조세심판원 이의신청 법인세

쟁점주식양도차익상당액을 합병거래에 따른 의제배당으로 볼 수 있는지 여부

사건번호 이의-광주청-2024-0013 선고일 2024.05.17

쟁점합병 계약 이전에 쟁점주식 양수계약 방식을 선택한 이상 쟁점합병이 어느 정도 예정되어 있었다거나 신청법이니 그 계획을 알고 있었다는 등의 사정만으로 적법하고 유효하게 이루어진 쟁점주식 양도거래의 사법상 효력을 부인하긴 어려운 것으로 보아 법인세를 부과한 이 건 처분에는 달리 잘못이 없음

1. 사실관계 및 처분내용
  • 가. 주식회사 AAAAAAAA(이하 “신청법인”이라 한다)은 OOOO 제품 생산 및 판매를 주요 사업으로 2011.9.14. 전남 ㅁㅁ시 ㅁㅁㅁㅁ에 설립되었으며, 2022.1.3. OOOO 부문을 물적분할 후 주식회사 BBBBBBBB(이하 “BBBBBBBB”라 한다)를 설립하여 그 발행주식 600,000주(지분율 100%, 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 보유하다가 주식회사 CCCCCCCC(이하 “CCCCCCCC”라 한다)와 2022.4.20. 쟁점주식 및 경영권을 350억원(이하 “쟁점금액”이라 한다)에 양도하는 계약을 체결하고 2022.4.28. 쟁점주식을 양도(이하 “쟁점주식양도거래”라 한다)한 후 2022.4.20. 〜 2022.8.29. 총 4차례에 걸쳐 쟁점금액을 수령하였으며, 이후 2022사업연도 법인세 신고시 쟁점주식 양도차익 28,456백만원(이하 “쟁점양도차익상당액“이라 한다)을 익금에 산입하여 법인세 4,232백만원을 신고하였고, 2022.8.4. CCCCCCCC는 BBBBBBBB를 흡수합병(이하 “쟁점합병”이라 한다)하였다.
  • 나. 2023.9.1. 신청법인은 쟁점양도차익상당액은 쟁점합병 과정에서 발생한 의제배당에 해당하므로법인세법제18조의2에 수입배당금 익금불산입 규정을 적용하여야 한다고 주장하며 2022 사업연도 법인세 4,232백만원을 환급하라는 취지로 경정청구 신청하였다.
  • 다. 이에 처분청은 쟁점주식양도거래와 쟁점합병은 각각 독립된 별개의 거래이므로 쟁점금액은 자산거래인 주식의 양도대가라고 판단하여 경정청구 기각 처리하였다.
  • 라. 신청법인은 이에 불복하여 2024.3.4. 이의신청을 제기하였다.
2. 신청 주장

쟁점주식양도거래와 쟁점합병은 상법상 소규모합병이라는 일련의 거래 과정 중 하나의 절차인 바, 실질과세의 원칙에 따라 쟁점금액을 쟁점합병 대가로 보아야 하고 그 귀결로서의 쟁점양도차익상당액에 대한 세법상 성격은 자산거래인 주식의 양도차익이 아닌 자본거래인 합병에 대한 의제배당에 해당하므로법인세법제18조의2【내국법인 수입배당금액의 익금불산입】규정이 적용되어야 한다.

  • 가. 사실관계

1. CCCCCCCC의 개요 및 신규 석유화학 부문 투자 및 진출 계획

  • 가) CCCCCCCC는 2007.7.4. 설립된 내국법인으로 OOOO 설계, 개발, 제조 및 판매사업을 영위하던 중 2021년말 지속적인 영업손실로 인해 관리종목 편입 또는 상장폐지가 우려되는 상황이었다.
  • 나) 이에 CCCCCCCC는 용인 OOOO 생산공장 인수 등 종전 사업의 경쟁력 강화를 도모하는 한편, 수익구조 개선 목적으로 신성장동력으로 주목받는 신규사업 진출을 위해 OOOO 석유화학 제품 생산 및 사업을 영위하기로 계획하였고, 석유화학 사업의 업력이 풍부하고, 연간 000,000톤의 OOOO 정제능력을 보유하고 있으며, ISO품질경영시스템․환경경영시스템 등의 인증을 획득한 신청법인과 사업 인수 논의를 진행하였다.
  • 다) 그 결과 ① 신청법인이 석유화학 사업부문을 물적분할하여 회사를 신설하고, ② CCCCCCCC가 분할신설회사를 합병하되, 합병절차의 간소화 및 편의를 위해 ⅰ) 분할신설회사의 주식(경영권) 양도(신청법인 → CCCCCCCC) ⅱ) CCCCCCCC와 분할신설회사 간 상법상 소규모 합병(무증자 합병)의 방식으로 인수 구조를 정하였다. <CCCCCCCC의 투자계획서> (그림생략)

