토지에 대응되는 비용에 해당하는지 여부

청 구 취 지 피고가 2022. 4. 15. 원고에 대하여 한 2016년 귀속 양도소득세 78,711,140원(가산세포함) 부과처분을 취소한다.

• 가. OO시 OO 읍 OO 리 643 대 810㎡(이하 ‘이 사건 모토지’라 한다)에 관하여 1985. 5. 16. 원고 명의의 소유권보존등기가 마쳐졌는데, 이 사건 모토지로부터 2013. 6. 12. 위 OO 리 643-1 대 173㎡가 분할되었고, 이후 2016. 5. 17. 분할되고 남은 위 OO 리 643 대 637㎡가 위 OO 리 643 대 366㎡(이하 ‘이 사건 1토지’라 한다), 위 OO 리 643-2 대 189㎡(이하 ‘이 사건 2토지’라 하고, 위 1, 2토지를 통칭하여 ‘이 사건 각 토지’라 한다), 위 OO리 643-3 대 82㎡로 분할되었다.
• 나. 전AA은 이 사건 모토지 상 이 사건 1토지인 별지3 도면 표시 ㈀부분 366㎡에 관하여 원고와 임대차계약을 체결하고 별지2 목록 제1항 기재 건물(이하 ‘이 사건 1건물’이라 한다)을 신축하여 1999. 6. 23. 소유권보존등기를 마쳤고, 정BB은 이 사건 모 토지 상 이 사건 2토지인 별지3 도면 표시 ㈁부분 189㎡에 관하여 원고와 임대차계약을 체결하고 별지2 목록 제2항 기재 건물(이하 ‘이 사건 2건물’이라 하고, 위 1, 2건물을 통칭하여 ‘이 사건 각 건물’이라 한다)을 신축하여 2011. 4. 6. 소유권보존등기를 마쳤다.
• 다. 원고는 2013. 6. 14. OO지방법원 OO 지원 201O가합 OOOOO 호로 전AA, 정BB 등 토지임차인들을 상대로 건물철거 및 토지인도 등을 구하는 소송(이하 ‘이 사건 소송’이라 한다)을 제기하였고, 2015. 7. 2. 전AA, 정BB과 사이에 아래와 같은 내용의 화해권고결정(이하 ‘이 사건 화해권고결정’이라 한다)이 내려져 2015. 8. 11. 확정되었다.
• 라. 원고는 2016. 3. 8. 전AA과 이 사건 1토지에 관하여 매매대금을 277,794,000원으로 하는 매매계약을 체결하면서 계약금 3,000만 원은 계약 당일, 잔금 247,794,000원은 2016. 4. 22. 지급받되, 이 사건 화해권고결정에 따라 원고가 전AA에게 지급하여야 하는 건물 매수대금 등 127,914,000원을 공제한 나머지 119,880,000원을 전AA이 지급하면 잔금지급이 완결되는 것으로 약정하였다(이하 ‘이 사건 1매매계약’이라 한다). 원고는 2016. 3. 8. 정BB과 이 사건 2토지에 관하여 매매대금을 134,190,000원으로 하는 매매계약을 체결하면서 계약금 2,000만 원은 계약 당일, 잔금 114,190,000원은 2016. 4. 22. 지급받되, 이 사건 화해권고결정에 따라 원고가 정BB에게 지급하여야 하는 건물 매수대금 등 50,960,000원을 공제한 나머지 63,230,000원을 정BB이 지급하면 잔금지급이 완결되는 것으로 약정하였다(이하 ‘이 사건 2매매계약’이라 하고, 위 1, 2매매계약을 통칭하여 ‘이 사건 각 매매계약’이라 한다). 또한 원고와 전AA, 정BB은 이 사건 화해권고결정에 따른 임료 상당액은 위 각 매매계약과 별도로 원고에게 지급하기로 약정하였다.
• 마. 이후 2016. 5. 17. 이 사건 모토지가 이 사건 1, 2토지 및 위 OO리 643-3 대 82㎡로 분할되어 각 2016. 5. 8.자 매매를 원인으로 2016. 6. 13. 이 사건 1토지 중 각 1/2 지분에 관하여 전AA의 자녀인 전CC, 전DD 명의로(이 사건 1매매계약 이후 전CC, 전DD 명의의 새로운 매매계약서가 작성되었다), 이 사건 2토지에 관하여 정BB 명의로 소유권이전등기가 마쳐졌다.
• 바. 원고는 2016. 8. 1. 이 사건 화해권고결정에 따라 원고가 전AA 및 정BB에게 지급할 이 사건 각 건물의 취득가액 178,874,000원(이 사건 소송절차에서 감정된 금액, 이하, ‘이 사건 각 건물의 취득비용’이라 한다)을 이 사건 각 토지 양도소득의 필요경비로 계상하여 양도소득세 39,623,390원을 신고․납부하였다.
• 사. 이에 피고는 이 사건 각 토지에 대한 양도소득세 계산시 이 사건 각 건물의 취득비용을 필요경비로 공제한 것이 수익비용대응의 원칙에 부합하지 않는다고 보아, 이 사건 각 건물의 취득비용을 필요경비에서 제외하여 2022. 4. 15. 원고에게 2016년 귀속 양도소득세 78,711,140원을 경정ㆍ고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 아. 원고는 이에 불복하여 2022. 7. 9. 이의를 신청하였으나 2022. 8. 23. 기각되었고, 2022. 12. 20. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나 2023. 6. 28. 심판청구가 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5, 12호증, 을 제1, 2호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

