청구법인이 행정기관에 제출한 준공관련 서류, 공사원가내역서, 취등록세 신고내역등 쟁점토지의 실제취득가액이 존재하므로 환산취득가액을 적용할 수 없는 것으로 보아 경정청구 기각 처분함
청구법인이 행정기관에 제출한 준공관련 서류, 공사원가내역서, 취등록세 신고내역등 쟁점토지의 실제취득가액이 존재하므로 환산취득가액을 적용할 수 없는 것으로 보아 경정청구 기각 처분함
○○ (대 표이사 박○성, 이하 “매수법인”이라 한다)에게 매매대금 19,300,000,000원 에 매도하는 부동산매매계약 을 체결하여, 2023.5.22. 쟁점토지에 관한 소유권을 이전 하였다.
- 나. 청구법인은 쟁점토지의 양도가액을 19,300,000,000원, 취득가액(취득일자 2011.8.3.)을 환산가액 8,253,906,670원으로 산정하고 비사업용토지 중과세율을 적용 하여 2023.6.29. 2023사업연도 비영리 내국 법인의 양도소득세 과세표준예정신고서를 처분청에 제출하고 4,645,080,930원을 납 부하였다.
- 다. 청구법인은 쟁점토지에 대하여 법인세법 부칙 제4조(제9643호, 2009.5.21.토지등 양도소득에 대한 과세특례에 관한 특례)에서 2009.3.16.부터 2012.12.31.까지 취득한 토지에 대해서는 비사업용토지의 양도소득세 중과세율 대상에 해당하지 아니하므로 비사업용토지 중과세율에 관련된 세액의 환급을 구하는 경정청 구서를 2023.11.10. 제출하였다.
- 라. 처분청은 청구법인이 제출한 경정청구서를 검토하여 2023사업연도 쟁점 토지 양도소득세 신고시 취득가액을 실지거래가액으로 신고하여야 함에도 환산 취득가액으로 신고하여 2024.1.4. 경정청구 거부통지를 하였다.
- 마. 청구법 인은 이에 불복하여 2024.1.26. 이 건 이의신청을 제기하였다.
가. 사실관계 및 개요 1) 공유수면 매립면허 취득 경위
4. 결론 청구법인이 2011.7.5. 취득한 쟁점토지 2필지의 취득가액에는 청구외법 인 으로부터 유상 취득한 공유수면 매립면허 가액이 포함되어야 하나 해당 가액을 정확히 측정하는 것이 불가능하다. 아울러 투입원가 측면에서도 청구법인은 청구외법인이 기 공사한 부분까지도 승계하여 취득하였고, 청구법인 입장에서는 청구외법인이 기 투입한 공 사원가는 확인이 불가능하여 청구법인이 부담한 공사비용 부분(318,790천원)만 준공 신청서에 기재하여 신청한 바, 준공서류에 기재된 공사비는 정확한 총투입원가를 반영하지 못하고 있어 공 유수면이 토지로서 사용 가능하기까지 투입된 모든 원가에 해당하지 않는다. 위와 같은 사항을 고려할 때 청구법인이 공유수면 매립공사로 취득한 쟁점토 지의 취득가액은 특정 금액으로 확정 짓기 어려우므로 양도차익 계산시 환산취득가액으로 평가되어야 한다. 따라서 청구법인이 쟁점토지 양도차익을 환산취득가액을 이용하여 계산한 것은 타당하므로 수영세무서의 경정청구 거부처분은 취소되어야 한다. 다. 처분청 의견에 대한 추가의견
1. 처분청의 의견 중 매립면허권 양도에 대한 근거 서류가 존재하지 않는다고 주장하고 있으나, 이의신청서 접수시 첨부하였던 합의서 및 서면인터넷 방문상담2팀-57(2005.1.7.)을 보면, 청구외법인이 청구법인에 어업권보상(완공 후 토지 400평과 위로금 7억원)을 대신하여 매립면허권을 양도하였다는 것을 알 수 있다.
