분할거래를 하나의 거래로 보아 과세한 처분의 당부

1. 원고의 주위적 청구 및 예비적 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지

주위적으로, 피고가 2. . . 원고에 대하여 한 2019년 귀속 양도소득세,,원 부과처분을 취소한다. 예비적으로, 피고가 2. . . 원고에 대하여 한 2019년 귀속 양도소득세,,원 중 ,*,***원을 초과하는 부분을 취소한다.

• 가. 원고는 1. . . 본인 명의로 ‘oo시 oo o구 oo동 ooo 답 o,ooo㎡(이하’이 사건 분할 전 토지‘라 함)’에 관하여 1ooo. o. o.자 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤다.
• 나. 이 사건 분할 전 토지는 2. . . ‘oo시 oo o구 oo동 ooo 답 ooo㎡(이하 ’이 사건 제1토지‘라 함)’, ‘같은 동 - 답 000㎡(이하 ’이 사건 제2토지‘라 함)’및 ‘같은 동 - 답 ,*㎡’ 로 각 분할되었다.
• 다. 원고는 2. . . 소외 임A과 사이에 ｢이 사건 제1, 2 토지를 매매대금 억,만 원으로 정하되, 계약금 ,000만 원은 계약시 지급하고, 잔금 억 ,만 원을 2. . .에 지급｣하는 내용의 매매계약서를 작성하고, 같은 날 계약금 ,만 원을 수령하였다. 당시, 원고와 임A 사이에 정한 특약사항은 다음과 같다.
• 가. 본계약은 근생 2종으로의 허가를 조건으로 한다.
• 나. 000-0번지를 1차에 잔금을 지불하고, 000번지는 2**. *.에 지불한다.다. 매도인의 토지사용승낙에 의한 허가취득 후 계약서를 새로 작성하여 1차분을 이 전하고, 2차분도 계약서를 새로 작성하여 이전한다.
• 라. 원고와 임A은 ① ‘이 사건 제2토지 중 분의 분’을 매매대금 ,만 원으로 해서 매매하되, 계약금 ,000만 원은 계약시 지급하고, 잔금 억 **만 원은 2. . . 지급하는 내용으로 2. . .자 매매계약서(이하 ‘1차 매매’라 함)를 다시 작성하고, ② ‘이 사건 제1토지 및 이 사건 제2토지 중 분의 지분’을매매대금 억 ,만 원으로 정하되, 계약금 ,만 원은 계약시 지불하고, 잔금 억,000만 원을 2. . .에 지급하는 내용으로 2. . *.자 매매계약서(이하 ‘2차매매’라 함)를 다시 작성하였다.
• 마. ‘이 사건 제2토지 중 분의 지분’에 관하여는 2. . . 임A 명의로지분소유권이전등기(2. . .자 매매 원인)가 마쳐졌고, ‘이 사건 제1토지 및 제2토지 중 남은 분의 지분’에 관하여는 2. . . 임A 명의로 각 소유권이전등기 및 지분소유궈이전등기(2***. . .자 매매 원인)가 마쳐졌다.
• 바. 한편 임A은 2. . . 소외 주식회사 BB은행과 사이에 이 사건 제1토지및 이 사건 제2토지 중 분의 지분(1차 매매 목적물 및 2차 매매 목적물 중 일부)에 관하여 채권최고액을 억 ,00만 원으로 하는 근저당권설정계약을 체결하고, 같은 날 근저당권설정등기를 마쳤다. 그리고 2. . . 이 사건 제2토지 중 *분의 ***지분(2차 매매 목적물 중 일부)을 위 근저당권의 공동담보로 추가하였다.
• 사. 임A은 2. . . 이 사건 제1, 2 토지 지상에 2종 근린생활시설 건물을 신축하는 허가를 받고, 일반철골구조 1층 건물을 신축한 후 2***. . . 소유권보존등록을 마쳤다.
• 아. 원고는 위 1, 2차 매매 관련, 조세특례제한법 제69조 자경농지에 대한 양도소득세 감면규정을 각각 적용하여 1차 매매에 대한 2018년도 양도분 감면세액 ,,원, 2차 매매에 대한 2019년 양도분 감면세액 ,,을 각 적용하여 양도소득세를 신고하였다.
• 자. 피고는, 원고가 자경농지 감면한도(과세기간당 1억 원) 적용을 회피하기 위해 경제적 실질상 하나의 거래인 매매계약을 과세기간을 달리해서 두 개의 계약으로 나눈 것으로 보고, 최종 토지의 소유권이 이전된 2019년을 귀속시기로 해서 2. . . 양도소득세 ,,***원(가산세 포함)을 부과하는 결정을 하고, 이를 원고에게 고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 차. 원고는 조세심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 행정심판을 제기하였으나,2024. 4. 25. 그 심판청구가 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1 내지 7호증의 각 기재, 변론전체의 취지

