별도의 채권과 상계된 이 사건 공사대금은 회수되지 않은 것을 전제로 하는 대손세액공제 대상에 해당하지 않음

사 건 2023구합127 대손세액공제신고부인처분취소 원 고 AA건설 주식회사 피 고 ○○세무서장 변 론 종 결 2024. 6. 11. 판 결 선 고 2024. 7. 23.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2021. 6. 9. 원고에 대하여 한 대손세액 공제신고 부인처분을 취소한다.

• 가. 원고와 CCC 사이의 공사도급계약 등 1) 원고(수급인)는 2011. 3. 4. CCC(도급인)으로부터 ○○ ○○구 ○○동 xxx-xxx 외 3 필지에 지하 2층, 지상 6층 규모의 DD빌딩(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 신축하는 공사(이하 ‘이 사건 공사’라 한다)를 공사금액 x,xxx,xxx,xxx원(부가가치세 별도)에 도급 받았는데(이하 ‘이 사건 도급계약’이라 한다), 2012. 7. 30. 공사대금을 x,xxx,xxx,xxx원 (부가가치세 별도)으로 변경하는 내용의 계약(이하 ‘이 사건 변경계약’이라 한다)을 체결 하였다.

2. ○○○○시 ○○구청장은 2012. 8. 22. 이 사건 건물에 대한 사용승인을 하였다.

• 나. 관련 민사사건 1) CCC은 원고를 상대로 이 사건 공사와 관련하여 하자보수에 갈음하는 손해배상, 지체 상금, 대여금 등을 청구하는 소를 제기하였고, 원고는 반소로 이 사건 변경계약상 미지급 공사대금 xxx,xxx,xxx원(부가가치세 포함, 이하 ‘이 사건 미지급 공사대금’이라 한다)의 지급을 구하였다.

2. 위 사건은 항소심, 상고심(이하 ‘이 사건 상고심’이라 한다)을 거쳐 파기환송심에서 원고가 CCC에게 xx,xxx,xxx원을 지급하는 것으로 2016. 4. 11. 조정이 성립되었다(이하 위 민사사건을 ‘관련 민사사건’이라 한다).

3. 관련 민사사건의 각 심급별 청구원인, 인용금액(지연손해금 제외) 등 상세 내용은 아래 표 기재와 같다.

• 다. 관련 행정사건 1) 피고는 원고가 이 사건 미지급 공사대금에 대하여 공급시기(사용승인일 2012. 8.22.)에 세금계산서를 발행하지 않고 부가가치세 신고를 누락하였다고 판단하여, 2016. 2. 23. 원고에게 2012년 2기 부가가치세 xx,xxx,xxx원(가산세 포함)을 경정·고지하였다. 2) 원고는 이 사건 미지급 공사대금에 관한 용역의 공급시기는 관련 민사사건의 조정성립일인 2016. 4. 11.이라 주장하면서

○○○ 지방법원에 위 1)항 처분의 취소를 구하는 소를 제기하였는데, 위 법원은 2017. 10. 24.공사의 기성고에 따라 그 대금을 지급받기로 한 이 사건 도급계약에 기한 용역은 구 부가가치세법 시행령 제22조 제2호 소정의 완성도 기준지급의 용역공급에 해당하여 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때가 그 공급시기가 되고, 이 사건 공사가 완료되어 사용승인을 받았으므로 미지급 공사대금에 관한 용역의 공급 시기는 사용승인일인 2012. 8. 22.로 보아야 한다. 계약에 의하여 받기로 한 대금이 정해진 상태에서 이 사건 공사가 완료되어 사용승인까지 받은 이상, 그 후 원고와 CCC 사이에 공사대금 정산에 관한 분쟁으로 소송까지 제기되어 결국 법원의 조정결정을 통해 공사잔금이 확정되었다고 하더라도 이는 공급이 완료된 용역의 하자 및 공사지연으로 인한 손해배상 등에 관한 문제일 뿐, 그로써 위 민사소송이 확정된 때인 2016. 4. 11.이 미지급 공사대금에 관한 용역의 공급시기가 되는 것은 아니다. 라고 판시하면서 원고의 청구를 기각 하는 판결(

○○○ 지방법원 20xx구합○○○○○호)을 선고하였고, 이에 대한 원고의 항소(○○고등법원 20xx누○○○○○호) 및 상고(대법원 20xx두○○○○○호)가 모두 기각되어 2018. 7. 13. 제1심판결이 확정되었다(이하 ‘관련 제1 행정사건’이라 한다).

3. 원고는 2016. 3. 31. 자로 이 사건 미지급 공사대금에 대하여 음(陰)의 표시를 한 수정세금계산서를 발급하여 2016년 1기 부가가치세 예정신고를 하였으나, 피고는 당초 이 사건 미지급 공사대금에 대한 세금계산서가 미발행 되었으므로 그에 대한 수정세금계산서의 발급을 인정할 수 없다는 이유로 2016. 10. 20. 원고에게 2016년 1기 부가가치세 xx,xxx,xxx원(가산세 x,xxx,xxx원 포함)을 경정·고지하였다.

