조사대상 납세의무자, 세목, 과세기간이 서로 상이하므로 금지되는 세무조사라 볼 수 없음; 분할신설법인의 사업개시일을 분할법인의 사업개시일부터 기산하는 것은 법인세법상 적격분할일 경우에만 가능함

사 건 2023구합10469 법인세등부과처분취소 원 고 A 주식회사 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2024. 11. 12 판 결 선 고

2025. 1. 14.

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2021. 1. 4. 원고에 대하여 한 2017 사업연도 귀속 법인세 153,034,140원(가산세 0원), 2018 사업연도 귀속 법인세 220,757,890원(가산세 23,186,377원 포함)의 부과처분 및 2021. 2. 1. 원고에 대하여 한 2016. 4. 귀속 증권거래세 15,345,420원(가산세 5,435,240원 포함)의 부과처분을 각 취소한다.

• 가. 원고는 1986. 10. 1. 개업하여 관이음식, 동관 및 황동관 등을 제조하는 법인이다.
• 나. 원고는 2016. 4. 12. 비영업부분 자산(순자산가액: 8,108,401,289원 1))을 인적분할 하여 분할신설법인인 B 주식회사(이하 ‘B’라 한다)를 설립하였는데, 이때 양도(현물출자)한 비영업부분의 장부가액은 아래 표와 같다.
• 다. 위와 같이 분리된 사업부분의 대가로 B가 발행한 주식 30,000주가 원고의 주주들에게 배정되었는데, 그중 원고가 보유하고 있었던 자기주식에 대한 배정분은 14,700주였다. 원고는 위 30,000주의 가액을 4,089,260,752원으로 평가하여 위와 같은 분할에 따른 자산처분손실 4,019,140,537원 2) 을 분할매각차손으로 계상하였다. 원고는 이때 발행주식의 가액을 계산하면서 B의 사업영위기간이 원고의 사업개시일인 1986. 10. 1.부터 기산되는 것을 전제로 주식 1주당 가액을 구 상속세 및 증여세법 시행령(2017. 2. 7. 대통령령 제27835호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 상증세법 시행령’이라 한다) 제54조 제1항에 따라 순손익가치와 순자산가치의 비율을 3과 2로 가중평균 하여 평가하였다.
• 라. 원고는 2016. 4. 13. 원고와 특수관계인인 C 주식회사(이하 ‘C’이라 한다)와 위와 같은 분할에 따른 B 주식 중 원고에 대한 주식 배정분 14,700주를 2,003,458,664원에 양도하는 계약을 체결한 후 2016. 4. 30. C에게 양도하였는데, 주식 1주당 가액을 원고가 B로부터 주식을 인수할 당시와 동일하게 평가하였다. C은 2016. 6. 30. B를 흡수합병 하였다.
• 마. 원고는 다항과 라항의 평가방법을 근거로 2017년과 2018년 각 사업연도 법인세를 신고·납부하였다.