• 가. 원고의 주장 주위적으로, 소득세법에 따라 2개의 귀속 양도소득에 적용되는 조세특례제한법 제69조 의 자경농지에 대한 2개의 양도소득세 감면 과세물건에 관하여 아무런 합리적 이유 없이 하나의 계약으로 보고, 1개의 양도소득세 감면 과세 물건으로 판단하여 부과처분을 한 잘못이 있다. 예비적으로, 피고의 부과처분은 과잉금지원칙에 위배하여 재산을 침해한다. 사실상이 사건 매매목적물은 두 필지로 구분되는 바, 1차 매매시 이 사건 제2토지를, 2차 매매시 이 사건 제1토지를 매매한 것으로 해서 두 개의 매매가 체결된 것으로 보아야 하고, 이에 대해 각각 양도소득세를 부과하여야 하므로, 2018년도 귀속 양도소득세는 ,*,***원을 고지하였여야 한다. 피고의 처분은 위법하다.
• 나. 판단

(1) 관련 법령 별지 관련 법령 기재와 같다.

(2) 관련 법리 국세기본법 제14조 (실질과세) 제3항은 “제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다”고 정하고 있다. 위 규정의 취지는 과세대상이 되는 행위 또는 거래를 우회하거나 변형하여 여러단계의 거래를 거침으로써 부당하게 조세를 감소시키는 조세회피행위에 대처하기 위하여 그와 같은 여러 단계의 거래 형식을 부인하고 실질에 따라 과세대상인 하나의 행위 또는 거래로 보아 과세할 수 있도록 한 것으로서, 실질과세원칙의 적용 태양 중 하나를 규정하여 조세공평을 도모하고자 한 것이다. 이러한 실질과세원칙은 사법(사법)상 효력이 인정되지 않는 가장행위에 해당하는 경우에만 적용될 수 있는 것은 아니고 그러한 정도에는 이르지 못하지만 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취하였다고 볼 만한 조세회피행위의 경우에도 적용될 수 있다. 위 규정을 적용하여 거래 등의 실질에 따라 과세하기 위해서는 납세의무자가 선택한 행위 또는 거래의 형식이나 과정이 처음부터 조세회피의 목적을 이루기 위한 수단에 불과하여 그 실질이 직접 거래를 하거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것과 동일하게 평가될 수 있어야 한다. 그리고 이는 당사자가 그와 같은 형식을 취한 목적, 제3자를 개입시키거나 단계별과정을 거친 경위, 그와 같은 방식을 취한 데에 조세 부담의 경감 외에 사업상의 필요 등 다른 합리적 이유가 있는지, 각각의 행위 또는 거래 사이의 시간적 간격 및 그와같은 형식을 취한 데 따른 손실과 위험부담의 가능성 등 여러 사정을 종합하여 판단해야 한다(대법원 2025. 3. 27. 선고 2023두37896 판결 등 참조).

(2) 위 인정사실 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음 각 사정들을 종합해보면, 원고가 이 사건 매매 관련 과세기간을 달리하여 이 사건 매매 목적물을 두 개로 나누어 양도한 것으로 매매계약서를 작성한 것은 양도소득세 감면 한도를 회피하여 조세감면을 부당하게 받기 위한 목적에서 하나의 거래를 형식상 2개로 나눈 것으로 봄이 상당하다. 피고가 실질과세원칙을 규정한 국세기본법 제14조 제3항 에 따라이 사건 매매를 하나의 거래로 보아 자경농지에 대한 양도소득세 감면한도를 적용하여과세한 이 사건 처분은 적법하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 주위적 청구 및 예비적청구는 모두 이유 없다.

① 원고와 임A은 2. . . 이 사건 제1, 2토지를 매매목적물로 해서 총 매매대금을 정하고, 계약금 *,000만 원을 수령하였는 바, 이때 이미 하나의 매매계약이 체결되었다. 특약기재사항은 잔금지급시기만을 1차분, 2차분으로 분할해서 지급하기로 정한것에 불과하다.

② 실제 원고와 임A은 2. . .자 매매의 특약사항의 이행으로 다시 1차 매매계약서와 2차 매매계약서를 다시 작성한 것일 뿐이다.

③ 임A은 2차 매매 목적물에 관한 소유권이전 이전부터 금융기관과 근저당권 설정에관한 논의를 한 것으로 보이고, 실제 소유권이전등기가 마쳐지기 전인 2*. . **.근저당권 설정등기가 마쳐졌으며, 임A은 이 사건 매매 목적물 전체를 부지로 해서 하나의 건물에 관한 건축허가를 받아 건물을 신축하였다.

④ 원고와 임A은, 건축허가 및 대출관계가 불확실해서 나누어 매수하는 것이 좋겠다는 임A의 요청으로 이와 같이 1, 2차 매매계약을 했다고 주장하나, 건축허가나 대출문제가 1차와 2차 특히 이 사건 제2토지만 지분으로 나누어 매매하는 것과 어떤 상관관계가 있는지에 대해서는 논리적인 근거를 대지 못하고 있는 바, 조세 경감의 회피 목적 외에 이 사건 매매계약이 체결된 후 다시 1차, 2차 매매계약서를 작성한 경위에 대한 합리적 이유를 찾기 어렵다.

원고의 이 사건 주위적 예비적 청구는 모두 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.