후발적 경정청구 사유에 해당하는지 여부

사 건 2023구합17798 경정거부처분 취소청구 원 고 aaa 피 고

○○세무서장, □□세무서장 변 론 종 결

2025. 5. 13. 판 결 선 고

2025. 6. 10.

1. 이 사건 소를 모두 각하한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 원고에게, 피고 ○○세무서장이 2021. 12. 17. 한 2005사업연도 종합소득세 96,303,464원 및 2006사업연도 종합소득세 6,193,004원에 대한 각 경정청구 거부처분, 피고

□□ 세무서장이 2021. 12. 10. 한 2006년도 부가가치세에 대한 경정청구 거부처분을 각 취소한다

• 가. 원고는, 2004. 3. 15. □□시 ○○동 ○○택지개발사업지구 ○○-○○을 사업장 소재지로, 상호를 ‘○○프라자’로 하는 부동산 매매업 및 임대업의 공동사업자(지분 15%)로 사업자등록(이하 ‘이 사건 제1사업장’이라 한다)을 하고, 2006. 1. 18. □□시 ○○동 ○○-○○ ○○프라자 ○○호를 사업장 소재지로, 상호를 ‘○○프라자’로 하여 부동산 매매업 및 임대업의 사업자등록(이하 ‘이 사건 제2사업장’이라 하고, 이 사건 제1, 2사업장을 통칭하여 ‘이 사건 각 사업장’이라 한다)을 하였다.
• 나. ○○세무서장은 원고에게 이 사건 각 사업장과 관련하여 아래 표 기재와 같이 2005, 2006사업연도 종합소득세를 고지하였다.
• 다. 원고는 bbb가 자신의 명의를 대여하여 이 사건 각 사업장을 운영하였으므로, 위 각 사업장의 실제 운영자가 bbb라고 주장하면서 bbb를 상대로 하여 ○○지방법원 2020가합○○호로 bbb가 이 사건 각 사업장의 실제 운영자인 사실에 대한 확인과 손해배상금 1,000만 원 및 이에 대한 지연손해금의 지급을 구하는 소를 제기하였으나, 위 법원은 2021. 2. 3. 이 사건 소 중 실제 사업자 확인청구 부분을 각하하고, bbb로 하여금 원고에게 1,000만 원 및 이에 대한 지연손해금의 지급을 명하는 자백간주에 의한 판결을 선고하였다. 위 판결에 대하여 원고가 ○○고등법원 2021나○○호로 항소를 제기하였는데, 위 항소심 법원은 2021. 9. 16. 다음과 같은 내용의 화해권고결정을 하였고, 위 결정에 대하여 원고와 bbb가 모두 이의를 신청하지 않아 위 화해권고결정은 2021. 10. 15. 확정되었다(이하 ‘이 사건 화해권고결정’이라 하고, 위 사건을 ‘관련 민사소송’이라 한다).

1. 원고와 bbb는 이 사건 각 사업장의 영업으로 발생한 일체의 채권·채무는 모두 bbb에게 귀속됨을 확인한다.

2. 원고는 나머지 청구를 포기한다.

3. 소송총비용은 각자 부담한다.

• 라. 원고는 이 사건 화해권고결정에 따라 이 사건 각 사업장의 실질적 운영자가 bbb임이 확인되었음을 이유로 하여, 2021. 10. 28. 피고 ○○세무서장에게 ○○세무서장이 원고에게 고지한 이 사건 제1사업장의 2005사업연도 종합소득세 중 96,303,464원 및 이 사건 제2사업장의 2006사업연도 종합소득세 6,193,004원을 취소하고, 이를 bbb에게 부과하여 달라는 취지의 경정청구를, 2021. 12. 1. 피고 □□세무서장에게 원고에게 부과된 이 사건 각 사업장과 관련된 부가가치세를 취소하여 달라는 취지의 경정청구(이하 ‘이 사건 각 경정청구’라 한다)를 각 하였다.
• 마. 피고 ○○세무서장은 2021. 12. 17., 피고 □□세무서장은 2021. 12. 10. 각 원고에게 ‘이 사건 각 경정청구는 구 국세기본법(2022. 12. 31. 법률 제19189호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제45조의2 제2항 제1호의 후발적 사유에 의한 경정청구에 해당하지 않고, 같은 조 제1항의 일반적인 경정청구에 해당하는데, 위 각 경정청구는 부칙(제12848호, 2014. 12. 23.) 제7조 제2항 및 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 (2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것)에 따른 경정청구 제기기간인 3년을 도과하여 접수되었다’는 이유로 위 각 경정청구를 각하하는 취지의 결과를 통지하였다(이하 ‘이 사건 각 거부통지’라 한다).
• 바. 원고는 이 사건 각 거부통지에 불복하여 2022. 1. 19. 피고 ○○세무서장에게, 2022. 1. 5. 피고 □□세무서장에게 각 이의신청을 하였으나, 피고 ○○세무서장은 2022. 2. 17., 피고 □□세무서장은 2022. 2. 14. 위 각 이의신청을 기각하였다.
• 사. 원고는 2022. 5. 6. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2023. 9. 21. 이 사건 각 경정청구는 경정청구 제기기간을 도과한 부적법한 경정청구이므로, 이 사건 각 거부통지는 단순한 민원회신에 불과하여 불복청구의 대상이 아니라는 이유로 원고의 위 심판청구를 각하하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함), 변론 전체의 취지

• 가. 당사자들의 주장

1. 원고의 주장 이 사건 각 경정청구는 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 에 따른 후발적사유에 의한 경정청구에 해당하고, 이 사건 화해권고결정 확정일인 2021. 10. 15.로부터 3개월 이내에 이루어졌으므로, 경정청구 제기기간을 준수하여 적법하다.

