대표자로부터 특허권을 취득한 것에 대하여 부당행위계산부인 규정을 적용하여 과세한 처분의 당부

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2022. 1. 3. 원고에 대하여 한 2017년 귀속 법인세 849,180원, 2018년 귀속 법인세 17,618,000원, 2019년 귀속 법인세 24,045,140원의 각 부과처분을 취소한다

1.처분의경위 가.원고(변경 전 상호: 주식회사 AA식품, 이하 상호 변경 전후를 통틀어 ‘원고’라고만 한다)는 조미식품 제조, 유통 및 판매업 등을 목적으로 2012. 1. 1. 설립된 주식회사이고, 이BB은 원고 설립 무렵부터 2021. 6. 4.까지 원고의 사내이사 내지 대표이사였던 사람이다.

• 나. 이BB은 고기류염지장치에 관한 아래 각 발명에 대하여 특허를 출원․등록하였 다(이하 ‘이 사건 각 특허권’이라 한다). 연번 특허등록번호 발명의 명칭 특허출원일 특허등록일 1 10-*** 고기류염지장치

2017. XX. XX.

2017. XX. XX. 2 10-*** 고기류염지장치

2017. XX. XX.

2018. XX XX.

• 다. 원고는 이BB으로부터, 2017. 12. 27. 이 사건 각 특허권 중 연번 제1번 특허권을 3억 5,033만 원에, 2018. 8. 22. 연번 제2번 특허권을 3억 3,000만 원에 각 양수하기로 하는 계약을 체결하고, 이 사건 각 특허권을 양수하였다.
• 라. 원고는 이 사건 각 특허권 중 연번 제1번 특허권의 양수대금 3억 5,033만 원 및연번 제2번 특허권의 양수대금 3억 3,000만 원 중 3억 822만 원을 각 원고의 이BB에 대한 가지급금과 상계하였다.
• 마. 원고는 이 사건 각 특허권을 무형자산으로 계상한 후 위 각 특허권 관련 감가상각비를 아래 표 기재와 같이 각 사업연도에 손금산입하여 2017 내지 2019 사업연도 법인세를 신고하고, 이 사건 각 특허권의 양수대금 합계 6억 8,033만 원(= 3억 5,033만원 + 3억 3,000만 원)을 기타소득으로 보아 이BB의 기타소득세 33,813,200원을 원천징수하였다. 과세연도 2017 2018 2019 합계 감가상각비 2,919,410원 65,366,860원 96,606,860원 164,893,130원
• 바. CC지방국세청장은 DDD세무서에 대한 종합감사를 실시하였고, 그 결과 이 사건 각 특허권은 원고가 창출한 무형자산에 해당하므로, 원고가 이BB에게 이 사건 각특허권의 양수대금으로 지급한 위 6억 8,033만 원이 부당하게 유출되었다는 내용의 감사결과를 통보하였다.
• 사. 이에 피고는 2022. 1. 7. 원고에게 이 사건 각 특허권의 감가상각비 합계164,893,130원을 손금불산입하여 아래 표 기재와 같이 2017 내지 2019 사업연도 법인세를 부과(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하고, 이 사건 각 특허권의 양수대금 6억8,033만 원을 이BB에 대한 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다. 과세연도 2017 2018 2019 합계 고지세액 849,180원 17,618,000원 24,274,880원 42,742,060원
• 아. 원고는 2022. 9. 19. 이 사건 처분의 취소를 구하는 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2023. 4. 7. 위 심판청구를 기각하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 8, 9, 12, 14, 17, 21호증, 을 제1, 2호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함), 변론 전체의 취지

이 사건 각 특허권은 이BB이 발명하여 취득한 것이므로, 위 각 특허권의 실질적인소유자는 이BB이다. 그럼에도 불구하고 피고는 이 사건 각 특허권을 원고가 발명하여 취득하였음을 전제로 이 사건 각 특허권의 감가상각비를 손금불산입하여 이 사건 처분을 하였으므로, 이 사건 처분은 그 과세요건사실이 인정되지 않아 위법하다. 따라서 이 사건 처분은 취소되어야 한다.

