쟁점주식의 양도가액이 300백만원인지 여부

• 가. AAAA(이하 “신청인”이라 한다)은 보유하던 BBBB(이하 “쟁점법인”이라 한다)의 발행주식 전부인 30,000주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 2021.8.10. CCCC(이하 “양수인”이라 한다)에게 300백만원에 양도한다는 주식양도양수 계약을 체결하고, 2021.8.10. 100백만원, 2021.8.19. 200백만원 합계 300백만원을 양도가액으로 수령하였으며, 2022.6.1. 양도가액 300백만원, 취득가액 300백만원으로 양도소득세를 기한 후 신고하였다.
• 나. DDDDDD(이하 “조사청”라 한다)은 2023.8.16.부터 2023.11.17.까지 신청인과 양수인에 대해서는 주식변동조사를, 쟁점법인에 대해서는 법인사업자 통합조사를 실시하고, 신청인이 쟁점법인에 변제해야 할 가지급금 3,397백만원(이하 “쟁점가지급금”이라 한다)을 양수인이 승계한 것으로 보아 쟁점가지급금과 현금수령액 300백만원을 합한 3,697백만원을 쟁점주식의 양도가액으로 판단하였고 이에 EEEEEE(이하 “처분청”이라 한다)은 2024.3.8. 신청인에게 2021년 과세연도 양도소득세 946,694,281원을 과세하였다.
• 다. 신청인은 이에 불복하여 과세전적부심사청구 거쳐 2024.4.29. 이의신청을 제기하였다.

신청인의 계좌를 확인한 결과 2013.7.25.부터 2015.12.31.까지 쟁점법인의 신청인에 대한 가수금 6,583백만원이 확인되고, 2017 사업연도, 2021 사업연도 가지급금 중 947백만원은 쟁점법인의 부실채권과 장기임대료를 가지급금으로 대체한 금액으로 가지급금에서 제외되어야 하므로 양도 당시 실제 쟁점법인의 신청인에 대한 가지급금은 없는 것으로 확인되고, 쟁점법인의 양도양수계약서상 경영권 및 자산 등을 포괄적으로 포함한 양도가액은 300백만원이고, 실제 현금수령액도 300백만원이므로 쟁점주식의 양도가액은 300백만원이다.

• 가. 신청인의 쟁점주식 취득 및 양도 관련 사건 개요는 다음과 같다.

1. 2013.7.25. 신청인은 FFFF(이하 “당초양도자”라고 한다)로부터 쟁점법인을 인수하였다.

• 가) 2013.7월 시행사인 주식회사 GGGG(대표이사 HHHH(신청인의 母이하 “HHHH”이라 한다), 이하 “GGGG”이라 한다)과 시공사인 합자회사 IIIIII(대표이사 JJJJ, 이하 “IIIIII”이라 한다)은 남원시 월락동 공동주택 신축 공사를 진행하기 위해 공동사업약정서를 체결하였으나,
• 나) IIIIII 측에서는 주택임대사업의 실적있는 시행사를 원하여 신청인과 HHHH은 실적있는 법인을 물색하였고, 실적있는 법인인 쟁점법인을 신청인과 LLL(신청인의 兄, 신청인과 함께 “신청인 등”이라 한다)이 인수하기로 계획하였다.
• 다) 신청인 등은 쟁점법인의 주식 전부를 양수하고자 하였으나, 자금이 부족하여 GGGG, HHHH 등으로부터 자금을 차입하여 쟁점법인의 M&A를 주선하는 중개업자인 MMMM(이하 “MMMM”이라 한다)에게 쟁점법인의 주식 취득자금 515백만원을 지급하였고, MMMM은 해당 자금 중 500백만원을 당초양도자에게 지급하였다.

2. 신청인은 공공주택 특별법이 변경됨에 따라 쟁점법인의 매각을 추진하였다.

• 가) IIIIII의 특수관계법인인 NNNNNN(이하 “NNNNNN”이라 한다)와 PPPPPP(이하 “PPPPPP”이라 하고, NNNNNN과 PPPPPP을 함께 “IIIIII 계열사”라 한다)은 00시 00동 00-00번지 토지의 매매계약을 체결하였으며, 쟁점법인은 신청인 등과 GGGG을 통해 자금을 마련한 후 NNNNNN과 PPPPPP이 체결한 계약을 승계하였다.
• 나) 쟁점법인은 신청인 등과 GGGG을 통하여 마련한 자금을 원천으로 2016.4.15. 00시 00동 00-00번지 토지에 GGGGGGG 아파트 207세대(이하 “쟁점임대주택”)를 장기임대목적주택으로 준공한 후 임대중에 있다.
• 다) 신청인은 향후 쟁점임대주택의 분양전환을 통하여 이익이 발생하길 기대하고 있었으나, 공공주택특별법이 개정되어 추가적인 자금 없이는 분양을 통한 이익의 실현이 어려워지고 오히려 손실이 발생할 수도 있게 됨에 따라 쟁점법인의 매각을 추진하였다. (그림생략)

3. 2021.8.10. 신청인은 쟁점주식을 양수인에게 300백만원에 양도하였다.