2. 신청법인의 석유화학 사업부문 물적분할 및 CCCCCCCC의 BBBBBBBB 무증자합병

  • 가) 신청법인은 2021년 12월 영위중인 사업 중 석유화학 부문을 상법상 단순․물적분할 방식으로 분할하여 분할신설회사를 설립하기로 계획하고, 2022.1.3. BBBBBBBB를 설립한 후, 쟁점주식을 신청법인이 100% 보유하였다.
  • 나) 신청법인과 CCCCCCCC는 2022.4.20., 5.11., 7.28., 8.29.에 거쳐 쟁점주식을 목적물로 하는 주식 및 경영권 양수도 계약(1〜4차 계약변경 합의포함)을 체결하였다. <쟁점주식 및 경영권 양수도 계약 주요 부분 발췌> (그림생략)
  • 다) 쟁점주식양도거래는 실질적으로 쟁점합병을 위한 전단계 절차에 불과하였으므로, 2022.8.29. 4차 변경 합의 체결 당시 이미 채권자 이의를 비롯한 쟁점합병 절차가 완료되었으며, CCCCCCCC의 이사회의사록에서도 쟁점주식양도거래가 단순히 배당 등 투자목적의 주식 취득이 아니라, 경영권 확보를 통한 신규 사업진출 목적임이 확인된다.

(1) 2022.8.29. 쟁점주식 및 경영권 양수도 4차 변경 계약서 일부 (그림생략)

(2) 2022.4.20. CCCCCCCC의 이사회의사록 일부 (그림생략)

  • 라) CCCCCCCC와 신청법인은 소규모합병의 요건을 충족하기 위한 사전 절차로서 쟁점주식양도거래 후 쟁점합병을 진행하였다.

(1) 무증자합병에 대한 설명 CCCCCCCC는 쟁점주식 양도대금 잔금청산일인 2022.8.29. 전인 2022.8.4. BBBBBBBB를 흡수합병하였다. 합병방식은 합병법인(존속회사)인 CCCCCCCC가 피합병법인인 BBBBBBBB에게 합병신주를 교부하지 않는 무증자합병으로 이루어졌다. 무증자합병이란 합병신주를 발행하지 않고 교부금 지급을 인정하는 합병방식으로, 해당 조항이 입법되기 이전에도 대법원은 “존속회사는 소멸회사의 순자산가치에 해당하는 합병신주를 반드시 발행하여야 하는 것도 아니고 합병신주가 발행되지 않는 무증자합병이 허용된다”고 판시하였다(대법원 2004.12.9. 선고 2003다69355 판결 참조). 상법제527조의3 제1항에 의하면 소규모합병이란 존속회사가 발행하는 합병신주가 발행주식 총수의 10% 이하인 경우를 말하는데, 존속회사 발행주식총수의 10%이하라는 것은 존속회사의 기업가치가 소멸회사보다 10배 이상이라는 것을 의미하므로 결국 존속회사 입장에서는 합병의 규모가 너무 작아서 주주의 이해관계에 영향을 주는 유의미한 변화가 아니라는 것이다. 이처럼 소규모합병은 주주의 이해관계 자체가 부정되는 상황이므로, 상법제527조의3 제5항에 따른 존속회사의 반대주주의 주식매수청구권이 인정되지 않고, 쟁점합병과 같은 무증자합병은 개념상 소규모합병에 포함되므로, 실무상 그 절차나 형태는 소규모합병을 따르는 것이 통용된다.

(2) 상장법인인 CCCCCCCC는 회사의 중요거래에 대해서 반대주주의 주식매수 청구권 제도를 배제할 수 있는 소규모(무증자) 합병을 추진하는 것이 합리적이고 경제적이었다.

3. 신청법인은 분할시점에 BBBBBBBB의 순자산 장부가액 64억원을 취득가액으로 하여 관계회사/종속회사 투자주식 계정으로 계상하였고, 쟁점금액을 쟁점주식 양도금액으로 보아 쟁점양도차익상당액을 2022 사업연도 법인세 신고시 각 사업연도 소득금액을 포함하여 법인세 신고․납부를 하였다.

  • 나. 처분청의 경정청구 기각은 국세기본법제14조 【실질과세】 및 제18조 【세법해석의 기준】을 위반한 처분이다.

1. 실질과세의 원칙은 처분청과 신청법인 모두 주장할 수 있음은 명백하고, 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질내용에 따라 적용되어야 하며, 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 신청법인의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

