독점공급계약을 통해 얻었어야 할 이익을 특수관계인에게 분여한 것으로서 부당해위계산 부인의 대상이 됨

사 건 의정부지방법원2024구합11001 법인세부과처분취소 원 고 주식회사 AAA 피 고

○○세무서장 변 론 종 결 2024.10.08. 판 결 선 고 2024.11.19.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2023. 1. 26. 원고에 대하여 한 2019 사업연도 법인세 357,263,770원(가산세 포함) 중 130,273,506원을 초과하는 부분을, 2020 사업연도 법인세 871,490,310원(가산세 포함) 중 258,636,617원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

• 가. 관련자 지위 원고는 2015. 9. 4. 설립되어 건강기능식품 원료수입업 및 판매업 등을 영위하는 법인으로, 대표이사 BBB이 지분 100%를 보유하고 있다. 주식회사 CC(이하 ‘CC’이라 한다)은 2018. 8. 23. 설립되어 건강기능식품 원료수입업 및 판매업 등을 영위하는 법인으로, DDD이 전체 지분의 70%, EEE가 30%를 보유하고 있다. DDD, EEE는 호주 국적의 외국인으로 BBB의 자녀들이다.
• 나. 원고와 FFF 사이의 독점공급계약

1. 원고는 2019. 4. 24. FFF(이하 ‘FFF’라 한다)과 사이에 FFF로부터 크릴오일 원료[슈퍼부스트(Super Boost), 슈퍼바2(Suberba2)]를 독점으로 수입하여 국내에 공급하는 계약(이하 ‘이 사건 독점공급계약’이라 한다)을 체결하였고, 수입가격은 슈퍼부스트 133USD/kg, 슈퍼바2 115USD/kg으로 정하였다.

2. 원고는 그에 따라 FFF로부터 크릴오일 원료를 수입한 뒤 이를 GGGG 주식회사(이하 ‘GGGG’라 한다)에 공급하여 가공을 의뢰하였고, 완성된 제품(‘크릴56’)을 납품받아 개별 소비자에게 판매하여 왔다. 원고의 GGGG에 대한 크릴오일 원료 공급가격은 20만 원/kg이었다.

• 다. 원고와 FFF 사이의 수정계약 등

1. 원고는 2019. 10. 28. FFF와의 종전 독점계약을 수정(이하 ‘이 사건 수정계약’이라 한다)하여 CC 또한 FFF로부터 크릴오일 원료를 수입할 수 있도록 하였다.

2. 이후 CC은 FFF로부터 크릴오일 원료를 수입한 다음, 이를 GGGG에 공급하거나2)(이하 ‘이 사건 ① 거래’라 한다), 원고에게 공급하였다(이하 ‘이 사건 ② 거래’라 하고, 위 각 거래를 통틀어 ‘이 사건 거래’라 한다). 이 사건 ① 거래와 관련하여 GGGG는 가공을 마친 완제품을 원고에게 납품하였고, 이 사건 ② 거래와 관련하여서도 원고는 CC으로부터 공급받은 크릴오일 원료를 GGGG에 다시 공급하였고, GGGG는 가공을 마친 완제품을 재차 원고에게 납품하였다.

3. 이 사건 독점공급계약에 따른 당초 거래와, 이 사건 수정계약에 따른 이 사건 거 래를 도식화하면 아래 그림과 같다.

• 라. 부당행위계산 부인 및 부과처분

1. ㅇㅇ지방국세청장은 2022. 7. 20.부터 2022. 10. 11.까지 원고에 대한 법인세 통합조사를 실시하여 ‘원고는 이 사건 독점공급계약을 통해 크릴오일 원료를 133USD/kg(원화 약 15만 원)에 수입할 수 있었음에도 불구하고 특수관계인 CC을 거래 중간에 끼워넣어 동일한 크릴오일 원료를 20만 원/kg에 구입하는 결과를 초래하였다. 이로써 원고는 CC의 GGGG 관련 매출총이익(매출액에서 매입액을 공제한 금액) 2,991,582,124원(= 2019 사업연도 767,648,992원 + 2020 사업연도 2,223,933,132원) 상당의 이익을 CC에게 분여하였고 해당 금액만큼 원고의 과세소득이 감소하였다.’고 판단하고, 피고에게법인세법제52조,구 법인세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31443호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제88조 제1항 제9호가 정한 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 위 2,991,582,124원을 익금에 산입하고, 그 밖에 법인신용카드 사적 사용금액, 업무무관비용 등도 익금산입 또는 손금불산입하여 법인세를 경정․고지할 것을 통보하였다.

