실질 과점주주가 아니라 명의상 주주라는 사정은 이를 주장하는 자가 입증하여야 함

사 건 2024구합16129 법인세등부과처분취소 원 고 서AA 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2025. 4. 15. 판 결 선 고

2025. 5. 13.

1. 피고가 2023. 6. 13. 원고에 대하여 한 2021년(12월) 귀속 법인세 11,961,480원의 부과처분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 80%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2023. 6. 13. 원고에 대하여 한 2021년(12월) 귀속 법인세 11,961,480원, 2022년(1월) 귀속 부가가치세 15,385,470원 및 부가가치세 12,962,070원, 2022년(2월) 귀속 사업소득세 301,480원, 2022년(3월) 귀속 사업소득세 593,530원, 2022년(3월) 귀속 근로소득세 747,900원, 2022년(4월) 귀속 사업소득세 334,680원, 2022년(4월) 귀속 근로소득세 1,083,140원, 2022년(5월) 귀속 사업소득세 403,370원, 2022년(5월) 귀속 근로소득세 535,420원, 2022년(7월) 귀속 부가가치세 17,727,770원 및 부가가치세 2,142,740원의 각 부과처분을 취소한다.

• 가. 관계자의 지위

1. 주식회사 BBB(이하 ‘BBB’이라 한다)은 2021. 3. 18. 슈퍼운영업 등을 목적으로 설립된 주식회사이다.

2. 원고와 윤CC는 2021. 9. 3. 원고가 윤CC로부터 BBB을 권리금 7억 5,000만 원에 양수하는 내용의 계약을 체결하였다.

3. 원고는 2021. 9. 6.부터 2022. 10. 20.까지 사이에 BBB의 대표이사로 등재되어 있었고, 원고의 사임 이후 서DD이 대표이사로 취임하였다. 원고와 서DD은 형제 관계이다.

4. BBB의 주식등변동상황명세서 및 주식·출자지분 양도명세서에 의하면, BBB 설립 당시 발행주식 총수 1만 5,000주(1주당 금액 1만 원, 자본금 합계 1억 5,000만 원) 중 윤CC가 7,650주, 윤EE가 3,750주, 윤FF가 3,600주를 각 보유하고 있다가, 이 사건 계약에 따라 윤CC, 윤EE, 윤FF로부터 위 각 주식을 양수한 원고가 위 계약 체결일인 2021. 9. 3.부터 발행주식 총수 1만 5,000주 전부를 보유하게 되었다.

• 나. 제2차 납세의무자 지정

1. BBB은 아래 표 기재와 같이 2021년(12월) 귀속 법인세 등 합계 64,179,050원(이하 ‘이 사건 체납액’이라 한다)을 각 납부기한까지 납부하지 않았다.

2. 피고는 BBB의 재산으로는 이 사건 체납액 및 체납처분비(강제징수비)를 충당하기에 부족하다고 판단하고, 원고를 국세기본법에 따른 제2차 납세의무자(과점주주)로 지정한 후 2023. 6. 13. 원고에게 아래 표 기재와 같이 이 사건 체납액 전액인 64,179,050원을 부과(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)하였으며, 원고는 이 사건 부과처분을 2023. 6. 28. 송달받았다. [표 생략]

• 다. 원고에 대한 회생절차개시결정

1. 원고는 2022. 11. 23. 서울회생법원 2022회단1○○○○8호로 회생절차(이하 ‘이 사건 회생절차’라 한다) 개시신청을 하였고, 위 법원은 2022. 12. 22. 회생절차 개시결정을 하였으며, 2023. 6. 28. 회생계획안을 인가하였다.

2. 피고는 이 사건 회생절차에서 원고에 대한 조세채권을 신고하지 않았고, 그 채권이 회생채권자목록이나 원고에 대한 회생계획에 포함되지 않았다.

• 라. 전심절차 원고는 이 사건 부과처분에 불복하여 2023. 9. 5. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2024. 8. 19. 원고의 심판청구를 기각하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 9, 10, 11호증, 을 제1, 2, 3호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

별지 기재와 같다.