2. 합의서에 청구외법인 의 사업자등록번호가 무조건 기재되어야 한다는 법은 없다. 그리고 청구외법인 의 합의자 대표이사 전○두가 그 당시의 청구외법인 대표이사인지에 대하여 의문을 주셨는데, 포털사이트 네이버에 “ 청구외법인 전○두” 라고 검색만 하여도 전○두가 청구외법인 대표이사를 역임했다는 사실을 알 수가 있고, 금융감독원에서 관리하는 사이트 “다트 전자공시”에서 “○○홀딩스”(과거 청구외법인)를 검색하여 과거에 공시된 서류를 살펴보면 합의서가 작성되어진 2003년, 2004년경 이사회 의사록등만 보아도 그 당시의 대표이사는 전○두가 맞음을 확인 할 수가 있다(항변관련 증빙서류 제출).
3. 처분청 의견 중 “심판청구 조심2012서3629(2014.3.9.)” 예규는 매립면허를 취득한 자가 공사를 하여 완공한 경우이며, 매립면허를 승계 취득한 청구법인과는 상황이 완전 다른 경우이다. 매립면허취득원가 및 매립조성 공사원가는 토지를 취득하기 위한 조정원가(심사부가99-0574)이며, 유상 취득한 공유수면매립면허가액이 포함되어야 하나 해당가액을 정확히 측정하는 것은 불가능하고 준공 서류에 기재된 공사비는 정확한 총투입원가를 반영하지 못하고 있어 공유수면이 토지로서 사용 가능하기까지 투입된 모든 원가에 해당하지 않기에 환산취득가 액 으로 평가되는 것은 타당하다.
1. ○○ 지방해양수산청이 보관 중인 고시 제2011-97호 관련 준공인가신청서 첨부서류인 공사원가내역서에 기재되어 있는 총공사비는 318,790,000원으로 확인되며 토지 원시 취득시 납세자가 ○○ ○○청에 신고한 과세표준 내역은 217,579,580원으로 공사원가내역서내의 선착장 공사비용과 도로포장 공사 비용을 제외한 금액과 유사하다. 2) 청구인이 제출 서류를 통하여 청구외법인이 청구법인에게 매립토지 400평과 보상금 7억 대신 쟁점 토지의 매립면허권을 양도하였으므로 해당 금액이 취득원가에 포함되어야 한다고 주장하고 있으나, 매립면허권 양도에 대한 근거 서류가 존재 하지 않는다.
3. 청구법인이 해당 공사원가가 불확실하다고 주장하나 청구법인이 관련 행정기관에 제출한 준공 관련 서류, 공사원가내역서, 취·등록세 신고 내역 등을 확인한 바, 실제취득가액이 존재하므로 환산취득가액을 적용할수 없어 경정청구 기각 처분은 정당하다.
① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정 신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.
1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때
2. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때
② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.
1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 제7장에 따른 심사청구, 심판청구, 감사원법에 따른 심사청구에 대한 결정이나 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때
4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 된 과세표준 및 세액과 연동된 다른 세목(같은 과세기간으로 한정한다)이나 연동된 다른 과세 기간(같은 세목으로 한정한다)의 과세표준 또는 세액이 세법에 따라 신고하 여야 할 과세표준 또는 세액을 초과할 때
③ 제1항과 제2항에 따라 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다. 다만, 청구를 한 자가 2개월 이내에 아무런 통지(제4항에 따른 통지를 제외한다. 이하 이 항에서 같다)를 받지 못한 경우에는 통지를 받기 전이라도 그 2개월이 되는 날의 다음 날부터 제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구 또는 감사원법에 따른 심사청구를 할 수 있다. 2) 법인세법 제55조의2 【토지등 양도소득에 대한 과세특례】
① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지, 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다), 주택을 취득하기 위한 권리로서 소득세법 제88조제9호 에 따른 조합원입주권 및 같은 조 제10호에 따른 분양권(이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.