2. 피고는 그에 따라 2023. 1. 26. 원고에 대하여 2019 사업연도 법인세 357,263,770원(가산세 포함), 2020 사업연도 법인세 871,490,310원(가산세 포함)을 경정․고지하였다(그중 크릴오일 원료 수입과 관련된 부분으로서 원고가 이 사건에서 취소를 구하는 2019 사업연도 법인세 130,273,506원을 초과하는 부분, 2020 사업연도 법인세 258,636,617원을 초과하는 부분을 ‘이 사건 부과처분’이라 한다).

• 마. 전심절차 원고는 이 사건 부과처분 등에 불복하여 2023. 3. 31. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 2023. 12. 5. 기각 결정을 받았다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증, 을 제1 내지 11호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 가지번호 포함), 변론 전체의 취지

별지 기재와 같다.

• 가. 원고 주장의 요지 법인세법 제52조 가 정한 부당행위계산에 해당하는지 여부는 시가를 기준으로 판단하므로 이 사건 거래가 부당행위계산에 해당한다고 보기 위해서는 시가에 관한 증명이 필수적이다. 또한 이 사건 거래가 부당행위계산에 해당하는 경우 익금에 산입할 소득금액은 ‘시가와의 차액’이므로 이 점에서도 시가에 관한 증명이 필요하다. 이때 시가에 대한 증명책임은 과세관청인 피고에게 있다. 피고는 이 사건 부과처분을 하면서 원고가 FFF로부터 크릴오일 원료를 수입하는 가격 133USD/kg를 이 사건 거래의 시가로 보았다. 그러나 이는 수입시장에서 형성된 원재료 자체의 가격인 반면, CC이 원고 및 GGGG에 크릴오일 원료를 공급한 이 사건 거래는 2차 도매시장에서 발생한 거래로서 그 공급가격 20만 원/kg는 수입시장에서 형성된 원재료 가격에 통관수수료, 창고료, 검역비, 운송료, 파렛트작업비용, 인건비, 사무실운영경비 등 각종 비용 및 영업이익을 반영한 금액이다. 따라서 133USD/kg을 이 사건 거래의 시가로 볼 수 없고, 그밖에 피고는 시가에 대한 증명을 전혀 하지 못하고 있다. 오히려 CC은 원고와 GGGG 외에 제3자인 피드네이처, 서흥 등에게도 크릴오일 원료를 20만 원/kg에 공급하였는데, 이를 이 사건 거래와 비교대상으로 삼아야 하고, 그렇게 본다면 이 사건 거래의 가격은 적정한 시가라 할 수 있다. 또한 피고는 CC의 GGGG 관련 매출액에서 매입액을 공제한 금액을 익금에 산입할 소득금액으로 산정하였는데, 앞서 살펴본 것과 같이 피고가 시가에 관한 증명을 하지 못하고 있는 이상 위와 같은 소득금액 산정 역시 위법하다. 결국 이 사건 부과처분은 부당행위계산부인 규정에서의 시가에 관한 규정, 법리를 위반한 것으로서 위법하므로 취소되어야 한다.
• 나. 관련 규정 및 법리 법인세법 제52조 에 정한 부당행위계산 부인이란, 법인이 특수관계에 있는 자와 거래할 때 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 각호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도이다. 이는 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로써 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 2018. 10. 25. 선고 2016두39573 판결 등 참조). 위 시행령 제88조 제1항이 조세의 부담을 부당하게 감소시키는 것으로 인정되는 경우에 관하여 제1호 내지 제7호, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에서는 개별적·구체적인행위유형을 규정하고, 그 제9호에서는 ‘그 밖에 제1호 내지 제7호, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우’라고 하여 개괄적인 행위유형을 규정하고 있으므로, 제9호의 의미는 제1호 내지 제7호, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에서 정한 거래행위 이외에 이에 준하는 행위로서 특수관계인에게 이익분여가 인정되는 경우를 의미한다(대법원 2006. 11. 10. 선고 2006두125 판결 등 참조). 한편 법인세법 제52조, 구 법인세법 시행령 제88조 제2항 에 의하면 위 시행령 제88조 제1항의 규정은 당해 법인과 특수관계인 간의 거래에 적용되는데, 여기에는 특수관계인 외의 자를 통하여 이루어진 거래가 포함된다(대법원 2019. 5. 30. 선고 2016두54213 판결 등 참조).
• 다. 판단