• 가. 원고는 자신의 형인 서DD이 BBB을 양수하는 과정에서 개인신용 등의 문제로 본인 명의로 BBB을 인수하기 어렵게 되자 서DD의 명의대여 요청에 따라 대표이사 및 주주로 등재되었을 뿐이므로, BBB을 실질적으로 운영한 자로서 원고 명의 주식의 실질적인 소유자는 서DD이다. 따라서 원고를 BBB의 과점주주로서 제2차 납세의무자로 본 이 사건 부과처분은 위법하다.
• 나. 법인세의 납부기한은 각 사업년도의 종료일이 속하는 달의 말일로부터 3개월 이내이고, 제2차 납세의무의 성립시기는 주된 납세의무의 납부기한이 경과한 이후이므로, 이 사건 회생절차 개시결정일인 2022. 12. 22. 이전인 2022. 3. 31. 그 납부기한이 도래한 2021년(12월) 귀속 법인세 11,961,480원(이하 ‘이 사건 법인세’라 한다) 채권은 회생채권에 해당하는데, 피고는 이 사건 회생절차에서 이 사건 법인세 채권을 회생채권으로 신고하지 않았다. 따라서 이 사건 법인세 채권은 회생계획 인가결정에 따라 실권되었으므로, 그에 대한 부과권이 소멸한 후에 이루어진 이 사건 부과처분 중 위 법인세 부분은 그 하자가 중대하고 명백하여 당연무효이다.
• 다. 이 사건 법인세 채권이 회생계획 인가결정에 따라 실권되지 않았다고 하더라도 이 사건 회생절차에서 인가받은 회생계획에 의하면, 회생계획 인가결정일 이후 변제일까지 국세징수법에 의한 징수 및 체납처분에 의한 재산의 환가가 유예되고, 회생계획인가결정 전일까지 발생한 조세 등 채권의 납부지연가산세를 포함한 금액을 현금으로 변제하되, 2023년부터 2025년까지 3년간 균등분할하여 변제하도록 정하고 있으므로, 위 회생계획에서 정한 징수유예기간 중에 이루어진 이 사건 부과처분 중 이 사건 법인세의 부과처분은 위법하다.

• 가. 원고가 제2차 납세의무자에 해당하는지 여부

1. 관련 규정 및 법리 국세기본법 제39조 제2호 는 ‘주주의 소유주식 합계가 해당 법인의 발행주식 총수의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들’을 과점주주로 정의하고, 법인의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 강제징수비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 과점주주에 해당하는 자는 법인의 재산으로 그 법인에 부과되거나 납부할 국세 등에 충당하여도 부족한 경우 그 부족한 금액에 대한 제2차 납세의무를 진다고 규정하고 있다. 과점주주에 해당하는지 여부는 과반수 주식의 소유집단의 일원인지 여부에 의하여 판단하여야 하고, 구체적으로 회사경영에 관여한 사실이 없다고 하더라도 그것만으로 과점주주가 아니라고 판단할 수 없으며, 그 주식에 관한 권리행사는 반드시 현실적으로 주주권을 행사한 실적이 있어야 할 것을 요구하는 것은 아니고, 납세의무 성립일 현재 소유하고 있는 주식에 관하여 주주권을 행사할 수 있는 지위에 있으면 족하다(대법원 2003. 7. 8. 선고 2001두5354 판결, 대법원 2004. 10. 15. 선고 2003두8418 판결 등 참조). 주식의 소유사실은 과세관청이 주주명부나 주식등변동상황명세서 또는 법인등기부등본 등 자료에 의하여 이를 입증하면 된다. 다만 위 자료에 비추어 일견 주주로 보이는 경우에도 실은 주주명의를 도용당하였거나 실질소유주의 명의가 아닌 차명으로 등재되었다는 등의 사정이 있는 경우에는 단지 그 명의만으로 주주에 해당한다고 볼 수는 없으나, 이는 주주가 아님을 주장하는 그 명의자가 입증하여야 한다(대법원 2004. 7. 9. 선고 2003두1615 판결 등 참조).

2. 구체적 판단 원고가 이 사건 부과처분의 과세기간 동안 BBB의 발행주식 전부를 보유하고 있었고, BBB의 법인등기부에 대표이사로 등재되어 있었던 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 주주명부나 주식등변동상황명세서, 법인등기부등본의 기재내용과 달리 원고가 BBB의 명의상 주주에 불과하다는 사정은 원고가 증명하여야 한다. 그러나 앞서 든 증거들, 갑 제6 내지 8, 12 내지 14호증, 을 제4, 5호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고가 제출한 증거들만으로는 원고가 BBB의 실질주주로서 과점주주가 아니라 명의상 주주라는 점을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

① 원고가 이 사건 계약체결일인 2021. 9. 3.부터 이 사건 부과처분이 이루어진 2023. 6. 13.까지 BBB의 주주명부에 주주로 등재되어 있음은 앞서 본 바와 같고, 이처럼 주주명부에 적법하게 주주로 기재되어 있는 자는 특별한 사정이 없는 한 회사에 대한 관계에서 주식에 관한 의결권 등 주주권을 행사할 수 있다(대법원 2017. 3. 23. 선고 2015다248342 판결 참조).

