정당한 사유가 있는 경우 감면된 종합부동산세 등을 추징할 수 없음

사 건 2024구합11193 종합부동산세등추징처분취소 원 고

○○건설 주식회사 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2025. 7. 22. 판 결 선 고

2025. 9. 16.

1. 피고가 20xx. xx. xx. 원고에 대하여 한, 20xx년 귀속 종합부동산세 x,xxx,xxx,xxx원(가산세 포함) 및 농어촌특별세 xxx,xxx,xxx원, 20xx년 귀속 종합부동산세 x,xxx,xxx,xxx원(가산세 포함) 및 농어촌특별세 xxx,xxx,xxx원, 20xx년 귀속 종합부동산세 x,xxx,xxx,xxx원(가산세 포함) 및 농어촌특별세 xxx,xxx,xxx원의 각 추징처분을 모두 취소한다.

2. 피고가 20xx. xx. xx. 원고에 대하여 한 20xx년 귀속 종합부동산세 x,xxx,xxx,xxx원(가산세 포함) 및 농어촌특별세 xxx,xxx,xxx원, 20xx년 귀속 종합부동산세 x,xxx,xxx,xxx원(가산세 포함) 및 농어촌특별세 xxx,xxx,xxx원의 각 추징처분을 모두 취소한다.

3. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 일원 ○○지구 공동주택 x

• x BL(블럭) xx, xxx. x ㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)는 도시재정비촉진을 위한 특별법에 의하여 지정된 ‘○○ 재정비촉진지구’(○○시 ○○구 ○○동 x, xxx, xxx. x ㎡) 중 제 x 지구에 속한 토지로서, ○○시장은 ○○공사(이하 ‘○○공사’라 한다)를 사업시행자로 하여 실시하는 ○○○타운 도시개발사업에 관하여 20 xx. xx. xx. 일부 사업계획을 변경하는 내용의 ‘○○○타운 도시개발사업 실시계획 변경인가 고시’를 하였고, 이에 ○○공사는 20 xx. xx. xx. 이 사건 토지를 공급예정금액 xx, xxx, xxx, xxx 원으로 매각하는 내용의 용지 일반분양공고를 하였다.

• 나. 주택법에 따라 주택건설사업자 등록을 마친 원고는 위 입찰에 응찰하여 20 xx. xx. xx. ○○공사와 사이에 이 사건 토지를 xx, xxx, xxx, xxx 원에 매수하는 매매계약을 체결한 후, 20 xx. xx. xx. 위 매매대금을 모두 지급하였다.
• 다. 원고는 20 xx. xx. xx. ○○시 ○○구청장(이하 ’○○구청장‘이라 한다)으로부터 위 변경인가 고시에 따른 주택건설사업계획(이하 ‘이 사건 사업계획’이라 한다)을 승인을 받은 후, 20 xx 년 내지 20 xx 년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세에 대한 신고 시 이 사건 토지가 조세특례제한법 제104조의19 제1항 제1호 에서 정한 ‘취득일로부터 5년 이내에 주택법에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지’에 해당한다고 보고 같은 조 제2항에 따라 합산배제 신고를 하였다.
• 라. 피고는 원고에게 이 사건 토지를 취득한 20 xx. xx. xx.로부터 5년 이내에 주택법에 따른 사업계획의 승인을 받지 못하였다는 이유로 다음과 같이 종합부동산세 및 농어촌특별세를 결정·고지하였다(이하 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다). 귀속연도 처분일 종합부동산세(원) 농어촌특별세(원) 합계(원) 20 xx 20 xx. xx. xx. x, xxx, xxx, xxx xxx, xxx, xxx x, xxx, xxx, xxx 20 xx 20 xx. xx. xx. x, xxx, xxx, xxx xxx, xxx, xxx x, xxx, xxx, xxx 20 xx 20 xx. xx. xx. x, xxx, xxx, xxx xxx, xxx, xxx x, xxx, xxx, xxx 20 xx 20 xx. xx. xx. x, xxx, xxx, xxx xxx, xxx, xxx x, xxx, xxx, xxx 20 xx 20 xx. xx. xx. x, xxx, xxx, xxx xxx, xxx, xxx x, xxx, xxx, xxx
• 마. 원고는 이 사건 처분 중, 20 xx. xx. xx.자 처분에 대하여 20 xx. xx. xx. 심판청구를 하였으나 조세심판원은 20 xx. xx. xx. 이를 기각하였고, 20 xx. xx. xx.자 처분에 대하여 20 xx. xx. xx. 심판청구를 하였으나 조세심판원은 20 xx. xx. xx. 이를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제 1 내지 3, 44, 45, 49호증(가지번호 있는 경우 각 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1 내지 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

