쟁점 토지가 주택의 부수토지로만 사용되었는지 여부

사 건 의정부지방법원 2023구합17606 양도소득세경정거부처분취소 원 고 AAA 피 고 BBB세무서장 변 론 종 결 2025.9.30. 판 결 선 고 2025.12.2.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2022. 9. 7. 원고에 대하여 한 2021 귀속 양도소득세 25,312,361원의 경정청구거부처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2003. 9. 22. ○○○시 ○○읍 ○○리 544-12 공장용지 178㎡, 같은 리 544-135 전 111㎡, 같은 리 545-1 공장용지 367㎡, 2011. 8. 4. 같은 리 601-5 공장용지 59㎡(이하 ○○○시 ○○읍 ○○리 토지를 지번으로만 특정하기로 하고, 위 각 토지를 통칭하여 ‘이 사건 각 토지’라 하며, 544-135 토지를 ‘이 사건 쟁점토지’라 한다)의 소유권을 각 취득하였다.
• 나. 원고는 2012. 1. 17. 544-12 토지, 545-1 토지 및 601-5 토지상에 일반철골구조 철근콘크리트지붕 2층 제2종 근린생활시설 및 단독주택[1층 제2종 근린생활시설(제조업소) 320.93㎡, 2층 단독주택 133.09㎡, 이하 ‘이 사건 건물’이라 하고, 위 건물 중 2층 단독주택을 ‘이 사건 주택’이라 한다]을 신축하여 소유권보존등기를 마친 후 2014. 10. 16.부터 이 사건 주택에 전입신고를 마치고 거주하였다.
• 다. 이 사건 각 토지가 한국토지주택공사가 시행하는 CCCCC 공공주택지구 조성사업의 사업지구에 편입됨에 따라 원고는 한국토지주택공사에 2021. 12. 17. 544-12 토지, 601-5 토지 및 이 사건 쟁점토지를, 2022. 4. 5. 545-1 토지 및 이 사건 건물을 각 양도하고, 그 무렵 소유권이전등기를 마쳐주었다.
• 라. 원고는 2022. 2. 28. 544-12 토지, 601-5 토지 및 이 사건 쟁점토지에 대한 양도소득세 70,285,719원, 2022. 6. 30. 545-1 토지 및 이 사건 건물에 대한 양도소득세 78,953,195원을 각 예정 신고ㆍ납부하였다. 원고는 위 각 예정 신고ㆍ납부 당시 소득세법 제89조 제1항 제3호 및 구 같은 법 시행령(2022. 8. 2. 대통령령 제32830호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법 시행령’이라 한다) 제154조 제1항, 제3항 단서 및 제4항에 따라 이 사건 건물을 1세대 1주택 비과세 대상인 이 사건 주택과 과세 대상인 근린생활시설(이 사건 건물 중 1층 제2종 근린생활시설, 이하 ‘근린생활시설’이라고만 한다)로 하고, 이 사건 각 토지의 면적을 이 사건 주택 및 근린생활시설의 연면적 비율로 안분한 후 비과세 대상인 이 사건 주택 부수토지와 과세 대상인 근린생활시설 부수토지로 하여 양도소득세를 예정 신고ㆍ납부하였는데, 위와 같이 안분한 부수토지 면적의 구체적인 계산 내역은 아래 표 기재와 같다. -표 생략-
• 마. 원고는 2022. 7. 12. 피고에게 ‘이 사건 쟁점토지가 이 사건 주택의 부수토지로만 사용되었으므로, 위 쟁점토지 중 78.29㎡ 부분도 1세대 1주택 비과세 대상에 해당한다’라고 주장하며 양도소득세 25,312,361원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 2022. 9. 7. 이를 거부하는 처분을 하였다(이하 ’이 사건 처분‘이라 한다).
• 바. 원고는 2023. 2. 15. 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2023. 9. 18. 원고의 위 심판청구를 기각하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

원고는 이 사건 쟁점토지에 비닐하우스를 설치하고, 위 토지를 텃밭으로 이용하며 수확한 농작물을 원고가 소비하는 등 이 사건 쟁점토지를 주거생활공간으로 이용하였으므로, 이 사건 쟁점토지는 이 사건 주택의 부수토지로서 소득세법 제89조 제1항 제3호 및 구 같은 법 시행령 제154조 제1항에 따른 1세대 1주택 비과세 대상에 해당한다. 그럼에도 피고는 이 사건 쟁점토지가 주택과 주택 외의 부분으로 복합된 이 사건 건물에 딸린 토지로서 이 사건 주택의 부수토지로만 사용되어 왔다고 보기 어렵다는 이유로 이 사건 처분을 하였는바, 위 처분은 위법하므로, 취소되어야 한다.

별지 기재와 같다.

• 가. 양도소득세의 감면요건에 해당하는 사실에 대한 입증책임은 양도소득세의 감면을 주장하는 납세의무자에게 있다고 할 것이다(대법원 1993. 7. 13. 선고 92누11893판결, 대법원 2002. 11. 22. 선고 2002두7074 판결 등 참조).
• 나. 구 소득세법 시행령 제154조 제3항 및 제4항은 ’하나의 건물이 주택과 주택외의 부분으로 복합되어 있는 경우에는 그 전부를 주택으로 본다. 다만, 주택의 연면적이 주택 외의 부분의 연면적보다 적거나 같을 때에는 주택외의 부분은 주택으로 보지 아니한다‘(제3항), ’제3항 단서의 경우에 주택에 딸린 토지는 전체 토지면적에 주택의 연면적이 건물의 연면적에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한다‘(제4항)라고 규정하고 있다. 이 사건 건물은 이 사건 주택과 근린생활시설인 주택 외의 부분으로 복합되어 있고, 이 사건 주택의 연면적은 133.09㎡로 주택 외의 부분인 근린생활시설의 연면적 320.93㎡보다 적으므로, 특별한 사정이 없는 한 위 각 규정에 따라 이 사건 쟁점토지 중 이 사건 주택 부수토지의 면적은 위 쟁점토지 전체 면적에 이 사건 주택의 연면적이 이 사건 건물의 연면적에서 차지하는 비율을 곱하여 계산되어야 하고, 이 사건 쟁점토지 전체가 이 사건 주택의 부수토지로서 소득세법 제89조 제1항 제3호 및 구 같은 법 시행령 제154조 제1항에 따른 1세대 1주택 비과세 대상에 해당한다고 보기 위해서는 특별한 사정 즉, 위 쟁점토지가 이 사건 건물의 부수토지가 아닌 이 사건 주택의 부수토지로만 사용되어 왔다는 사실을 원고가 증명하여야 한다.
• 다. 원고는 그 주장에 부합하는 듯한 증거로 갑 제5호증(현장사진)을 제출하였다. 위 현장사진 영상에 의하면, 이 사건 쟁점토지 일부에 그늘막이 설치되어 있고, 그 주변에 수목, 잡풀 등이 자라 있으며, 차량이 주차되어 있는 모습만이 확인될 뿐이다. 위 현장사진을 비롯하여 제출된 증거들을 모두 살펴보더라도 원고가 이 사건 쟁점토지를 주거생활공간으로 사용함으로써 이를 이 사건 주택의 부수토지로만 사용하였다는 점을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 주장은 이유 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.