이 사건 각 토지의 ‘처분일’의 귀속시기는 공익사업에 편입된 해당 토지의 소유권이 이전되는 시점인 수용개시일임

사건 의정부지방법원2023구합10612 법인세등부과처분취소 원고

○○종중 피고 AA세무서장 변론종결

2024. 4. 16. 판결선고

2024. 5. 28.

1. 피고가 2022. 6. 27. 원고에 대하여 한 2021년 사업연도 법인세 271,950,786원에 대한 경정청구 거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 당사자 지위 원고는 종중으로서 2014. 10. 4. 피고로부터 ‘법인으로 보는 단체’로 승인받았다.
• 나. 토지 분할 및 수용

1. 1979. 9. 24. 분할 전 ○○시○○면○○리(이하 토지를 특정할 때는 ‘○○시○○면’은 생략한다) 306-1 임야 649,289㎡(이하 ‘분할 전 306-1 토지’라 한다), 분할 전 ○○리 임야 95,207㎡(이하 ‘분할 전 290-1 토지’라 하고, 위 각 분할 전 토지를 통틀어 ‘이 사건 각 분할 전 토지’라 한다)에 관하여구 부동산 소유권이전등기 등에 관한 특별조치법에 따라 1968. 4. 15. 매매를 원인으로 한 원고 명의의 소유권이전등기가 마쳐졌다.

2. 이 사건 각 분할 전 토지 일원에서 ○○고속도로 민간투자사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)이 시행되었고, 그 과정에서 이 사건 각 분할 전 토지가 아래 표 기재와 같이 분할되어 그중 일부가 수용되었다. 그 밖에 원고 소유의 ○○리 311-6, 토지도 각각 수용되었다(이하 수용대상 토지를 개별적으로 특정할 때는 ‘○○리 ○○ 토지’라 하고, 25필지를 통틀어 지칭할 때는‘이 사건 각 토지’라 한다). 다만 원고와 XX종중 사이에 이 사건 각 토지의 소유권을 둘러싼 소송이 진행 중이었기 때문에, 사업시행자 ○○지방국토관리청은 이 사건 각 토지에 대한 수용보상금 1,547,219,530원을 공탁하였다.

• 다. 이 사건 처분 등

1. 원고와 XX종중 사이의 민사소송은 2021. 10. 14. 파기환송심 판결에 대한 XX종중의 상고가 기각됨으로써 확정되었다(대법원 2021다9135, 이하‘관련 민사판결’이라 한다). 원고는 그에 따라 2021. 12. 1. 위 공탁금 1,547,219,530원(이하 ‘이 사건 수입’이라 한다)을 수령하였고, 이로써법인세법제4조 제3항 제5호 본문에서 정한 수입을 얻었음을 전제로 2022. 3. 31. 2021년 사업연도 법인세 271,950,786원을 신고․납부하였다.

2. 원고는 2022. 4. 1. 이 사건 각 토지가 처분일 현재 3년 이상 계속하여 원고의 고유목적사업에 직접 사용된 고정자산이므로, 법인세법 제4조 제3항 제5호 단서,구 법인세법 시행령(2022. 2. 15. 대통령령 제32418호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3조 제2항에 따라 이 사건 각 토지의 처분으로 인한 이 사건 수입은 법인세 과세대상이 아니라고 주장하면서 법인세 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 2022. 6.27. 이를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

3. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2022. 10. 31. 원고의 청구를 기각하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 제10 내지 12호증, 을 제1호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 가지번호 포함), 변론 전체의 취지

별지 기재와 같다.

• 가. 당사자 주장의 요지

1. 원고 이 사건 각 토지는 이 사건 각 분할 전 토지에서 공익적인 목적으로 분할된 것이거나 이와 서로 연접한 토지로서 그와 일체를 이루어 수용개시일까지 하나의 선산으로서 기능을 유지해왔다. 그렇다면 이 사건 각 토지는 구 법인세법 시행령 제3조 제2항 에서 정한 처분일 현재 3년 이상 계속하여 원고의 고유목적사업에 직접 사용된 고정자산이므로, 이 사건 각 토지의 양도로 취득한 이 사건 수입은 법인세 과세대상이 아니다. 이 사건에 있어 위 조항의 ‘처분일’은 이 사건 각 토지의 수용개시일로 보아야 한다.