원고가 이 사건 토지의 취득일로부터 5년 내에 이 사건 사업계획의 승인을 받지 못하였다 하더라도 이에 정당한 사유가 있다면 조세특례제한법 제104조의19 제3항 에 따른 추징을 할 수 없다고 보아야 한다. 그런데 원고가 5년 내에 이 사건 사업계획 승인을 받지 못한 것은 ○○구청장의 위법한 처분으로 인한 관련 소송 등이 진행되었기 때문이므로 정당한 사유가 존재한다. 따라서 이 사건 처분은 위법하다.

별지 기재와 같다.

• 가. 인정사실 앞서 든 증거, 갑 제4 내지 26, 34, 35, 38 내지 43호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 다음과 같은 사실이 인정된다.

1. 선행 소송의 경과

• 가) 원고는 20 xx. xx. xx. ○○구청장에게 이 사건 토지에 총 xxx 세대의 아파트를 신축하는 내용의 건축계획(이하 ‘제1건축계획’이라 한다)을 기초로 주택건설사업계획승인신청(이하 ‘20 xx 년도 신청’이라 한다)을 하였는데, ○○구청장은 20 xx. xx. xx. 원고에게 ‘해당 건축물은 건축법 제4조의2 에 따라 건축위원회의 심의 대상 건축물이므로 위 규정에 의한 절차를 진행하기 바라며, 건축위원회의 최종 심의의결시까지 제반 행정처리가 보류된다’고 통보하였고, 20 xx. xx. xx. 원고에게 ‘원고는 20 xx. xx. xx.자 통보 이후 4회에 걸쳐 건축심의를 신청하였으나 ○○시 ○○구 건축위원회(이하 ‘건축위원회’라 한다)의 지적사항 등을 보완하지 못하고 있으므로, 적법한 건축심의도서를 작성하여 건축심의절차를 이행함으로써 적법성 및 적합성을 확인 받고, 심의결과에 따라 주택건설사업계획 승인신청도서를 보완하라‘고 통보하면서, 사실상 20 xx 년도 신청의 승인을 거부하는 처분(이하 ‘선행 거부처분’이라 한다)을 하였다.
• 나) 원고는 20 xx. xx. xx. ○○구청장을 상대로 ○○○○법원 20 xx 구합 xxxxxx 호로 선행 거부처분의 취소를 구하는 소를 제기하였는데, 위 법원은 20 xx. xx. xx. ‘지구단위계획 중 구릉지 순응, 구릉지 훼손 최소화 및 지상 노출 부분 최소화 부분을 위반하였다’, ‘지구단위계획 중 최고층수 15층 이하 부분을 위반하였다’, ‘지구단위계획 중 통경축을 확보할 수 있는 경관 창출 부분을 위반하였다’는 부분은 처분사유로 인정되지 않으나, ‘환경보전방안검토서의 내용 중 교통소음 저감방안을 위반하였다’는 부분은 처분 사유로 인정된다고 보아 원고의 청구를 기각하는 판결을 하였고, 위 판결은 20 xx. xx. xx. 확정되었다(이하 ‘선행 소송’이라 한다).
• 다) 한편, 건축위원회는 20 xx. xx. xx. 20 xx 년 제4회 건축심의, 20 xx. xx. xx. 20 xx 년 제5회 건축심의에서 ‘선행 소송 판결의 확정시까지 심의를 할 수 없다’는 이유로 원고의 제1건축계획에 대한 심의를 보류하는 결의를 하였다.