• 바. D지방국세청장은 2020. 7. 6.부터 2020. 9. 17.까지 원고에 대한 세무조사(조사대상 과세기간: 2014. 1. 1.부터 2018. 12. 31.까지, 이하 ‘이 사건 조사’라 한다)를 실시한 후, 원고가 B를 분할하면서 분할대가로 수취한 B의 1주당 가액을 B의 사업영위기간이 원고의 사업개시일부터 기산되는 것을 전제로 순손익가치와 순자산가치를 가중평균 하여 산정한 것은 잘못이라고 판단하여 B의 사업영위기간이 B의 사업개시일인 2016. 4. 26.부터 기산되는 것을 전제로 구 상증세법 시행령 제54조 제4항 제2호에 따라 순자산가치로만 평가하였다. D지방국세청장은 원고가 B로부터 인수한 주식 30,000주의 취득가액을 4,089,260,752원에서 8,108,401,289원으로 경정하고, 원고가 특수관계인인 C에 양도한 주식 14,700주에 대하여 법인세법 제52조 에 따른 부당행위계산부인 규정을 적용하여 그 양도가액을 2,003,458,664원에서 3,972,418,872원으로 경정하는 내용으로 피고에게 자료통보를 하였다.
• 사. 이에 따라 피고는 2021. 1. 4. 원고에게 2017 사업연도 법인세 153,034,140원(가산세 없음), 2018 사업연도 법인세 220,757,890원(가산세 22,601,638원 포함)을 경정·고지하였다. 또한 피고는 2021. 2. 1. 원고에게 2016. 4. 귀속 증권거래세 15,345,420원(가산세 5,435,240원 포함)을 경정·고지하였다(이하 위 각 경정·고지 처분을 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 아. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2021. 4. 7. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2022. 10. 19. 원고의 심판청구를 기각하는 결정을 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7, 20 내지 24호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 과세관청은 이 사건 조사 이전 원고의 자기주식 취득 및 처분 관련 사항, 원고의 분할 관련 사항 등에 대해 수차례 조사를 하였는바, 재차 원고의 분할과 B의 주식평가 관련 사항 등에 대하여 한 이 사건 조사는 구 국세기본법(2021. 12. 21. 법률 제18586호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의4 제2항을 위반한 재조사이자 조사권 남용이다. 따라서 위법한 세무조사를 기초로 한 이 사건 처분 역시 위법하여 취소되어야 한다.
• 나. 과세관청은 이 사건 조사 당시 B에 대한 사전통지도 없이 B를 조사하였고, 원고에 대한 세무조사 결과 통지도 없이 이 사건 처분을 하였다. 이는 구 국세기본법 제81조의7 과 국세기본법 제81조의12 를 위반한 것으로 중대한 절차적 하자가 존재하는 경우에 해당하므로, 이에 기초한 이 사건 처분 역시 위법하여 취소되어야 한다.
• 다. B의 1주당 가액 산정 시 B의 사업영위기간은 원고의 사업개시일인 1986. 10. 1.부터 기산하여야 한다. 이에 따라 B는 사업개시 후 3년 미만의 법인이 아니어서 구 상증세법 시행령 제54조 제4항 제2호가 적용되지 않으므로, 같은 조 제1항을 적용하여 1주당 순손익가치와 순자산가치를 3과 2의 비율로 가중평균 한 가액으로 1주당 가액을 산정하여야 한다. 그럼에도 불구하고 피고는 B가 사업개시 후 3년 미만의 법인임을 전제로 구 상증세법 시행령 제54조 제4항 제2호를 적용하였는바, 이를 전제로 한 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