  • 가) 조세법에 있어서 가장 중요한 원칙 중 하나인 이 실질과세의 원칙은 조세부담의 공평이 이루어지도록 경제적 의의 또는 실질을 기준으로 하여 세법을 해석하고 과세요건사실을 인정하여야 한다는 원칙으로서 세법의 기본원칙인 조세평등주의를 실현하기 위한 실천적 원리라 할 것이고, 이러한 실질과세의 원칙은 과세요건 사실의 인정에 있어서는 물론이고 해당 조세법령을 해석함에 있어서도 반드시 고려하여야 할 원칙이라 할 수 있다. 나)국세기본법제14조 제2항은 “세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다”라고 하고, 국세기본법 기본통칙 14-0…5에 “거래의 실질내용은 형식상의 기록내용이나 거래명의에 불구하고 상거래관례, 구체적인 증빙, 거래 당시의 정황 및 사회통념 등을 고려하여 판단하여야 할 것이다”고 하며, 대법원은 “주식의 매도가 자산거래인 주식의 양도에 해당하는가 또는 자본거래인 주식의 소각 내지 자본의 환급에 해당하는가는 법률행위 해석의 문제로서 그 거래의 내용과 당사자의 의사를 기초로 하여 판단하여야 할 것이지만, 실질과세 원칙상 당해 계약서의 내용이나 형식과 아울러 당사자의 의사와 계약체결의 경위, 대금의 결정방법, 거래의 경과 등 거래의 전체과정을 실질적으로 파악하여 판단하여야 한다”라고 판시하였다(대법원 2013.5.9. 선고 2012두27091 판결 참조).
  • 다) 처분청은 여러 단계의 거래를 거친 후의 결과만을 가지고 그 실질이 하나의 행위 또는 거래라고 쉽게 단정하여 과세대상으로 삼아서는 아니 된다(대법원 2017.12.22. 선고 2017도57516)는 판례를 근거로 실질과세가 적용될 여지가 없다는 의견이나, 상기 판례는 처분청이 신청법인의 거래행위를 실질과세의 원칙을 근거로 재구성하여 불이익 처분을 하고자 할 경우 전체적인 사정을 종합적으로 판단하여 신중하게 과세하여야 한다는 의미로, 신청법인이 쟁점주식 양도차익을 소득금액에 포함하여 법인세 신고를 하였다고 하여 신청법인은 실질과세를 주장할 수 없다라던가 실질과세의 원칙 적용이 불가능하다는 논리의 근거가 될 수 없다.
  • 다. 쟁점주식양도거래의 세법상 성격은 합병이고, 쟁점금액은 합병대가로 보아야 하며, 쟁점양도차익상당액은 법인세법상 의제배당에 해당한다.

1. CCCCCCCC는 단순히 쟁점주식을 취득할 목적이 아닌 합병을 통해 신규사업에 진출하고자 하였음이 투자계획서, 이사회의사록, 2022.2.19. 한울회계법인이 CCCCCCCC에 제출한 BBBBBBBB 재무실사보고서 등을 통해 확인된다.

2. 쟁점주식양도거래에 대한 당사자들의 의사는 CCCCCCCC가 석유화학 사업 진출을 위해 BBBBBBBB를 합병하고, 신청법인은 피합병법인인 BBBBBBBB의 주주로서 합병대가를 수령하는 것이며, 단지 소규모합병의 요건을 충족하기 위해 사전 절차로서 쟁점주식양도거래를 행한 것이다. 즉 CCCCCCCC가 BBBBBBBB를 합병함에 있어 상법상 그 절차를 일반 합병보다 간소화하고 합병에 소요되는 기간을 단축할 수 있는 소규모합병의 방식을 취하기 위함이었던 바, 쟁점주식양도거래는 주식매매계약의 형식에도 불구하고 그 자체로서 독립된 거래가 아니라, 쟁점합병이라는 하나의 거래에 속하는 절차에 불과하다.

3. 쟁점주식양도거래의 실질은 쟁점합병과 별개의 독립된 거래가 아니라 상법상 소규모합병이라는 일련의 거래과정 중 하나의 절차인 바, 쟁점금액은 합병대가로 보아야 하며, 쟁점양도차익상당액은 법인세법 상 의제배당에 해당한다.

  • 가) 신청법인과 CCCCCCCC는 2022.4.20. 쟁점주식 및 경영권 양수도 계약을 체결하고, 8일 후인 2022.4.28. 쟁점주식을 양수도하였으며, 불과 11일 만인 2022.5.9. CCCCCCCC는 이사회에서 BBBBBBBB와의 합병 결의를 하였다. 이후 1개월도 경과되기 전인 2022.6.3. CCCCCCCC는 BBBBBBBB와 합병계약을 체결하고, 2개월 후인 2022.8.4. 합병을 완료하였고 잔금 지급방식 역시 쟁점합병과 연계되어 진행(4회의 변경계약)되었음을 알 수 있다. 통상적인 주식 및 경영권 양수도 계약 거래에서는 잔금의 지급이 완료되는 시점에 주식을 양도하는 것이 통상적인 거래형태이나 쟁점주식 양도거래의 경우 합병을 전제한 거래가 아니고서는 이러한 거래형태를 설명할 합리적인 이유를 상정하기 어렵다.
  • 라. 쟁점주식양도거래는 당초부터 합병을 목적으로 형식상 주식양도거래가 선행된 것으로 쟁점주식양도거래와 쟁점합병은 하나의 거래에 해당하고, 그에 따른 귀결로 쟁점양도차익상당액은법인세법제18조의2【내국법인 수입배당금금액의 익금불산입】규정에 의거 의제배당에 해당하므로 수입배당금 익금불산입 되어야 한다. 1)법인세법제18조의2【내국법인 수입배당금액의 익금불산입】규정은 법인이 다른 법인의 주주로부터 배당금을 받았을 때 그 배당금은 순자산을 증가시키는 항목이므로 익금에 산입하여 법인세를 과세하는 것이 원칙이나, 그 배당금을 지급하는 법인에게 이미 법인세가 과세되었기 때문에 동일한 소득원에 대하여 이중과세가 되는 문제를 해소하기 위한 제도이다.
  • 마. 처분청 의견에 대한 항변자료

1. 처분청은 BBBBBBBB가 HHH회계법인에게 검토의뢰하여 받은 합병세무검토보고서의 내용을 근거로 독립된 거래로 인식하였다고 추정하나, 합병세무검토보고서를 제출받은 시기는 2022.8.8.로 이미 신청법인의 주식이 CCCCCCCC에게 양도(2022.4.28.)되고 합병이 완료(2022.8.4.)된 시점이고, 신청법인과 특수관계가 종료된 BBBBBBBB가 세법상 합병에 따른 신고의무 이행을 위한 세무적인 검토를 하기 위하여 자문받은 보고서이므로 이에 대한 내용을 근거로 신청법인이 쟁점주식양도거래와 쟁점합병을 별개의 거래로 인식하였다고 볼 수 없다.