2. 후행 소송의 경과

• 가) 원고는 20 xx. x.경 제1건축계획에 ○○구청장의 의견을 반영한 새로운 건축계획(이하 ‘제2건축계획’이라 한다)을 마련하여 20 xx. xx. xx. ○○구청장에게 건축계획 심의신청을 하였는데, 건축위원회는 20 xx. xx. xx. 20 xx 년 제2회 건축심의, 20 xx. xx. xx. 20 xx 년 제3회 건축심의에서 원고의 제2건축계획에 대한 보류 결정을 하였고, 원고는 제2건축계획을 보완한 내용의 건축계획(이하 ‘제3건축계획’이라 한다)을 마련한 후 20 xx. xx. xx. 이 사건 토지에 총 xxx 세대 규모의 아파트를 신축하는 내용의 주택건설사업계 획승인신청을 하였는데, 건축위원회는 20 xx. xx. xx. 20 xx 년 제4회 건축심의, 20 xx. xx. xx. 20 xx 년 제5회 건축심의에서 원고의 제3건축계획을 부결하였다.
• 나) 원고는 20 xx. xx.경 ○○구청장의 의견을 반영한 새로운 건축계획(이하 ‘제4 건축계획’이라 한다)을 마련하여 ○○구청장에게 건축계획심의신청을 하였는데, 건축위원회는 20 xx. xx. xx. 20 xx 년 제7회 건축심의에서 원고의 제4건축계획을 부결하였고, 원고는 20 xx. xx. xx. 제4건축계획을 보완한 내용의 건축계획(이하 ‘이 제5건축계획’이라 한다)을 마련한 후 ○○구청장에게 건축계획심의신청을 하였으며, 20 xx. xx. xx. 이 사건 토지에 총 xxx 세대 규모의 아파트를 신축하는 내용의 주택건설사업계획승인신청(이하 ‘20 xx 년도 신청‘이라 한다)을 하였다.
• 다) 건축위원회는 20 xx. xx. xx. 20 xx 년 제8회 건축심의에서 제5건축계획을 부결하였고, ○○구청장은 20 xx. xx. xx. 20 xx 년도 신청에 대하여 원고에게 ‘건축위원회 심의 절차를 이행하기 바랍니다’는 내용의 보완․보정을 요구하였다(이하 ‘후행 거부처분’이 라 한다).
• 라) 원고는 20 xx. xx. xx. ○○구청장을 상대로 ○○○○법원에 후행 거부처분의 취소 등을 구하는 소를 제기하였는데, 위 법원은 20 xx. xx. xx. “① 제5건축계획은 환경보전방안검토서 내용 중 ‘○○로변 5층 이하, 직각 배치’ 부분에 부합하지 아니한다, ② 제5건축계획은 지구단위계획의 내용 중 절․성토를 줄여 구릉지 훼손을 최소화하여야 한다는 부분에 반한다, ③ 제5건축계획은 중 지상 5층 건물 뒷 동에 바로 지상 15층 아파트를 배치한 것은 지구단위계획의 내용 중 구릉지에 순응하여야 한다는 부분에 반한다, ④ 제5건축계획 중 xxxx ~ xxxx 동에 대한 주차계획은 지하주차장까지의 이동 동선이 너무 길고, 일부 동에 대한 출입로가 존재하지 않으므로 불합리하다, ⑤ 제5건축계획 중 xxxx, xxxx 동은 건축법 시행령 제86조 에서 정하는 인접 대지 경계선까지의 이격 거리의 준수를 위반하였다”는 5가지의 처분사유가 모두 인정되지 않는다는 이유로 후행 거부처분을 취소하는 등의 판결을 선고하였고(○○○○법원 20 xx 구합 xxxxx), 쌍방이 이에 불복하여 항소하였으나 ○○고등법원은 20 xx. xx. xx. 항소를 모두 기각하는 판결을 선고하였으며(○○고등법원 20 xx 누 xxxxx), ○○구청장이 불복하여 상고하였으나 대법원은 20 xx. xx. xx. 심리불속행으로 상고를 기각하여 위 판결은 20 xx. xx. xx. 확정되었다(대법원 20 xx 두 xxxxx, 이하 ‘후행 소송’이라 한다).

