과세기간을 달리하여 양도한 토지를 하나의 거래로 보아 과세한 처분은 적법함

사 건 2024구단6811 양도소득세부과처분취소 원 고 김AA 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2025. 6. 18. 판 결 선 고

2025. 7. 23.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2024. 1. 3. 원고에 대하여 한 2022년 귀속 양도소득세 168,291,920원 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 ‘○○시 □□구 △동 868 전 1,385㎡ 중 2/9지분(이하 ’이 사건 제1토지 ‘라 함)’ 및 ‘같은 동 869 전 2,086㎡ 중 2/9 지분(이하 ‘이 사건 제2토지’라 함)을 2007. 8. 29.자 상속을 원인으로 2008. 2. 20. 소유권이전등기를 마쳤다.
• 나. 한편 이 사건 제1, 2토지가 ○○△동2지구 도시개발사업의 사업구역으로 포함되자, 그 사업대행사인 주식회사 B엔지니어링(이하 ‘양수회사’라 함)은 이 사건 각 토지를 포함한 주변 토지들을 매수하고 있었던 중, 2021. 5. 21. 원고와 사이에 이 사건 각 토지에 관하여 다음 표 기재 와 같이 각 지번별로 각각 매매계약서를 작성되었고, 매매대금이 지급되었다(이하 ‘이 사건 양도’라 함). 이 사건 제1토지 이 사건 제2토지 실제 매매대금 지급내역 지번 △ 동 8xx △ 동 8xx 양수인 주식회사 B엔지니어링 주식회사 B엔지니어링 계약일

2021. 5. 21.

2021. 5. 21. 매매대금 791,200,000원 1,192,020,000원 총 1,983,220,000원 계약금 (지급일) 79,120,000원 (2021. 5. 21.) 119,202,000원 (2021. 5. 21.) 198,322,000원 (2021. 5. 18.) 중도금 (지급일) 158,240,000원 (2021. 7. 31.) 238,404,000원 (2021. 7. 31.) 396,644,000원 (2021. 7. 29.) 1차 잔금 (지급일) 543,840,000원 (2021. 12. 31.) 824,414,000원 (2022. 1. 31.) 543,840,000원 (2021. 12. 29.) 824,414,000원 (2022. 1. 28.) 2차 잔금 (지급일) 10,000,000원 (2022. 4. 30.) 10,000,000원 (2022. 4. 30.) 10,000,000원 (2022. 5. 23.) 10,000,000원 (2022. 6. 7.)

• 다. 양수회사는 2022. 1. 28. 이 사건 제1, 2토지에 대하여 같은 날짜 매매예약을 원인으로 하여 소유권이전청구권가등기를 마쳤고, 이후 2023. 4. 7. ◎◎△동2단지지역 주택조합 명의로 2023. 1. 10.자 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳐주었다.
• 라. 원고는 2022. 2. 23. 이 사건 제1토지에 대해서는 2021. 12. 29. 총 매매대금의 98.74%를 지급받아 양도가 이루어졌다고 볼 수 있다며 2021년 귀속 양도소득세로 8년 이상 자경농지 감면한도 1억 원을 적용하여 81,243,364원의 양도소득세를 신고납부하였고, 2022. 3. 26. 이 사건 제2토지에 대해서는 2022년 귀속 양도소득세로 8년 이상 자경농지 감면한도 1억 원의 한도내에서 61,736,658원을 적용하여 2022년 귀속 양도소득세로 183,331,903원을 각 신고․납부하였다.
• 마. 피고는 이 사건 양도에 관한 양도소득세 조사 결과, 이 사건 제1, 2 토지의 매매는 2022년에 완료된 사실상 하나의 거래임을 전제로 8년 자경 감면한도 초과분에 대한 감면을 부인하고, 세율적용을 재계산하여 2024. 1. 3. 2022년 귀속 양도소득세를 168,291,920원으로 경정고지하였고, 원고는 이를 2024. 1. 4. 송달받았다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 바. 원고는 2024. 3. 26. 이 사건 처분에 대하여 조세심판원에 행정심판을 청구하였으나, 조세심판원은 2024. 8. 7. 그 청구를 기각하였다. [인정근거] 갑 제1 내지 18호증, 을 제1 내지 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 당사자들의 주장

① 원고 - 이 사건 양도는 각 토지별로 이루어진 별개의 거래이다. 양수인의 자금 사정상 이 사건 1, 2토지를 동시에 매수할 수 없어 잔금지급시기를 달리 정하여 각각 매매계약을 체결한 것이지 자경농지 감면한도 및 누진세 적용을 회피하기 위해 계약서만 달리 쓴 게 아니다. 따라서 이를 하나의 동일한 거래임을 전제로 한 피고의 처분은 위법하다.

② 피고 – 구 국세기본법 제14조 제3항 에 정한 실질과세원칙에 의하면, 이 사건 양도는 자경농지 감면한도 등 조세회피 목적으로 잔금지급일만 달리 정한 사실상 하나의 거래이다. 피고가 실질과세원칙에 근거하여 한 이 사건 처분은 적법하다.