별지 관계 법령의 기재와 같다.

• 가. 관련 법리

1. 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에 있어서 과세처분의 적 법성 및 과세요건사실의 존재에 관하여는 원칙적으로 과세관청이 그 입증책임을 부담하나, 경험칙상 이례에 속하는 특별한 사정의 존재는 납세의무자에게 그 입증책임 내지는 입증의 필요가 돌아가고(대법원 1990. 2. 13. 선고 89누2851 판결 등 참조), 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀지면, 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못하는 사정을 입증하지않는 한, 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다(대법원 2002. 11. 13. 선고 2002두6392 판결 등 참조). 법인세법 제52조 에 규정한 부당행위계산부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의거래에서 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 법인세법 시행령 제88조 제1항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도이다이는 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이다. 경제적 합리성 유무에 관한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 없는 비정상적인 것인지에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 2018. 12. 28. 선고 2017두47519 판결 등 참조). 2) 특허법 제33조 제1항 본문은 발명을 한 자 또는 그 승계인은 특허법에서 정하는 바에 의하여 특허를 받을 수 있는 권리를 가진다고 규정하고 있는데, 특허법 제2조제1호 는 ‘발명’이란 자연법칙을 이용한 기술적 사상의 창작으로서 고도(高度)한 것을말한다고 규정하고 있으므로, 특허법 제33조 제1항 에서 정하고 있는 ‘발명을 한 자’는바로 이러한 발명행위를 한 사람을 가리킨다. 따라서 발명자(공동발명자를 포함한다)에해당한다고 하기 위해서는 단순히 발명에 대한 기본적인 과제와 아이디어만을 제공하였다거나 연구자를 일반적으로 관리하고 연구자의 지시로 데이터의 정리와 실험만을한 경우 또는 자금ㆍ설비 등을 제공하여 발명의 완성을 후원ㆍ위탁하였을 뿐인 정도 등에 그치지 않고, 발명의 기술적 과제를 해결하기 위한 구체적인 착상을 새롭게 제시ㆍ부가ㆍ보완하거나, 실험 등을 통하여 새로운 착상을 구체화하거나, 발명의 목적 및 효과를 달성하기 위한 구체적인 수단과 방법의 제공 또는 구체적인 조언ㆍ지도를 통하여 발명을 가능하게 한 경우 등과 같이 기술적 사상의 창작행위에 실질적으로 기여하기에 이르러야 한다(대법원 2012. 12. 27. 선고 2011다67705 판결 등 참조).

• 나. 구체적 판단 앞서 든 증거들, 갑 제5 내지 7, 11, 13, 15, 19호증의 각 기재 및 영상에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 앞서 본 관련 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 각 특허권은 이BB이 아닌 원고가 발명하여 취득한 것으로서 위 각특허권의 실질적인 소유자는 원고로 봄이 타당하다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

① 이 사건 각 특허권은 향신료 등을 이용하여 만든 염지액을 고기류에 염지하는염지공정을 수행하는 장치를 그 내용으로 한다. 원고는 이 사건 각 처분의 취소를 구하는 심판청구 단계에서 이 사건 각 특허권을 이BB으로부터 양수하게 된 경위와 관련하여 ‘매출처로부터 소스만 제공해 줄 것이 아니라 육류에 소스를 재워서 납품하면어떻겠냐는 제안을 여러 차례 받았고, 사업확장 측면에서 검토할만한 제안이라고 생각하였다’라는 취지로 주장하였고, 원고가 의뢰한 이 사건 각 특허권에 관한 감정평가서에는 ‘원고는 조미식품 제조 등 사업부 1개로서 신규 사업이 아닌 기존 사업의 효율성증진 및 부가가치 창출을 위한 공정상의 특허’라고 기재되어 있다. 이에 비추어 보면,이 사건 각 특허권은 원고의 주된 사업인 조미식품 제조업과 밀접하게 연관된 것으로보인다.

