조세심판원 이의신청 부가가치세

세금계산서 발급 후 법원의 판결에 의해 공급가액이 확정된 경우 용역의 공급시기 및 수정세금계산서 발급방법

사건번호 이의-광주청-2023-0057 선고일 2023.11.22

용역의 공급대가에 대하여 당사자간에 다툼이 있어 법원의 판결에 의해 그 대가가 확정되는 경우 법원의 판결에 의하여 해당 대가가 확정되는 때가 공급시기가 되는 것임

1. 사실관계 및 처분내용
  • 가. □□□□ 주식회사(이하 “신청법인”이라 한다)는 20년경독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 따른 지주회사로 전환, ◇◇◇◇◇◇주식회사(이하 “◇◇◇◇◇◇”이라 한다)와 함께 ◆◆◆◆◆◆그룹의 지주회사 지위를 가졌고, 20월 대외적으로 신청법인과 ◇◇◇◇◇◇이 지주회사임을 표시하기 위해 ◇◇◇◇◇◇에게 ‘윙로고’ 및 ‘☆☆’ 상표의 일부 지분을 이전 등록하였다. 20월 신청법인은 그룹 계열사들과 그룹상표에 대한 사용계약(이하 “상표사용계약” 이라 한다)을 체결하고 상표 사용료를 수령하였으나, ◇◇◇◇◇◇, △△△△△△△ 주식회사(이하 “△△△△△△△”이라 한다), ○○○○○○ 주식회사(이하 “○○○○○○”라 하고, 3개 법인을 합하여 “신청외법인들”이라 한다)는 계열 분리 이후 상표 사용료 지급을 거절하였다. 이에 신청법인은 신청외법인들을 상대로 상표 사용료 지급 및 명의 신탁된 상표권 지분이전 소송 등(이하 “쟁점소송”이라 한다)을 제기하였으며, 이와 별개로 신청법인은 상표 사용료를 받을 권리가 있다고 보아 20월부터 20월까지의 상표 사용료를 부가가치세 및 법인세 과세표준에 포함하여 신고·납부하였으나, 신청법인은 쟁점소송을 최종 패소하여 201월부터 201월까지 발급한 세금계산서(이하 “당초세금계산서”라 한다)를 취소하는 수정세금계산서(이하 “쟁점수정세금계산서”라 한다)를 발급하고, 당초 신고한 과세기간으로 소급하여 부가가치세 0,000,000천원을 환급해 달라고 202... 경정청구를 하였다.
  • 나. ◎◎세무서장(이하 “처분청”이라 한다)은 법원 판결에 따라 상표 사용료가 확정되는 경우에는 그 판결 확정일을 작성일자로 하여 수정세금계산서를 발행하여야 한다는 이유로 202..**. 해당 경정청구를 거부·통지하였다.
  • 다. 신청법인은 이에 불복하여 202..**. 이의신청을 제기하였다.
2. 신청 주장

법원 판결에 의해 당초세금계산서 발급분은 무효로서 세금계산서 발급 대상이 아닌 거래로 확정되었고, 판결 확정일 적용 시 신청법인이 기 납부액의 환급가산금을 수령할 수 없는 등 불합리하므로, 부가가치세법 시행령제70조 제1항 제8호에 따라 당초세금계산서의 작성일을 쟁점수정세금계산서의 공급시기로 보는 것이 타당하다.

  • 가. 판결에 의해 당초세금계산서 발급은 무효임이 확정되었으므로, 이는 변동사유 발생일을 작성일자로 하는 수정사유(부가가치세법 시행령제70조 제1항 제2,3호)에 해당하지 않는다.

1. 신청법인이 200... 신청외법인들과 체결한 상표사용계약은 쟁점소송의 판결로 인해 전략경영◆◆의 업무 종료(20**년 월경) 이후 상표 사용의 용역거래 자체가 존재하지 않았던 것으로 확정되었으므로 신청법인은 당초세금계산서 발급분에 대해 부가가치세 납세의무 자체가 성립할 수 없는 것이다.

2. 수정세금계산서 발급의 근거인 부가가치세법 시행령제70조 제1항(이하 “쟁점조항”이라 한다) 제2호의 사유는 재화 또는 용역의 공급이 발생하지 않아 계약 자체가 해제되는 경우만을 명시하고 있고, 별도의 포괄적인 규정을 두지 않고 있다. 쟁점소송의 판결에 따르면 상표사용계약은 해제되지 않고, 당초세금계산서 발급분에 대해 그 원인 자체가 무효가 된 것으로 그 성격이 계약의 해제와 명백히 다르므로, 이에 쟁점조항 제2호는 쟁점수정세금계산서 발급의 근거가 될 수 없다.