1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산을 2012년 12월 31일까지 양도한 경우에는 그 양도소득에 100분의 10을 곱하여 산출한 세액
2. 대통령령으로 정하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다) 및 주거용 건축물로서 상시 주거용으로 사용하지 아니하고 휴양ㆍ피서ㆍ위락 등의 용도로 사용하는 건축물(이하 이 조에서 "별장"이라 한다)을 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 20(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액. 다만, 지방자치법 제3조제3항 및 제4항에 따른 읍 또는 면에 있으면서 대통령령으로 정하는 범위 및 기준에 해당하는 농어촌주택(그 부속토지를 포함한다)은 제외한다.
3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 10(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액 2-1) 법인세법 부칙【제9673호, 2009.5.21.】 제4조(토지등 양도소득에 대한 과세특례에 관한 특례) 2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제55조의2 제1항제2호 및 제3호를 적용하지 아니한다. <개정 2010.12.30.> 3) 법인세법 제62조의2 【비영리내국법인의 자산 양도소득에 대한 신고특례 】
① 비영리내국법인(제4조제3항제1호에 따른 수익사업을 하는 비영리내국법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제4조제3항제4호부터 제6호까지의 수입으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 "자산양도소득"이라 한다)이 있는 경우에는 제60조제1항에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 자산양도소득은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함 하지 아니한다.
1. 소득세법 제94조제1항제3호 에 해당하는 주식등과 대통령령으로 정하는 주식등
2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)
3. 소득세법 제94조제1항제2호 및 제4호의 자산
② 제1항에 따라 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 소득세법 제92조 를 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제104조제1항 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 같은 법 제104조제4항에 따라 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의2를 적용하지 아니한다.
③ 제2항을 적용할 때 소득세법 제92조 를 준용하여 계산한 과세표준은 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액(이하 이 조에서 "양도가액"이라 한다)에 서 필요경비를 공제하고, 공제한 후의 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 소득세법 제95조제2항 및 제103조에 따른 금액을 공제하여 계산한다.
④ 제3항에 따른 양도가액, 필요경비 및 양도차익의 계산에 관하여는 소득세 법 제96조부터 제98조까지 및 제100조를 준용한다. 다만, 상속세 및 증여세법 에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되지 아니한 재산을 출연(出捐)받은 비영리내국법인이 대통령령으로 정하는 자산을 양도하는 경우에는 그 자산을 출연한 출연자의 취득가액을 그 법인의 취득가액으로 하며, 국세 기본법 제13조제2항에 따른 법인으로 보는 단체의 경우에는 같은 항에 따라 승인을 받기 전의 당초 취득한 가액을 취득가액으로 한다.
⑤ 자산양도소득에 대한 과세표준의 계산에 관하여는 소득세법 제101조 및 제102조를 준용하고, 자산양도소득에 대한 세액계산에 관하여는 같은 법 제92조를 준용한다.
⑥ 제2항에 따른 법인세의 과세표준에 대한 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관하여는 자산 양도일이 속하는 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관한 규정을 준용하되, 그 밖의 법인세액에 합산하여 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수한다. 이 경우 제75조의3을 준용한다.
⑦ 제2항에 따라 계산한 법인세는 소득세법 제105조 부터 제107조까지의 규정을 준용하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여야 한다. 이 경우 소득세법 제112조 를 준용한다.
⑧ 비영리내국법인이 제7항에 따른 양도소득과세표준 예정신고를 한 경우 에는 제6항에 따른 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 본다. 다만, 소득세법 제110조제4항 단서에 해당하는 경우에는 제6항에 따른 과세표준에 대한 신고를 하여야 한다.
⑨ 제1항부터 제8항까지의 규정에 따른 자산양도소득에 대한 특례의 적용방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 4) 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비 계산】
① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.
1. 취득가액(지적재조사에 관한 특별법 제18조 에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.
⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거 래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다. 6) 공유수면 관리 및 매립에 관한 법률 제46조 【매립지의 소유권 취득 등】
① 매립면허취득자가 제45조제2항에 따른 준공검사확인증을 받은 경우 국가, 지방자치단체 또는 매립면허취득자는 다음 각 호의 구분에 따라 매립지의 소유권을 취득한다.
3. 제1호와 제2호에 따라 국가나 지방자치단체가 소유권을 취득한 매립지를 제외한 매립지 중 해당 매립공사에 든 총사업비(조사비, 설계비, 순공사비, 보상비 등 대통령령으로 정하는 비용을 합산한 금액으로 한다)에 상당하는 매립지: 매립면허취득자
1. 쟁점토지에 대하여 비사업용토지의 양도소득세 중과세율 대상에 해당하지 아니한데 대하여는 청구법인과 처분청 간 다툼은 없으나, 양도소득세 과세표 준 신고시 양도가액에 대응되는 취득가액을 실지거래가액이 아닌 환산취득 가액으로 신고하여 경정청구를 기각처리한 처분은 부당하다고 주장하므로 이에 대해 살펴본다. 2) 청구법인은 1970.1.1. 법인으로 보는 단체의 승인을 받아 현재까지 운영중이며 2009.7.6. 김○철에서 박○석으로, 2017.7.5. 박○석에서 박○호로 대표이사 변경한 사 실이 나타난다. <표2> 청구법인 사업자등록 내역 상호
○○어촌계 성명 박○호 개업일자 1970.1.1. 폐업일자 사업자구분 승인법인(법인으로 보는 단체) 주업종 협회 및 단체 소재지 부산 ○○ ○○로 66-30 3) 청구법인은 2023.6.29. 당초 신고시 비사업용토지의 양도소득세 중과세율 55%를 적용하여 신고하였으나, 2009.3.16.부터 2012.12.31.까지 취득한 토지에 대해서는 비사업용토지의 양도소득세 중과세율 대상에 해당하지 아니하므로 비사업용토지 중과세율에 관련된 세액의 환급을 구하는 경정청 구서를 2023.11.10. 제출하였으며, 양도소득세 당초 신고 및 경정청구 내용은 아래와 같다. < 표3> 2023년 과세연도 쟁점토지 양도소득세 신고 및 경정청구 내역 (단위: 원) 구분 신고(당초) 경정청구 비고 양도가액 19,300,000,000 19,300,000,000 취득가액 8,253,906,670 8,253,906,670 환산취득가액 적용 필요경비 61,487,433 61,487,433 양도차익 10,984,605,897 10,984,605,897 장기보유특별공제 2,416,613,297 2,416,613,297 양도소득금액 8,567,992,600 8,567,992,600 과세표준 8,565,492,600 8,565,492,600 세율 55 45 산출세액 4,645,080,930 3,788,531,670 △856,549,260 자진납부할세액 4,645,080,930 3,788,531,670 △856,549,260
4. 공유수면 매립공사 준공검사 신청서에 따르면, 부산 ○○ ○○동 176-4 소재에서 2003.11.14.부터 2010.9.27.까지 공유수면 매립공사를 준공하였으며, 매립면적은 8,986.5㎡(4-3공구), 준공면적은 전체 9,289㎡로 나타난다. 5) 등기사항전부증명서에 기재된 쟁점토지의 취득일(소유권보존)은 2011.8.3.이며, 부산 ○○ ○○동 973은 4,009.1㎡에서 2013.8.19. 330.6㎡를 부산 ○○ ○○동 973-5에 이기하였으며, 2014.1.10. 매수법인에서 취득한 것으로 나타난다. <표4> 쟁점토지 내역 (단위: ㎡, 원) 소재지 면적 지목 취득일 양도일 거래가액 부산 ○○ ○○동 973 3,678.5 공장 용지 2011.8.3. 2023.5.22. 19,300,000,000 부산 ○○ ○○동 973-2 2,123.6 2011.8.3. 2023.5.22. 부산 ○○ ○○동 973-5 330.6 2011.8.3. 2014.1.10. 100,000,000 <표4-1> 개별공시지가 이력조회 (단위:원) 소재지 공시일자 공시지가 소재지 공시일자 공시지가
