사용한 것으로 기재되어 있다. 2) 법인세법 시행규칙과 공익법인세무안내 책자를 확인한 신청법인이 쟁점금액을 고유목적사업에 지출한 것으로 해석할 여지가 있고, 쟁점금액을 비영리사업에 전출한 이후 고유목적사업에 사용하기 위해 관리청과 지속적으로 협의하였으나 관리청이 불허함에 따라 사용하지 못한 상황에서 명목상 전출금으로 보아 법인세 신고 의무의 이행을 기대하는 것은 무리가 있다.

3. 국세청은 동일하게 수익사업회계 자산을 비영리사업회계로 전출한 후 사업연도종료일 이후 5년내에 고유목적사업에 사용하지 않은 학교법인에 대해 과세전적부심사청구(적부-인천청-2023-0036, 2023.11.22.) 및 조세심판원 결정례(조심2021인2375, 2022.9.14.)에서 가산세를 감면할 정당한 사유가 있다고 결정하였다.

(주위적 쟁점) 법인세법 시행규칙제76조 제4항 후문은 경리 원칙 내지 방법을 정한 것에 불과한 것이고, 법인세법제29조의 적용을 배제하지 못하며, 쟁점금액을 실제 학교법인 운영자금 등으로 사용하지 않았으므로 처분청이 쟁점금액을 익금산입하는 등 신청법인에 2019 사업연도 법인세를 부과한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점금액이 비영리사업회계 중 법인회계의 일반업무회계로 전출된 사유만으로 고유목적사업에 지출되었다고 볼 수 없고, 고유목적사업준비금을 손금계상 후 5년이 지난 시점까지 실제 학교법인 운영자금 등으로 사용되지 않은 쟁점금액은 익금산입하여야 한다.

1. 신청법인은 쟁점부동산 매각대금 8,463백만원을 수익용 기본재산(정기예금)으로 증자하였음을 관리청에 보고하였고, 아래와 같이 학교법인 회계 중 법인회계의 수익사업회계에서 교비회계가 아닌 일반업무회계로 전입 처리하였다.

2. 법인세법제29조에 비영리법인이 수익용 자산(처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 사용하지 않는 경우 포함)을 처분하여 생기는 수입은 법인세 과세대상에 해당하며, 고유목적사업에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 우선 손금으로 인정하고, 손금으로 계상한 사업연도 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업에 사용하지 아니한 경우 익금에 산입하도록 규정하여 고유목적사업준비금을 실제 고유목적사업에 사용하도록 강제하고 있다.

3. 신청법인은 법인세법 시행규칙제76조 제4항 후문의 규정에 따라 고유목적사업준비금을 정기예금으로 예치하고 비영리사업회계로 전출 시점에 고유목적사업에 지출한 것으로 주장하고 있으나, 법인세법제29조의 입법취지에 비추어 비영리사업회계로 전출된 고유목적사업준비금은 위 시행규칙에 불구하고 향후 고유목적사업에 사용되어야 하는 것으로 그 용도가 한정되어 있다.

• 가) 쟁점금액이 실제 고유목적사업에 사용하였는지 여부를 불문하고 영구적으로 법인세 부담을 면제해주는 것이 아닌 일시적인 세부담 완화를 위한 과세이연으로, 고유목적사업준비금을 현금성 자산인 예금으로 예치하고, 비영리사업회계로 전출한 사유만으로 고유목적사업에 지출하였다고 볼 수 없고, 또한 조세심판원의 결정례와 대법원의 판례에서도 쟁점금액의 전출행위 자체를 고유목적사업의 지출로 판단하지 않았다(조심2015중2367 2015.7.16., 조심2021인2375 2022.9.14., 대법원 2016.7.7. 선고 2016두36154 판결 참조).
• 나) 수원지방법원 판결(수원지방법원2015구합69509, 2016.7.20.)에 따르면, 법인세법 시행규칙제76조 제4항 후문은 법인세법제113조에 따라 구분경리의 방법에 관한 사항을 구체적으로 정한 것으로, 구분경리 원칙 내지 방법을 정한 것에 불과하고, 위 규정에 의하여 법인세법제29조의 적용을 배제하고 실제 사용 여부와 무관하게 고유목적사업에 사용한 것으로 해석할 수 없다고 판시하였다.
• 나. 비영리사업회계로 전출한 것이 명목상 전출에 해당하는지 여부는 실제 고유목적사업 사용 여부에 따라 달라지고, 관리청의 허가 여부는 법인세 과세에 영향을 미치지 않는다.

