비과세 주택부수토지는 원고의 인식 여부와 무관하게 양도 당시 수도권 주거지역 내 토지일 경우, 토지 면적의 3배율을 적용하여야 함

사 건 2024구합11100 양도소득세등부과처 분취소 원 고 주△△ 피 고 AA세무서장 외 1명 변 론 종 결

2025. 5. 27. 판 결 선 고

2025. 7. 8.

1. 이 사건 소 중 원고의 피고 ○○시 BB구청장에 대한 소를 각하한다.

2. 원고의 피고 AA세무서장에 대한 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 원고에게, 피고 AA세무서장이 2023. 7. 24.자로 한 양도소득세 263,971,924원 부과 및 피고 ○○시 BB구청장이 2023. 8. 10.자로 한 지방소득세 26,251,270원 부과는 각 취소한다.

• 가. 원고는 1988. 1. 11. ○○시 ○○구 ○○동 128-86 대 802㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다) 및 그 지상 벽돌조 박공슬래브지붕 단층주택 98.58㎡, 지층 95.84㎡(이하 ‘이 사건 주택’이라 한다)에 관하여 각 소유권이전등기를 마쳤다.
• 나. 원고는 2022. 1. 7. 이 사건 토지 및 주택을 주식회사 CC에게 34억 원에 매도 하였고, 주식회사 CC은 2022. 2. 10. 위 토지 및 주택에 관하여 위 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤다.
• 나. 원고는 2022. 5. 20. 이 사건 토지 중 이 사건 주택 정착면적인 98.58㎡의 5배인 492.9㎡가 주택부수토지로서 1세대 1주택 비과세대상에, 나머지 309.1㎡가 비사업용토지로 과세대상에 해당한다는 내용으로 과세표준을 874,295,503원으로 하여 2022년 귀속 양도소득세 381,557,786원을 신고·납부하였다.
• 다. ○○지방국세청장은 2023. 2. 7.부터 2023. 2. 24.까지 피고들에 대한 종합감사를 실시하였고, 그 결과 소득세법 시행령 제154조 제7항 에 따라 이 사건 토지 중 이 사건 주택 정착면적의 3배인 295.74㎡만이 주택부수토지로 1세대 1주택 비과세대상에 해당한다고 보아야 하므로, 나머지 506.26㎡는 비과세대상에 해당하지 않는다고 지적하였다.
• 라. ○○지방국세청장의 위와 같은 감사지적에 따라 원고에게, 피고 AA세무서장은 2023. 5. 24. 과세예고통지를 하고, 2023. 7. 24. 이 사건 주택 정착면적의 3배인 295.74㎡를 초과하는 506.26㎡를 비과세대상에서 배제한 후, 위 초과면적 해당 토지 부분을 과세대상으로 삼아 2022년 귀속 양도소득세 263,971,924원을 경정·고지(이하 ‘이 사건 양도소득세 부과처분’이라 한다)하고, 피고 ○○시 BB구청장은 피고 ○○세무서장의 통보자료에 따라 2023. 8. 10. 지방소득세 26,251,270원을 경정·고지(이하 ‘이 사건 지방소득세 부과처분’이라 한다)하였다.
• 마. 원고는 2023. 6. 26. 피고 AA세무서장의 2023. 5. 24.자 과세예고통지에 대하여 ○○지방국세청장에 과세전적부심사를 청구하였으나, ○○지방국세청장은 2023. 7. 19. 원고의 위 과세전적부심사청구를 기각하였다.
• 바. 원고는 이 사건 양도소득세 및 지방소득세 부과처분에 각 불복하여 2023. 9. 14. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2024. 1. 31. 원고의 위 심판청구를 기각하였다.
• 사. 한편, 이 사건 토지는 2007. 12. 22. 구 국토의 계획 및 이용에 관한 법률(2008. 2. 29. 법률 제8852호로 개정되기 전의 것) 제36조 제1항 제1호 가목 및 경기도제2청 고시 제2007-5117호에 따라 제1종일반주거지역으로 편입되었고, 이 사건 주택의 건축물대장에는 위 주택의 대지가 ‘자연녹지지역’이라고 기재되어 있다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 6, 7호증, 을가 제1 내지 6호증, 을나 제1, 2, 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

별지 기재와 같다.