② ‘BBB 서AA’ 명의의 계좌에 BBB의 양수대금 명목으로 박GG이 2021. 8. 13. 3,000만 원, 서DD이 2021. 8. 27. 및 2021. 9. 16. 합계 2억 7,500만 원을 이체한 내용이 기록되어 있는 사실이 인정되기는 한다. 그러나, 이 사건 회생절차에서 인가된 회생계획에 ‘원고가 이 사건 회생절차 개시에 이르게 된 주요 원인’으로 ‘원고는 서DD의 경제적인 재기를 돕기 위하여 BBB을 인수하는데 참여하여 명의상 100% 지분을 가진 주주가 되었고, 대표이사로 등재되었다. 인수 절차는 물론 인수 후 운영도 서DD이 전담하였으나, 원고는 인수 과정에서 법인 차입금을 연대보증으로 제공하였을 뿐 아니라, 이후 영업부진으로 운영자금 부족 현상이 나타나자 금융기관 및 일반 차입금으로 조달하여 자금을 제공하였다’라고 기재되어 있고, 이 사건 계약에 의하면, BBB 양수대금 7억 5,000만 원 중 실제 지급된 3억 500만 원을 제외한 나머지 부분은 양수인이 임대차보증금 4억 5,000만 원 및 대출금 5억 6,000만 원을 인수하는 것에 갈음하는 것으로 정하고 있다. 이와 같은 사정에 비추어보면, 원고도 BBB의 인수 및 운영 과정에서 지출된 운영비, 금융기관 대출이자 및 원금 상환 의무 등을 부담하는 방법으로 BBB의 인수 및 운영자금을 일부 부담하였을 것으로 보인다.

③ 서DD은 ‘본인이 원고 명의 주식의 실질적인 소유자이고 원고는 형식적인 주주에 불과하며, 원고는 BBB의 운영에 관여한 바 없다’라는 취지의 사실확인서(갑 제5호증)를 제출하였다. 그러나 원고와 서DD이 형제관계로 특수관계에 있는 점을 고려하면, 위와 같은 사정만으로 명의 차용 사실이 증명되었다고 보기는 어렵다. 게다가 원고 명의의 주식에 대하여 서DD이 주주총회에 참석하여 의결권을 행사하였다거나, 주식에 대한 배당금을 수령하는 등으로 주주로서의 권리를 행사하였다는 사정도 발견할 수 없다.

④ 원고가 2011. 10. 4.부터 현재까지 ○○증권에 근무하며 급여를 수령한 사실은 인정되나 과점주주에 해당하는지 여부는 주식의 소유사실에 의하여 좌우되는 것이고 주식회사는 본질상 소유와 경영이 분리되므로 원고가 BBB의 과점주주라는 사실과 ○○증권에서 근무하였다는 것은 양립가능하다. 게다가 원고는 BBB 이외에도 2021. 4. 26. ‘한○’라는 상호로 부동산임대업의, 2022. 3. 8. ‘○○연구소’라는 상호로 상품 도매업의 사업자등록을 하기도 하였다.

⑤ 원고는 2023. 8. 22. 서DD에게 원고가 보유하던 BBB 주식 1만 5,000주를 무상으로 양도하였다는 내용의 2022. 10. 7.자 주식양수도계약서와 주주확인서를 첨부하여 2022년 귀속 양도소득세 기한후신고서를 제출하였으나, 위 기한후신고서는 이 사건 부과처분이 있은 후에 제출된 점, 1주당 액면가액이 1만 원임에도 주식에 대한 가치평가 없이 이를 무상으로 양도한 점 등에 비추어 위 주식양수도계약서의 기재는 이를 그대로 믿기 어렵다.