1. 판례 및 조세심판원 결정에 따르면 고유목적사업준비금은 수익사업을 위한 용도로 사용되거나 고유목적사업과 직접적으로 관련하지 아니한 자산의 보유를 위하여 사용되는 것이 아닌 고유목적사업 그 자체를 위하여 가급적 조속히 사용되도록 하고자 하는데 그 입법취지가 있다고 하였다(조심2021인2375 2022.9.14., 대법원 2017.8.18. 선고 2017두48611 판결 참조).

2. 신청법인은 쟁점금액을 비영리사업회계 전출 시점부터 정기예금을 통해 이자수익을 창출하였으며, 이는 법인세법제4조 제3항 제2호에 열거되어 있는 수익사업에 해당하고, 사업연도 종료일로부터 5년이 되는 날까지 쟁점금액을 정기예금으로 운용하는 것이 확인되는 등, 쟁점금액은 고유목적사업에 사용한 것이 아니므로 쟁점금액의 정기예금 예치는 명목뿐인 전출에 해당한다.

• 가) 신청법인의 2013.12.27. 제 251회 이사회 회의록에도 수익사업을 개시하기 전까지 쟁점부동산 매각대금 전액을 은행에 현금으로 예치하여 수익용 기본재산으로 운영한다고 기재되어 신청법인은 결국 쟁점금액을 수익사업에 사용할 의도가 있었다고 보여진다.
• 나) 제 251회 이사회 회의록(일부 발췌) (그림생략)

3. 신청법인이 관리청의 처분허가가 나지 않아 고유목적사업에 사용하지 못하였다는 사유로는 법인세를 과세제외 할 수 없다.

• 다. 공익법인은 의무적으로 지켜야 할 사항이 있고 신청법인 또한 결산서류 공시에 명확히 운영자금의 출처를 밝히고 있어 매년 발생한 운영비 등을 고유목적사업준비금 설정액에서 우선하여 사용하였다고 볼 수 없다.

1. 공익법인은 법령에서 정해진 의무사항 위반 시 운용소득 미사용 금액에 대한 가산세와 기부금 미사용 금액에 대한 증여세 과세문제가 발생함에도, 신청법인은 ‘현금성 자산은 통합적으로 자금을 운영하는 것이 일반적이므로 쟁점금액에서 운영자금으로 지출하였다고 보아야 한다’라고 주장하고 있으나, 신청법인은 기부금 수령액 및 운용소득은 학교 운영비 등으로 직접 공익목적에 사용하고 있음을 결산서류 공시 및 출연재산보고서를 통해 명확히 공개하고 있고, 수익용 기본재산인 정기예금은사립학교법제28조에 따라 관리청의 허가없이 사용이 불가하여 학교운영비 등으로 사용하였다고 볼 수 없으므로 쟁점금액은 고유목적사업에 사용하지 않은 것으로 보는 것이 타당하다. (그림생략) <신청법인 출연재산보고서상 연도별 기부금 수입, 지출 및 운용소득 내역> (그림생략)

• 다. 신청법인이 주장하는 내용은 상속세 및 증여세법 규정이며, 신청법인과 유사한 상황인 경우 고유목적사업에 지출된 것으로 볼 수 없다는 해석사례를 국세청은 지속적으로 안내하였다.