3. 이 사건 소 중 원고의 피고 ○○시 BB구청장에 대한 소의 적법 여부에 관한 판단 이 사건 소 중 원고의 피고 ○○시 BB구청장에 대한 소의 적법 여부에 관하여 직권으로 살펴본다. 구 지방세법(2021. 12. 28. 법률 제18655호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)에 의하면, 소득세법에 따른 소득세의 납세의무가 있는 자는 지방소득세를 납부할 의무가 있고(제86조 제1항), 개인지방소득에 양도소득이 포함되며(제87조 제1항 제3호), 양도소득에 대한 개인지방소득세 과세표준은 소득세법 제92조 에 따라 계산한 금액으로 하고(제103조 제2항), 납세지 관할 지방자치단체의 장은 개인지방소득세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 소득세법에 따라 납세지 관할 세무서장 또는 관할 지방국세청장이 결정 또는 경정한 자료, 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 하며(제103조의9 제1항, 제97조 제3항), 양도소득에 대한 개인지방소득세는 제103조에 따른 과세표준에 제103조의3에 따른 세율을 적용하여 양도소득에 대한 개인지방소득세 산출세액을 계산하고(제103조의2 제1호), 세무서장이 소득세법에 따라 소득세를 환급한 경우 소득세의 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 통보하여야 한다(제103조의59 제1항 제5호). 또한, 구 지방세법 제103조의59 제3항 및 지방세법 시행령 제100조의33 은 ‘그 통지를 받은 소득세의 납세지 관할 지방자치단체의 장은 해당 소득세와 동일한 과세표준에 근거하여 산출한 지방소득세를 다시 계산하여 환급세액이 발생하는 경우 이를 환급하여야 한다’고 규정하고 있다. 위와 같은 지방소득세 관련 규정에 비추어 보면, 소득세법상 양도소득세 납세의무자는 양도소득에 대한 지방소득세를 납부할 의무가 발생하고, 양도소득에 대한 지방소득세의 과세표준은 양도소득세의 과세표준과 동일하므로, 관련 납세의무자로서는 세무서장을 상대로 한 항고소송에서 소득세 부과처분의 취소판결을 받으면 족하고 이와 별도로 지방소득세 소득세분 부과처분의 취소를 구하는 소를 제기할 필요는 없다(대법원 2016. 12. 29. 선고 2014두205 판결 참조). 그렇다면 피고 AA세무서장을 상대로 이 사건 양도소득세 부과처분의 취소를 구하고 있는 원고로서는 피고 ○○시 BB구청장을 상대로 이 사건 지방소득세 부과처분의 취소를 별도로 구할 소의 이익이 있다고 보기 어렵다. 따라서 이 사건 소 중 원고의 피고 ○○시 BB구청장에 대한 소는 부적법하다.

4. 원고의 피고 AA세무서장에 대한 청구에 관한 판단

• 가. 원고의 주장 원고는 이 사건 토지가 수도권 내에 위치한다는 것에 대한 인식이 없었고, 이 사건 주택은 이 사건 토지가 개발제한구역으로 지정되어 있을 당시 신축되었기 때문에 토지이용계획확인서에 위 토지가 ‘제1종주거지역’으로 기재되어 있는 것과 달리 위 주택의 건축물대장에 위 주택의 대지가 ‘자연녹지지역’으로 기재되게 된 것인데, 이러한 경우 1세대 1주택 양도소득세 비과세대상에 해당하는 주택부수토지의 면적을 산정하는 배율을 정함에 있어 이 사건 토지를 ‘자연녹지지역’으로 보고 5배율을 적용하는 것이 합리적이다. 따라서 이 사건 토지 중 1세대 1주택 비과세대상에 해당하는 면적은 이 사건 주택 정착면적의 5배인 492.9㎡이고, 이 사건 주택 정착면적의 3배인 295.74㎡만이 1세대 1주택 비과세대상에 해당함을 전제로 한 이 사건 양도소득세 부과처분은 신뢰보호의 원칙, 비례의 원칙을 위반하여 무효이므로, 취소되어야 한다.
• 나. 구체적 판단