• 가) 2021.8.9. 신청인은 쟁점주식의 양도와 관련하여 양수인의 발굴, 협상 대리 등 양도와 관련된 일련의 과정을 중개인인 QQQQ(이하 “QQQQ”이라 한다)에게 대리하는 법인 양도․양수 관련 용역계약을 300백만원에 체결하였고, 이에 따라 쟁점법인의 매각을 진행하였다.
• 나) 신청인은 양수인에게 QQQQ을 통해 쟁점법인의 자산․부채․자본․경영권 등 일체를 양수인에게 넘기는 대가로 쟁점주식의 양도가액을 300백만원으로 결정 하였다.
• 다) 이에 따라 2021.8.10. 신청인과 양수인은 쟁점주식 및 경영권의 대가를 300백만원으로 하는 주식매매계약을 체결하였고, 신청인은 그에 따라 2021.8.10. 계약금 100백만원, 2021.8.19. 잔금 200백만원을 수령하였다.
• 나. 쟁점법인의 재무상태표에서 확인되는 2013.7.25.부터 2015.12.31.까지의 가지급금 및 가수금 내역은 신청인 00은행 계좌에서 확인한 가지급금, 가수금 내역과 다르므로 신청인의 가수금은 과소계상, 쟁점가지급금은 과다계상되었다.
• 다. 조사청은 2016년〜2021년 동안 쟁점법인의 신청인에 대한 가지급금을 3,397백만원으로 판단하여 쟁점주식 양도가액을 산정하였으나, 2013.7.25.부터 2015.12.31.까지 주거래 은행인 00은행 계좌(122-****, 이하 “신청인 00은행 계좌”라고 한다)에서 쟁점법인의 계좌로 입출금된 내역의 입금액과 출금액의 차액인 6,583백만원은 쟁점법인의 신청인에 대한 가수금으로 가수금을 반영하면 양도당시 가지급금은 없다.

1. 쟁점법인은 신청인 등의 가수금을 바탕으로 주택임대사업을 시작하였으나, 신청인의 세법적인 무지와 기장관리 부실로 인하여 회계처리를 적절하게 하지 못하였을 뿐 2013.7.25.부터 2015.12.31.까지 쟁점법인의 신청인에 대한 가수금은 6,583백만원이다. < 신청인 00은행 계좌 입출금 내역 > (그림생략)

2. 조사청은 신청인이 가수금이라고 주장하는 금액은 신청인 명의의 전체계좌가 아닌 신청인 00은행 계좌에서 쟁점법인 계좌로 거래된 내역이므로 이를 가수금으로 인정할 수 없다고 주장하나, 2013.7.25.부터 2015.12.31.까지 신청인은 신청인 00은행 계좌로만 쟁점법인과 금융거래를 하였고, 이는 조사청이 조사한 금융거래내역에서 확인되며, 신청인 명의의 다른 계좌 상세내역에서도 확인된다. < 신청인 명의 계좌 내역 및 잔액 > (그림생략)

3. 조사청은 신청인 00은행 계좌 입출금내역에서 신청인이 쟁점법인으로 출금한 금액 중 다음 금액은 HHHH과 RRRR의 주식취득자금과 IIIIII의 공통투자금이므로 가수금에 해당하지 않는다고 주장하나, (그림생략)

• 가) 2013.8.28.부터 2013.10.23.까지 신청인이 쟁점법인에 지급한 1,320백만원은 토지의 취득자금으로 사용되었으므로 쟁점법인의 신청인에 대한 가수금이다.

(1) 주식취득자금은 500백만원으로 이미 MMMM을 통해 당초양도자에게 지급되었으므로 조사청이 주장하는 1,320백만원은 주식취득자금이 아니다. < 주식취득자금 내역> (그림생략)

• 나) 2013.8.29. 신청인이 쟁점법인에 지급한 1,000백만원은 최초 GGGG으로부터 지급받은 금액이므로 공동투자금이 아니라 쟁점법인의 신청인에 대한 가수금이다.

(1) 조사청은 PPPPPP과 NNNNNN이 1,000백만원을 지급하여 IIIIII, 신청인을 거쳐 쟁점법인에 귀속되었으므로 공동투자금이라 판단하였으나, 실제로는 GGGG이 PPPPPP에 434백만원, NNNNNN에 565백만원을 지급하여 IIIIII, 신청인을 거쳐 쟁점법인에 귀속되었다.

(2) GGGG이 2013.7.16. PPPPPP에 434백만원, NNNNNN에 565백만원을 지급하였음이 다음 거래확인증에 의해 확인된다. (그림생략)

• 라. 쟁점가지급금 중 2017년 268백만원과 2021년 679백만원은 회계처리 오류로 인해 가지급금으로 계상되었으므로 쟁점가지급금에서 제외되어야 한다. < 회계처리 오류 사항 > (그림생략)

1. 부실채권 268백만원을 가지급금으로 대체한 사유

• 가) 신청인이 쟁점법인을 인수하기 전인 2013.9.30. 쟁점법인은 케이비바이오 주식회사에게 671백만원의 매출세금계산서를 발행한 후, 100백만원만 회수하고 나머지는 회수하지 못하였다.
• 나) 신청인이 쟁점법인을 인수한 이후 케이비바이오 주식회사가 부도처리됨에 따라 회수하지 못한 금액에 대하여 일부는 외상매입금으로 대체하였고, 268백만원은 가지급금으로 대체하였으므로 268백만원은 가지급금이 아닌 대손금에 해당한다. (그림생략)

2. 장기임대보증금 679백만원을 가지급금으로 계상한 사유

• 가) 2017.11.22. 쟁점법인은 IIIIII에 1,380백만원을 지급하였으나 IIIIII이 세금계산서를 발행하지 않음에 따라 증빙없는 지출로 판단하여 외상매입금 회수 282백만원, 장기임대보증금 설정 1,098백만원으로 회계처리하였다. (그림생략)
• 나) 2021.1.1. 장기임대보증금의 회계상 장부금액과 실제 장기임대보증금이 일치하지 않자 실제 장기임대보증금 금액과 일치시키기 위하여 장기임대보증금 679백만원을 차감하고 임시가계정과목 가지급금 679백만원을 계상하였으므로 가지급금이 아니다.
• 마. 신청인이 쟁점법인의 주식을 양수할 당시에는 당초양도자로부터 가지급금을 승계받지 않았으나 조사청은 쟁점주식의 양도시점에는 신청인이 쟁점법인에 변제하여야 할 가지급금을 양수인에게 승계한 것으로 보아 쟁점가지급금을 양도대가에 포함하였으므로, 신청인이 당초양도자로부터 쟁점법인 주식 양수 시 2013 사업연도 가지급금 등 인정이자 조정명세서에서 확인되는 가지급금 1,873백만원도 승계받은 것으로 보아 쟁점주식의 취득가액에 포함되어야 한다.