1. 국세청의 공익법인세무안내책자에 수익용기본재산 토지를 매도하여 6개월 이상 수익용기본재산(정기예금)으로 예치하고 그 운용소득을 고유목적사업에 사용한 경우 고유목적사업에 사용하는 것으로 해석하는 것은 상속세 및 증여세법제48조 제2항 제4호에 따른 증여세 부과와 관련된 것으로, 법인세법상의 고유목적준비금의 사용의무와는 별개이다.

• 가) 상속세 및 증여세법제48조 제2항 제4호 및 같은법 시행령 제38조 제4항에서 학교법인이 출연받은 기부금인 수익용 기본재산을 매각하고 그 매각대금으로 대체수익용 기본재산을 취득하는 경우 증여세를 과세하지 않도록 규정하고 있다하더라도 이를 법인세법에 그대로 인용하여 법인세까지 과세하지 않는 것으로 보기 어렵다(조심 2013중3164 2013.10.22. 참조).

2. 또한 국세청에서는 본 사건과 유사한 해석사례를 2012년부터 현재까지 공익법인 세무안내 책자에 수록하여 지속적으로 안내하여 왔고, 이 외 다수 판례를 통해법인세법제29조의 입법취지를 확인할 수 있다.

• 라. 고유목적사업준비금을 비영리사업회계에 전출 시점에 고유목적사업에 사용한 것으로 간주된다면, 향후 관리청의 인가를 받고 수익용 자산을 취득할 경우 취득시기에 따라 과세관청의 과세 가능 여부가 달라진다. <수익용자산 취득시기*에 따른 부과가능 여부> (그림생략) 고유목적사업준비금으로 고유목적사업이 아닌 수익용 자산 등을 취득할 경우 법인세 등을 추징하게 되어 있으나, 상기 표와 같이 수익용 자산 취득시기에 따라서 과세 여부가 달라진다면 과세 형평성 문제가 발생하므로, 결국 고유목적사업준비금을 수익용 자산을 취득하는데 사용한 시점이나 전출 후 미사용한지 5년이 되는 시점에 고유목적사업에 사용하지 않은 것으로 보아 법인세를 과세하는 것이 고유목적사업준비금의 입법취지라 할 수 있다. (예비적 쟁점) 법인세법제29조 제7항에 납부할 세액에 이자상당액을 가산하여야 한다고 규정되어 있고 감면규정은 없으므로 당초 처분 정당하다.
• 마. 신청법인은 과세전적부심사청구를 거쳐 신고·납부불성실가산세 감면이 정당하다고 결정된 것을 근거로, 이자상당액도 감면해야 한다고 주장하고 있으나, 국세기본법제48조 제1항 제2호에 “납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우”에는 가산세를 부과하지 않도록 규정하고 있는 반면, 법인세법제29조 제7항에 고유목적사업 등에 사용하지 아니하는 경우 법인세에 이자상당액을 가산하여 납부하도록 규정하고 있다. 따라서 고유목적사업준비금의 익금산입 사유가 해소되지 않는 이상 이자상당액을 납부세액에 가산한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 (주위적 쟁점) 신청법인이 쟁점금액을 고유목적사업준비금으로 설정하여 비영리사업회계에 전출한 시점에 쟁점금액 전액이 고유목적사업에 지출된 것으로 볼 수 있는지 여부 (예비적 쟁점) 이자상당액을 납부세액에 가산하지 않아야 한다는 신청 주장의 당부
• 나. 관련법령 1) 법인세법 제4조 【과세소득의 범위】

③ 제1항제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다. 2) 법인세법 제29조 【고유목적사업준비금의 손금산입】

① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 그 법인의 고유목적사업이나 제24조제3항제1호에 따른 일반기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 합계액(제2호에 따른 수익사업에서 결손금이 발생한 경우에는 제1호 각 목의 금액의 합계액에서 그 결손금 상당액을 차감한 금액을 말한다)의 범위에서 그 계상한 고유목적사업준비금을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다. <개정 2018.12.24, 2020.12.22, 2022.12.31>