• 나. 이 사건 법인세 채권이 회생채권에 해당하는지 여부

1. 관련 법리

• 가) 채무자 회생 및 파산에 관한 법률(이하 ‘채무자회생법’이라 한다)은 원칙적으로 조세채권을 일반채권과 동등하게 취급하여 회생절차개시 전의 원인으로 생긴 조세채권을 회생채권에 포함시키되(제118조 제1호), 회생절차개시 후에 생긴 조세채권은 채무자의 업무 및 재산의 관리와 처분에 관하여 성립한 것과 같이 예외적인 경우에만 공익채권으로 인정하고 있다(제179조 제1항 각 호 등). 여기서 회생절차개시 전의 원인으로 생긴 조세채권이란 회생절차개시결정 전에 법률에 따른 과세요건이 충족된 조세채권을 의미하므로, 어느 조세채권이 회생채권에 해당하는지는 회생절차개시 당시 납세의무가 성립하였는지에 따라 결정된다(대법원 2012. 3. 22. 선고 2010두27523 전원합의체 판결).
• 나) 제2차 납세의무가 성립하기 위해서는 주된 납세의무자의 체납 등 그 요건에 해당되는 사실이 발생하여야 하므로, 그 성립시기는 적어도 '주된 납세의무의 납부기한'이 경과한 이후이다(대법원 2005. 4. 15. 선고 2003두13083 판결, 대법원 2012. 5. 9. 선고 2010두13234 판결 등 참조).
• 다) 제2차 납세의무가 성립하기 위해서는 주된 납세의무에 징수부족액이 있을 것을 요건으로 하지만 일단 주된 납세의무가 체납된 이상 그 징수부족액의 발생은 반드시 주된 납세의무자에 대하여 현실로 체납처분을 집행하여 부족액이 구체적으로 생기는 것을 요하지 아니하고, 다만 체납처분을 하면 객관적으로 징수부족액이 생길 것으로 인정되면 족하다(대법원 1996. 2. 23. 선고 95누14756 판결, 대법원 2004. 5. 14. 선고 2003두10718 판결 등 참조).

2. 구체적 판단

• 가) 이 사건 법인세의 주된 납세의무 성립 당시에 원고가 국세기본법 제39조 제2호 에 따라 제2차 납세의무를 부담하는 BBB의 과점주주였던 사실은 앞서 판단한 바와 같다. 이 사건 법인세 채권이 회생채권에 해당하려면, 이 사건 회생절차 개시결정 전에 원고의 제2차 납세의무가 성립하여야 하므로, 이 사건 회생절차 개시결정 전에 ① 주된 납세의무자인 BBB의 납부기한이 경과하고, ② 주된 납세의무에 징수부족액이 있어야 한다.
• 나) 납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 그 사업연도의 소득에 대한 법인세를 신고 및 납부하여야 하나, 그 신고를 하지 아니하여 납세지 관할 세무서장 또는 관할 지방국세청장이 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정하여 고지한 경우에는 그 고지일부터 30일 내의 범위에서 세무서장이 지정한 날이 납부기한이 된다[구 법인세법(2021. 12. 21. 법률 제18590호로 개정되기 전의 것) 제60조, 제64조, 제66조, 제70조, 국세징수법 제6조 참조].
• 다) 피고가 BBB의 2021년(12월) 귀속 법인세의 납부기한을 2022. 6. 30.로 지정한 사실, BBB이 위 법인세를 원고에 대한 회생절차 개시결정일인 2022. 12. 22. 이전에 체납한 사실은 앞서 본 바와 같다. 위 인정사실, 앞서 든 증거들, 을 제6호증의 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정 즉, 피고는 BBB이 위 법인세의 지정 납부기한인 2022. 6. 30.까지 위 법인세를 납부하지 못하자 2022. 10. 19. BBB의 법인 계좌를 압류하였으나, 이 사건 체납액이 충당되지 않자 2023. 3. 14. 추가로 BBB이 법원에 공탁한 공탁금에 대한 공탁금출급청구권을 압류한 점 등에 비추어 보면, 이 사건 회생절차 개시결정일인 2022. 12. 22. BBB에 대한 위 법인세 납세의무에 징수부족액이 생길 것으로 인정되는 상태였다고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 법인세에 관한 원고의 제2차 납세의무는 이 사건 회생절차 개시결정 전에 성립하였으므로, 피고의 원고에 대한 이 사건 법인세 채권은 회생채권에 해당한다.