2. 처분청은 쟁점주식양도거래와 쟁점합병을 하나의 합병거래로 본다면, CCCCCCCC는 합병으로 인한 승계자산의 취득가액을 합병등기일 현재의 시가로 계상하여 합병매수차익으로 인식하여야 한다는 의견이나, 신청법인이 아닌 CCCCCCCC의 과세문제를 신청법인의 과세와 연계하는 것은 부당하며, 쟁점주식양도거래와 관련하여 CCCCCCCC에 대한 과세가 필요하다면 과세관청의 판단에 따라 과세하면 되는 것이다.

3. 처분청 의견

쟁점주식 양도시기는 2022.4.28.이고 쟁점합병 시기는 2022.8.4.이며, CCCCCCCC, BBBBBBBB, 신청법인 간 각각의 법률관계는 존중되어야 하므로 쟁점주식양도거래와 쟁점합병은 각각 별도의 거래이고 쟁점금액은 자산거래인 주식 양도의 대가이다.

  • 가. 쟁점주식양도거래와 쟁점합병은 각각 독립된 거래이다.

1. 주식의 양도시기는 법인세법 시행령제68조 제1항 제3호 “그 대금을 청산한 날 또는 대금을 청산하기 전에 소유권의 이전등기를 하거나 인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날”이며,증권거래세법제5조 및 동법 시행령 제2조 제3호에서 “증권 등을 인도하거나 대가의 전부를 받아 당해 매매거래가 확정되는 때와 그 권리가 이전되는 때 중 빠른 날”로 규정하고 있다.

  • 가) 주식양도 통지서, 주권 미발행 확인서, 주권 또는 지분의 양도거래명세서 등을 통해 쟁점주식의 양도시기는 잔금 지급일인 2022.8.29. 이전인 쟁점주식의 인도일인 2022.4.28.이며, 쟁점주식을 양도한 이후 합병등기일인 2022.8.4. 합병이 이루어졌다.
  • 나) 법인세법에서는 권리의무 확정주의를 채택하고 있고, 익금은 권리의 확정을 뜻하며, 법인세법 시행령제68조 제1항에 따르면 주식을 인도한 시점에 수익을 인식하여야 하므로 합병일 이전에 이미 신청법인의 쟁점주식 양도대금에 대한 손익이 확정되었다.
  • 나. 신청법인은국세기본법제14조 제2항 “세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다”라는 실질과세의 원칙에 따라 쟁점주식양도거래를 합병의 거래의 일환으로 보아야 한다고 주장하나, 1) 실질과세의 원칙은 헌법상의 기본이념인 평등의 원칙을 조세법률관계에 구현하기 위한 실천적인 원리로서, 조세의 부담을 회피할 목적으로 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취하는 경우에는 그 형식이나 외관에 불구하고 실질에 따라 담세력이 있는 곳에 과세함으로써 부당한 조세회피행위를 규제하고 과세의 형평을 재고하여 조세정의를 실현하고자 하는데 주된 목적이 있다.

2. 납세의무자는 경제활동을 할 때에 동일한 경제적 목적을 달성하기 위해 여러 가지의 법률관계 중의 하나를 선택할 수 있고 과세관청으로서는 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 하며, 또한 여러 단계의 거래를 거친 후의 결과에는 손실 등의 위험 부담에 대한 보상뿐 아니라 외부적인 요인이나 행위 등이 개입되어 있을 수 있으므로, 그 여러 단계의 거래를 거친 후의 결과만을 가지고 그 실질이 하나의 행위 또는 거래라고 쉽게 단정하여 과세대상으로 삼아서는 아니 된다고 판시하고 있다(대법원 2017.12.22. 선고 2017두57516 판결).

3. 따라서, 신청법인과 CCCCCCCC는 적격합병에 따른 과세특례 요건을 맞추기 위해 쟁점주식양도거래 후 합병의 방식을 선택하였다고 보여지며, 쟁점주식양도거래 및 쟁점합병에서 조세회피 목적이 확인되지 않아 비정상적‧비합리적이라 볼 수 없고, 주식 및 경영권 양수도 계약서 제11조 제5항 제2호 “본 계약의 체결 및 이행과 관련하여 자신에게 부과되는 조세를 납부할 책임을 부담한다”에 따라 신청법인은 쟁점주식양도차익상당액을 각 사업연도 소득금액에 포함하여 2022 사업연도 법인세를 신고한 것이므로 위와 같은 법률관계는 존중되어야 하며 쟁점주식양도거래와 쟁점합병에 실질과세의 원칙이 적용될 여지가 없다.