○○동 973 2012.5.31. 343,000
○○동 973-2 2012.5.31. 371,000 2013.5.31. 343,000 2013.5.31. 371,000 2014.5.30. 362,000 2014.5.30. 392,500 2015.5.29. 425,900 2015.5.29. 461,700 2016.5.31. 481,500 2016.5.31. 524,700 2017.5.31. 511,500 2017.5.31. 557,300 2018.5.31. 542,400 2018.5.31. 591,000 2019.5.31. 590,900 2019.5.31. 643,800 2020.5.29. 652,600 2020.5.29. 717,800 2021.5.31. 714,800 2021.5.31. 789,000 2022.4.29. 795,800 2022.4.29. 878,300 2023.4.28. 737,900 2023.4.28. 814,300
6. 처분청은 청구법인이 행정기관에 제출한 준공관련 서류, 공사원가내역서, 취·등록세 신고내역 등을 확인하여 쟁점토지의 실제취득가액이 존재하므로 환산취득가액을 적용할 수 없는 것으로 보아 경정청구 기각 처분은 정당하다고 주장한다.
- 가) ○○세무서장이 부산○○○에 쟁점토지의 과세물건에 대한 부동산거래 취등록세 관련 증명서류 확인 결과에 따르면, 쟁점토지의 과세표준 내역은 217,597,580원으로 나타난다.
- 나) ○○○○해양수산청 제2011-97호 관련 준공검사 신청서에 따르면, 공사기간은 2003.11.14.부터 2010.9.27. 까지이며, 준공면적 9,289㎡로 총공사비는 318,970천원으로 확인된다.
- 다) 처분청에서 작성한 경정청구 검토서를 살펴보면, 비사업용 중과세율은 소득세법 부칙 법률 제9270호에 따라 해당 매립지는 2009.3.16.부터 2012.12.31.까지 취득한 자산에 해당하여 비사업용토지 중과세율은 적용 배제대상에 해당하나, 환산 취 득가액은 실제 취득가액이 존재하므로 환산 취 득가액을 적용할 수 없다고 판단하여 ‘2023년 귀속 법인세 관련 부동산 양도차 익 계산시 실지거래가액이 아 닌 환산취득가액으로 적용한 경정청구는 이유 없음으로 기각 하고자 한다’는 내용 으로 경정청구 처리결 과 통지서를 발송하였다.
7. 청구법인은 쟁점토지의 취득가액이 불 분명하여 환산취득가액을 적용한 양도소득세 신고는 정당하다는 증빙자료로 다음의 자료를 제출하였다.
- 가) 공유수면 매립 권리 의무 양도·양수 사항과 토지 소유권 이전 및 위로금 지급에 대한 합의서로 ○○부두 진입도로 편입부지(신선류장 배면) 약 400평과 위로금을 청구외법인에 요구하지 않는다는 내용으로 기재되어 있다.
- 나) 청구외법인이 2005.1.7. 국세청 서면인터넷방문상담2팀에 질의한 내용에서 ‘ 당해 공유수면매립공사와 관련하여 장부상 계상한 건설 중인 자산가액을 보상금 으로 손금산입할 수 있는지 여부’에 대한 내용으로 질의한 사실이 나타난다.
- 라. 판단
1. 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득세 확정신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정 하 고, 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부․ 매매 계약서․영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우로서 장 부 기 타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 양도당시 또는 취득당시의 실지거래가액을 인 정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도가 액 또는 취 득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액․매매 사례가액 또는 감정가액을 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.