1. 신청인은 쟁점법인의 주식 양수시 당초양도자의 가지급금 1,873백만원도 승계하였다. 2013 사업연도의 쟁점법인의 가지급금 등의 인정이자 조정명세서에 의해 당초양도자의 가지급금이 변제되면서 동시에 신청인의 가지급금이 발생하였음이 확인된다.

2. 조사청은 신청인이 쟁점법인에 변제해야 할 쟁점가지급금을 양수인이 승계받는 조건으로 쟁점주식을 양도했기 때문에 양수인이 승계받은 쟁점가지급금을 양도대가에 포함하여 과세해야한다면, 신청인이 당초양도자로부터 승계받은 쟁점주식 양수당시의 가지급금 역시 취득가액에 반영되어야 한다.

• 바. 주식양도양수계약서상 쟁점주식 양도대금 산정시 가지급금을 쟁점법인의 자산으로 고려하지 않았고 쟁점법인에 대한 일체의 권리와 의무를 포함한 쟁점주식의 양도가액을 300백만원으로 정하였으므로 쟁점가지급금을 주식양도대금에 포함한 처분은 부당하다.

1. 계약서의 어느 곳에서도 가지급금 승계조건에 대한 내용은 명시되어 있지 않고, 이는 신청인과 양수인의 진술내용에서도 확인된다. (그림생략)

2. 조사청은 신청인의 “2021.6.30. 기준 가지급금 72억원을 양수자가 인수하는 조건으로 넘겼습니다. 그러니까 제가 3억원에 판 것이죠”라는 진술을 바탕으로 쟁점가지급금을 양도대가라고 판단하고 있으나, 신청인은 단순히 쟁점주식과 가지급금을 양수인에게 양도한 것이 아니고 쟁점법인의 임대주택 분양수익 등 사업에 대한 일체의 권리와 의무를 포함하여 쟁점주식을 300백만원에 양도하였다.

• 가) 신청인은 주식양도양수계약서에 따라 쟁점법인에 대한 일체의 권리와 의무에 대한 양도가액을 3억원으로 정했고, 주식양도양수계약서 제5조【경영권의 이전】에 경영권과 채무의 면책적 인수가 규정되어 있기 때문에 가지급금을 당연히 양수인이 인수하는 것으로 판단했을 뿐이지 별개의 독립된 거래로 판단한 사실이 없으며, 이는 신청인의 진술을 통해서도 알 수 있다. (그림생략)
• 나) 양수인 측 역시 쟁점주식 거래시 쟁점법인의 재무제표를 파악했고, 이를 토대로 양도가액을 300백만원으로 정했기 때문에 가지급금을 반영하여 양도가액을 300백만원으로 산정하였음이 신청인의 진술서를 통하여 확인된다. (그림생략)
• 다) 양수인은 쟁점임대주택을 분양전환시 이익을 10,330백만원으로 예상하였고, 쟁점법인이 2021.6.30. 가결산한 가지급금 8,046백만원과 현금지급한 양도가액 300백만원을 차감하더라도 쟁점주식 거래를 통하여 1,984백만원의 이익을 얻을 수 있다고 판단하였다. 신청인은 양도가액 산정시 향후 분양이익 등 쟁점법인의 제반사항을 종합적으로 검토한 실질적 가치를 반영하여 300백만원으로 정하였고, 양수인은 쟁점법인의 재무제표에 따른 자산, 부채, 자본과 경영권을 감안하더라도 예상이익이 크기 때문에 합의하여 주식양도양수계약을 체결한 것이다. 신청인 입장에서는 쟁점임대주택을 분양전환 시 얻을 이익 10,330백만원에서 가결산한 가지급금 8,046백만원을 차감하더라도 1,984백만원의 이익이 있는 쟁점법인의 주식을 300백만원에 양도했기 때문에 저가 양도에 해당하고, 신청인의 진술서를 통하여도 양수인이 저가양도에 따른 증여세를 고려한 사실을 알 수 있다. (그림생략)
• 라) 결과적으로 신청인은 쟁점법인의 미래가치와 재무제표 등을 고려하여 쟁점주식과 경영권에 대한 양도가액을 300백만원으로 결정했을 뿐이고, 쟁점주식의 양도와 쟁점가지급금의 채무변제를 독립된 거래로 판단하여 거래한 사실이 없다.
• 마) 조사청은 신청인의 진술을 바탕으로 양수인이 가지급금을 승계받는 조건으로 쟁점주식을 양도했다고 주장하지만, 신청인의 진술에 따르면 가지급금을 포함한 향후 발생할 분양이익 등을 고려하여 양도했기 때문에 단순한 가지급금 승계조건 계약이 아니므로 쟁점주식 양도가액은 300백만원이고 쟁점가지급금을 양도가액에 포함하여 과세한 처분은 잘못된 처분이다.
• 바) 구소득세법(2019. 12. 31. 법률 제16834호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제96조 제1항은 자산의 양도가액은 ‘양도 당시 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액(실지거래가액)’으로 규정하고 있고, 같은 법 제95조 제1항은 ‘양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(양도가액)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(양도차익)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다’고 규정하고 있다. 이때 양도소득세액을 산출하는 기초가 되는 당해 자산의 실지거래가액이란 거래당시 자산을 취득 또는 양도하고 그 대가로 수수한 금액으로서 매매계약 기타 증빙자료에 의하여 객관적으로 인식되는 가액을 말한다(대법원 2012.2.9. 선고, 2010두27592 및 부산지방법원 2021.12.2. 선고, 2021구합679 판결 참조).
• 사) 또한 신청인과 양수인은 특수관계자에 해당하지 않음에 따라 쟁점주식거래를 통해 경제적 이익을 분여할 이유가 없고, 양도가액 300백만원은 신청인과 양수인이 중개인을 통해 독립적인 관계에서 가격협상을 통해 결정된 정상적인 가격에 해당한다.
• 사. 처분청 의견에 대한 항변자료