2. 피고 이 사건에서 구 법인세법 시행령 제3조 제2항 에서 정한 ‘처분일’은 이 사건 수입이 원고에게 귀속되는 것으로 확정된 관련 민사판결 확정일로 보아야 한다. 그때를 기준으로 보면, 이 사건 각 토지는 처분일 현재 3년 이상 계속하여 원고의 고유목적사업에 직접 사용된 고정자산이 아님이 명백하다.

• 가. 구 법인세법 시행령 제3조 제2항 에서 정한 ‘처분일’의 해석 구 법인세법 시행령 제3조 제2항 에서 말하는 ‘처분일’이란 문언 그대로 ‘유형자산 및 무형자산을 매각, 양도, 폐기함으로써 자산의 상태에서 제외한 일자’를 의미한다. 위와 같은 전제에서 살피건대,공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률제45조 제1항은 ‘사업시행자가 수용의 개시일에 토지나 물건의 소유권을 취득한다.’고 규정하고, 제43조는 ‘토지소유자 등은 수용개시일까지 토지나 물건을 사업시행자에게 인도하거나 이전하여야 한다.’고 규정하고 있는바, 공익사업에 편입된 토지의 처분일은 해당 토지의 소유권이 이전되는 시점인 수용개시일로 봄이 타당하다. 피고는 관련 민사판결 확정으로 이 사건 수입이 원고에게 귀속됨이 확정되었으므로 그 판결 확정일(2021. 10. 14.)을 이 사건 각 토지의 처분일로 보아야 한다고 주장하면서 대법원 2010두22597 판결, 2017두56575 판결을 근거로 들고 있으나, 위 대법원판결은 소득의 귀속시기에 관한 사안으로 이 사건에 원용하기에 적절하지 않다. 오히려 피고 주장대로라면 수용개시와 동시에 해당 토지의 소유권·사용권이 사업시행자에게 이전됨으로써 이를 고유목적사업에 사용할 여지가 없게 되는데, 그때로부터 상당한 기간이 지난 시점이 해당 토지의 처분일이 되고(관련 소송이 지연될 경우 이미 공익사업이 준공·완료된 시점을 처분일로 파악하게 되는 결과가 발생할 수 있다. 실제 이 사건의 경우 이 사건 사업이 이미 준공·완료된 이후에 관련 민사판결이 확정되었다) 이를 기준으로 3년간 고유목적사업에 직접 사용되었는지 여부를 판단하게 되면 언제나 법인세 과세대상이 되는 불합리한 결과가 초래된다. 피고의 주장은 받아들이지 않는다. 따라서 이 사건 각 토지의 구 법인세법 제3조 제2항 상 ‘처분일’은 이 사건 각 토지에 대한 수용개시일로 본다.
• 나. 이 사건 각 토지가 원고의 고유목적사업에 직접 사용되었는지 여부

1. 관련 법리 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2008. 10. 23. 선고 2008두7830 판결 등 참조). 법인세법 제4조 제1항, 제3항 제5호는 ‘비영리내국법인이 유형자산 및 무형자산을 처분함으로써 수입이 발생할 경우 이를 수익사업에서 발생하는 소득으로 보아 법인세를 부과하되, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정한 수입은 제외한다.’고 규정하고 있다. 그 위임을 받은 구 법인세법 시행령 제3조 제2항 은 법인세 면제요건을 ‘해당 유형자산 등의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 경우’로 정하고 있다. 이때 ‘비영리내국법인이 유형자산 등을 고유목적에 직접 사용’하였는지 여부는 법인의 사업목적, 당해 자산을 취득하게 된 경위, 용도, 사용주체나 실태 및 현황, 취득 후 경과한 기간, 자산과 법인의 사업과의 관련정도 등을 종합적으로 고려하여 결정하되, 비영리내국법인의 사업목적이 광범위한 경우에는 ‘고유’목적사업에 ‘직접’ 사용한 경우로 한정하여 해석하여야 한다(대법원 2006. 7. 27. 선고 2005두14370 판결 등 참조). 위 각 규정형식과 문언에 비추어 보면 해당 유형자산 등이 ‘처분일 현재를 기준으로 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 유형자산 등’에 해당하여 과세소득의 범위에서 제외된다는 점은 납세의무자가 증명해야 한다.