1. 부당행위계산 부인 대상 여부 이 사건 독점공급계약에 따른 당초 거래구조는 원고가 FFF로부터 크릴오일 원료를 133USD/kg에 수입한 뒤 이를 GGGG에 20만 원/kg에 공급하여 가공을 의뢰하고, GGGG는 가공 후 외주가공비 및 마진을 가산하여 완제품 ‘크릴56’을 원고에게 납품하는 것이었다. 그런데 원고는 경제적이고 합리적인 이유 없이 특수관계인인 CC에게도 수입권한을 부여하는 내용의 이 사건 수정계약을 체결하였고, 이후 CC이 FFF로부터 133USD/kg에 수입한 크릴오일 원료를 직접 또는 GGGG를 통하여 20만 원/kg에 공급받아 완제품 가공을 의뢰하였다. 위와 같이 원고는 당초 거래구조에 CC을 끼워 넣음으로써 결과적으로 133USD/kg에 수입할 수 있었던 크릴오일 원료를 20만 원/kg에 구매하였고, 원고가 이에 대한 대가나 경제적 이익을 취득하였다고 볼 아무런 자료가 없다. 위와 같은 원고의 일련의 행위는 이 사건 독점공급계약을 통해 얻었어야 할 이익을 특수관계인인 CC에게 분여한 것으로서 법인세법 제52조, 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제9호 가 정한 부당행위계산 부인의 대상이 된다.

2. 시가 증명과 관련된 원고 주장에 대하여 원고 주장의 요지는 이 사건 거래(2차 도매거래)와 원고가 FFF로부터 크릴오일 원료를 수입하는 것(1차 수입거래)은 가격형성조건 자체가 달라 비교대상거래가 될 수 없으므로 이 사건 거래의 가격 ‘20만 원/kg’과 수입 가격 ‘133USD/kg’을 비교하여 부당행위 여부를 판단할 수 없다는 취지이다. 그러나 이 사건 부과처분의 처분사유는이 사건 거래의 가격이 정상적인 거래에서 적용되는 가격(시가)보다 높으므로 이 사건 거래가 부당행위계산 부인의 대상이 된다.는 것이 아니라원고가 경제적이고 합리적인 이유 없이 독점수입권한을 포기하고 특수관계인인 CC을 당초 거래구조에 끼워 넣음으로써 CC에게 이익을 분여하였다. 이는 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제9호 가 정한 부당행위계산 부인의 대상이 된다.는 것인바, 원고의 주장은 그 전제가 잘못되었다. 즉, 이 사건 부과처분은 ‘이 사건 거래의 가격이 원고와 FFF 사이의 수입거래 가격(시가)과 비교하였을 때 경제적 합리성이 없다’는 취지가 아니라, ‘이 사건 거래를 비롯한 원고의 일련의 행위가 특수관계인인 CC에 대한 이익 분여로서 경제적 합리성이 인정되지 않는다’는 취지이다. 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3. 소득금액 산정의 위법 여부

• 가) 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제9호 가 정한 이익 분여의 경우, 부당행위계산부인 규정에 따라 익금에 산입할 금액은 분여이익이고, 법인세법령이 계산방법을 따로 규정하고 있지 않더라도 객관적이고 합리적인 방법에 의하여 그 분여이익을 산정할 수 있다(대법원 2009. 11. 26. 선고 2007두5363 판결 등 참조). 부당행위계산 부인은 사법상 성립한 행위나 계산이라 하더라도 그것이 특수관계로부터 영향을 받아 경제적 합리성을 무시하는 방향으로 이루어져 조세의 부담을 부당하게 감소시키는 결과를 초래하는 경우에는 세법상으로 이를 부인하고 그 대신 특수관계가 없었더라면 성립하였을 것으로 보이는 행위나 계산으로 재구성하여 이를 토대로 합리적인 과세소득을 파악하는 것이다. 이 사건의 경우 특수관계가 없었더라면 성립하였을 것으로 보이는 행위, 즉 원고가 FFF로부터 직접 크릴오일 원료를 수입하여 GGGG에 가공을 의뢰하는 구조로 재구성하여 이를 토대로 과세소득을 파악하여야 한다.
• 나) CC의 크릴오일 원료 매입․매출내역은 아래 표 기재와 같은바, 피고는 그중 코 스맥스 관련 매출액에서 매입액을 공제한 금액을 분여이익으로 보고 이를 익금에 산입하여 소득금액을 산정하였다. 갑 제6호증의 기재에 의하면, 위 매입액은 FFF로부터의 수입 가격에다가 통관수수료, 창고료, 검역비, 운송료, 보관료 등 부대비용을 더한 금액임을 알 수 있는바, 결국 CC은 이 사건 거래를 통해 매출액에서 매입액을 공제한 금액 상당의 이익을 얻었고, 이는 원고가 FFF로부터 직접 크릴오일 원료를 수입하였다면 얻을 수 있었을 이익으로서 CC에게 분여된 이익이라고 볼 수 있다. 같은 취지의 피고의 소득금액 산정은 적법하다.
• 라. 소결론 이 사건 부과처분은 적법하다.

이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.