1. 조사청은 신청인이 당초양도자로부터 쟁점법인의 주식을 양수받을 때 당초양도자의 가지급금 1,873백만원을 승계받았다고 주장하나, 이에 따른 근거를 제시하지 않고 있다. 또한 신청인과 당초양도자는 쟁점법인의 주식 매매거래시 500백만원에 매매계약을 하였고 쟁점법인의 가지급금은 승계받지 않았으며, 당초양도자가 신청인이 가지급금을 승계한 것으로 보아 양도소득세가 부과된 사실도 없다. 또한 신청인은 쟁점법인의 주식을 양수할 당시 쟁점주식의 저가 양수에 따른 증여세를 기한 후 신고하였고 과세관청은 신고내용대로 결정하였으므로 당초양도자의 가지급금 1,873백만원을 승계 받지 않았다.

2. 조사청은 2017, 2021 사업연도의 가지급금이 잘못 계상되었다는 신청인의 주장에 대하여 별다른 근거없이 이유없다고 주장하고 있다.

3. 쟁점법인 및 신청인의 입출금내역 중 신청인이 쟁점법인으로 입금한 내역이 아래와 같이 확인되므로 68백만원을 가수금에 포함하여 쟁점가지급금을 재산정하여야 한다. (그림생략)

4. 또한 신청인은 쟁점법인의 2021.6.1. 납세의무가 성립한 재산세에 대하여 2차분 재산세 납기일 도래전에 쟁점법인의 주식을 양수인에게 양도하였다. 쟁점법인은 2차분 재산세를 납부하지 않아 체납되었고, 신청인이 2024.4.29. 2차납세의무자로 지정되어 쟁점법인의 재산세를 대신 납부하여야 하므로 재산세 25백만원을 가수금으로 보아 쟁점가지급금을 재산정하여야 한다.

쟁점법인과 신청인의 금융거래내역을 확인한 결과 신청인이 주장하는 가수금에는 신청인의 주식취득대금과 유상증자대금이 포함되거나 다수의 입출금내역이 누락되어 있어 신청인이 주장하는 가수금과 가지급금은 신뢰할 수 없고, 신청인은 쟁점법인에 변제해야 할 신청인의 가지급금을 양수인이 승계하는 조건으로 쟁점주식을 양도하였음이 신청인과 양수인의 조사 당시 진술에 의해 확인되므로 양수인이 승계한 쟁점가지급금 3,397백만원과 현금수령한 300백만원을 합한 3,697백만원을 쟁점주식의 양도가액으로 한 처분은 정당하다.

• 가. 신청인은 2013.7.25.부터 2015.12.31.까지 신청인 등이 쟁점법인에 지급한 가수금은 6,583백만원이나 2015 사업연도 장부상 가수금은 2,585백만원이므로 가수금 3,998백만원이 과소 계상되어 이를 반영하여 쟁점가지급금을 재산정하면 쟁점법인의 양도 당시 신청인에 대한 가지급금은 없다고 주장하나, 신청인이 주장하는 가수금에는 신청인의 주식취득대금과 유상증자대금이 포함되어 있어 신뢰할 수 없다.

1. 신청인이 2013.7.25.부터 2015.12.31.까지 쟁점법인에 입금하였다고 주장한 7,954백만원에는 신청인의 주식취득대금 1,873백만원과 유상증자대금 1,100백만원이 포함되어 있다.

• 가) 신청인은 2013.7.25. 법인을 인수할 당시 당초양도자의 쟁점법인에 대한 가지급금 1,873백만원을 승계하는 조건으로 주식을 양수하였다.

(1) 쟁점법인은 신청인과 HHHH, RRRR이 2013.8.1.부터 2013.8.29.까지 쟁점법인 계좌에 입금한 2,450백만원을 쟁점법인이 가지급금을 회수한 것으로 회계처리하였으며 이는 가지급금원장에서 확인된다. 즉, 신청인이 승계받은 쟁점법인의 주식을 양수할 당시 가지급금을 쟁점법인에 변제한 것이므로 신청인이 쟁점법인에 입금한 금액 중 1,873백만원은 가수금이 아니라 신청인의 주식 취득대금으로 보아야 한다.