• 가. 소득세법 제16조제1항 각 호(같은 항 제11호에 따른 비영업대금의 이익은 제외한다)에 따른 이자소득의 금액
• 나. 소득세법 제17조제1항 각 호에 따른 배당소득의 금액. 상속세 및 증여세법 제16조 또는 제48조에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식등으로부터 발생한 배당소득의 금액은 제외한다.
• 다. 특별법에 따라 설립된 비영리내국법인이 해당 법률에 따른 복지사업으로서 그 회원이나 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액

2. 그 밖의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률에 따라 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액

② 제1항을 적용할 때 주식회사 등의 외부감사에 관한 법률 제2조제7호 및 제9조에 따른 감사인의 회계감사를 받는 비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 제60조제2항제2호에 따른 세무조정계산서에 계상하고 그 금액 상당액을 해당 사업연도의 이익처분을 할 때 고유목적사업준비금으로 적립한 경우에는 그 금액을 결산을 확정할 때 손비로 계상한 것으로 본다. <신설 2018.12.24>

③ 제1항에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 비영리내국법인이 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업연도의 고유목적사업준비금부터 차례로 상계(相計)하여야 한다. 이 경우 고유목적사업등에 지출한 금액이 직전 사업연도 종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과한 경우 초과하는 금액은 그 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 본다. <개정 2018.12.24>

④ 제1항에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 비영리내국법인이 사업에 관한 모든 권리와 의무를 다른 비영리내국법인에 포괄적으로 양도하고 해산하는 경우에는 해산등기일 현재의 고유목적사업준비금 잔액은 그 다른 비영리내국법인이 승계할 수 있다. <개정 2018.12.24>

⑤ 제1항에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우 그 잔액(제5호의 경우에는 고유목적사업등이 아닌 용도에 사용한 금액을 말하며, 이하 이 조에서 같다)은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다. <개정 2014.1.1, 2018.12.24, 2022.12.31>

1. 해산한 경우(제4항에 따라 고유목적사업준비금을 승계한 경우는 제외한다)

2. 고유목적사업을 전부 폐지한 경우

국세기본법 제13조제3항 에 따라 승인이 취소되거나 거주자로 변경된 경우

4. 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업등에 사용하지 아니한 경우(5년 내에 사용하지 아니한 잔액으로 한정한다)

5. 고유목적사업준비금을 고유목적사업등이 아닌 용도에 사용한 경우

⑥ 제1항에 따라 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인은 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 사업연도의 종료일 이후 5년 이내에 그 잔액 중 일부를 감소시켜 익금에 산입할 수 있다. 이 경우 먼저 손금에 산입한 사업연도의 잔액부터 차례로 감소시킨 것으로 본다. <신설 2018.12.24>

⑦ 제5항 제4호ㆍ제5호 및 제6항에 따라 고유목적사업준비금의 잔액을 익금에 산입하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 해당 사업연도의 법인세에 더하여 납부하여야 한다. <개정 2014.1.1, 2018.12.24, 2022.12.31>

⑧ 제1항은 이 법이나 다른 법률에 따라 감면 등을 적용받는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 적용하지 아니한다. <개정 2018.12.24>

⑨ 제1항을 적용하려는 비영리내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 준비금의 계상 및 지출에 관한 명세서를 비치ㆍ보관하고 이를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. <개정 2018.12.24>

⑩ 제1항부터 제5항까지의 규정에 따른 고유목적사업의 범위 및 승계, 수익사업에서 발생한 소득의 계산 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2018.12.24> 3) 법인세법 제113조 【구분경리】

① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다. 4) 국세기본법 제48조 【가산세 감면 등】

① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다. <개정 2018.12.31, 2020.12.22>

1. 제6조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경 5) 법인세법 시행령 제3조 【수익사업의 범위】

② 법 제4조제3항제5호 단서에서 "대통령령으로 정하는 수입"이란 해당 유형자산 및 무형자산의 처분일(지방자치분권 및 지역균형발전에 관한 특별법 제25조 에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다) 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 말한다. 이 경우 해당 자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 자산으로 보며, 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우에는 전입 시 시가로 평가한 가액을 그 자산의 취득가액으로 하여 처분으로 인하여 생기는 수입을 계산한다. <개정 2018.2.13, 2019.2.12, 2023.7.7> 6) 법인세법 시행령 제56조 【고유목적사업준비금의 손금산입】[시행 2018.04.01.] [제28640호,2018.02.13.]일부개정

⑤ 법 제29조제1항에서 "고유목적사업"이라 함은 당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제2조제1항의 규정에 해당하는 수익사업외의 사업을 말한다.