원고는 이 사건 모토지와 인접토지 등 지상의 건물을 모두 철거하여 이 사건 모토지 등을 제3자에게 매도하려 하였는데, 이 사건 화해권고결정에 따른 이 사건 각 건물의 취득비용뿐 아니라 위 각 건물의 철거비용, 지적복구 비용 등을 부담해야 할 상황에서 전AA, 정BB의 요청에 따라 이 사건 각 건물의 취득비용을 제외한 나머지 금액만 지급받고 이 사건 각 토지 및 위 각 건물의 소유권을 넘긴 것이다. 따라서 철거대상인 이 사건 각 건물의 취득비용 178,874,000원은 이 사건 각 토지를 위한 자본적 지출에 해당하므로, 이 사건 각 토지의 양도차익에서 공제되어야 하고, 나아가 원고는 이 사건 각 토지의 감정가 411,984,000원에서 전AA, 정BB에게 지급하여야 할 건물대금 합계 178,874,000원을 제외한 나머지 233,110,000원만을 실제 지급받았으므로, 이 사건 각 토지의 실지 양도가액은 233,110,000원으로 보아야 한다. 그렇다면 이 사건 처분은 위법하므로, 취소되어야 한다.

별지1 관련법령 기재와 같다.

• 가. 인정사실 당사자 사이 다툼이 없거나 갑 제2, 9호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 다음의 각 사실을 인정할 수 있다.

1. 이 사건 소송절차에서 이 사건 각 건물에 대한 감정평가가 진행되어 아래 표와 같은 감정결과가 회신되었다.

2. 이 사건 소송절차에서 이 사건 각 토지에 대한 감정평가가 진행되어 아래 표와 같은 감정결과가 회신되었다.

3. 전AA과 정BB은 2022. 8. 4. 원고에게 ‘이 사건 각 매매계약의 매매대금에는 이 사건 각 토지 및 이 사건 각 건물 대금이 포함된 금액이고, 여기서 원고로부터 받아야 할 이 사건 화해권고결정에 따른 건물 평가금을 제외한 나머지만 원고에게 지급하고 매수하였다’는 취지의 확인서를 작성하여 주었다.

4. 이 사건 각 토지의 양도 당시인 2016. 1. 1.을 기준으로 국토교통부에서 고시한 개별공시지가는 1㎡당 600,400원으로, 이를 기준으로 위 각 토지의 개별공시지가를 산정하면, 333,222,000원이다.

• 나. 관련법리 소득세법 제97조 제1항 에 의하면, 토지의 양도가액에서 공제할 필요경비는 그에 대응하는 당해 토지와 관련된 취득가액 등이므로 토지와는 별개인 건물의 취득가액 등은 원칙적으로 토지의 양도가액에서 공제할 필요경비에 해당하지 않는다. 다만 예외적으로, 토지와 그 지상건물을 함께 취득하였다가 토지만을 이용하기 위하여 건물을 철거하고 나대지 상태로 토지만을 양도하는 경우, 철거된 건물의 취득가액과 철거비용 등을 토지의 취득가액에 포함되는 양도자산의 필요경비로 산입하기 위하여는, 취득 후 단시일 내에 건물의 철거에 착수하는 등 토지와 건물의 취득이 당초부터 건물을 철거하여 토지만을 이용하려는 목적이었음이 명백한 것으로 인정될 때에 한한다(대법원 1990. 1. 25. 선고 89누53 판결 참조). 이는 토지와 그 지상의 기존건물을 취득하는 사람의 목적은 토지를 취득하여 이용하려는 데에 있는데 그 지상에 기존건물이 있어 이를 철거하지 않으면 안되는 것이어서 철거를 전제로 토지와 함께 기존건물을 매수하는 것이고, 기존건물을 철거하여야 그 토지를 목적하는 용도에 이용할 수 있는 것이므로, 이와 같은 경우 기존건물의 매수비용이나 철거비용은 그 토지의 취득가액이나 경우에 따라서는 개량비나 자본적 지출에 해당한다고 보는 것이 상당하다(대법원 1992. 9. 8. 선고 92누7399 판결 참조).
• 다. 이 사건의 경우