(2) 2013 사업연도 가지급금 등의 인정이자 조정명세서(을) (그림생략)

• 나) 2015.6.24. 쟁점법인이 200,000주를 액면가액으로 균등유상증자하는 과정에서 신청인이 배정받은 110,000주에 대한 유상증자 대금 1,100백만원을 신청인은 쟁점법인에 입금하였으므로 가수금이 아니다. < 쟁점법인의 금융거래 중 신청인이 유상증자대금을 입금한 내역 > (그림생략)
• 다) 신청인이 쟁점법인에 입금한 금액 중 일부는 주식취득대금과 유상증자 대금으로 확인되며 조사청이 쟁점법인의 계좌거래내역에 의해 확인한 2015 사업연도 말 가수금은 1,505백만원이고, 이는 2015년 재무상태표상 가수금 2,585백만원보다도 더 적으므로 가수금은 과소계상되지 않았다. < 쟁점법인의 금융거래내역 중 신청인과 쟁점법인의 입출금내역 > (그림생략)

2. 신청인이 가수금의 근거로 제시한 2013.7.25.부터 2015.12.31.까지의 입금액 7,954백만원은 조사청이 신청인과 쟁점법인간의 입출금내역으로 확인한 입금액 8,370백만원보다 적으며, 조사청은 입출금내역의 입금사유 등을 확인하여 2015 사업연도말 가수금을 1,505백만원으로 확정하였다. < 신청인과 조사청의 입금액(신청인 -> 쟁점법인 입금) 비교 > (그림생략) < ③ 차이금액에 대한 내역 > (그림생략)

3. 신청인이 가지급금의 근거로 제시한 2013.7.25.부터 2015.12.31.까지 출금액 13,371백만원은 조사청이 확인한 출금액 3,892백만원보다 적다. < 신청인과 조사청의 출금액(쟁점법인->신청인 입금액) 비교 > (그림생략) < ③ 차이금액에 대한 내역 > (그림생략)

• 나. 쟁점주식의 양도가액은 신청인이 실제 수령한 300백만원에 양수인이 승계받은 쟁점법인의 신청인에 대한 가지급금 3,397백만원을 합한 3,697백만원이다.

1. 신청인은 조사 당시 “2021.6.30. 기준 가지급금 72억원을 양수자가 인수하는 조건으로 넘겼습니다. 그러니까 제가 3억원에 판 것이죠”라고 진술하였고, 이는 신청인이 쟁점법인에 변제해야 할 가지급금을 양수자가 승계하였음을 나타내므로 쟁점가지급금은 양도가액에 포함되어야 한다. (그림생략)

2. 양수자와 양수자의 회사동료인 UUUU의 조사당시 진술에서도 쟁점주식의 양도가액에 쟁점가지급금을 포함하여 승계받았음이 확인된다. (그림생략)

3. 신청인은 쟁점주식을 양도한 후 조사종결일까지 쟁점법인에게 가지급금에 대한 인정이자를 지급하거나 가지급금을 상환한 사실이 없다. (그림생략)

4. 결론 가)소득세법제96조 제1항에서는 “자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다”고 정하고 있고, 동법 제88조 제5호에서는 “"실지거래가액"이란 자산의 양도 또는 취득 당시에 양도자와 양수자가 실제로 거래한 가액으로서 해당 자산의 양도 또는 취득과 대가관계에 있는 금전과 그 밖의 재산가액을 말한다”고 정하고 있으며,

• 나) 또한국세기본법제14조 제2항에서는 “세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다”고 정하고 있다.
• 다) 쟁점주식의 양도양수계약서에 쟁점가지급금을 양수자가 승계받기로 했다는 내용이 기재되지 않았다고 하더라도 쟁점가지급금을 실제 승계받았으므로 그 실질은 양도대가에 해당한다.
• 다. 신청인은 쟁점주식을 양수당시 당초양도자로부터 승계한 가지급금 1,873백만원을 취득가액에 반영하여 달라고 주장하나, 쟁점법인의 가지급금을 포함한 자산 등은 물적분할신설된 ㈜GGGG종합건설으로 이전된 것으로 추정되어 쟁점주식 1주당 취득가액은 10,000원이므로 쟁점주식의 취득가액은 300백만원이다.

1. 쟁점법인의 주식취득일자에 따른 1주당 취득가액 (그림생략)

2. 2013.7.25. 쟁점법인을 신청인 등이 인수할 당시 쟁점법인의 주식수는 신청인 66,000주(55%), LLLL 54,000주(45%)였으며, 신청인 등이 현금으로 당초양도자에게 지급한 금액은 500백만원이고 승계받은 당초양도자의 가지급금은 1,873백만원으로 1주당 취득가액은 19,873원이다.

3. 2015.6.24. 쟁점법인은 200,000주를 균등유상증자하였고 신청인이 110,000주(55%)를 배정받음에 따라, 신청인이 보유한 1주당 평균취득가액은 13,669원이다.

4. 2016.4.14. 신청인은 LLLL이 보유한 쟁점법인의 주식 144,000주(45%)를 1,480백만원(1주당 10,277원)에 매매로 취득함에 따라 1주당 주식취득가액은 12,142원이다. < 쟁점법인의 주주별 주식 등 변동 내역 > (그림생략)

5. 2013.3.25. 신청인은 쟁점법인의 주식을 취득할 당시 건설업/토목건축에 대하여 가치가 있는 것으로 판단하여 양수하였고, 2017.7.11. 쟁점법인은 건설업/토목건축 부분을 물적 분할하는 과정에서 주식 150,000주를 액면가액으로 감자하였고, 그 자금으로 ㈜GGGG종합건설을 설립하였으며 ㈜GGGG종합건설이 설립됨에 따라 당초양도자의 가지급금은 ㈜GGGG종합건설로 이전되어 쟁점법인의 1주당 가액은 10,000원이다.

• 라. 항변서에 대한 의견

1. 신청인은 쟁점법인의 주식을 양수할 당시 당초양도자의 가지급금 1,873백만원을 승계받지 않았다고 주장하나, 신청인 등이 당초양도자의 가지급금을 승계받은 것이 가지급금 원장을 통하여 확인된다.