⑥ 법 제29조제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다. 다만, 비영리내국법인이 고정자산 취득 후 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업이나 보건업[보건업을 영위하는 비영리내국법인(이하 이 조에서 "의료법인"이라 한다)에 한정한다]에 3년 이상 고정자산을 직접 사용하지 아니하고 처분하는 경우에는 제1호 또는 제3호의 금액을 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보지 아니한다.

1. 비영리내국법인이 해당 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 유형자산 및 무형자산 취득비용(제31조제2항에 따른 자본적 지출을 포함한다) 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액

⑦ 법 제29조제5항에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액"이란 제1호의 금액에 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

1. 당해 고유목적사업준비금의 잔액을 손금에 산입한 사업연도에 그 잔액을 손금에 산입함에 따라 발생한 법인세액의 차액

2. 손금에 산입한 사업연도의 다음 사업연도의 개시일부터 익금에 산입한 사업연도의 종료일까지의 기간에 대하여 1일 1만분의 3의 율 7) 법인세법 시행규칙 제76조 【비영리법인의 구분경리】

③ 비영리법인이 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전출한 경우 그 자산가액은 자본의 원입으로 경리한다. 이 경우 자산가액은 시가에 의한다.

④ 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우 그 자산가액중 수익사업의 소득금액(잉여금을 포함한다)을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 한다. 이 경우 조세특례제한법 제74조제1항제1호 의 규정을 적용받는 법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다. 8) 조세특례제한법 제74조 【고유목적사업준비금의 손금산입특례】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인에 대해서는 2025년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지 법인세법 제29조 를 적용하는 경우 같은 조 제1항제2호에도 불구하고 해당 법인의 수익사업(이 항 제4호 및 제5호의 경우에는 해당 사업과 해당 사업 시설에서 그 시설을 이용하는 자를 대상으로 하는 수익사업만 해당하고, 제6호의 체육단체의 경우에는 국가대표의 활동과 관련된 수익사업만 해당한다)에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다.

1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인

• 가. 사립학교법에 따른 학교법인 9) 법인세법 기본통칙 113-156…3【비영리법인의 잉여금의 범위】

① 규칙 제76조 제4항의 규정에서 ¨잉여금¨이라 함은 이미 법인세가 과세된 소득(법 및 조세특례제한법에 의하여 비과세되거나 익금불산입된 금액을 포함한다)으로서 수익사업부문에 유보되어 있는 금액을 말한다.

② 규칙 제76조 제4항의 규정을 적용함에 있어 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 비영리사업에 지출한 때에는 당해 자산가액을 다음 각호에 규정하는 금액과 순차적으로 상계처리하여야 한다.

1. 고유목적사업준비금 중 법 제29조의 규정에 의하여 손금산입된 금액(같은조 제2항 후단의 금액을 포함한다)

2. 고유목적사업준비금 중 손금부인된 금액

3. 법인세과세후의 수익사업소득금액(잉여금을 포함한다)

10) 사립학교법 제28조 【재산의 관리 및 보호】

① 학교법인이 그 기본재산을 매도·증여·교환 또는 용도변경하거나 담보에 제공하고자 할 때 또는 의무의 부담이나 권리의 포기를 하고자 할 때에는 관할청의 허가를 받아야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경미한 사항은 이를 관할청에 신고하여야 한다. 11) 상속세 및 증여세법 제48조 【공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입등】

② 세무서장등은 제1항 및 제16조제1항에 따라 재산을 출연받은 공익법인등이 다음 제1호부터 제4호까지, 제6호 및 제8호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 날에 대통령령으로 정하는 가액을 공익법인등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고, 제5호 및 제7호에 해당하는 경우에는 제78조제9항에 따른 가산세를 부과한다. 다만, 불특정 다수인으로부터 출연받은 재산 중 출연자별로 출연받은 재산가액을 산정하기 어려운 재산으로서 대통령령으로 정하는 재산은 제외한다.