2. 위와 같이 양도차익을 계산할 때에 기준이 되는 ‘실지거래가액’이란 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가가 아니라 ‘실지의 거래대금 그 자체 또는 거래 당시 급부의 대가로 실지 약정된 금액’을 의미한다(대법원 2011.2.10. 선고 2009두19465 판결, 대법원 2015.10.15. 선고 2011두24286 판결 등 참조). 한편 과세요건의 입증책임은 과세관청에 있으므로, 이 사건과 같이 양도가액에 대하여는 실지거래가액으로 하면서 취득가액에 대하여는 그 증빙의 미비 등으로 실지거래가액을 확인할 수 없다고 신고한 경우에도 원칙적으로 실지거래가액인 취득가액에 대하여는 과세관청이 이를 입증하여야 하고, 이를 입증하지 못하는 경우에는 환산가액 등에 의하여 추계결정할 수밖에 없다고 할 것이다(부산고 등법원2020누20385 판결). 3) 처분청은 청구법인이 행정기관에 제출한 준공관련 서류, 공사원가내역서, 취등록세 신고내역등 쟁점토지의 실제취득가액이 존재하므로 환산취득가액을 적용할 수 없는 것으로 보아 경정청구 기각 처분은 정당하다고 주장하나, 4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, ① 공유수면 매립 토지의 취득가액은 실제 투입된 공사원가와 부대비용을 가산한 가액으로 쟁점 토지의 취득원가는 청구법인이 부담한 공사원가와 청구외법인으로부터 공유수면 매립면허를 유상으로 취득(편입부지 약400여평과 위로금)한 가액을 포함 한 금액으로 취득가액을 산정함이 타당한 점, ② 청구법인과 청구외법인간 합 의서에 따르면 매립면허에 따른 권리와 의무를 청구법인에 양도하면서 편입 부지 약 400여평과 위로금에 대한 합의가 있었던 점, ③ 청구법인이 제시한 청구외법인의 서면인터넷방문상담2팀-57(2005.1.7.)의 질의내용과 합의서 내용이 상당부분 일치하고, 청구외법인이 매립공사를 진행하다 경제적 효익을 기대할 수 없어 1998년에 공사를 중단한 것으로 보아 청구외법인이 매립공사에 투입한 공사원가가 존재하는 점, ④ 공유수면 매립공사 준공토지 면적이 9,289㎡로 부산항만청 준공검사에 기재된 공사비가 318,790천원에 불과하여 실제 투입된 총 공사비를 반영하였다고 보기 어려우므로 청구법인이 해양항만청에 신고된 공사원가명세상의 공사비가 실제 소요된 공사비라고 단정하기 어려운 점 등에 비추어 보면, 실지거래가액인 취득가액에 대하여는 과세관청이 이를 입증하여야 하며, 처분청은 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 당해 신고가액이 사실과 달라 처분청에서는 실지거래가액을 확인한때에는 그 확인된 가액을 취득가액으로 하여 양도소득세 과세표준과 세액을 경정하여야 함에도 실지거 래가액이 존재한다고 주장만 할 뿐 취득가액에 대한 어떠한 경정도 없이 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 보인다.
5. 따라서 쟁점토지의 취득가액에 대한 구체적인 사실관계를 재조사하여 실지거래가액을 확인하고 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
이 건 이의신청은 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제66조제6항 및 제65조제1항제3호(재조사)의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
실지거래가액인 취득가액에 대하여는 과세관청이 이를 입증하여야 하며, 처분청은 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 당해 신고가액이 사실과 달라 처분청에서는 실지거래가액을 확인한때에는 그 확인된 가액을 취득가액으로 하여 양도소득세 과세표준과 세액을 경정하여야 함에도 실지거래가액이 존재한다고 주장만 할 뿐 취득가액에 대한 어떠한 경정도 없이 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 보인다. 따라서 쟁점토지의 취득가액에 대한 구체적인 사실관계를 재조사하여 실지거래가액을 확인하고 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.