  • 다. 신청법인은 합병세무검토보고서는 특수관계가 종료된 후 BBBBBBBB가 자문받은 보고서라서 신청법인이 쟁점주식양도거래와 쟁점합병을 별개의 거래로 인식하였다는 근거로 삼을 수 없다고 주장하나,

1. 합병등기일(2022.8.4.) 약 4달 전에 쟁점주식양도거래에 대한 납세의무는 성립되었고, 합병세무검토보고서는 BBBBBBBB가 HHH회계법인에게 쟁점합병과 관련하여 세법상 발생할 수 있는 과세문제에 대하여 검토의뢰한 것으로 선행된 쟁점주식양도거래를 전제로 동일과세연도에 발생한 쟁점합병과 관련한 세무상 신고의무 이행을 위한 검토보고서로 보는 것이 타당하며,

2. 합병세무검토보고서를 살펴보면 법인세법, 증권거래세법 등 관련 세법 조문 및 유권해석 등을 토대로 합리적인 세법검토 결과에 따라 의견을 제시하고 있으며, 쟁점주식양도거래와 쟁점합병을 독립된 거래로 보아 쟁점합병은 적격합병의 특례요건을 적용받을 수 있다고 판단하고 있으므로 쟁점금액은 합병대가가 아닌 주식양도대금으로 봄이 타당하다. <합병세무검토보고서 일부> (그림생략)

  • 라. 만약, 신청법인의 주장대로 쟁점주식양도거래와 쟁점합병을 하나의 거래로 본다면, 합병대가인 쟁점금액이 100% 현금으로 지급되었으므로 지분의 연속성 요건(합병신주교부비율이 합병대가의 80% 이상)을 충족하지 못하여 쟁점합병은 비적격합병에 해당하므로 CCCCCCCC는 합병으로 인한 승계자산의 취득가액을 합병등기일 현재의 시가로 계상하여 합병매수차손익을 인식하여야한다. 1) 법인세법 제44조 에 따라 피합병법인이 합병으로 해산하는 경우 그 법인의 자산을 합병법인에 양도한 것으로 보아 그 양도에 따라 발생하는 양도손익은 피합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하여 법인세를 납부하여야 한다.

2. 신청법인은 CCCCCCCC의 과세문제를 신청법인의 과세문제와 연계하는 것은 부당하다고 주장하고 있으나, 이는 거래당사자 간 신의성실의 원칙에도 위배될 뿐만 아니라 신청법인의 주장과 같이 거래를 재구성할 경우, 하나의 거래에 거래당사자(피합병법인·합병법인) 간의 합병자산 평가 및 합병과세특례 적용이 달라지게 된다.

  • 마. 거래당사자가 어느 거래목적을 달성할 수 있는 여러 가지 방식 중 하나를 선택하여 법률관계를 형성하였다면 그로 인한 조세의 내용이나 범위는 그 법률관계에 맞추어 개별적으로 결정된다 할 것이고,서로 다른 거래의 궁극적 목적이 동일하다고 하여 그 법적 형식의 차이에도 불구하고 그 실질이 같다고 하거나 조세법상 동일한 취급을 받는 것이라고 할 수는 없다(대법원 1998. 5. 26. 선고 97누1723 판결).

1. 신청법인은 합병등기일(2022.8.4.) 약 4달 전에 쟁점주식 양도계약(2022.4.20.)을 체결한 후 쟁점주식 전부의 소유권을 이전(2022.4.28.)하고, CCCCCCCC가 BBBBBBBB를 적격합병 중 하나인 무증자 흡수합병의 방편으로 쟁점합병 계약 이전에 쟁점주식 양수계약 방식을 선택한 이상 쟁점합병이 어느 정도 예정되어 있었다거나 신청법인이 그 계획을 알고 있었다는 등의 사정만으로 적법하고 유효하게 이루어진 쟁점주식양도거래의 사법상 효력을 부인하기 어렵고,

2. 전자공시시스템에 공시된 외부평가기관의 평가의견서, BBBBBBBB의 합병세무검토보고서 등을 보면 신청법인과 CCCCCCCC는 쟁점주식양도거래와 쟁점합병을 독립된 거래로 인식한 사실이 확인되며,

3. 경제주체는 경제활동을 함에 있어 동일한 경제적 목적을 달성하기 위해 여러 가지 법률관계 중 하나를 선택할 수 있으므로, 법인이 다른 법인을 흡수합병하고자 하는 경우 주주총회의 승인을 거치는 정식의 합병 방식과 법에서 정한 일정한 요건을 갖춘 후 이사회 승인으로 주주총회의 승인을 갈음할 수 있는 간이합병, 소규모합병의 방식 중 목적 달성의 효율성, 조세 등 관련비용의 부담 정도 등을 고려하여 특정 방식을 선택할 수 있고 특정 방식을 선택하여 흡수합병을 위한 법률관계를 형성하였다면 그로 인한 조세의 내용이나 범위는 그 법률관계에 맞추어 개별적으로 결정된다 할 것이므로

4. 쟁점금액은 자본거래인 쟁점합병에 따른 의제배당이 아닌 자산거래인 주식의 양도대가로 보아 경정청구 기각 처분은 잘못이 없다.

4. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 쟁점주식양도차익상당액을 합병거래에 따른 의제배당으로 볼 수 있는지 여부
  • 나. 관련법령 1) 국세기본법 제14조 【실질 과세】

① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다. 2) 국세기본법 제18조 【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】

① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다. 3) 국세기본법 기본통칙 14-0…5 【거래의 실질내용 판단기준】 거래의 실질내용은 형식상의 기록내용이나 거래명의에 불구하고 상거래관례, 구체적인 증빙, 거래당시의 정황 및 사회통념 등을 고려하여 판단한다. 4) 법인세법 제16조 【 배당금 또는 분배금의의제】

① 다음 각 호의 금액은 다른 법인의 주주 또는 출자자(이하 "주주등"이라 한다)인 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 다른 법인으로부터 이익을 배당받았거나 잉여금을 분배받은 금액으로 본다.

5. 피합병법인의 주주등인 내국법인이 취득하는 합병대가가 그 피합병법인의 주식 등을 취득하기 위하여 사용한 금액을 초과하는 금액

6. 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방 법인의 주주인 내국법인이 취득하는 분할대가가 그 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방 법인의 주식(분할법인이 존속하는 경우에는 소각 등에 의하여 감소된 주식만 해당한다)을 취득하기 위하여 사용한 금액을 초과하는 금액

② 제1항 제5호 및 제6호, 제44조 및 제46조에서 합병대가와 분할대가는 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 합병대가: 합병법인으로부터 합병으로 인하여 취득하는 합병법인(합병등기일 현재 합병법인의 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 내국법인을 포함한다)의 주식등의 가액과 금전 또는 그 밖의 재산가액의 합계액

2. 분할대가: 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방 법인으로부터 분할로 인하여 취득하는 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방 법인(분할등기일 현재 분할합병의 상대방 법인의 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 내국법인을 포함한다)의 주식의 가액과 금전 또는 그 밖의 재산가액의 합계액 5) 법인세법 제18조의2 【 내국법인 수입배당금액의 익금불산입】

① 내국법인(제29조에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입하는 비영리내국법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 해당 법인이 출자한 다른 내국법인(이하 이 조에서 “피출자법인”이라 한다)으로부터 받은 이익의 배당금 또는 잉여금의 분배금과 제16조에 따라 배당금 또는 분배금으로 보는 금액(이하 이 조 및 제76조의14에서 “수입배당금액”이라 한다) 중 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니한다. 이 경우 그 금액이 0보다 작은 경우에는 없는 것으로 본다.

1. 피출자법인별로 수입배당금액에 다음 표의 구분에 따른 익금불산입률을 곱한 금액의 합계액 피출자법인의 구분 피출자법인에 대한 출자비율 익금불산입률

  • 가. 주권상장법인(자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 주권상장법인을 말한다. 이하 같다) 100퍼센트 100퍼센트 30퍼센트 이상 100퍼센트 미만 50퍼센트 30퍼센트 미만 30퍼센트
  • 나. 주권상장법인 외의 법인 100퍼센트 100퍼센트 50퍼센트 이상 100퍼센트 미만 50퍼센트 50퍼센트 미만 30퍼센트

2. 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자가 있는 경우에는 차입금의 이자 중 제1호에 따른 익금불산입률 및 피출자법인에 출자한 금액이 내국법인의 자산총액에서 차지하는 비율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액 6) 법인세법 제40조 【손익의 귀속사업연도】

① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 7) 법인세법 제44조의2 【합병 시 합병법인에 대한 과세】

① 합병법인이 합병으로 피합병법인의 자산을 승계한 경우에는 그 자산을 피합병법인으로부터 합병등기일 현재의 시가(제52조제2항에 따른 시가를 말한다. 이하 이 관에서 같다)로 양도받은 것으로 본다. 이 경우 피합병법인의 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산ㆍ부채 등은 대통령령으로 정하는 것만 합병법인이 승계할 수 있다.

② 합병법인은 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 시가로 양도받은 것으로 보는 경우로서 피합병법인에 지급한 양도가액이 피합병법인의 합병등기일 현재의 자산총액에서 부채총액을 뺀 금액(이하 이 관에서 "순자산시가"라 한다)보다 적은 경우에는 그 차액을 제60조제2항제2호에 따른 세무조정계산서에 계상하고 합병등기일부터 5년간 균등하게 나누어 익금에 산입한다. 8) 법인세법 제44조의3 【적격합병 시 합병법인에 대한 과세특례】

① 적격합병을 한 합병법인은 제44조의2에도 불구하고 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 것으로 한다. 이 경우 장부가액과 제44조의2제1항에 따른 시가와의 차액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 자산별로 계상하여야 한다.

② 적격합병을 한 합병법인은 피합병법인의 합병등기일 현재의 제13조제1항제1호의 결손금과 피합병법인이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, 그 밖의 자산ㆍ부채 및 제59조에 따른 감면ㆍ세액공제 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 승계한다. <개정 2018.12.24.> 9) 법인세법 시행령 제13조 【 배당 또는 분배의제의 시기】 법 제16조제1항에 따라 이익을 배당받았거나 잉여금을 분배받은 날은 다음 각 호의 구분에 따른 날로 한다. <개정 2005.2.19, 2018.2.13, 2019.2.12>

1. 법 제16조제1항제1호부터 제3호까지의 경우: 그 주주총회ㆍ사원총회 또는 이사회에서 주식의 소각, 자본 또는 출자의 감소, 잉여금의 자본 또는 출자에의 전입을 결의한 날(이사회의 결의에 의하는 경우에는 상법제461조제3항에 따라 정한 날을 말한다. 다만, 주식의 소각, 자본 또는 출자의 감소를 결의한 날의 주주와상법제354조에 따른 기준일의 주주가 다른 경우에는 같은 조에 따른 기준일을 말한다) 또는 사원이 퇴사ㆍ탈퇴한 날

2. 법 제16조제1항제4호의 경우: 해당 법인의 잔여재산의 가액이 확정된 날

3. 법 제16조제1항제5호의 경우: 해당 법인의 합병등기일

4. 법 제16조제1항제6호의 경우: 해당 법인의 분할등기일 10) 법인세법 시행령 제68조 【자산의 판매손익 등의 귀속사업연도】

① 법 제40조 제1항 및 제2항을 적용할 때 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다.