② 원고는 2014. 9. 11. 기업부설연구소를 설립․운용하면서 5 내지 10명의 연구전담요원을 배치하였고, 2014년 7,100만 원, 2015년 1억 4,900만 원, 2016년 2억3,200만 원, 2017년 1억 8,200만 원, 2018년 1억 9,600만 원의 연구개발비를 지출하였다.이 사건 각 특허권의 내용을 살펴보면, 위 각 특허권은 대용량의 고기류 염지 공정 수행 중 발생하는 고기류 훼손을 방지하기 위하여 염지액 저장부, 염지부, 공급부로 성된 고기류염지장치에 관한 것으로서 단순한 구상만으로는 발명이 어렵고, 도면 작성, 구체적인 공정의 구성, 기술의 실현가능성, 효율성, 안전성 등을 검증하기 위하여 제품의 제작 및 다양한 실험이 필요하며, 그 과정에서 상당한 전문 장비 및 비용이 소요될 것으로 보이는데, 이BB이 이 사건 각 특허권 발명에 있어서 어떠한 분야에어떠한 방법으로 기여하였는지 확인되지 않고, 비용을 지출한 내역도 확인되지 않는다.원고는 이BB이 이 사건 각 특허기술을 고안·완성하였음을 입증할 증거로 이BB이 작성한 수첩(갑 제5호증)을 제출하였으나, 위 수첩에 기재된 내용은 기본적인 착상 내지 아이디어 등이 나열된 것에 불과하다. 따라서 위 수첩 내용을 통해 이 사건 각 특허 발명에 이르렀다고 보기 부족하다.원고의 기업부설연구소의 규모, 연구개발비 지출 내역, 원고가 운영하는 사업과 이사건 각 특허권의 연관성 등에 비추어 보면, 원고가 인력과 비용을 투입하여 이 사건 각 특허권과 관련된 기술을 연구․개발 하였다고 봄이 상당하다.

③ 이BB은 이 사건 각 특허권을 개인 명의로 취득하고자 하였으므로, 특허출원과정에서 특허출원비용이 이BB 개인의 통장에서 지급되었다 하더라도 그러한 사정이이 사건 각 특허권이 이BB에게 실질적으로 귀속된다는 중요한 근거가 되지는 않는다.오히려 이 사건 각 특허권의 특허 출원을 대리한 강한국제특허법률사무소는 ‘주식회사 AA식품-이BB 대표님’, ‘주식회사 AA식품-김EE 차장님’ 즉, 원고를 수신자로 하여 특허 출원 대리 업무에 관한 수수료 등을 청구하였을 뿐이다.

④ 이BB은 원고 설립 무렵부터 2021. 6. 4.까지 원고의 사내이사 내지 대표이사로 재직하였고, 2014. 1. 1.부터 2021. 6. 8.까지 사이에 원고 발행주식의 100%를 소유하고 있었다. 이BB의 지위, 원고 발행주식 보유 현황 등에 비추어 볼 때, 이BB은이 사건 각 특허권 출원․등록 및 위 각 특허권에 관한 양수계약 체결 당시 원고를 실질적으로 운영 또는 지배하는 지위에 있었던 것으로 보인다.

⑤ 이 사건 각 특허권 중 위 1.의 나.항 표 기재 연번 제1번 특허권의 특허등록일은 2017. 9. 11.이고, 연번 제2번 특허권의 특허등록일은 2018. 6. 14.이다. 그런데 원고와 이BB은 연번 제1번 특허권에 관하여 2017. 12. 27., 연번 제2번 특허권에 관하여 2018. 8. 22.에 각 양수계약을 체결하였는데, 이 사건 각 특허권의 특허등록일과 위각 양수계약 체결일은 2 내지 3개월로 매우 근접해 있다. 또한, 원고는 이 사건 각 특허권의 양수대금을 이BB에게 현실 지급하지 않고, 원고의 이BB에 대한 가지급금과 상계하였다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.