토지 수용 후 주택을 별도로 양도한 경우 해당 토지를 1세대 1주택에 부수되는 토지로 볼 수 있는지 여부

사 건 2025구단5203 양도소득세부과처분취소 원 고 AAA 피 고

○○○세무서장 변 론 종 결

2025. 11. 26. 판 결 선 고

2026. 2. 25.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 20xx. x. xx. 원고에 대하여 한 20xx년 귀속 양도소득세 xxx,xxx,xxx원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 20xx. xx. xx.

○○ 시

○○ 구

○○ 동 xxx 대 xxx㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 함) 및 그 지상 단독주택 xxx.xx㎡(이하 ‘이 사건 주택’이라 함)의 소유권을 취득하고, 20xx. x. xx.부터 위 주택에 거주하였다.

• 나. 이 사건 토지는 20xx. x. x. 공공주택특별법 제6조 제1항에 따라

○○○○ 공공주택지구로 지정되었고, 공공주택사업법 시행에 따라 토지보상법 제19조 제1항 에 의해 수용(20xx. x. xx.자 수용개시, 수용보상금 x,xxx,xxx,xxx원)되어 20xx. x. x. 한국토지주택공사 등에게 소유권이 이전되었다.

• 다. 원고는 20xx. x. xx. 이 사건 주택을 소외 BBB에게 매도하고, 20xx. x. x. 소유권이전등기를 마쳐주었다.
• 라. 원고는 이 사건 토지 양도소득이 소득세법 제89조 제1항 제3호 에 따른 ‘비과세 양도소득(1세대 1주택 비과세)에 해당하는 것으로 보아 20xx년 귀속 양도소득세 신고 당시 과세표준에 포함시키지 않았는데, 피고는 20xx. x. xx. “이 사건 토지는 이 사건 주택과 함께 양도되지 아니하여 1세대 1주택에 부수되는 토지로 볼 수 없으므로, 소득세법 89조 제1항 제3호 에 정한 ’비과세 양도소득‘에 해당하지 않는다”는 이유로 이를 과세표준에 산입시키고, 20xx년 귀속 양도소득세로 xxx,xxx,xxx원(가산세 포함)을 경정․고지하였다(이하 ’이 사건 처분‘이라 한다).
• 마. 원고는 이의신청을 거쳐 20xx. x. xx. 조세심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 심판청구를 하였으나, 20xx. x. xx. 기각재결을 받았다. [인정근거] 갑 제1 내지 5호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 이 사건의 쟁점 – 소득세법 제89조 제1항 제3호 적용 여부

○ 원고: 이 사건 토지와 주택이 일괄 수용된 경우와 이 사건 토지만 수용된 경우를 비교하여 볼 때, 전자의 경우에 대해서만 양도소득세 비과세를 적용하고 후자의 경우에는 이를 적용하지 않을 이유가 없다. 설령 피고 해석과 같이 주택 부수토지만 수용된 경우 비과세가 적용될 수 없다 하더라도, 이 사건 토지 수용 후 주택도 바로 20xx. xx. xx.자 공공용지 협의취득 원인으로 20xx. x. x. 공사 등 명의로 소유권이전등기가 마쳐졌으므로, 사실상 주택과 토지가 같이 수용된 것으로 비과세 대상이 되어야 한다.

○ 피고: 부수토지는 주택과 함께 양도되는 경우에 비과세되는 것인데, 이 사건 토지는 이 사건 주택과는 별개로 양도(수용)되었으므로 비과세 대상에 해당하지 아니한다.

• 나. 판단

(1) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2010. 4. 29. 선고 2009두18325 판결 등 참조).

(2) ① 소득세법 제89조 제1항 제3호 는 비과세 대상인 소득을 “···주택과 이에 딸린 토지로서···면적 이내의 토지의 양도로 발생하는 소득”이라고 규정하고 있는바, 이는 주택과 그 부수토지를 함께 양도하는 경우를 상정하고 있다고 해석하는 것이 문언에 부합한다.

② 1세대 1주택 비과세 규정은 주택은 국민의 주거생활의 기초가 되는 것이므로 1세대가 국내에 소유하는 1개의 주택을 양도하는 것이 양도소득을 얻거나 투기를 할 목적으로 일시적으로 거주하거나 소유하다가 양도하는 것이 아니라고 볼 수 있는 일정한 경우 국민의 주거생활의 안정과 거주이전의 자유를 보장하여 주기 위하여 그 양도소득에 대하여 소득세를 부과하지 아니하는 것이다. 나아가 위 1세대 1주택 비과세 대상에 일정 범위 내의 주택부수토지를 포함하여 비과세 혜택을 부여하는 것은 건물은 그에 따른 부수토지가 있기 마련이고 건물을 양도할 때는 통상 양도건물과 경제적 일체를 이루는 그 부수토지도 함께 양도되는 경우가 대부분이기 때문에 건물이 1세대 1주택에 해당하는 경우 그 부수토지의 양도로 인하여 발생하는 소득도 일정 범위에서 함께 비과세하는 것이 규정 취지에 부합하기 때문이다.

③ 소득세법 시행령 제154조 제1항 2호 가목, 제155조 제1항의 경우에도 ’주택 및 그 부수토지의 일부가 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의한 협의매수·수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우의 해당주택 및 그 부수토지와 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 잔존토지·잔존주택 및 그 부수토지는 모두 1세대 1주택 및 그 부수토지의 양도로 본다는 취지로서, 조항 자체에서 주택과 부수토지가 함께 수용되는 경우로 규정하고 있다. 소득세법 시행규칙 제72조 제2항 에서도 주택에 부수되는 토지를 분할하여 양도(지분양도 포함)하는 경우 그 양도하는 부분의 토지는 법 제89조 제1항 제3호 가.목에 따른 1세대 1주택 부수 토지로 보지 않는다고 명시하고 있고, 후문에서‘주택 및 부수토지의 일부’,‘잔존토지 및 잔존주택’이라고 명시함으로써 토지와 주택이 일체로 양도(수용)되는 것을 상정하고 있다. 결국 위 법리 및 관련 법률조항들을 종합해볼 때, 이 사건과 같이 주택 전부와 토지 전부가 별개 거래대상으로 각각 수용되고 양도되었고, 주택 거래당시에는 경제적 일체성이 유지되는 잔존토지가 남아있지 않은 경우까지 포함하여 1세대 1주택 비과세 특례조항이 적용된다고 해석할 수 없다. 1세대 1주택 비과세특례조항을 적용하지 않고 한 피고의 이 사건 처분이 위법하다고 볼 수 없고, 결국 원고의 주장은 이유 없다.

원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.