1. 관련 규정 가) 수도권정비계획법 제2조 및 같은 법 시행령 제2조는 ‘수도권’을 ‘서울특별시’, ‘인천광역시’와 ‘경기도’로 정하고 있다. 나) 소득세법 제89조 제1항 제3호 가목은 ‘1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억 원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(주택부수토지)의 양도로 발생하는 소득’은 비과세대상에 해당한다고 규정하고 있고, 소득세법 제89조 제1항 의 위임을 받은 소득세법 시행령 제154조 제7항 은 소득세법 제89조 제1항 제3호 각목 외의 부분 중 1세대 1주택 비과세대상에 해당하는 주택부수토지의 산정 배율에 관하여 규정하고 있는데, 제1호에 의하면, 수도권정비계획법 제2조 제1호 에 따른 ‘수도권 내의 토지 중 주거지역 내의 토지’에 해당하는 경우(가목)에는 3배율을, ‘수도권 내의 토지 중 녹지지역 내의 토지’에 해당하는 경우(나목) 및 ‘수도권 밖의 토지’에 해당하는 경우(다목)에는 5배율을 적용한다고 규정하고 있다.

2. 구체적 판단

• 가) 이 사건 토지가 수도권정비계획법 제2조 및 같은 법 시행령 제2조가 정한 ‘수도권’에 해당하는 ‘경기도’에 위치해 있고, 2007. 12. 22. 제1종일반주거지역으로 편입된 사실은 앞서 본 바와 같다. 위 인정사실에 의하면, 이 사건 토지는 소득세법 시행령 제154조 제7항 제1호 가목의 ‘수도권 내의 토지 중 주거지역 내의 토지’에 해당하므로, 이 사건 토지 및 주택의 양도에 따른 1세대 1주택 비과세대상에 해당하는 주택부수토지의 산정 배율은 소득세법 시행령 제154조 제7항 제1호 가목이 정한 바에 따라 3배율을 적용하여야 한다. 따라서 피고 AA세무서장이 소득세법 시행령 제154조 제7항 제1호 가목에 따라 이 사건 토지 중 이 사건 주택 정착면적의 3배인 295.74㎡만을 1세대 1주택 비과세대상으로 보고 이를 초과하는 506.26㎡를 과세대상으로 삼은 이 사건 처분은 적법하다.
• 나) 이에 대하여 원고는 이 사건 토지가 수도권 내에 위치한다는 것에 대한 인식이 없었고, 이 사건 주택의 건축물대장에 위 대지가 ‘자연녹지지역’으로 기재되어 있으므로, 이 사건 토지 및 주택의 양도에 따른 1세대 1주택 비과세대상에 해당하는 주택부수토지의 산정 배율은 소득세법 시행령 제154조 제7항 제1호 나목의 ‘수도권 내의 토지 중 녹지지역 내의 토지’ 또는 다목의 ‘수도권 밖의 토지’에 적용되는 배율인 5배율이 적용되어야 한다는 취지로 주장한다. 그러나, 양도소득세의 과세대상인 양도소득이란 ‘자산을 양도함으로 인하여 발생하는 소득’을 의미하고(대법원 1983. 5. 10. 선고 83누48 판결 등 참조), 소득세법은 ‘양도’란 자산에 대한 등기 또는 등록 여부와 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등을 통하여 그 자산을 유상으로 사실상 이전하는 것을 의미하며(제88조 제1호), 부동산의 ‘양도차익’은 토지 또는 건물의 양도로 발생하는 소득에서 취득가액 등 필요경비를 공제하여 산정(제92조 제2항 제1호, 제94조 제1항 제1호, 제97조 제1항 제1호)하도록 규정하고 있는바, 위 규정에 의하면, 양도소득세의 과세대상인 양도소득은 자산의 양도 당시를 기준으로 산정하게 되므로, 자산의 양도가 과세요건 내지 비과세요건에 해당하는지 여부도 양도 당시를 기준으로 정하여야 한다. 따라서 1세대 1주택 비과세대상에 해당하는 주택부수토지의 산정 배율은 이 사건 주택이 신축된 시기 및 이 사건 토지가 수도권 내에 위치한다는 것을 원고가 인식하였는지 여부와 무관하게 원고가 이 사건 토지 및 주택을 주식회사 CC에 매도한 2022. 2. 10.을 기준으로 정하여야 한다고 봄이 타당하다. 따라서 이와 전제를 달리하는 원고의 주장은 받아들이지 않는다.

그렇다면 이 사건 소 중 원고의 피고 ○○시 BB구청장에 대한 소는 부적법하므로 이를 각하하고, 원고의 피고 AA세무서장에 대한 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.