3. 수정세금계산서 발급 근거인 쟁점조항 제3호의 사유는 기본적으로 당초 유효한 재화 또는 용역의 공급이 있음을 전제로 공급가액이 변동되는 경우를 말하는 것이다. 쟁점소송의 판결에 따르면 유효한 용역거래가 있음을 전제로 하여 당초세금계산서의 공급가액을 변동시킨 것이 아니라 부가가치세 과세 거래에 해당하는 용역의 거래(상표사용 용역) 자체가 부존재한 것으로 보았으므로, 이에 쟁점조항 제3호는 쟁점수정세금계산서 발급의 근거가 될 수 없다.

  • 나. 일률적으로 판결 확정일을 변동사유 발생일로 보아 수정세금계산서의 공급시기로 판단하는 것은 납세자에게 과도하게 불리한 조항으로서 문언에 따라 엄격하게 해석해야 한다.

1. 쟁점수정세금계산서는 쟁점소송의 판결로 인해 공급가액의 변동(쟁점조항 제3호)을 가져온 것이 아닌, 당초 용역의 공급으로 볼 수 없어 발급대상이 아님에도 세금계산서를 발급(쟁점조항 제8호)한 경우이므로 당초세금계산서의 작성일자로 부의 세금계산서를 발급하여야 한다.

2. 과세대상이 아님에도 당초 신고·납부한 세액을 소급하여 환급하는 것과 판결 확정일로 환급하는 것은 이자상당액에 해당하는 만큼 차이를 발생시키는데, 후자의 경우는 신청법인이 환급가산금을 수령할 수 없어 납세자에게 불이익한 규정을 적용하는 것이다.

  • 다. 처분청 의견에 대한 항변

1. 쟁점소송의 판결에 따르면 신청법인과 ◇◇◇◇◇◇은 공동 상표권자이고, 신청외법인들이 신청법인에게 지급한 금원은 전략경영◆◆의 운영비용 분담금일 뿐 상표 사용료가 아니라고 확정되었고, 이는 당초세금계산서는 발급대상이 아닌 거래에 대하여 발급되었음을 의미하므로 쟁점수정세금계산서의 공급시기는 쟁점조항 제8호를 적용하여야 한다.

2. 신청법인이 202... 작성일자로 하여 쟁점수정세금계산서를 발급하고, 이를 20년 제*기 부가가치세 확정 신고 시 반영한 것은 쟁점소송의 판결로 인해 상표사용의 용역 자체가 부존재하는 것으로 확정됨에 따라 기 납부한 부가가치세액을 환급 받아야 하는 상황에서 해당 경정청구가 거부되어 부득이하게 이루어진 것이다.

3. 처분청 의견

법원 판결에 의해 신청법인과 신청외법인들이 200..*. 체결한 상표사용계약과 관련하여 그 용역거래의 성격, 종료시점, 금액 등이 확정되었으므로, 부가가치세법 시행령제70조 제1항 제3호에 따라 변동사유 발생일인 판결 확정일을 쟁점수정세금계산서의 공급시기로 보아 해당 경정청구를 거부한 당초 처분은 정당하다.

  • 가. 쟁점소송의 판결에 의해 상표사용계약에 대한 용역거래의 성격, 종료시점, 금애 등이 확정되었으므로 쟁점수정세금계산서의 공급시기는 판결 확정일로 보아야 한다.

1. 신청법인은 200... 신청외법인들과 상표사용계약을 체결하고 동 계약에 따라 ◇◇◇◇◇◇은 20월경까지, △△△△△△△은 20월경까지, ○○○○○○는 20월경(단, 20년 **월분 미지급)까지 상표사용계약에 따라 상표사용료 명목의 금원을 지급 받았으나, 계열사 분리 등의 과정 이후부터의 미지급된 상표사용료에 대하여 소를 제기하였음이 확인되고,

2. 쟁점소송의 00고등법원(20나20**, 20...) 판결에 의하면 상표사용계약은 형식상 상표사용 명목으로 체결된 것이며, 그 실질은 전략경영◆◆의 운영비용 분담약정으로 체결된 것으로, 이에 상표사용료 지급의무가 발생한다고 볼 수는 없지만, 상표사용계약에 따라 비용분담약정에 의한 상표사용료 명목의 분담금을 지급할 의무가 있다고 판시하였으며, 상표사용계약 체결일로부터 전략경영◆◆의 경영관리 업무종료일(20월경)까지의 신청외법인들이 지급하여야 할 미지급 분담금 금액과 지연손해금 지급의무를 확정하였고, 대법원(20다22**, 20..**.)에서도 상표사용계약 형식으로 전력경영본부의 운영비용 분담약정 체결로 결정하고, 상고기각으로 판결 확정하였다.