• 가) 신청인 등이 쟁점법인의 발행주식 전부를 2013.7.25. 양수한 후 2013.8.1.부터 2013.8.29.까지 신청인 등과 쟁점법인 간의 입출금 내역은 가지급금과 가지급금회수로 회계처리 되었으며, 이는 가지급금원장으로 확인된다. (그림생략)
• 나) 신청인 등이 쟁점법인의 당초양도자에 대한 가지급금을 승계받지 않았다면 쟁점법인은 당초양도자로부터 가지급금을 회수하여야 함에도 회수한 사실이 없다.
• 다) 또한 신청인이 승계받은 당초양도자의 가지급금을 신청인의 쟁점주식 취득원가로 인정하여 달라고 주장하고 있는 점으로 보아 쟁점법인의 당초양도자에 대한 가지급금은 신청인에게 승계되었다.
• 라) 따라서 신청인이 2013.8.1.부터 2013.8.29.까지 쟁점법인에 입금한 금액은 쟁점법인의 주식 취득시 당초양도자로부터 승계 받은 가지급금을 변제한 금액이므로 가수금으로 볼 수 없다.

2. 신청인은 2017 사업연도 268백만원, 2021 사업연도 679백만원 합계 947백만원은 가지급금이 아니므로 쟁점가지급금에서 제외하여야 한다고 주장하나,

• 가) 신청인은 2017, 2021 사업연도 947백만원과 관련하여 당초 매출이 발생한 사유라든지 회계처리 등에 대한 근거는 제시하지 않고 쟁점가지급금에서 제외하여아 한다고만 주장하고 있다.

3. 신청인은 2013.8.22.부터 2014.9.25.까지 IIIIII이 쟁점법인에 신청인을 입금자로 하여 24회 입금한 2013.7.25.부터 2015.12.31.까지의 가수금 및 가지급금 총 1,790백만원에 대해서는 쟁점법인의 가수금이라고 주장하면서, 2014.11.21.부터 2015.9.17.까지 쟁점법인이 IIIIII에 지급한 4,112백만원에 대하여는 언급하지 않고 있다.

• 가) 쟁점법인과 IIIIII 간의 금융거래 내역 (그림생략)

4. 신청인은 쟁점법인에 입금한 68백만원을 가수금으로 보아 가지급금을 재산정하여야 한다고 주장하나, 2015년 입금액 58백만원은 쟁점법인의 가수금(주임종차입금)원장에 기반영되어 있고, 2013년 입금액 20백만원은 2013 사업연도 쟁점법인의 가수금원장을 제출받지 못하여 가수금으로 기반영되었는지 확인할 수 없다.

• 가) 2015년 임직원등장기차입금 원장(해당일 발췌) (그림생략)

5. 신청인은 쟁점법인이 납부해야할 재산세 25,783천원에 대하여 가수금으로 보아 가지급금을 재계산하여야 한다고 주장하나, 양도일 이후 신청인과 쟁점법인과의 거래는 별도의 거래에 해당하고, 신청인을 쟁점법인의 2차납세의무자로 지정한 내용은 확인되나, 실제 재산세 납부 내역과 납부인을 확인할 수 있는 서류 및 쟁점법인의 회계처리에 대한 증빙서류를 제출하지 않음에 따라 신청주장 타당하지 않다.

• 가. 쟁점 쟁점주식의 양도가액이 300백만원이라는 신청주장의 당부
• 나. 관련법령 1) 소득세법 제88조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

5. "실지거래가액"이란 자산의 양도 또는 취득 당시에 양도자와 양수인이 실제로 거래한 가액으로서 해당 자산의 양도 또는 취득과 대가관계에 있는 금전과 그 밖의 재산가액을 말한다. 2) 소득세법 제96조 【양도가액】

① 제94조제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수인 간에 실지거래가액에 따른다. 3) 국세기본법 제14조 【실질과세】

① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다. <개정 2020.6.9> 4) 국세기본법 제16조 【근거과세】

① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야 한다. <개정 2020.6.9>

② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

③ 정부는 제2항에 따라 장부의 기록 내용과 다른 사실 또는 장부 기록에 누락된 것을 조사하여 결정하였을 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 적어야 한다.

• 다. 사실관계

1. 쟁점주식의 양도와 관련하여 국세청 대내포털시스템 등에서 확인되는 내역은 다음과 같다.

• 가) 쟁점법인의 사업자등록 내역 (그림생략)
• 나) 신청인은 쟁점법인의 주식 66,000주(전체 주식수의 55%)를 2013.7.25. 주당 10,000원에 취득하였다.
• 다) 이후 쟁점법인은 2016.4.15. GGGG 아파트 207세대를 준공하여 주택임대업을 영위하였으며, 2017.7.11. 사업의 일부인 건설업/토목건축을 분할하여 ㈜GGGG종합건설이 설립되었다.
• 라) 이 과정에서 쟁점법인은 증자 및 감자를 실시하였고, 그 결과 2018.12.31. 신청인은 쟁점법인의 주식 전부인 쟁점주식 30,000주를 보유하게 되었다.
• 마) 신청인은 2021.8.10. 쟁점주식을 양수인에게 300백만원에 양도한다는 주식양도양수 계약을 체결하고, 2021.8.10. 100백만원, 2021.8.19. 200백만원을 수령하였으며, 2022.6.1. 양도가액 300백만원, 취득가액 300백만원으로 양도차익 없이 양도소득세 기한 후 신고를 하였다.
• 바) 조사청은 신청인이 쟁점법인에 변제해야 할 쟁점가지급금을 양수인이 승계하는 조건으로 쟁점주식을 양도한 것으로 보아 현금수령액에 쟁점가지급금을 더한 금액을 쟁점주식의 양도가액으로 확정하여 양도소득세를 고지하였다.
• 사) 양도소득세 신고 및 경정내역 (그림생략)