4. 출연받은 재산을 매각하고 그 매각대금을 매각한 날부터 3년이 지난 날까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 사용하지 아니한 경우 12) 상속세 및 증여세법 시행령 제38조 【공익법인등이 출연받은 재산의 사후관리】

④ 법 제48조제2항제4호에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 사용하지 아니한 경우"란 매각한 날이 속하는 과세기간 또는 사업연도의 종료일부터 3년 이내에 매각대금 중 직접 공익목적사업에 사용한 실적(매각대금으로 직접 공익목적사업용, 수익용 또는 수익사업용 재산을 취득한 경우를 포함하며, 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제31조 에 따른 공시대상기업집단에 속하는 법인과 같은 법 시행령 제4조제1호에 따른 동일인 관련자의 관계에 있는 공익법인등이 매각대금으로 해당 기업집단에 속하는 법인의 의결권 있는 주식등을 취득한 경우는 제외한다. 이하 이 항 및 제7항에서 같다)이 매각대금의 100분의 90에 미달하는 경우를 말한다. 이 경우 해당 매각대금 중 직접 공익목적사업용, 수익용 또는 수익사업용 재산(공익목적사업용, 수익용 또는 수익사업용 재산을 취득하기 전에 일시 취득한 재산을 제외한다. 이하 이 항 및 제7항에서 같다)을 취득한 가액이 매각대금의 사용기준에 상당하는 금액에 미달하는 경우에는 그 차액에 대하여 이를 적용 한다.

• 다. 사실관계

1. 국세청 대내포털시스템에 의하면 다음과 같은 내용이 확인된다.

• 가) 신청법인 사업자등록 내역 (그림생략)
• 나) 2019 사업연도 법인세 고지 내용 (그림생략)
• 다) 2019사업연도 법인세 경정 중 이자상당액 세부내역 (그림생략)
• 라) 2014 사업연도 법인세 신고 내용 중 일부

(1) 수입금액조정명세서 (그림생략)

(2) 고유목적사업준비금조정명세서(갑) (그림생략)

(3) 고유목적사업준비금조정명세서(을) (그림생략)

(4) 손익계산서 (그림생략)

2. 쟁점부동산의 등기사항전부증명서상 내용은 다음과 같이 나타난다. (그림생략)

3. 신청법인은 이사회의결 및 관리청허가를 받아 쟁점부동산을 매각한 후 비영리사업회계로 전출하였으며 신청법인이 제출한 서류는 다음과 같다.

• 가) 2013.12.27. 이사회 회의록 중 일부 (그림생략)
• 나) 2014.1.17. 관리청의 쟁점부동산 수익용 기본재산 처분 허가 공문 (그림생략)
• 다) 2014.2.18. 신청법인의 이사회 회의록 중 일부 (그림생략)
• 라) 2013 〜 2023 학년도 HH고등학교 법인전출금 현황

• 2014 〜 2019학년도 학교운영비, 인건비, 시설비 등 지출운영비의 합계는 총 6,921백만원으로 확인된다. (그림생략)