2. 구체적 판단 앞서 든 각 증거, 갑 제7호증, 제13 내지 16호증, 을 제2 내지 4호증의 각 기재 및 영상(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)에다가 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사실 내지 사정을 종합하여 보면, 이 사건 각 토지 중 ○○리 306-2 토지, ○○리 306-12 토지, ○○리 306-15 토지는 수용개시일을 기준으로 3년 이상 계속하여 원고의 고유목적사업에 사용된 유형자산에 해당한다고 볼 수 있으나, 나머지 22필지 토지의 경우 원고가 제출한 증거만으로는 고유목적사업에 사용되었다고 보기 어렵다.

• 가) 원고는 공동선조의 분묘수호와 제사 및 종원 상호간의 친목 등을 목적으로 하여 구성된 종중으로, 원고의 정관(갑 제6호증) 제3조는 ‘선대의 분묘를 수호관리하고 종원상호간 친목도모 및 상부상조와 종중재산의 관리운영·증식 및 종중 발전을 위하여 화합과 단결을 그 목적으로 한다.’고 정하고 있다. 앞서 본 법리에 비추어 보면, 이 사건 각 토지가 수용개시일 현재 3년간 계속하여 원고의 고유목적사업에 직접 사용한 유형자산에 해당하기 위해서는 원고 고유의 목적사업인 선대의 분묘 수호와 봉제사, 후손 상호간의 친목 도모 등의 활동 자체에 직접 사용되어야 한다.
• 나) 분할 전 306-1 토지 하단 부분에 원고 선대의 분묘 12기가 설치되어 있었고, 그 중 3기는 이 사건 각 토지 중 일부인 ○○리 306-2 토지, ○○리 306-12 토지, ○○리 306-15 토지에 위치하였다. 또한 분할 전 209-1 토지의 항공사진에 의하면, 위 토지에도 분묘로 추정되는 시설이 존재하였던 것으로 보인다.
• 다) 그렇다면 이 사건 각 토지 중 원고 선대의 분묘가 설치되어 있었던 ○○리 306-2토지, ○○리 306-12 토지, ○○리 306-15 토지의 경우 원고의 고유목적사업에 직접 사용된 유형자산에 해당한다고 볼 수 있다. 그러나 이 사건 각 토지 중 위 3필지를 제외한 나머지 22필지 토지의 경우 원고 선대의 분묘나 봉제사와 관련된 시설물이 존재하지 않은 자연림 상태였고, 원고가 이를 다른 목적으로 사용하였다고 볼 만한 아무런 자료가 없는바, 원고가 이를 고유목적사업에 직접 사용하였다고 보기 어렵다.
• 라) 이에 대하여 원고는, 이 사건 각 토지가 이 사건 각 분할 전 토지와 일체를 이루어 선대의 분묘 수호 및 관리 등을 위한 선산으로 사용되었다는 취지로 주장한다. 그러나 이 사건 각 토지의 면적 합계는 50,737㎡에 불과한 반면, 이 사건 각 분할 전 토지의 면적 합계는 약 15배인 744,496㎡(= 분할 전 306-1 토지 649,289㎡ + 분할 전 290-1 토지 95,207㎡)에 이르고, 그 밖에 토지의 형상, 분묘의 위치 등을 고려했을 때 이 사건 각 토지가 이 사건 각 분할 전 토지와 일체를 이루어 하나의 선산으로 사용되었다고 볼 수는 없다.

3. 소결(취소의 범위) 따라서 이 사건 수입 중 ○○리 306-2 토지, ○○리 306-12 토지, ○○리 306-15 토지의 양도로 취득한 783,171,300원(= 339,087,000원 + 435,354,700원 + 8,729,600원)은 법인세법 제4조 제3항 제5호 단서, 구 법인세법 시행령 제3조 제2항 에 따라 법인세 과세대상에서 제외된다. 따라서 이 사건 처분 중 위 783,171,300원에 대한 부분은 위법하다. 나아가 취소의 범위에 관하여 보건대, 과세처분 취소소송에서 법원은 제출된 자료에 따라 적법하게 부과할 정당한 세액을 산출할 수 있는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 하나, 그렇지 않은 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없으며, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 합리적이고 타당성 있는 산정방법을 찾아내어 부과할 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아닌바(대법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결 등 참조), 이 사건에서 당사자들이 제출한 증거나 변론 전체의 취지만으로는 정당한 과세표준 및 세액을 산출할 수 없으므로, 이 사건 처분 전부를 취소한다.

원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.