3. 쟁점소송의 판결에 따라 신청법인이 신청외법인들과 20..*.. 체결한 상표사용계약은 상표 사용료가 아닌 전략경영◆◆의 운영비용 분담을 위해 체결된 것으로 확정되었고, 해당 계약에 따라 상표사용계약 체결일로부터 전략경영◆◆의 경영관리 업무종료일까지로 상표사용료 명목의 공급대가가 확정되는 등, 그 변동사유 발생일(확정 판결일)을 작성일자로 하여 수정세금계산서를 발급함이 타당하다.

  • 나. 쟁점조항 제8호는 부가가치세가 면제되거나 세금계산서의 발급의무가 면제되는 거래와 관계된 것으로 당초 과세대상 거래와 관련된 쟁점수정세금계산서와는 무관하다.

1. 판례(인천지방법원2017구합538, 2017.12.22.)에 따르면 세금계산서의 발급의무가 면제되는 경우는 엄격하게 해석되어야 하며, 쟁점조항 제8호에서 수정세금계산서 발급사유 중 하나로 규정하고 있는 ‘면세 등 발급대상이 아닌 거래’라 함은 적어도 재화나 용역의 공급이 있었음을 전제로 ‘면세’로 관련되는 구부가가치세법제26조 제1항의 재화․용역의 공급 혹은 구부가가치세법제33조 제1항에 따라 세금계산서 발급의무가 면제되는 경우 등만을 의미한다고 판시하고 있다.

2. 신청법인의 상표 사용료에 대한 쟁점수정세금계산서 발급은부가가치세법제26조 의거 부가가치세가 면제되거나부가가치세법제33조에 의거 세금계산서의 발급의무가 면제되는 거래와 관계되는 것도 아니기에 쟁점조항 제8호를 쟁점수정세금계산서의 공급시기 근거로 볼 수 없다.

3. 이와 별개로 신청법인은 해당 경정청구의 기각이 잘못된 처분이라 주장하면서, 경정청구 거부 통지서를 수령한 이후에 판결 확정일로 수정세금계산서를 재발급하고 20**년 제*기 과세기간 확정 부가가치세 신고 시 이를 과세표준에 반영하여 환급을 받았다.

  • 다. 항변에 대한 처분청 의견 신청법인은 상표사용에 관한 분쟁이 있어 상표 사용료의 지급을 구하는 쟁점소송을 제기하였고, 쟁점소송의 판결 확정일에 신청법인의 상표사용료 채권의 존부 및 범위가 구체적으로 확정됨에 따라 그 확정되는 때를 용역의 공급시기로 하여야 한다.
4. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 쟁점수정세금계산서의 작성일자(공급시기)를 당초세금계산서의 작성일이 아닌 판결 확정일로 보아 경정청구를 거부한 처분의 당부
  • 나. 관련법령 1) 부가가치세법 제32조 【세금계산서 등】

⑦ 세금계산서 또는 전자세금계산서의 기재사항을 착오로 잘못 적거나 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 대통령령으로 정하는 사유가 발생하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 세금계산서(이하 "수정세금계산서"라 한다) 또는 수정한 전자세금계산서(이하 "수정전자세금계산서"라 한다)를 발급할 수 있다.

⑧ 세금계산서, 전자세금계산서, 수정세금계산서 및 수정전자세금계산서의 작성과 발급에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2) 부가가치세법 시행령 제70조 【수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서의 발급사유 및 발급절차】

① 법 제32조 제7항에 따른 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서는 다음 각 호의 구분에 따른 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.

