실물거래없는 가공비율 99.1%의 허위세금계산서와 관련된 부가가치세 매입세액은 불공제하는 것이 타당함

사 건 2023구합16528 부가가치세부과처분취소 원 고 김ㅇㅇ 피 고 ㅇㅇ세무서 변 론 종 결 2024.6.11. 판 결 선 고 2024.7.23.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고 1) 가 2022. 3. 4. 2) 원고에게 한 부가가치세 2013년 제2기분 10,876,050원, 2014년 제1기분 103,712,140원, 2014년 제2기분 57,685,000원의 부과처분을 각 취소한다.

• 가. 원고는 2011. 4. 5. ㅇㅇ ㅇㅇ구 ㅇㅇ로 584 ㅇㅇ베르빌2차 620(ㅇㅇ동)에서 ‘AA농특산’이라는 상호로 도소매업(농수산물, 잡화)을 주업종으로 하는 개인사업자 등록을 하였다. 원고는 이후 2014. 7. 23. 사업장을 ㅇㅇ시 ㅇㅇ로 70번길 96(ㅇㅇ동)으로 변경하면서 상호를 ‘AA’로 정정하였고, 부업종으로 임대서비스업(기계, 기구)을 추가하여 사업을 영위하다가 2019. 12. 31. 직권 폐업하였다.
• 나. 정ㅇㅇ은 2012. 8. 14. ㅇㅇ ㅇ구 ㅇㅇ길 23 ㅇㅇ빌라 702호(ㅇㅇ동)에서 ‘코ㅇㅇㅇ’라는 상호로 도매업(철강, 잡화)을 주업종으로 하여 개인사업자 등록을 하였고, 2014. 1. 28. 사업장을 ㅇㅇ ㅇㅇ구 ㅇㅇ로350번길 16(ㅇㅇ동)으로 변경하여 사업을 영위하다가 2015. 6. 29. 직권 폐업하였다.
• 다. 원고는 아래 표 기재와 같이 코ㅇㅇㅇ로부터 2013. 10. 22.부터 2014. 10. 31.까지 총 공급가액 733,974,655원의 매입세금계산서 총 16매(이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)를 수취하였고, 이후 부가가치세 매출세액에서 이를 공제하여 부가가치세를 신고하였다. <표> 이 사건 세금계산서 상세내역 (단위: 원) 과세기간 매입세금계산서 내역 작성일자 공급대가 공급가액 세액 품목 2013.2기 2013.10.22. 13,200,000 12,000,000 1,200,000 잡화 2013.11.22. 17,600,000 16,000,000 1,600,000 잡화 2013.11.22. 18,700,000 17,000,000 1,700,000 잡화 소계 49,500,000 45,000,000 4,500,000 과세기간 매입세금계산서 내역 작성일자 공급대가 공급가액 세액 품목 2014.1기 2014.1.31. 96,800,000 88,000,000 8,800,000 잡화 2014.2.28. 100,100,000 91,000,000 9,100,000 잡화 2014.3.31. 77,000,000 70,000,000 7,000,000 잡화 2014.4.21. 11,562,385 10,511,259 1,051,126 잡화, 식품 2014.4.30. 89,100,000 81,000,000 8,100,000 잡화 2014.5.26. 5,453,850 4,958,045 495,805 식품 2014.5.31. 44,000,000 40,000,000 4,000,000 잡화 2014.6.24. 3,855,887 3,505,351 350,536 식품 2014.6.30. 55,000,000 50,000,000 5,000,000 잡화 소계 482,872,122 438,974,655 43,897,467 2014.2기 2014.7.31. 55,000,000 50,000,000 5,500,000 식품 2014.8.29. 60,500,000 55,000,000 5,500,000 식품 2014.9.30 88,000,000 80,000,000 8,000,000 식품 2014.10.31. 71,500,000 65,000,000 6,500,000 식품 소계 275,000,000 250,000,000 25,000,000
• 라. AA세무서장은 2015. 9. 14.부터 2015. 11. 13.까지 코ㅇㅇㅇ의 2013년 제2기부터 2015년 제1기까지를 조사대상 기간으로 하여 부가가치세(거래질서) 조사를 실시하였으며, 그 결과 코ㅇㅇㅇ가 위 과세기간 동안 이 사건 세금계산서를 포함한 세금계산서를 거짓으로 발행(가공비율 99.1%)한 사실을 확인하여, 피고에게 이 사건 세금계산서와 관련된 거래(이하 ‘이 사건 거래’라 한다)를 가공거래로 확정하여 과세자료를 통보하였다.
• 마. AA세무서장은 위 조사 결과 실물거래 없는 거짓세금계산서 발급에 대해 코ㅇㅇㅇ의 실행위자 정ㅇㅇ을 조세범처벌법 제10조 제3항 위반으로 고발하였는데, ㅇㅇ지방법원은 2016. 6. 2. 그 범죄사실을 유죄로 인정하여 정ㅇㅇ에 대하여 징역 6개월에 집행유예 1년의 판결을 선고하였고, 그 판결은 그대로 확정되었다.
• 바. 피고는 2021. 12. 9. 이 사건 거래가 실물거래 없이 이루어졌다고 판단하여 이 사건 세금계산서에 관한 부가가치세 매입세액을 불공제하였고, 이에 따라 원고에게 2013년 제2기 부가가치세 10,876,050원, 2014년 제1기 부가가치세 103,712,140원, 2014년 제2기 부가가치세 57,685,000원을 부과할 것을 과세예고 하였다.
• 사. 원고는 이에 불복하여 2022. 1. 7. 피고에게 과세전적부심사를 청구하였으나, 피고는 2022. 2. 28. 이를 불채택하는 결정을 하였고, 2022. 3. 4. 원고에게 2013년 제2기 부가가치세 10,876,050원, 2014년 제1기 부가가치세 103,712,140원, 2014년 제2기 부가가치세 57,685,000원을 부과·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 아. 원고는 2022. 11. 4. 이 사건 처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 국세청에 심사청구를 제기하였으나, 2023. 6. 14. 심사청구가 기각되었고, 원고는 2023. 7. 4. 국세청의 심사청구 결정서를 송달받은 이후 2023. 9. 27. 이 사건 소를 제기하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 을 제1 내지 9호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 원고는 이 사건 세금계산서상 매입처인 코ㅇㅇㅇ와 일본 특산물 등 실물거래를 하여 ㅇㅇ백화정, AA백화점에 판매하였는바, 이 사건 세금계산서상 거래가 가공거래임을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 부가가치세법에서는 세금계산서의 필요적 기재사항이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있고, 여기서 사실과 다르다는 것의 의미는 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재 내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리킨다할 것이다(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 등 참조). 납세의무자가 신고한 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지비용인지 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우에는, 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결 등 참조).