• 마) 공익법인세무안내 책자 (그림생략)
• 라. 판단 (주위적 쟁점) 신청법인이 쟁점금액을 고유목적사업준비금으로 설정하여 비영리사업회계에 전출한 시점에 쟁점금액 전액이 고유목적사업에 지출된 것으로 볼 수 있는지 여부 법인세법제29조 제5항 제4호에서는 비영리내국법인이 수익사업에서 발생한 소득에 대해 고유목적사업준비금으로 손금 계상한 경우, 동 금액을 손금산입한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 사용하지 아니하면 5년 내에 사용하지 아니한 잔액에 한정하여 익금에 산입한다고 규정하고 있다. 신청법인은 고유목적사업준비금으로 설정하여 손금에 산입한 후 비영리사업회계(정기예금 예치)로 정기예금으로 전출하였기에 이는 법인세법 시행규칙제76조 제4항에 따라 비영리(고유목적)사업에 지출한 것으로 보아야 하고, 신청법인은 당초 전출금을 수익사업에 사용할 목적이 전혀 없었으므로 처분청의 고지 처분은 부당하고 주장하나, 법인세법제29조 제5항 제4호에 의하면 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 사용하지 아니한 경우(5년 내에 사용하지 아니한 잔액으로 한다)에는 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하는 것으로 규정하고 있다. 또한 같은 법 시행령 제56조 제6항 제1호에 의하면 비영리내국법인이 당해 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 고정자산 취득비용 및 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액에 대해 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보는 것으로 명시하고 있다. 이러한 논리에서 이 건의 사실관계 등을 살펴보면, 법인세법제29조 및 같은 법 시행령 제56조의 주요규정은 기설정된 고유목적사업준비금에 대해서는 실제로 고유목적사업에만 사용하도록 강제하고 있다고 봄이 타당한 점, 신청법인이 법인세법 시행규칙제76조 제4항의 후문에 따라 고유목적사업준비금을 비영리사업회계(정기예금 예치)로 전출한 사실이 있으나법인세법제29조의 전반적인 입법취지를 감안해 볼 때 그 전출한 사실만으로 쟁점금액이 향후 고유목적사업에 사용하는지 불문하고 영구적으로 법인세 부담이 면제된다고 보기는 어려울 뿐만 아니라 고유목적사업준비금을 손금으로 산입해 주는 것 역시 전출금을 한정된 용도에 사용하지 않거나 용도 외에 사용할 경우에는 해제조건으로 하고 있다고 봄이 상당한 점(대법원 2016.7.7. 선고 2016두36154 판결 참조), 신청법인이 쟁점금액을 정기예금으로 예치하고 비영리사업회계로 전출한 것으로는법인세법제29조 및 같은 법 시행령 제56조의 주요내용에서 규정한 제한적 용도로 사용되지 아니한 사실이 명확한 이상 신청주장을 받아들이기 어려운 점, 국세청에서 발행한 공익법인세무안내(2012년 〜 2024년 현재) 책자에 따르면 고유목적사업준비금을 예금으로 예치한 것은 준비금을 사용한 것이 아니라는 예규(법규법인 2010-164, 2010.6.9.)를 계속하여 수록하고 있는 점 등, 이상의 사실관계와 법령을 종합하여 살펴보면 처분청이 신청법인에게 한 쟁점금액에 대해 익금산입하는 등 해당 법인세를 고지한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. (예비적 쟁점) 이자상당액을 납부세액에 가산하지 않아야 한다는 신청 주장의 당부 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2003. 1. 24. 선고 2002두9537 판결 등 참조). 법인세법제29조 제7항은 “고유목적사업준비금의 잔액을 익금에 산입하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 해당 사업연도의 법인세에 더하여 납부하여야 한다”고 정하고 있다. 신청법인은국세기본법제48조 제1항의 가산세 감면 규정을 이유로 이자상당액도 감면해야 한다고 주장하나,법인세법제29조 제7항은 이자상당액 가산에 대하여만 규정하고 있을 뿐 이자상당액 가산에 대한 감면규정은 법령에 규정된 바 없다. 따라서 신청법인은 고유목적사업준비금의 익금산입 사유가 해소되지 않는 이상 법인세에 이자상당액을 가산하여 납부함이 타당하다. 이상의 법령과 사실관계를 종합하여 살펴본 바, 처분청이 이자상당액을 납부세액에 가산하여 신청법인에게 고지한 이 건 법인세 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 이의신청은 신청주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법제65조 제1항 제2호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.