1. 처음 공급한 재화가 환입(還入)된 경우: 재화가 환입된 날을 작성일로 적고 비고란에 처음 세금계산서 작성일을 덧붙여 적은 후 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급

2. 계약의 해제로 재화 또는 용역이 공급되지 아니한 경우: 계약이 해제된 때에 그 작성일은 계약해제일로 적고 비고란에 처음 세금계산서 작성일을 덧붙여 적은 후 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급

3. 계약의 해지 등에 따라 공급가액에 추가되거나 차감되는 금액이 발생한 경우: 증감 사유가 발생한 날을 작성일로 적고 추가되는 금액은 검은색 글씨로 쓰고, 차감되는 금액은 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급

8. 면세 등 발급대상이 아닌 거래 등에 대하여 발급한 경우: 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급 3) 국세기본법 제45조의2 【경정 등의 청구】

② 과세표준 신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 제7장에 따른 심사청구, 심판청구, 감사원법에 따른 심사청구에 대한 결정이나 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

  • 다. 사실관계

1. 경정청구 거부통지 등 이의신청 관련 연혁은 다음과 같다.

2. 신청법인의 사업자등록 내역 및 부가가치세 신고내역 등은 국세청 대내포털시스템에서 다음과 같이 나타난다.

  • 가) 신청법인, 신청외법인들의 사업자등록 기본사항
  • 나) 신청법인의 법인세 경정청구 내역
  • 다) 신청법인의 부가가치세 신고 및 경정청구 내역
  • 라) 신청법인의 수정세금계산서 발급 내역(경정청구 거부통지 이후)
  • 마) 신청법인의 부가가치세 신고 내역(202년 제기 확정)

3. 쟁점조항에 따르면 재화의 환입, 계약의 해제, 계약의 해지 등의 사유가 발생하면 그 사유 발생일을 작성연월일로 기재하여 수정세금계산서를 발급하고, 사유발생일이 속하는 과세기간의 부가가치세 매출세액 또는 매입세액에서 가감하여 신고·납부하도록 정하고 있다. 쟁점수정세금계산서의 발급 사유에 대하여 신청법인은 쟁점조항 제8호(면세 등 발급대상이 아닌 거래)로, 처분청은 쟁점조항 제3호(계약의 해지 등)로 주장하고 있으며, 쟁점수정세금계산서의 작성연월일에 따라 환급가산금의 지급 여부가 달라진다. <수정세금계산서 발급방법 요약>

4. 쟁점소송의 판결 내용은 다음과 같다.

5. 신청법인이 200..*. 신청외법인들과 체결한 상표사용계약 내용은 다음과 같다. <신청법인이 ◇◇◇◇◇◇과 체결한 상표사용계약 내용 중 일부>

6. 경정청구 검토보고서 및 결과통지서 내용은 다음과 같다. <경정청구 검토보고서 내용 중 일부> <경정청구 처리결과 통지 내용 중 일부>

  • 라. 판단 소득의 지급자와 수급자 사이에 채권의 존부 및 범위에 관하여 다툼이 있어 소송으로 나아간 경우에는 그와 같은 분쟁이 그 경위 및 사안의 성질 등에 비추어 명백히 부당하다고 할 수 없는 경우라면 그 소송 이전 단계에서 소득이 발생할 권리가 확정되었다고 할 수 없고 판결이 확정된 때에 비로소 그 권리가 확정된다고 보아야 할 것이다(대법원 19. . . 선고 판결, 19. . . 선고 판결 등 참조). 신청법인은 쟁점조항 제8호에 따라 쟁점수정세금계산서의 공급시기를 당초세금계산서의 작성일로 보아야 한다고 주장하나, 쟁점소송의 판결에 의하면 신청법인이 20... 신청외법인들과 체결한 상표사용계약과 관련하여 신청법인은 신청외법인들이 전략경영◆◆의 업무 종료 시점(20월경)까지 미지급한 금액에 대해 지급받을 권리를 인정받았고, 20월 이후 발급된 당초세금계산서는 부의 세금계산서 발급 대상임이 확정되었으며, 이는 당초 유효한 계약을 장래를 향하여 소멸시킨 ‘계약 해지’의 성격으로, 쟁점법령 제3호에 의거 거래금액 등의 변경 사유일인 판결 확정일을 수정세금계산서의 작성일자로 하는 것이 타당해 보이는 점, 쟁점조항 및 예규(서면20부가, 20..**.) 등에 의하면 법원의 계약 해제·해지, 원인무효 판결에 의하여 공급가액에 추가 또는 차감되는 금액이 발생되는 경우, 그 발생한 때(판결 확정일)에 세금계산서를 수정하여 발급하도록 정하고 있는 점 등, 위와 같은 사정과 법리 등을 종합하여 살펴보면, 쟁점수정세금계산서의 공급시기는 변동사유 발생일인 판결 확정일로 봄이 타당하므로 해당 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.
5. 결론

이 건 이의신청은 신청주장이 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

[주 문] 이 건 이의신청은 기각합니다. [이 유] 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)