현물출자 법인전환 이월과세 적용시 주입종단기차입금 부채 인정 여부.

사 건 의정부지방법원 2024구합12387 양도소득세부과처분취소 원 고 AAA 피 고 BBB 세무서장 변 론 종 결

2025. 6. 24. 판 결 선 고

2025. 8. 19.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2023. 8. 8. 원고에게 한 양도소득세 ****원(가산세 포함, 이하 같다)의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 aaa도 bb시 cc면 dd리 ** 공장용지 ㎡, 같은 리 * 공장용지 ****㎡ 및 그 지상 건물(이하 통틀어 ‘이 사건 부동산’이라 한다)에서 ‘CC’이라는 상호(이하 ‘CC’이라 한다)로 특수합판 제조 개인사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)을 영위하였다.
• 나. 원고는 주식회사 DD(이하 ‘CC’과 합하여 ‘이 사건 사업장’이라 한다)의 설립을 진행하면서, 개업일을 2016. 8. 1.로 하여 2016. 8. 18. 사업자등록을 마쳤다가, 이후 주식회사 DD에 대한 법원 인가 신청을 철회하고 2017. 12. 31. 폐업하였다.
• 다. 원고는 2017. 12. 31. 설립 중인 회사 유한회사 DD과 사이에, 원고가 현물출자기준일(2017. 12. 31.) 현재 이 사건 사업장의 장부상 자산과 부채 전부를 현물출자하고, 유한회사 DD은 원고에게 그 자산총액에서 부채총액을 차감한 잔액의 범위 내에서 검사인 등이 인정하는 현물출자가액에 상당하는 보통주식을 교부하는 현물출자 법인전환계약(이하 ‘이 사건 계약’이라 한다)을 체결하였다.
• 라. EE회계법인은 2018. 2. 23. 감정인 주식회사 FFFF평가법인이 작성한 감정보고서 등을 토대로 이 사건 계약에 따른 원고의 현물출자가액을 **원(= 자산총액 원 – 부채총액 **원)으로 평가하는 감정보고서를 작성하였다.
• 마. 원고는 2018. 4. 6. 유한회사 DD에게 이 사건 부동산에 관하여 현물출자를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤고, 2018. 5. 31. 피고에게 구 조세특례제한법(2020.12. 29. 법률 제17759호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법’이라 한다) 제32조 제1항의 양도소득세 이월과세 적용을 신청하였다.
• 바. 감사원은 JJJJ국세청장에 대한 감사를 실시한 결과 ‘법인으로 전환하는 CC의 순자산가액 계산 시 부채로 계상된 주입종단기차입금 ****원(이하 ‘이 사건차입금’이라 한다)은 채권자와 채무자가 원고로서 동일하여 부채로 볼 수 없는 채무로서,이를 제외할 경우 전환신설법인의 자본금이 순자산가액에 미달하여 이월과세 요건을충족하지 못하였다’라고 지적하였다.
• 사. 이에 따라 피고는 2023. 8. 8. ‘이 사건 차입금채무는 이 사건 계약의 현물출자대상에 포함되지 않고, 이를 제외하면 현물출자로 소멸하는 이 사건 사업장의 순자산가액이 **원이 되어 원고가 현물출자로 취득한 유한회사 DD의 자본금(*원)을 초과한다’는 이유로 이 사건 부동산에 관한 양도소득세 이월과세 적용을 배제하고, 원고에게 이 사건 부동산의 양도로 인한 2018년 귀속 양도소득세 ****원) 을 부과 처분하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 아. 원고는 이에 불복하여 2023. 10. 13. 심사청구를 하였으나, 국세청장은 2024. 1.20. 이를 기각하였다.[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1 내지 3호증의 각 기재, 변론전체의 취지

개인사업자는 사업을 영위하면서 필요한 자금을 스스로 융통하여 사용하는 것이 관행인 점, 이 사건 차입금은 이 사건 사업과 관련하여 지출된 것이 명백한 점을 고려하면,1) 10원 미만은 절삭한 것으로 보인다.이 사건 차입금채무는 이 사건 사업장의 순자산가액 계산 시 부채로 계상되어야 한다.따라서 원고는 구 조세특례제한법 제32조 제1항 의 이월과세 요건을 충족하였으므로 이 사건 처분은 위법하다.

별지 기재와 같다.

• 가. 관련 법리 구 조특법 제2조 제1항 제6호는 "이월과세"란 ‘개인이 해당 사업에 사용되는 사업용 고정자산 등을 현물출자 등을 통하여 법인에 양도하는 경우 이를 양도하는 개인에 대해서는 양도소득세를 과세하지 아니하고, 그 대신 이를 양수한 법인이 그 사업용 고정자산 등을 양도하는 경우 개인이 종전 사업용 고정자산 등을 그 법인에 양도한 날이속하는 과세기간에 다른 양도자산이 없다고 보아 계산한 양도소득 산출세액 상당액을법인세로 납부하는 것을 말한다’고 규정하고 있고, 제32조 제1항은 ‘거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령이 정하는 사업 양도·양수의 방법에 따라 법인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우그 사업용고정자산에 대하여는 이월과세를 적용받을 수 있다’고 규정하고 있으며, 같은조 제2항은 ‘제1항은 새로 설립되는 법인의 자본금이 대통령령이 정하는 금액 이상인경우에만 적용한다’고 규정하고 있다. 구 조특법 시행령 제28조 제1항 제2호, 제29조제5항에 의하면, 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하여 법인으로 전환하는 경우 그사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있도록 하되, 새로 설립되는 법인의 자본금이 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액) 이상인 경우에 한하여 이를 적용하여야 한다. 이처럼 양도소득세 이월과세의 요건으로 새로 설립되는 법인의 자본금이 법인으로전환하는 사업장의 순자산가액 이상일 것을 규정한 이유는, 개인사업장을 법인으로 전환하여 기업의 조직 형태를 변경하는 것은 실질적으로 동일한 사업주가 사업의 운영형태만 바꾸는 것에 불과한데 이처럼 실질적으로 동일한 사업주가 사업의 운영 형태만바꾼 것으로 평가되기 위해서는 사업양수도 대상의 순자산가액이 신설 법인에 그대로승계되어야 하는바(대법원 2012. 12. 13. 선고 2012두17865 판결 참조), 구 조특법은이월과세의 요건으로 ‘새로 설립되는 법인의 자본금이 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액 이상일 것’을 규정함으로써, 개인사업장을 그대로 법인으로 전환하는 것을 장려하되 그 과정에서 개인사업자가 출자금액을 부당하게 축소시키는 것을 방지하고자함에 있다(대법원 1994. 11. 18. 선고 93누20160 판결 참조).
• 나. 구체적 판단