별지 기재와 같다.

• 가. 이 사건 조사가 재조사 금지를 위반하여 위법한지 여부

1. 관련 규정 및 법리

• 가) 구 국세기본법 제81조의4 제1항 은 ‘세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다’고 규정하고, 제2항은 ‘세무공무원은 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우, 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우, 그 밖에 이와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 등에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다’고 규정하고 있다.
• 나) 한편 세무공무원의 조사행위가 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당하는지 여부는 조사의 목적과 실시경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에서 개별적으로 판단할 수밖에 없을 것인데, 세무공무원의 조사행위가 사업장의 현황 확인, 기장 여부의 단순 확인, 특정한 매출사실의 확인, 행정민원서류의 발급을 통한 확인, 납세자 등이 자발적으로 제출한 자료의 수령 등과 같이 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사에 그치는 것이어서 납세자 등으로서도 손쉽게 응답할 수 있을 것으로 기대되거나 납세자의 영업의 자유 등에도 큰 영향이 없는 경우에는 원칙적으로 재조사가 금지되는 ‘세무조사’로 보기 어렵다고 할 것이다(대법원 2017. 3. 16. 선고 2014두8360 판결 등 참조).

2. 구체적 판단

• 가) 앞서 든 증거, 갑 제8 내지 11, 13 내지 19, 25 내지 30호증의 각 기재, 변론 전체의 취지에 의하면, 이 사건 처분이 있기 이전 특수관계에 있는 원고, B, C, 주식회사 E 등이 8차례에 걸쳐 세무조사를 받은 사실이 인정되는데, 그 내역은 아래 표와 같다.
• 나) 이 사건 처분이 이 사건 조사 결과에 따라 이루어졌음은 위 제1의 바.항 및 사.항에서 본 바와 같으므로, 이 사건 조사 후에 있었던 세무조사들은 이 사건 처분과는 관련이 없는바, 이 사건 조사 전에 있었던 세무조사와 관련하여 이 사건 조사가 구 국세기본법 제81조의4 제2항 을 위반한 것인지 살펴본다. 이 사건 조사는 원고에 대하여 2014 내지 2018년 통합조사의 방식으로 이루어졌는데, 이 사건 조사 전 원고에 대해서는 2017. 4.경 F지방국세청의 감사와 2019. 2.경 G지방국세청의 감사가 있었다. 그런데 F지방국세청의 감사와 G지방국세청의 감사는 ○○세무서에 대하여 한 것으로 그 과정에서 F지방국세청과 G지방국세청이 원고와 별도로 접촉한 바는 없었던 것으로 보이고, 단지 ○○세무서장이 감사 결과에 대한 후속조치로 원고 측에 해명자료 안내문을 발송하고 관련 자료를 받았을 뿐인 점, 이러한 과세관청 소속 공무원들의 조사행위는 기본적으로 감사의 후속조치로 행해진 것으로 위 조사행위는 단순한 사실관계의 확인이나 이에 통상적으로 수반되는 간단한 질문 정도에 불과하여 납세자인 원고의 영업의 자유 등에 큰 영향을 미칠 것으로 보이지 아니하는 점 등을 고려하면, 이 사건 조사 전에 있었던 F지방국세청의 감사와 G지방국세청의 감사는 재조사가 금지되는 세무조사로 보기 어렵다. 또한 이 사건 조사 전에 있었던 세무조사 중 위와 같은 두 번의 감사를 제외한 나머지 세무조사는 이 사건 조사와 조사대상 납세의무자, 세목, 과세기간이 서로 상이하므로, 이 사건 조사가 구 국세기본법 제81조의4 제2항 에 따라 금지되는 재조사에 해당한다거나 이 사건 처분이 세무조사권 남용 등 금지되는 세무조사에 기하여 이루어졌다고 보기 어렵다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
• 나. 구 국세기본법 제81조의7 및 국세기본법 제81조의12 를 위반한 중대한 절차적 하자가 존재하는지 여부

1. 원고는 이 사건 조사 당시 B에 대한 세무조사가 있었음을 전제로 이 사건 조사에 구 국세기본법 제81조의7 을 위반한 절차적 하자가 있다고 주장하므로, 이 사건 조사 당시 B에 대한 세무조사가 있었는지에 관하여 살펴본다. 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지를 종합하면, D지방국세청장은 이 사건 조사 당시 원고와 원고의 대표이사인 H만을 조사대상으로 하였을 뿐이고, B까지 조사대상으로 하였다는 사정은 발견되지 않는다. D지방국세청장이 이 사건 조사 중 원고에게 B 발행주식에 대한 평가보고서 제출을 요구한 사실은 인정되나, 이는 원고가 보유하고 B가 발행한 주식의 양도 당시 주식평가 자료 등의 제출을 요구한 것에 불과하므로, 이를 B에 대한 세무조사라고 보기는 어렵다. 결국 이와 전제를 달리하는 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2. 원고는 이 사건 조사 이후 세무조사의 결과 통지가 이루어지지 않았음을 전제로 이 사건 조사에 국세기본법 제81조의12 를 위반한 절차적 하자가 있다고 주장하므로 이 사건 조사 이후 세무조사 결과 통지가 있었는지에 관하여 살펴본다. 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지에 의하면, D지방국세청장은 이 사건 조사 종료일인 2020. 9. 17.로부터 20일 이내인 2020. 10. 7.경 원고에게 국세기본법 제81조의12 제2항 제2호 에 따라 과세기준자문신청 항목을 제외한 나머지 항목에 대하여 결과 통지한 사실, 과세자문기준에 대한 회신이 있은 2020. 12. 9.로부터 20일 이내인 2020. 12. 29. 원고에게 국세기본법 제81조의12 제3항 에 따라 과세기준자문신청 항목에 대하여 결과 통지한 사실을 인정할 수 있다. 따라서 이 사건 조사 이후 세무조사의 결과 통지가 이루어졌으므로 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