• 나. 판단

(1) 관련 법리 당사자들 사이에서 여러 개의 계약이 체결된 경우에 그 계약 전부가 하나의 계약인 것과 같은 불가분의 관계에 있는 것인지의 여부는 계약체결의 경위와 목적 및 당사자의 의사 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 하고 (대법원 2003. 5. 16. 선고 2000 다54659 판결 참조), 별개의 계약이지만 위 두 계약의 체결 경위와 계약 내용 등에 비추어 볼 때, 두 계약이 결합하여 전체가 경제적·사실적으로 일체로 행하여진 것으로서, 어느 하나의 존재 없이는 당사자가 다른 하나를 의욕하지 않았을 것으로 보이는 경우에는 그 계약 전부가 하나의 계약인 것과 같은 불가분의 관계에 있다고 보아야 한다(대법원 2013. 5. 9. 선고 2012다115120판결 참조) 구 국세기본법 제14조 (실질과세) 제3항은 “제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다”고 정하고 있다. 위 규정의 취지는 과세대상이 되는 행위 또는 거래를 우회하거나 변형하여 여러 단계의 거래를 거침으로써 부당하게 조세를 감소시키는 조세회피 행위에 대처하기 위하여 그와 같은 여러 단계의 거래 형식을 부인하고 실질에 따라 과세대상인 하나의 행위 또는 거래로 보아 과세할 수 있도록 한 것으로서, 실질과세원칙의 적용 태양 중 하나를 규정하여 조세공평을 도모하고자 한 것이다. 이러한 실질과세원칙은 사법(사법)상 효력이 인정되지 않는 가장행위에 해당하는 경우에만 적용될 수 있는 것은 아니고 그러한 정도에는 이르지 못하지만 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취하였다고 볼 만한 조세회피행위의 경우에도 적용될 수 있다. 위 규정을 적용하여 거래 등의 실질에 따라 과세하기 위해서는 납세의무자가 선택한 행위 또는 거래의 형식이나 과정이 처음부터 조세회피의 목적을 이루기 위한 수단에 불과하여 그 실질이 직접 거래를 하거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것과 동일하게 평가될 수 있어야 한다. 그리고 이는 당사자가 그와 같은 형식을 취한 목적, 제3자를 개입시키거나 단계별 과정을 거친 경위, 그와 같은 방식을 취한 데에 조세 부담의 경감 외에 사업상의 필요 등 다른 합리적 이유가 있는지, 각각의 행위 또는 거래 사이의 시간적 간격 및 그 와 같은 형식 을 취한 데 따른 손실과 위험부담의 가능성 등 여러 사정을 종합하여 판단해야 한다(대법원 2025. 3. 27. 선고 2023두37896 판결 등 참조).

(2) 위 인정사실 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음 각 사정들을 종합해보면, 원고가 이 사건 매매 관련 과세기간을 달리하여 이 사건 매매 목적물을 필지별로 나누어 매매계약서를 작성한 것은 양도소득세 감면을 위하여 경제적 실질이 연속된 하나의 거래를 2개로 나눈 것을 봄이 상당하다. 피고가 실질과세원칙을 규정한 국세기본법 제14조 제3항 에 따라 이 사건 매매를 하나의 거래로 보아 과세한 이 사건 처분은 적법하고, 원고의 주장은 이유 없다.

① 이 사건 1, 2 토지는 애써 분필한 게 아니고, 원래부터 두 필지로 별개의 부동산이 기는 한다. 그러나 이 사건 계약의 당사자들이 동일하고, 계약 체결의 경위와 목적(주택사업지구의 소유권 확보), 대금 지급시기(계약금 및 중도금을 모두 같은 날에 지급되었음), 각 1차 잔금을 지급한 시기의 차이(2021. 12. 31.과 2022. 1. 31.로 1달 간격 밖에 차이가 없음)와 이 사건 1, 2 토지에 대한 가등기 설정시점(2022. 1. 28. 및 하나의 매매목록 작성) 등을 종합해볼 때, 이는 그 계약 전부가 하나의 계약인 것과 같은 불가분의 관계에 있다고 봄이 상당하다.

② 원고 주장과 같이 양수회사의 자금사정을 고려했다 하더라도 하나의 계약 안에서 잔금지급시기를 1, 2차로 나누어 정할 수도 있는 것인 바, 별개로 거래를 하는 것에 대한 합리적 이유라고 보기 부족하다.

③ 원고의 이 사건 제1, 2토지에 관하여 각각 작성된 2021. 5. 21.자 각 계약서는 양도소득세 신고 시에만 제출되었고, 2021년 및 2022년 귀속으로 자경농민에 대한 감면을 각각 적용하여 양도소득세를 신고한 점으로 볼 때, 이 사건 계약서는 1년에 1억 원 한도인 자경농민 감면에 대한 공제한도를 회피하기 위한 목적으로 작성된 것으로 봄이 상당하다.

④ 이 사건 제1 토지의 경우 2022. 5. 21.자 매매계약서에 의하더라도 잔금청산일과 매매예약 가등기 소유권이전등기일은 모두 2022년인 바, 이 사건 제1토지의 양도시기는 2022년으로 봄이 상당하다.

원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.