1. 앞서 인정한 사실 및 변론 전체의 취지 등을 통해 인정되는 다음과 같은 사들을 종합하면, 이 사건 사업장의 순자산가액을 산정함에 있어 이 사건 차입금채무는 부채에 포함되지 않는다고 봄이 타당하다.

• 가) 개인사업자의 사업구조와 성격, 회계처리 방식 2) 등에 비추어 보면, 이 사건차입금만큼 이 사건 사업장의 부채가 아닌 순자산가액이 증가한 것으로 보는 것이 타당하다. 또한 원고가 주식회사 DD의 사업자등록번호로 2016, 2017사업연도 법인세를신고하였다 하더라도, 앞서 본바와 같이 주식회사 DD이 법원으로부터 설립 인가를 받지 못하고 2017. 12. 31. 폐업함으로써 법인으로 설립되었다고 보기 어려운 이상, 이 사건 차입금을 주식회사 DD의 대표이사인 원고에 대한 가수금 채무라 보기도 어렵다.
• 나) 원고는 이 사건 차입금이 거래처의 매입대금과 어음 관련 업무로 사용되었다고 주장하며 해명자료(갑 제2호증)를 제출하였으나, 계좌거래 내역에 불과하여 위 기재 내용만으로는 이 사건 차입금이 이 사건 사업장과 직접 관련된 부채라고 인정하기부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다.
• 다) 만일 원고의 주장과 같이 개인사업자가 사업을 영위하면서 스스로 융통한 자금을 순자산가액을 산정함에 있어 부채로 계상한다면, 현물출자에 따라 개인기업인 이사건 사업장을 법인기업으로 전환하는 원고가 출자금액을 이 사건 차입금만큼 부당하게 축소시키는 것을 용인하는 결과가 되는바, 이는 앞서 본 현물출자를 통한 법인전환에 따른 양도소득세 이월과세의 특례의 입법취지를 몰각시킬 우려가 있다.

2. 따라서 새로이 설립된 유한회사 DD의 자본금 *원이 이 사건 계약상 현물출자로 소멸하는 이 사건 사업장의 순자산가액 **원(= 자산총액원 – 부채총액 원 + 이 사건 차입금 **원)에 미달하게 됨으로써 구 조특법 제32조 제1항에서 정한 양도소득세 이월과세 요건을 충족하지 못하였으므로, 이를 이유로 한 이 사건 처분은 적법하다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. [별지] 관계 법령 ▣ 구 조세특례제한법(2020. 12. 29. 법률 제17759호로 개정되기 전의 것) 제2조(정의)

① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

6. “이월과세(移越課稅)”란 개인이 해당 사업에 사용되는 사업용고정자산 등(이하 이 호에서 “종전사업 용고정자산등”이라 한다)을 현물출자(現物出資) 등을 통하여 법인에 양도하는 경우 이를 양도하는개인에 대해서는 소득세법 제94조 에 따른 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니하고, 그 대신 이를 양수한 법인이 그 사업용고정자산 등을 양도하는 경우 개인이 종 전사업용고정자산등을 그 법인에 양도한 날이 속하는 과세기간에 다른 양도자산이 없다고 보아 계 산한 같은 법 제104조에 따른 양도소득 산출세액 상당액을 법인세로 납부하는 것을 말한다. 제32조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세)

① 거주자가 사업용고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도ㆍ양수의 방법에 따라 법 인(대통령령으로 정하는 소비성서비스업을 경영하는 법인은 제외한다)으로 전환하는 경우 그 사업용 고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다.

② 제1항은 새로 설립되는 법인의 자본금이 대통령령으로 정하는 금액 이상인 경우에만 적용한다.

③ 제1항을 적용받으려는 거주자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 이월과세 적용신청을 하여야 한다. ▣ 구 조세특례제한법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제231444호로 개정되기 전의 것) 제29조(법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세)

② 법 제32조제1항에서 "대통령령으로 정하는 사업 양도·양수의 방법"이란 해당 사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 제5항에 따른 금액 이상을 출자하여 법인을 설립하고, 그 법인설립일부터 3개월 이내 에 해당 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것을 말한다.

③ 법 제32조제1항에서 "대통령령으로 정하는 소비성서비스업"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는

④ 법 제32조제1항의 규정에 의하여 양도소득세의 이월과세를 적용받고자 하는 자는 현물출자 또는 사 업양수도를 한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)시 새로이 설립되는 법인 과 함께 기획재정부령이 정하는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

⑤ 법 제32조제2항에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 사업용고정자산을 현물출자하거나 사업양수도하 여 법인으로 전환하는 사업장의 순자산가액으로서 제28조제1항제2호의 규정을 준용하여 계산한 금액 을 말한다.