• 다. B의 1주당 가액 산정 시 구 상증세법 시행령 제54조 제1항을 적용하여야 하는지 여부

1. 구 상증세법 시행령 제54조 제4항 제2호는 2017. 2. 7. 대통령령 제27835호로 개정되면서 ‘이 경우 법인세법 제46조의3, 제46조의5 및 제47조의 요건을 갖춘 적격분할 또는 적격물적분할로 신설된 법인의 사업기간은 분할 전 동일 사업부분의 사업개시일부터 기산한다.’는 내용의 후단이 추가되었는데, 상증세법 시행령은 개정이유를 ‘사업개시 이후 3년 미만의 법인의 비상장주식 등의 가액은 가중평균 등을 하지 아니한 순자산가치에 따르도록 하고 있는바, 사업개시 이후 3년 미만의 법인을 판단하는 경우 적격분할 등으로 신설된 법인의 사업기간은 해당 분할 전 동일사업부분의 사업개시일부터 기산하도록 함.’이라고 밝히고 있다. 이는 기존에 과세관청 등에서 구 상증세법 시행령 제54조 제4항 제2호와 관련하여 사업개시 이후 3년 미만의 법인 여부를 판단할 때 명문의 규정이 없음에도 법인세법상 적격분할로 신설된 법인의 사업개시일을 분할 전 동일 사업부분의 사업개시일부터 기산하는 것으로 해석해 온 것을 명문화 한 것으로 보인다. 원고는 B의 사업영위기간을 산정할 때 B의 사업개시일이 아니라 원고의 사업개시일인 1986. 10. 1.부터 기산하여야 한다고 주장한다. 앞서 본 바와 같은 상증세법 시행령 제54조 제4항 제2호의 개정 전·후의 문언이나 개정 취지 등을 고려하면 분할신설법인의 사업개시일을 분할법인의 사업개시일부터 기산하는 것은 법인세법상 적격분할일 경우에만 가능한데, B가 비상장법인으로 구 법인세법(2016. 12. 20. 법률 제14386호로 개정되기 전의 것) 제46조 제2항 각 호의 요건을 갖추지 못한 ‘비적격분할’로 설립되었음은 당사자 사이에 다툼이 없는바, B의 사업개시일은 B의 설립일로부터 기산하는 것이 타당하다. 이 경우 B 주식의 1주당 가액은 구 상속세 및 증여세법(2016. 12. 20. 법률 제14388호로 개정되기 전의 것) 제63조 제1항 제1호 다목 및 구 상증세법 시행령 제54조 제4항 제2호에 따라 순자산가치만으로 산정하여야 한다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2. 원고는, 관계 예규에 의하면 과세관청이 그동안 ‘분할신설법인의 사업영위기간은 적격분할과 비적격분할에 관계없이 분할법인의 사업개시일로부터 기산한다.’는 입장을 취하여 왔으므로, B의 1주당 가액 산정 시 B의 사업영위기간을 산정함에 있어 분할법인인 원고가 아니라 분할신설법인인 B의 사업 개시일로부터 기산하는 것은 신의성실의 원칙에 위배된다는 취지로도 주장한다. 국세기본법 제15조 는 ‘납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다’고 규정하고 있는바, 일반적으로 조세 법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위하여 첫째, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, 둘째, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하며, 과세관청의 공적인 견해표명은 원칙적으로 일정한 책임 있는 지위에 있는 세무공무원에 의하여 이루어짐을 요한다 할 것이다(대법원 1995. 6. 16. 선고 94누12159 판결, 대법원 1995. 9. 29. 선고 95누7376 판결 등 참조). 살피건대, 원고가 신뢰하였다고 주장하고 있는 예규들은 대부분 법인세법상 적격분할의 요건을 갖춘 법인에 적용되는 것이어서 법인세법상 비적격분할에 해당하는 원고의 분할에 대하여 적용될 수 있는 것이 아닐 뿐만 아니라, 원고가 당사자인 사건에 관한 것이 아니어서 위 예규들을 원고에 대한 과세관청의 견해표명으로 볼 수 없고, 위 예규들이 예규로서 대외적으로 공표되었다 하더라도 이는 불특정의 납세자를 상대로 한 세법 해석에 관한 일반적인 견해의 표명에 불과한 것이어서 이와 같은 경우에는 역시 신의성실 원칙의 적용에 요구되는 과세관청의 공적 견해표명에 해당하지 않는다. 그러므로 설령 피고가 위 예규들과 다르게 세법을 해석하여 B의 주식 가액을 평가하였다고 하더라도 신의성실의 원칙에 위배된다고 할 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 원고는, B 발행주식의 1주당 가액을 평가함에 있어 2017. 2. 7. 대통령령 제27835호로 개정된 상증세법 시행령 제54조 제4항 제2호를 적용할 경우 국세기본법 제18조 의 소급과세 금지 원칙에 반한다는 취지로도 주장한다. 그러나 앞서 제1의 바.항 및 사.항에서 보는 바와 같이, D지방국세청장은 구 상증세법 시행령 제54조 제4항 제2호에 기초하여 B 발행주식의 1주당 가액을 평가하였고, 피고는 이를 바탕으로 이 사건 처분을 하였다. 따라서 이 사건의 경우 소급과세금지의 원칙이 적용될 여지가 없으므로, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

그렇다면 원고의 청구는 모두 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 1) = 8,631,565,479원(자산 합계) - 523,164,190원(부채 합계) 2) = 8,108,401,289원(순자산가액) - 4,089,260,752원(B 발행 주식 가액)