3. 피고의 주장에 대한 판단

• 가) 피고는, 이 사건 부과처분이 있기 전 이 사건 회생절차 개시결정이 있었기 때문에 이 사건 회생절차에 관하여 알지 못하여 이 사건 법인세 채권을 신고하지 못한 것이므로, 이 사건 법인세 채권은 채무자회생법 제251조 에도 불구하고 실권되었다고 할 수 없다고 주장한다. 나) 채무자회생법 제118조, 제179조는 채무자에 대하여 회생절차개시 전의 원인으로 생긴 재산상의 청구권을 회생채권으로 하면서 조세에 관한 청구권 중 회생절차개시 당시 아직 납부기한이 도래하지 아니한 것은 공익채권으로 정하고 있고, 같은 법 제156조는 회생채권을 가지고 있는 자는 지체 없이 그 액 및 원인과 담보권의 내용을 법원에 신고하여야 한다고 정하고 있으며, 제251조는 회생계획인가결정이 있는 때에는 회생계획이나 이 법의 규정에 의하여 인정된 권리를 제외하고는 채무자는 모든 회생채권과 회생담보권에 관하여 그 책임을 면한다고 정하고 있다. 다만, 회생절차에서 회생채권자가 회생절차의 개시사실 및 회생채권 등의 신고기간 등에 관하여 개별적인 통지를 받지 못하는 등으로 회생절차에 관하여 알지 못함으로써 회생계획안 심리를 위한 관계인집회가 끝날 때까지 채권신고를 하지 못하고, 관리인이 그 회생채권의 존재 또는 그러한 회생채권이 주장되는 사실을 알고 있거나 이를 쉽게 알 수 있었음에도 회생채권자 목록에 기재하지 아니한 경우, 법 제251조의 규정에 불구하고 회생계획이 인가되더라도 그 회생채권은 실권되지 아니하고, 이때 그 회생채권자는 법 제152조 제3항에 불구하고 회생계획안 심리를 위한 관계인집회가 끝난 후에도 회생절차에 관하여 알게 된 날로부터 1개월 이내에 회생채권의 신고를 보완할 수 있다고 해석하여야 한다. 이와 달리 위와 같은 경우 회생계획의 인가결정에 의하여 회생채권이 실권되고 회생채권의 신고를 보완할 수 없다고 해석하는 것은, 회생채권자로 하여금 회생절차에 참가하여 자신의 권리의 실권 여부에 관하여 대응할 수 있는 최소한의 절차적 기회를 박탈하는 것으로서 헌법상의 적법절차 원리 및 과잉금지원칙에 반하여 재산권을 침해하는 것으로 허용될 수 없다(대법원 2012. 2. 13.자 2011그256 결정 등 참조)
• 다) 이 사건 법인세 채권이 회생채권에 해당함은 앞서 판단한 바와 같고, 피고가 이 사건 회생절차에서 정한 채권신고기간에 위 법인세 채권을 신고하지 않은 사실은 앞서 본 바와 같다. 그러나, 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정들 즉, ① 이 사건 부과처분은 이 사건 회생절차 개시결정일인 2022. 12. 22.로부터 약 6개월 이후인 2023. 6. 13. 이루어졌을 뿐만 아니라, 원고는 회생계획인가결정이 있은 2023. 6. 23. 이후인 2023. 6. 28. 위 부과처분을 송달받은 점, ② 이 사건 법인세 납세의무는 원고가 BBB의 과점주주로서 제2차 납세의무자로 지정되었기 때문이므로, 원고나 이 사건 회생절차의 관리인으로서는 이 사건 부과처분에 따른 제2차 납세의무자 지정이 있기 전까지 이 사건 법인세 채권의 존재나 위 법인세 채권이 주장되는 사실을 쉽게 알기 어려웠을 것으로 보이는 점, ③ 이 사건 회생절차에서 관리인이 이 사건 법인세 채권을 채권자목록에 기재하지 않았으나, 관리인이 위 법인세 채권의 존재나 위 법인세 채권이 주장되는 사실을 알고 있었거나 이를 쉽게 알 수 있었다는 점에 관하여는 아무런 주장·증명이 없는 점 등을 앞서 본 관련 법리에 비추어 보면, 이 사건 법인세 채권이 채무자회생법 제251조 에서 정한 실권의 예외사유에 해당한다고 보기 어려우므로, 피고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.
• 다. 소결론 따라서 이 사건 법인세 채권은 회생채권에 해당하여 회생계획 인가결정이 있은 2023. 6. 23. 채무자회생법 제251조 에 따라 실권되었다고 할 것이므로, 이 사건 부과처분 중 이 사건 법인세 부과처분은 그 부과권이 소멸한 이후에 이루어진 위법한 과세처분으로서 취소되어야 한다(원고의 이 부분 주장을 받아들이므로, 이 사건 법인세 채권이 실권되지 않았다고 판단할 경우를 가정한 나머지 주장에 대하여는 나아가 판단하지 않는다).

그렇다면 원고의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.