2. 쟁점법인이 법인세 신고시 제출한 재무상태표상 가지급금(기타 당좌자산) 및 가수금(임직원등장기차입금) 내역, 2015 사업연도 재무상태표, 2016 사업연도 표준대차대조표 및 임직원등장기차입금 원장은 다음과 같으며, 2016 사업연도 이후 2020 사업연도까지 쟁점법인의 재무상태표상 가수금은 없는 것으로 확인된다. (그림생략) < 2015 사업연도 재무상태표> (그림생략) < 2016 사업연도 재무상태표> (그림생략) < 2016 사업연도 장기차입금 계정별 원장> (그림생략)

3. 신청인은 2013.7.25.∼2015.12.31. 신청인 00은행 계좌 내역의 입금액에서 출금액을 빼면 6,583백만원이라고 주장하며, 조사청이 제출한 입출금 내역을 확인한 바 입금액 417백만원과 출금액 2,522백만원이 누락되어 있어 이를 반영하면 신청인에서 쟁점법인으로의 입출금의 차액은 4,478백만원으로 확인된다. (그림생략)

• 가) 신청인이 제출한 2013.7.25.∼2015.12.31. 신청인 00은행 계좌 입출금 내역 (그림생략)
• 나) 조사청이 제출한 쟁점법인 계좌에서 확인되는 신청인 등과 쟁점법인의 금융거래내역 전부 (그림생략)
• 다) 신청인이 제출한 입출금 내역과 조사청이 제출한 입출금 내역의 차이(위 2)의 노란색으로 음영 처리된 누락 내역)를 정리하면 다음과 같다. (그림생략)

4. 신청인은 2013.7.25.〜 2015.12.31. 신청인 00은행 계좌 거래내역에 의해 확인되는 입출금 차액 6,583백만원을 신청인의 가수금이라고 주장하며 쟁점가지급금에서 6,583백만원을 차감하면 양도당시 실제 가지급금은 없다고 주장한다. (그림생략)

• 가) 신청인은 신청인 00은행 계좌를 제외한 다른 계좌에서는 쟁점 법인과 거래한 내역이 없으므로 신청인에 제출한 입출금 내역은 신빙성이 있다고 주장하며 신청인 명의 계좌내역 등을 제출하였다. (그림생략) 〈계좌상세내역(일부 발췌)〉 (그림생략)

5. 신청인은 2017 사업연도의 부실채권 268백만원과 2021 사업연도 장기임대보증금 679백만원이 가지급금으로 대체처리 되었으므로 쟁점가지급금에서 제외하여야 한다고 주장한다.

• 가) 2017년 1월 가지급금원장과 대체전표는 다음과 같다. (그림생략)
• 나) 2021년 1월 가지급금원장 및 대체전표는 다음과 같다. (그림생략)
• 다) 쟁점법인이 2017.11.22. IIIIII에 지급한 1,380백만원에 대해 세금계산서를 발급받지 못하여 부득이하게 2021 사업연도 장기임대보증금으로 설정하였다가 이중 679백만원을 신청인의 가지급금으로 대체하였다고 주장하며 2023. 10월 신청인은 세금계산서를 발행하지 않은 IIIIII을 국세청에 고발하였다. 〈고발장(일부 발췌)〉 (그림생략)

6. 신청인은 2021.8.10.쟁점법인의 재산세에 대하여 2차납세의무자로 지정되었으므로 납부할 재산세를 쟁점가지급금에서 제외하여야 한다고 주장한다. (그림생략)

7. 조사청은 2013.7.25.∼2015.12.31. 쟁점법인의 계좌거래내역에 의해 확인되는 입출금 차액 4,478백만원에는 신청인의 쟁점법인의 주식 취득대금과 유상증자대금 1,100백만원이 포함되어 있어 신청인이 입출금 내역 일부에 의해 주장하는 가수금은 신빙성이 없으며, 2016 사업연도 이후 재무상태표상 가수금은 없는 것으로 확인되므로 쟁점가지급금 산정시 가수금은 반영할 수 없다고 주장한다. (그림생략)

8. 2013.7월 작성한 GGGG과 IIIIII의 공동사업약정서는 다음과 같다(일부 발췌). (그림생략)

9. 2021.8.9. 신청인과 QQQQ이 작성한 쟁점법인 양도,양수 관련 용역계약서는 다음과 같다(일부 발췌). (그림생략)

10. 2021.8.10. 신청인과 양수인이 작성한 쟁점주식의 주식양도양수계약서는 다음과 같다(일부 발췌). (그림생략)

11. 조사청의 조사내역은 다음과 같다.

• 가) 주식변동조사 종결보고서(일부 발췌) (그림생략)
• 나) 법인통합조사 종결보고서(일부 발췌) (그림생략)
• 다) 가지급금 조사내용 (그림생략)
• 라) 진술서

(1) 신청인 진술서 중 일부 (그림생략)

(2) 양수인 진술서 중 일부 (그림생략)

(3) 양수인의 회사동료 UUUU 진술서 중 일부 (그림생략)

12. 사전열람결과 신청법인과 처분청의 추가의견은 아래와 같다.

• 가) 신청인 추가의견

(1) 신청인이 당초양도자로부터 가지급금을 인수하였다는 조사청의 주장은 과세관청의 처분을 신뢰한 신청인의 이익을 침해하므로 신의성실의 원칙에 반하는 주장이다. 신청인은 당초양도자로부터 쟁점법인 주식의 양수와 관련하여 저가 양수에 따른 증여 혐의에 대하여 SS세무서장으로부터 주식등 변동에 관한 해명자료 제출 안내를 받고 증여세를 기한 후 신고하였고, SS세무서장은 기한 후 신고 내용대로 결정하였다.