4. 원고는 부가가치세법 시행령 제70조 제1항 제3호 에 따라 수정세금계산서 발급이 가능하다고 주장하면서

○○○ 지방법원에 위 3)항 처분의 취소를 구하는 소를 제기하였는데, 위 법원은 2019. 7. 2.원고와 CCC 사이의 민사소송은 공급이 완료된 용역의 하자로 인한 손해배상 등이 쟁점이 되었던 것이고, 이 사건 건물에 대한 사용승인까지 받은 이상 이 사건 공사는 완성되었고 일부 미시공 부분이 있다 하더라도 이는 하자에 불과한 것이므로 이 사건 미지급 공사대금 채권은 이미 확정되어 CCC은 위 사용 승인일에 원고에게 그 전액을 지급할 의무를 부담하고 있었다. 비록 원고가 CCC에게 xx,xxx,xxx원을 지급하는 것으로 이 사건 조정이 성립되어 원고가 CCC으로부터 이 사건 미지급 공사대금을 현실로 변제받지는 못하였으나, 이는 원고의 이 사건 미지급 공사 대금채권이 CCC의 손해배상채권 등과 상계되어 전액 소멸되었기 때문인 것으로 보이는 이상, 이를 두고 ‘계약의 해지 등에 따라 공급가액에 차감되는 금액이 발생한 경우’에 해당한다고 평가할 수는 없다.고 판시하면서 원고의 청구를 기각하는 판결(○○○지방 법원 20xx구합○○○○호)을 선고하였고, 이에 대한 원고의 항소(

○○ 고등법원 20xx 누

○○○○○) 및 상고(대법원 20xx두○○○○○)가 모두 기각되어 2020. 11. 5. 제1심 판결이 확정되었다(이하 ‘관련 제2 행정사건’이라 한다).

• 라. 이 사건 처분 등 1) 원고는 2021. 1. 25. 2020년 제2기 부가가치세 확정신고(환급세액 xx,xxx,xxx원)를 하면서 ‘대손확정일: 2020. 11. 5., 대손금액: 이 사건 미지급 공사대금, 대손세액: xx,xxx,xxx원, 대손사유: 화해 등 확정판결’로 하는 대손세액공제신고서를 작성․첨부 하였다. 2) 피고는 2021. 6. 9. 원고에게 ‘부가가치세 환급신청에 대한 결과 통지’라는 제목으로 ‘이 사건 미지급 공사대금 채권은 관련 민사사건의 조정결정에 따라 손해배상채권 등과 상계되었으므로 이 사건 미지급 공사대금 채권은 부가가치세법 제17조 에 규정된 대손 세액 공제 대상에 해당하지 않아 원고가 대손세액으로 신청한 xx,xxx,xxx원을 부인하고, 2020년 2기 부가가치세 x,xxx,xxx원을 환급결정 하였다.’는 결과 통지를 하였다(이하 위 대손세액 공제신고 부인처분을 ‘이 사건 처분’이라 한다). 3) 원고는 이 사건 처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 2022. 5. 31. 조세심판청구를 제기 하였으나, 조세심판원은 2022. 11. 25. 그 청구를 기각하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 18호증, 을 제1 내지 2호증의 각 기재(가지 번 호 있는 것은 가지번호 포함), 변론 전체의 취지

별지 기재와 같다.

• 가. 원고의 주장 관련 민사사건이 확정됨으로써 원고는 CCC으로부터 이 사건 미지급 공사대금을 받을 수 없게 되었다. 따라서 이 사건 미지급 공사대금은 대손금액에 해당하므로, 부가가치세법 제45조 제1항, 부가가치세법 시행령 제87조 제1항, 제2항에 따라 그에 대한 대손세액 xx,xxx,xxx원이 2020년 제2기 매출세액에서 공제되어야 한다. 그럼에도 원고의 대손세액공제 신고를 부인한 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다. 구체적인 위법사유는 아래와 같다.

① 원고는 관련 민사사건이 계속 중이었기 때문에 이 사건 미지급 공사대금에 대한 세금계산서를 발급하지 못하고 부가가치세 신고를 하지 못하였으며 관련 민사사건이 확정된 후에야 판결금액으로 세금계산서를 발급하고 부가가치세 신고를 할 수 있었다. 그렇다면 피고는 국세청 해석사례(예규)[부가가치세과-1615 (2011. 12. 26.)]를 적용 하여 민사사건 종료 후에 원고가 판결금액으로 세금계산서를 발급하고 부가가치세신고를 할 수 있도록 기다려주고 원고가 재판이 종료된 후에도 세금계산서를 발급하지 않고 부가가치세를 신고하지 않으면 그때 부가가치세법 제57조 제1항 제1호 에 따라 부가가 치세 부과처분을 하여야 한다. 그럼에도 피고는 위 예규를 무시하고 2016. 2. 23. 관련 제1 행정사건에서 문제된 2012년 2기 부가가치세 xx,xxx,xxx원을 경정․고지하여 원고로부터 부가가치세와 가산세를 부당하게 징수하였다. 원고는 이를 7회에 걸쳐 분할 납부하였다.