3. 상품 등 외의 자산의 양도:그 대금을 청산한 날[한국은행법에 따른 한국은행이 취득하여 보유 중인 외화증권 등 외화표시자산을 양도하고 외화로 받은 대금(이하 이 호에서 “외화대금”이라 한다)으로서 원화로 전환하지 아니한 그 취득원금에 상당하는 금액의 환율변동분은 한국은행이 정하는 방식에 따라 해당 외화대금을 매각하여 원화로 전환한 날]. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)·인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 한다. 11) 증권거래세법 제5조 【양도의 시기】

① 이 법을 적용할 때 주권 등의 양도 시기는 해당 매매거래가 확정되는 때로 한다.

② 제1항의 매매거래 확정에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 12) 증권거래세법 시행령 제2조 【양도의 시기】 주권 등의 법 제5조 제2항에 따른 매매거래의 확정시기는 다음 각 호에 따른다. 1.자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 증권시장에서 거래(다자간매매체결회사에서의 거래를 포함한다)된 주권에 대하여는 그 양도가액이 결제되는 때

2. 제1호에 따른 주권 외의 주권 등을 금융투자업자가 매매·위탁매매 또는 매매의 중개나 대리를 하는 경우에는 그 대금의 전부를 결제하거나 결제받는 때

3. 제1호 및 제2호 이외의 경우에는 당해 주권 등을 인도하거나 대가의 전부를 받는 때. 다만, 그 주권 등을 인도하거나 대가의 전부를 받기 전에 권리가 이전되는 때에는 그 권리가 이전되는 때로 한다. 13) 상법 제527조의3 【소규모합병】

① 합병 후 존속하는 회사가 합병으로 인하여 발행하는 신주 및 이전하는 자기주식의 총수가 그 회사의 발행주식총수의 100분의 10을 초과하지 아니하는 경우에는 그 존속하는 회사의 주주총회의 승인은 이를 이사회의 승인으로 갈음할 수 있다. 다만, 합병으로 인하여 소멸하는 회사의 주주에게 제공할 금전이나 그 밖의 재산을 정한 경우에 그 금액 및 그 밖의 재산의 가액이 존속하는 회사의 최종 대차대조표상으로 현존하는 순자산액의 100분의 5를 초과하는 경우에는 그러하지 아니하다.

② 제1항의 경우에 존속하는 회사의 합병계약서에는 주주총회의 승인을 얻지 아니하고 합병을 한다는 뜻을 기재하여야 한다.

③ 제1항의 경우에 존속하는 회사는 합병계약서를 작성한 날부터 2주내에 소멸하는 회사의 상호 및 본점의 소재지, 합병을 할 날, 주주총회의 승인을 얻지 아니하고 합병을 한다는 뜻을 공고하거나 주주에게 통지하여야 한다.

④ 합병후 존속하는 회사의 발행주식총수의 100분의 20 이상에 해당하는 주식을 소유한 주주가 제3항의 규정에 의한 공고 또는 통지를 한 날부터 2주내에 회사에 대하여 서면으로 제1항의 합병에 반대하는 의사를 통지한 때에는 제1항 본문의 규정에 의한 합병을 할 수 없다.

⑤ 제1항 본문의 경우에는 제522조의3의 규정은 이를 적용하지 아니한다. 14) 상법 제522조 의 3 【합병반대주주의 주식매수청구권】

① 제522조 제1항에 따른 결의사항에 관하여 이사회의 결의가 있는 때에 그 결의에 반대하는 주주(의결권이 없거나 제한되는 주주를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)는 주주총회 전에 회사에 대하여 서면으로 그 결의에 반대하는 의사를 통지한 경우에는 그 총회의 결의일부터 20일 이내에 주식의 종류와 수를 기재한 서면으로 회사에 대하여 자기가 소유하고 있는 주식의 매수를 청구할 수 있다.

② 제527조의2 제2항의 공고 또는 통지를 한 날부터 2주 내에 회사에 대하여 서면으로 합병에 반대하는 의사를 통지한 주주는 그 기간이 경과한 날부터 20일 이내에 주식의 종류와 수를 기재한 서면으로 회사에 대하여 자기가 소유하고 있는 주식의 매수를 청구할 수 있다.

  • 다. 사실관계

1. 국세청 대내포털 시스템에서 확인된 내용은 다음과 같다.