2. 피고들의 주장

• 가) 이 사건 화해권고결정은 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 의 ‘판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)’에 해당하지 않으므로, 이 사건 각 경정청구는 같은 조 제1항의 일반적인 경정청구에 해당한다. 일반적인 경정청구의 기간은 부칙(제12848호, 2014. 12. 23.) 제7조 제2항 및 구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 제2항 제1호에 따라 3년임에도 원고는 그 기간을 도과하여 이 사건 각 경정청구를 하였으므로, 이 사건 경정청구는 부적법하다. 따라서 피고가 그 경정을 거부하였다고 하더라도 이를 항고소송의 대상이 되는 행정처분으로 볼 수 없다.
• 나) ○○세무서장이 원고에게 이 사건 각 사업장에 관한 2006사업연도 부가가치세 부과처분을 한 사실이 없으므로, 피고 □□세무서장이 2021. 12. 10. 원고에게 한 2006사업연도 부가가치세에 대한 경정청구 거부처분의 취소를 구하는 부분은 그 소의 이익이 없어 부적법하다.
• 나. 관련 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 구체적 판단

1. 관련 법리

• 가) 구 국세기본법 제45조의2 제2항 에서 후발적 경정청구제도를 둔 취지는 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데 있는바, 여기서 말하는 후발적 경정청구 사유 중 법 제45조의2 제2항 제1호에서 정한 ‘거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때’는 최초의 신고 등이 이루어진 후 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등에 관한 분쟁이 발생하여 그에 관한 소송에서 판결에 의하여 거래 또는 행위 등의 존부나 법률효과 등이 다른 내용의 것으로 확정됨으로써 최초의 신고 등이 정당하게 유지될 수 없게 된 경우를 의미한다(대법원 2017. 9. 7. 선고 2017두41740 판결 등 참조). 한편, 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 에 따른 ‘판결’의 범위에 대하여 법문은 별다른 제한을 두고 있지 않으나, 관련 판결에서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등의 존부나 그 법률효과 등에 관하여 당사자 사이에 투명하게 다투어지지 않았고, 이를 입증할 만한 객관적인 자료가 제출되지 않았으며, 그 판결의 주문이나 이유에서도 명확히 판단되었다고 볼 수 없는 경우, 관련 판결에서 인정된 사실만으로는 문제가 된 거래 또는 행위의 존부나 법률효과 등이 확정되었다고 볼 수 없으므로, 그러한 경우에는 위 규정에서 후발적 경정청구사유로 규정하고 있는 ‘판결’에 해당하지 않는다고 보아야 하고, 위와 같은 해석은 판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위에 대하여도 동일하게 적용되어야 한다.
• 나) 경정청구기간이 도과한 후 제기된 경정청구는 부적법하여 과세관청이 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 거부처분을 할 의무가 없으므로, 과세관청이 경정을 거절하였다고 하더라도 이를 항고소송의 대상이 되는 거부처분으로 볼 수 없다(대법원 2015. 3. 12. 선고 2014두44830 판결 등 참조).

2. 구체적 판단

• 가) 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 앞서 본 관련 법리에 비추어 살펴보면, bbb가 원고의 명의를 대여하여 이 사건 각 사업장을 운영하였는지 여부에 관하여 관련 민사소송에서 실질적으로 다투어졌다거나 법원의 심리가 이루어져 이 사건 화해권고결정에 따라 명확히 판단되었다고 볼 수 없으므로, 이 사건 화해권고결정이 확정되었다는 사정은 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 의 후발적 경정사유에 해당한다고 볼 수 없다.

① 이 사건 각 경정청구가 인정되기 위해서는 bbb가 원고의 명의를 대여하여 이 사건 각 사업장을 운영하였음이 이 사건 화해권고결정에서 확정되어야 하는데, 위 화해권고결정에서는 이 사건 각 사업장의 영업으로 발생한 일체의 채권·채무가 bbb에게 귀속됨을 확인하였을 뿐 bbb가 원고의 명의를 대여하여 이 사건 각 사업장에 관한 사업자등록을 하였다거나 이 사건 각 사업장의 실질적 사업주가 누구인지에 관하여는 아무런 언급이 없다.