② 관련 민사사건이 종료됨에 따라 비로소 원고가 CCC으로부터 이 사건 미지급 공사대금을 받지 못하게 됨이 확정되었고, 이에 원고는 사건 미지급 공사대금의 공급가액 xxx,xxx,xxx원을 2020년도 결산 시 법인세법 제19조의2 제1항, 제40조 제1항에 따라 대손금으로 처리를 하고, 부가가치세 xx,xxx,xxx원을 대손세액으로 대손세액공제 신고서를 작성하고 대손사실을 증명하는 서류를 첨부하여 2020년 제2기 부가가치세 확정 신고서를 작성하여 전자신고를 하였다. 그러나 피고는 원고의 대손세액 공제신고를 부인 하였다. 그러면서 피고는 이 사건 처분 통지서의 제목을 ‘부가가치세 환급신청에 대한 결과 통지’라고 기재하였는바, 이는 원고의 신청을 ‘부가가치세 환급신청’을 한 것으로 호도한 것이다.

③ 피고가 원고의 대손세액 공제신고를 부인한 것은 피고가 이 사건 미지급 공사대금에 대해 ㉠ 부가가치세법 제57조 제1항 제1호 규정으로 부가가치세 재경정을 하고, ㉡ 부가가치세 xx,xxx,xxx원과 가산세 xx,xxx,xxx원 합계 xx,xxx,xxx원 납세고지를 하여, ㉢ 원고가 7회로 분할해서 부가가치세와 가산세를 납부한 사실과 그 증거를 의도적으로 은폐 또는 배척하여 적용하지 않고 한 것이다.

④ 피고는 원고의 대손세액공제신고서 검토에 당연히 적용하여야 하는 ㉠ 부가가치세법 제45조 제1항 규정과, 부가가치세법 시행령 제87조 제2항 을 무시하여 적용하지 않고, 잘못된 규정[구 부가가치세법(1994. 1. 1. 2013. 12. 31. 시행) 제17조]를 인용하였다.

⑤ 한편, 피고는 이 사건 처분 통지서에 ‘심사부가2007-0030(생산일자 2007. 2. 26.) 해석사례(예규)’, ‘조심2008서3356(생산일자 2008. 12. 15.) 해석사례(예규)’를 인용하였는데, 이는 해석사례(예규)의 생산일자를 간과하여 잘못 인용한 것이다. 이는 피고 공무원들이 공정하게 직무를 수행하지 않은 것이며 국세기본법 제15조 를 준수하지 않고 위법행위를 한 것이다.

• 나. 판단 1) 부가가치세법 제45조 제1항 본문은 “사업자는 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하고 외상매출금이나 그 밖의 매출채권(부가가치세를 포함한 것을 말한다)의 전부 또는 일부가 공급을 받은 자의 파산·강제집행이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 대손되어 회수할 수 없는 경우에는 대손금액에 110분의 10을 곱한 금액을 대손세액으로 하여 그 대손이 확정된 날이 속하는 과세기간의 매출세액에서 뺄 수 있다.”고 규정하고 있고, 부가가치세법 시행령 제87조 제1항 제1호 는 “법 제45조 제1항 본문에서 ‘파산·강제집행이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유’란 소득세법 시행령 제55조 제2항 및 법인세법 시행령 제19조의2 제1항 에 따라 대손금으로 인정되는 사유를 말한다.” 라고 규정하고 있다. 구 법인세법 시행령(2023. 12. 19. 대통령령 제34011호로 개정되기 전의 것) 제19조의2 제1항은 각호에서 대손금으로 인정되는 사유로서 소멸시효 완성, 회생계획인가․면책결정․채무자의 파산 등으로 인해 회수할 수 없게 된 채권을 들고 있다.

2. 이 사건에 관하여 살피건대, 원고의 CCC에 대한 이 사건 미지급 공사대금 채권은 위 관련 법령에서 정한 대손사유 중 어느 것에도 해당하지 않는다. 관련 민사사건에서 판단된 것처럼 이 사건 미지급 공사대금 채권은 회수할 수 없게 된 것이 아니라 CCC의 원고에 대한 별도의 채권과 대등액에서 상계되어 소멸한 것인바, 실질적으로 회수되었다고 평가된다. 관련 민사사건에서 최종적으로 원고가 CCC에게 금원을 지급하는 내용의 조정이 성립되었다 하더라도, 이는 CCC의 원고에 대한 채권액이 이 사건 미지급 공사대금을 초과했기 때문이다. 따라서 이 사건 미지급 공사대금을 대손금액으로 볼 수 없으므로, 그에 대한 대손세액 공제를 인정하지 않은 이 사건 처분은 적법하다. 원고의 주장 중 일부는 이미 관련 제1, 2 행정사건에서 배척된 것이고, 또한 피고가 이 사건 처분을 하면서 개정법이 아닌 구법상 관련 규정을 인용하였다거나 구법상 조문에 대한 예규를 부기하였다고 하더라도, 이는 이 사건 처분의 적법 여부에 대한 판단을 달리할 만한 사유가 아니다. 원고의 주장은 이유 없다.

이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.