  • 가) 신청법인, BBBBBBBB, CCCCCCCC 기본사항

(1) 신청법인 (그림생략)

(2) BBBBBBBB (그림생략)

(3) CCCCCCCC (그림생략)

  • 나) 신청법인의 2022사업연도 법인세 신고 내용 및 경정청구 내역 (그림생략)

2. 쟁점주식양도거래와 쟁점합병과 관련 거래요약표 및 세부 일정표

  • 가) 거래요약표 (그림생략)
  • 나) 세부 일정 (그림생략)

3. BBBBBBBB의 주식양도통지서는 다음과 같다. (그림생략)

4. BBBBBBBB의 주주명부는 다음과 같다. (그림생략)

5. 쟁점합병 관련 기사 중 일부는 다음과 같다. <보도자료 일부> (그림생략)

6. CCCCCCCC의 이사회의사록 중 일부는 다음과 같다. (그림생략)

7. 쟁점주식 및 경영권 양수도 계약서는 변경계약 포함 총 4부로 확인되며 그 중 2022.4.20. 작성한 쟁점주식 및 경영권 양수도 계약서 일부는 다음과 같다. (그림생략)

8. 전자공시시스템 상 확인되는 자료는 다음과 같다.

  • 가) 신청법인의 2022 회계연도 공시자료 <감사보고서 일부> (그림생략)
  • 나) CCCCCCCC의 2022 회계연도 공시자료

(1) 삼정회계법인의 BBBBBBBB 주식 양수에 따른 양수가액 적정성에 대한 평가의견서 일부 (그림생략)

(2) 합병 등 종료 보고서 일부 (그림생략)

(3) 타법인 주식 및 출자증권 양수결정 일부 (그림생략)

(4) 2022 회계연도 감사보고서 중 주석 사항 일부 (그림생략)

9. 신청법인이 경정청구시 제출한 재무실사보고서와 합병세무검토보고서 일부는 다음과 같다.

  • 가) CCCCCCCC의 BBBBBBBB에 대한 재무실사보고서 일부 (그림생략)
  • 나) CCCCCCCC의 BBBBBBBB 합병세무검토보고서 중 일부 (그림생략)

10. 주권 또는 지분의 양도거래명세서는 다음과 같다. (그림생략)

11. 처분청은 주식양도 통지서, 주권 또는 지분의 양도거래명세서, 주권 미발행 확인서를 통하여 쟁점주식의 인도일이 2022.4.28.이라고 주장하고 있으며 2022.4.28. 작성된 주권 미발행 확인서는 다음과 같다. (그림생략)

12. 투자(주식양수도) 양해각서의 일부는 다음과 같다. (그림생략)

  • 라. 판단 (쟁점) 쟁점주식양도차익상당액을 합병거래에 따른 의제배당으로 볼 수 있는지 여부 경제주체는 경제활동을 함에 있어 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여 여러 가지 법률관계 중 하나를 선택할 수 있으므로, 법인이 다른 법인을 흡수합병하고자 하는 경우 주주총회의 승인을 거치는 정식의 합병 방식과 법에서 정한 일정한 요건을 갖춘 후 이사회 승인으로 주주총회의 승인을 갈음할 수 있는 간이합병, 소규모합병의 방식 중 목적 달성의 효율성, 조세 등 관련비용의 부담 정도 등을 고려하여 특정 방식을 선택할 수 있고, 특정 방식을 선택하여 흡수합병을 위한 법률관계를 형성하였다면 그로 인한 조세의 내용이나 범위는 그 법률관계에 맞추어 개별적으로 결정된다 할 것이며, 서로 다른 방식의 궁극적 목적이 흡수합병에 있었다는 이유만으로 그 법적 형식의 차이에도 불구하고 그 실질이 같다고 하거나 조세법상 동일한 취급을 받아야 한다고 볼 수 없다(대법원 2014.3.3. 선고, 2013두21670 판결 참조). 국세기본법제14조 제3항은 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다고 정하고 있어 쟁점주식양도거래의 경우 우회거래 등을 통한 조세회피 목적이 확인되지 않아 실질과세의 원칙을 적용할 여지가 없는 것으로 보이며, 신청법인은 합병등기일(2022.8.4.) 약 4달 전에 쟁점주식 양도계약(2022.4.20.)을 체결한 후 쟁점주식 전부의 소유권을 이전(2022.4.28.)하였고, CCCCCCCC가 BBBBBBBB를 적격합병 중 하나인 무증자 흡수합병의 방편으로 쟁점합병 계약 이전에 쟁점주식 양수계약 방식을 선택한 이상 쟁점합병이 어느 정도 예정되어 있었다거나 신청법인이 그 계획을 알고 있었다는 등의 사정만으로 적법하고 유효하게 이루어진 쟁점주식양도거래의 사법상 효력을 부인하기 어렵고, 전자공시시스템에 공시된 외부평가기관의 평가의견서, BBBBBBBB의 합병세무검토보고서 등을 보면 신청법인과 CCCCCCCC는 쟁점주식양도거래와 쟁점합병을 독립된 거래로 인식하였다는 처분청의 주장이 합리적이다. 이상의 법령과 사실관계를 종합하여 살펴본 바, 쟁점금액은 자본거래인 쟁점합병에 따른 의제배당이 아닌 자산거래인 주식의 양도대금으로 보는 것이 타당하므로 처분청의 경정청구 거부 처분은 잘못이 없다고 판단된다.
5. 결론

이 건 이의신청은 신청주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법제65조 제1항 제2호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.

[주 문] 이 건 심사청구는 기각합니다. [이 유] 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)