1. 앞서 본 바와 같이 이 사건 소송에서 원고로부터 전AA은 107,368,000원을, 정BB은 43,387,000원을 지급받음과 동시에 원고에게 이 사건 각 건물에 관한 소유권이 전등기절차를 이행하고, 이 사건 각 토지 및 이 사건 각 건물을 인도한다는 위 화해권고결정이 확정된 사실은 인정되나, 앞서 인정한 사실에다가 앞서 든 각 증거 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고가 이 사건 화해권고결정에 이의를 하지 아니하여 위 화해권고결정이 확정된 점, ② 이 사건 각 건물은 양도자산인 이 사건 각 토지와 독립하여 경제적 가치가 있는바, 위 각 건물의 취득비용이 이 사건 각 토지의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출된 비용이거나 용도변경․개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용이라고 볼 수 없는 점, ③ 원고는 이 사건 화해권고결정에 따라 전AA, 정BB으로부터 이 사건 각 건물을 취득하였다가 이 사건 각 토지와 함께 다시 양도한 것으로 볼 수 있는데, 그렇다면 위 각 건물의 취득비용을 위 각 토지의 양도가액에서 공제해야 할 필요비용이라고 보기 어려울 뿐만 아니라 원고가 전AA, 정BB에게 지급하여야 할 이 사건 각 건물의 취득비용은 전AA, 정BB이 원고로부터 이 사건 각 건물을 다시 양수함에 따른 양수대금과 상계된 것으로 보아야 하는 점, ④ 이 사건 각 매매계약에서 정한 매매대금은 이 사건 소송절차에서 이루어진 이 사건 각 토지의 감정가액 411,666,000원(이 사건 1토지 275,964,000원 ＋이 사건 2토지 135,702,000원)과 비슷한 합계 411,984,000원(이 사건 1토지 277,794,000원＋이 사건 2토지 134,190,000원)인 점, ⑤ 원고와 전AA, 정BB의 합의로 위 매매대금에서 이 사건 각 건물의 취득비용을 공제한 나머지 233,110,000원만 실제 지급되었다고 하더라도 위 각 토지에 관한 매매대금이 위 실제 수령금액으로 변경 되었다고 볼 수 없는 점, ⑥ 전AA과 정BB은 이 사건 각 토지를 양수한 이후에 여전히 이 사건 각 건물에 거주하고 있는 것으로 보이는바, 그렇다면 전AA, 정BB은 애초 이 사건 각 건물을 철거하고 이 사건 각 토지만 이용할 생각으로 이 사건 각 매매계약을 체결하였다고 볼 수 없고, 이 사건 각 토지의 양도 이전과 같이 합계 178,874,000원 상당의 이 사건 각 건물을 여전히 소유하고 있다고 보아야 할 것이어서 이 사건 각 건물의 취득비용을 이 사건 각 토지의 매매대금에서 공제할 것은 아닌 점, ⑦ 한편 원고가 이 사건 각 토지의 매매대금에서 이 사건 각 건물의 취득비용을 공제한 금액만 수령하였으므로, 원고는 여전히 이 사건 각 건물에 대한 소유권이전등기청구권을 보유하고 있다고 해석할 수도 있는 점, ⑧ 원고가 이 사건 각 토지에 관한 매매대금에서 공제한 이 사건 각 건물의 취득비용 합계 178,874,000원(이 사건 1토지127,914,000원＋이 사건 2토지 50,960,000원)은 이 사건 화해권고결정에 따른 취득비용 합계 150,755,000원(이 사건 1토지 107,368,000원＋이 사건 2토지 43,387,000원)보다 28,119,000원(178,874,000원-150,755,000원)이 많은 점, ⑨ 이 사건 각 토지에 관한 매매대금 중 원고가 실제 수령한 금액은 개별공시지가인 333,222,000원에도 미치지 못하는 점 등을 종합하여 보면, 원고가 이 사건 각 건물을 매수하도록 한 이 사건 화해권고결정을 받아들여 위 각 건물을 취득한 것(실제로는 위 각 건물의 취득비용을 이 사건 각 토지의 매매대금에서 공제)이 ‘토지와 건물을 함께 취득한 경우로서 당초부터 건물을 철거하여 토지만을 이용하려는 목적이었음이 명백한 경우’에 해당한다고 보기 어렵고, 원고가 전AA, 정BB으로부터 이 사건 각 토지의 매매대금 중 합계 233,110,000만 수령하였다고 하더라도 위 금액을 이 사건 각 매매계약에서 정한 매매대금이라고 보기도 어렵다.

2. 결국 이 사건 각 건물의 취득비용은 이 사건 각 토지의 양도가액에서 공제할 수 없으므로, 이 사건 처분은 적법하고 원고의 주장은 이유 없다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판 결한다.