② 관련 민사소송의 제1심판결은 실제 사업자 확인청구 부분을 각하하고, bbb로 하여금 원고에게 1,000만 원 및 이에 대한 지연손해금의 지급을 명하는 자백간주에 의한 판결이고, bbb의 소송대리인은 항소심에서 실제 사업자 확인청구와 손해배상청구는 선택적 병합이므로, 손해배상청구 부분도 항소심의 심판의 대상이 되는데, 위 손해배상청구는 인정될 수 없다는 취지의 주장을 하였을 뿐이므로, 관련 민사소송에서 이 사건 화해권고결정에 이르기까지 원고와 bbb 사이에 bbb가 원고의 명의를 대여하여 이 사건 각 사업장에 관한 사업자등록을 하였는지에 관하여 실질적인 변론이 이루어지는 등으로 당사자 사이에 투명하게 다투어지지 않았고, 이를 입증할 만한 객관적인 자료도 제출되지 않았으며, 제1심판결 및 이 사건 화해권고결정의 주문이나 이유에서도 명확하게 판단되었다고 볼 수 없다.

③ 이 사건 각 사업장 운영 당시 원고와 bbb는 부부 관계에 있었고, 원고는 2006. 8. 9.부터 2008. 2. 1.까지 사이에 ○○세무서장으로부터 이 사건 각 사업장에 관한 2005, 2006사업연도 종합소득세를 고지 받았음에도 그로부터 약 14년이 경과한 이후인 2020년경에서야 비로소 구 국세기본법 제45조의2 제2항 에 따른 후발적 사유에 의한 경정청구를 받을 목적으로 bbb를 상대로 하여 관련 민사소송을 제기하였다. 원고와 bbb가 이 사건 화해권고결정에 대하여 이의를 신청하지 않아 위 결정이 그대로 확정되었으나, 이 사건 화해권고결정은 관련 민사소송에서 형식적으로 대립당사자이던 원고와 bbb의 일치된 의사에 의하여 이루어진 것으로 보인다.

• 나) 2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정된 구 국세기본법 제45조의2 제1항 은 후발적 사유에 의한 경정청구의 제기기간을 종전 3년에서 5년으로 개정하면서 부칙(제12848호, 2014. 12. 23.) 제7조에서 ‘제45조의2 제1항의 개정규정은 이 법 시행 이후 결정 또는 경정을 청구하는 분부터 적용한다’(제1항), ‘제1항에도 불구하고, 이 법 시행전에 종전의 제45조의2 제1항에 따른 청구기간이 경과한 분에 대해서는 제45조의2 제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다’(제2항)고 규정하였다. 원고가 2006. 8. 9.부터 2008. 2. 1.까지 사이에 ○○세무서장으로부터 이 사건 각 사업장에 관한 2005, 2006사업연도 종합소득세를 고지받은 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 부칙(제12848호, 2014. 12. 23.) 제7조 제2항에 따라 위 종합소득세 부과처분에 대하여는 ‘과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다’라고 규정한 구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 제1항 제1호가 적용되는데, 원고의 이 사건 각 경정청구는 그로부터 3년이 경과하였음이 역수상 명백한 2021. 10. 28. 및 같은 해 12. 1. 이루어졌으므로, 피고들이 이 사건 각 경정청구를 거부하는 내용의 이 사건 거부통지를 하였다고 하더라도 이를 항고소송의 대상이 되는 거부처분으로 볼 수 없다. 따라서 항고소송의 대상이 되는 거부처분이 아닌 이 사건 거부통지의 취소를 구하는 이 사건 소는 부적법하므로, 이를 지적하는 피고들의 본안전 항변은 이유 있다(나아가 원고에 대하여 이 사건 각 사업장에 관한 2006사업연도 부가가치세가 부과된 적이 없는 것으로 보이는바, 원고에게는 위 부가가치세에 대한 경정청구권이 인정될 수 없고, 이처럼 경정청구권이 없는 원고의 경정청구를 거부하는 행위가 원고의 권리나 법적인 이익에 어떤 영향을 미친다고 볼 수 없어, 피고 □□세무서장의 거부통지를 항고소송의 대상이 되는 행정처분이라고 볼 수도 없다).

그렇다면 이 사건 소는 부적법하므로, 이를 각하하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 별지 관계 법령 ■ 구 국세기본법(2022. 12. 31. 법률 제19189호로 개정되기 전의 것) 제45조의2(경정 등의 청구)

① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때

3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때 ■ 구 국세기본법(2015. 12. 15. 법률 제13552호로 개정되기 전의 것) 제45조의2(경정 등의 청구)

① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때 부칙(법률 제12848호, 2014. 12. 23.) 제7조(경정 등의 청구 기간 연장에 관한 적용례 등)

① 제45조의2 제1항의 개정규정은 이 법 시행 이후 결정 또는 경정을 청구하는 분부터 적용한다.

② 제1항에도 불구하고, 이 법 시행 전에 종전의 제45조의2 제1항에 따른 청구기간이 경과한 분에 대해서는 제45조의2제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. ■ 구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것) 제45조의2(경정 등의 청구)

① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때. 끝