(2) 조사청은 신청인이 제출한 신청인 00은행 계좌의 금융거래내역 중 다수의 입출금 내역이 누락되어 있어 신청주장이 신빙성이 없다고 주장하나, 조사청이 제출한 심리자료의 출금액의 차이금액에 대한 내역에는 다음과 같이 중복 또는 오류가 있어 조사청의 주장을 신뢰할 수 없다. (가) 2015.7.2. 쟁점법인이 HHHH에게 지급한 11백만원은 HHHH이 운영하는 TT주유소에서 세금계산서를 수수하고 대금을 지급한 금액으로 확인된다. (나) 2015.7.27. 쟁점법인이 RRRR에게 3회 450백만원 총 1,350백만원을 지급하였다는 출금내역은, 실제 확인결과 1회 450백만원으로 확인된다.

(3) 조사청은 2013.8.22.부터 2014.9.25.까지 IIIIII이 쟁점법인에 신청인을 입금자로 하여 24회에 걸쳐 1,790백만원을 입금하였다고 주장하나, 신청인의 입출금내역에 따르면 이는 신청인이 쟁점법인에 입금한 금액으로 IIIIII과 무관한 일이다.

• 나) 처분청 추가의견

(1) 신청인은 쟁점법인의 주식을 양수할 당시 당초양도자의 가지급금 1,873백만원을 승계받지 않았다고 주장하나, 신청인 등이 당초양도자의 가지급금을 승계받은 것이 가지급금 원장을 통하여 확인된다.

(2) 2015.7.27. 쟁점법인이 RRRR에게 3회 450백만원 총 1,350백만원을 지급한 출금내역은 실제 1회 450백만원으로 확인되나, 조사청이 쟁점법인의 계좌거래내역에 의해 확인한 2015 사업연도 말 가수금은 1,505백만원이고, 여기에 조사청의 착오로 확인된 900백만원을 가산하더라도 장부상 가수금 2,585백만원 보다 180백만원 적음에 따라 가수금은 과소계상되지 않았다.

(3) IIIIII은 2013.8.22.부터 2014.9.25.까지 IIIIII 명의의 국민은행(57301**) 및 00은행(701010**)를 통해 24회에 걸쳐 1,790백만원을 쟁점법인에 입금하면서 입금자를 IIIIII로 기재하지 않고 신청인으로 기재하여 입금한 것이 금융거래내역을 통하여 확인된다.

• 라. 판단 (쟁점) 쟁점주식의 양도가액이 300백만원이라는 신청주장의 당부 ｢소득세법｣ 제88조 에서 “실지거래가액이란 자산의 양도 또는 취득 당시에 양도자와 양수인이 실제로 거래한 가액으로서 해당 자산의 양도 또는 취득과 대가관계에 있는 금전과 그 밖의 재산가액”으로 규정하고 있고, 일반적으로 납세의무자의 과세표준과 세액 등 신고내용에 오류 또는 탈루가 있어 이를 경정함에 있어서는 장부나 증빙 등에 의함이 원칙이겠으나 다른 자료에 의하여 그 신고내용에 오류 또는 탈루가 있음이 인정되고 실지조사가 가능한 경우에는 그 다른 자료에 의하여서도 경정할 수 있다(대법원 2007.10.26. 선고, 2006두16137 판결 참조)고 할 것인 바, 조사청은 쟁점법인의 2021.6.30. 기준 가결산한 재무상태표 및 계정별원장에서 확인되는 가지급금 8,046백만원에서 2016.1.1.부터 2021.6.30.까지 쟁점법인의 금융거래내역 등을 조사하여 분배금 및 변제금 등 가지급금이 아닌 것으로 확인되는 4,649백만원을 차감한 후 쟁점가지급금을 산정한 점, 신청인은 조사 당시 문답서에서 2021.6.30. 기준 결산서류를 양수인에게 제시하였고 가지급금을 양수인이 승계하는 조건으로 쟁점주식을 양도하였으므로 쟁점법인에 가지급금을 상환한 사실 및 변제할 의무가 없다고 진술하였으며, 양도일 이후 현재까지도 쟁점가지급금에 대한 인정이자를 지급하거나 가지급금을 상환한 사실이 없는 점, 양수인과 회사 동료 UUUU이 조사 당시 문답서에서 2020.12.31. 기준 쟁점법인의 가지급금은 11억원이라고 진술하거나 신청인이 쟁점주식을 83억원에 팔았다고 진술한 점으로 보아 신청인과 양수인은 쟁점가지급금을 포함하여 쟁점주식을 양도하였다고 봄이 합리적인 점, 쟁점법인의 2016 사업연도부터 2021 사업연도까지 재무상태표 및 계정별원장에서 가수금은 존재하지 않고, 양도일 현재 당해 법인의 자산이 재무상태표와 다른 사정이 있는 등 특별한 사유에 대한 입증책임은 납세의무자에게 있는 점, 신청인은 2013.7.25.부터 2015.12.31.까지 신청인 00은행 계좌의 입출금 내역의 차액인 6,583백만원을 가수금이라고 주장하나, 입금내역 에는 주식취득대금 1,873백만원과 유상증자 대금 1,100백만원이 포함되어 있고, 특정기간의 일부만 발췌한 신청인의 입출금내역에는 다수의 입출금내역이 누락되어 있어 신청인이 제출한 금융거래내역을 신뢰할 수 없다는 처분청 의견이 합리적인 점 등, 이상의 법령과 사실관계를 종합하여 볼 때, 처분청이 쟁점가지급금을 쟁점주식의 양도가액에 포함하여 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 이의신청은 신청주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법제65조 제1항 제2호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.