3. 후행 소송 이후의 경과

• 가) 원고는 후행 소송 이후 교통영향평가를 다시 진행하고 20 xx. xx. xx. 건축위원회에 자문 보고를 요청하였으며, 건축위원회는 20 xx. xx. xx. 20 xx 년 제9회 건축심의에서 ‘사업기간 지연으로 주변 지역 개발계획에 변화가 있으므로 우리 구 총괄건축가의 자문을 받아 주변과 어울리는 입면디자인계획을 권장한다’는 결정을 하였고, 원고는 20 xx. xx. xx. ○○구청장에게 위 내용을 보완한 주택건설사업계획승인을 신청하였다.
• 나) ○○구청장은 20 xx. xx. xx. 원고에게 ‘개방감 있는 교차로 광장계획 검토, ○○관 방향 교통시설 검토 등을 보완하라’는 통보를 하였고, 원고는 20 xx. xx. xx. ○○구청장에게 위 내용을 반영한 주택건설사업계획승인을 신청하였다.
• 다) ○○구청장은 20 xx. xx. xx. 원고에게 ‘건축후퇴선과 보도 간 단차가 최소화 되었음을 확인할 수 있는 건축한계선 조성계획의 평면 및 단면도 제시 요청’ 등의 통보를 하였고, 원고는 20 xx. xx. xx. ○○구청장에게 위 내용을 반영한 주택건설사업계획승인을 신청하였다.
• 라) ○○구청장은 20 xx. xx. xx. 원고에게 ‘연접한 보도 또는 차도와 단차 없이 조성할 것’ 등의 보완 통보를 하였고, 원고는 20 xx. xx. xx. ○○구청장에게 위 내용을 보완한 주택건설사업계획승인 신청을 하였으며, 이에 ○○구청장은 20 xx. xx. xx. 이 사건 사업계획을 승인하였다.
• 나. 구체적 판단

1. ‘정당한 사유’가 있는 경우 감면된 종합부동산세 등을 추징할 수 있는지 여부 가) 조세특례제한법 제104조의19 제1항 제1호, 제3항에 의하면, 주택건설사업자가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지 중 취득일부터 5년 이내에 주택법에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지는 종합부동산세법 제13조 제1항 에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 토지의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 보되, 취득한 날부터 5년 이내에 주택법에 따른 사업계획의 승인을 받지 못한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 종합부동산세액과 이자상당가산액을 추징한다. 이러한 규정들의 입법 취지는, 주택건설사업자가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지에 관하여 종합부동산세를 부과할 경우 분양가 상승을 유발할 수 있으므로 과세표준 합산배제를 통해 종합부동산세를 감면하여 주되, 그 취득일부터 사업계획승인에 필요한 상당한 기간인 5년 이내에 사업계획승인을 받지 못한 경우 당초 감면받은 종합부동산세액과 이자상당가산액을 추징함으로써 종합부동산세 감면 혜택이 다른 목적에 악용되는 것을 방지하고 부수적으로 주택건설사업자가 사업 수행을 게을리 하지 않도록 하려는 것이다(대법원 2025. 7. 16. 선고 2023두50516 판결 참조)

• 나) 위와 같은 입법 취지를 고려하면, 사업계획의 승인을 받지 못한 원인이 납세의무자에게 책임을 돌릴 수 없는 등 ‘정당한 사유’로 인한 것일 때에는 감면된 종합부동산세 등을 추징할 수 없다고 봄이 타당하고(대법원 1994. 9. 13. 선고 94누4141 판결, 대법원 2016. 9. 8. 선고 2016두37867 판결 등 참조), 이는 명문의 규정이 없다 하여 달리 해석할 것은 아니다.
• 다) 그리고 '정당한 사유'라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 주택건설사업자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 사업계획승인을 받기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 위와 같은 입법취지를 충분히 고려하면서 토지의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 주택건설사업자가 사업계획승인을 받기 위하여 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단함이 상당하다.

2. 원고에게 ‘정당한 사유’가 있는지 여부 위 인정사실과 앞서 든 증거, 갑 제39, 46, 48, 52호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 원고가 이 사건 토지 취득 후 5년의 유예기간 내에 이 사건 사업계획 승인을 받지 못한 데에는 원고에게 책임을 돌릴 수 없는 ‘정당한 사유’가 있다고 봄이 타당하다. 따라서 원고에게 이 사건 토지 취득과 관련하여 조세특례제한법 제104조의19 제3항 이 정한 추징사유가 있다고 볼 수 없으므로, 이와 다른 전제에서 이 사건 처분은 위법하다.