2. 다른 형사사건의 확정판결에서 인정된 사실은 특별한 사정이 없는 한 유력한 증거자료가 되는 것인바(대법원 2012. 6. 14. 선고 2011도15653 판결 참조), AA세무서장은 이 사건 세금계산서를 포함한 실물거래 없는 거짓세금계산서 발급에 대해 코ㅇㅇㅇ의 실행위자 정ㅇㅇ을 조세범처벌법 제10조 제3항 위반으로 고발하였는데, ㅇㅇ지방법원은 2016. 6. 2. 그 범죄사실을 유죄로 인정하여 정ㅇㅇ에 대하여 징역 6개월에 집행유예 1년의 판결을 선고하였고, 그 판결이 그대로 확정된 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 원고가 이 사건 세금계산서상 매입처인 코ㅇㅇㅇ와 실물거래를 하였다고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

3. 따라서 피고가 이 사건 거래가 실물거래 없이 이루어졌다고 판단하여 이 사건 세금계산서에 관한 부가가치세 매입세액을 불공제하고 이 사건 처분을 한 것이 위법하다고 볼 수 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 1) 원고가 피고를 잘못 지정하였음이 분명하나, 소장의 기재 등에 비추어 ㅇㅇ세무서장의 부가가치세 부과처분을 다투는 것으로 보고 판단한다. 2) 이 사건 소장의 청구취지에는 처분일자가 ‘2021. 11. 25.’로 기재되어 있으나, 갑 제7호증의 기재에 비추어 잘못된 기재임이 분명하므로 위 처분일자를 ‘2022. 3. 4.’로 선해하여 정정한다.