• 가) ① 선행 소송에서 수 개의 처분사유 중 대부분의 처분 사유가 인정되지 않았고, ‘환경보전방안검토서의 내용 중 교통소음 저감방안을 위반하였다’라는 부분만이 처분 사유로 인정되어 원고의 청구가 기각되었는데, 위 처분 사유 또한 20 xx. xx. xx. 선행 소송이 제기된 이후인 20 xx. xx. xx. 20 xx년 제9회 건축위원회 심의결과에서 추가된 처분사유인 점, ② 원고는 선행 소송 이전에 ○○구청장에게 건축위원회의 심의 내용을 반영한 변경 도면을 수차례 제출하거나 ○○구청장으로부터 보완 통지를 받은 후 그 내용을 보완한 보고서를 제출하였던 점, ③ 건축위원회는 20 xx. xx. xx.과 20 xx. xx. xx. 선행 소송의 진행을 이유로 원고의 제1건축계획에 대한 심의를 보류하는 결의를 하였던 점, ④ 원고는 선행 소송이 진행 중이던 20 xx. xx. xx. 선행 소송의 참고인인 전문심리위원의 의견을 반영하여 수정된 건축계획안을 제출하기도 하였던 점 등을 고려하면, 원고가 이 사건 토지를 취득한 후 약 x 개월 후에 선행 거부처분의 취소를 구하는 소를 제기하였다가 패소하였다는 사정만으로 원고에게 사업 수행을 게을리 한 귀책사유가 있다고 단정하기 어렵다.
• 나) ○○구청장의 사업계획 승인을 위한 절차는 후행 소송이 제기된 20 xx. xx. xx.부터 그 판결이 확정된 20 xx. xx. xx.까지의 기간 동안 후행 소송 등을 이유로 대부분 중단되었는데, 앞서 본 바와 같이 후행 소송에서 처분사유가 모두 인정되지 않아 후행 거부처분을 취소하는 등의 판결이 선고되었는바, 적어도 위 기간 동안 원고가 사업계획 승인을 받지 못한 것은 ○○구청장의 위법한 후행 거부처분에 기인한 것이므로, 이에 관하여 원고에게 귀책사유가 있다고 보기는 어렵다.
• 다) 원고는 후행 소송 이후에도, ○○구청의 관계 부서와 협의하며, 4차례에 걸쳐 건축위원회의 의결 및 ○○구청장의 통보 내용을 반영한 주택건설사업계획승인을 신청하는 등 사업계획의 승인을 위하여 상당한 노력을 기울인 것으로 보인다.
• 라) 원고가 자신의 귀책사유가 아닌 외부적인 사정으로 사업계획승인을 받지 못하였지만 이후 사업계획승인을 받아 당초 예정한 주택건설사업을 시행하고 있는 이 사건에서 원고에 대하여 조세특례제한법 제104조의19 제3항 에 따라 종합소득세를 추징하지 않는다고 하여 종합부동산세 추징의 입법취지(과중한 종합부동산세 부과로 인한 과세부담이 주택가격으로 전가되어 분양가 상승 요인으로 작용하는 것을 막되, 종합부동산세 감면 혜택이 다른 목적에 악용되는 것을 방지하고, 부수적으로 주택건설사업자가 사업 수행을 게을리 하지 않도록 함)에 반한다고 단정하기도 어렵다.

3. 기타 피고 주장에 관한 판단 피고는 종합부동산세는 선행 세목인 재산세의 변동이 없으면 경정할 수 없으므로, 재산세 부과처분이 취소되지 아니하는 한 이 사건 처분은 적법하다고 주장한다. 종합부동산세가 지방세인 재산세 과세기준일인 매년 6월 1일 현재 일정한 가액을 초과하는 주택과 토지 등 부동산에 대하여 그 부동산 가액을 과세표준으로 삼아 과세하는 세금(종합부동산세법 제3조, 제7조, 제12조, 지방세법 제114조)이기는 하나, 그 부과권한을 가진 관할세무서장이 시장․군수로부터 제공받은 해당 연도의 재산세 부과 자료를 토대로 부과․징수하는 국세이고(종합부동산세법 제16조, 제21조, 같은 법 시행령 제17조), 재산세는 관할 지방자치단체의 장이 세액을 산정하여 보통징수의 방법으로 부과ㆍ징수하는 지방세이다(지방세법 제116조 제1항). 이와 같은 관계 법령의 체계와 문언에 비추어 볼 때, 종합부동산세 부과처분은 시장․군수가 관할세무서장에게 통보한 재산세 과세자료를 기초로 하여 이루어지는 것일 뿐, 그 근거 법률과 처분권자, 부과절차 등이 재산세 부과처분과는 별개인 독립한 처분이라고 봄이 타당하므로, 재산세 부과처분의 취소 여부가 이 사건 처분의 적법 여부를 판단하는 데 영향을 미칠 수 없다. 따라서 피고의 이 부분 주장은 이유 없다.

따라서 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 모두 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.