확정판결에 적시된 위법사유를 보완하여 행한 새로운 과세처분은 확정판결에 의하여 취소된 종전의 과세처분과는 별개의 처분으로서 확정판결의 기판력에 저촉되는 것은 아님

사 건 2023구단6067 양도소득세부과처분취소 원 고 AAA 피 고 ○○세무서장 변 론 종 결 2024. 6. 5. 판 결 선 고 2024. 7. 17

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2022. 6. 2. 원고에 대하여 한 2014년 귀속 양도소득세 67,856,470원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 1964. 9. 15. ○○ ○○구 ○○동 ○○○-○ 대 2615㎡(이하 ‘환지 전 토지’라 한다) 중 30분의 4 지분에 관하여 상속을 원인으로 취득하였다. 환지 전 토지는 1972. 10. 21. 당시 시행 중이던 구 토지구획정리사업법에 따라 환지예정지로 지정된 후

1991. 12. 26. ○○ ○○구 ○○동 xxxx-2x 대 499.1㎡ 및 같은 동 xxxx-2x 대 1087㎡ (이하 ‘이 사건 각 토지’라 하고, 그 중 원고 소유의 30분의 4 지분면적 211.4㎡을 ‘이 사건 지분면적’이라 한다)로 환지처분되었다. 한편, 1984. 12. 31. 이전에 취득한 토지는 법률 제4803호 소득세법 개정법률 부칙 제8조(1995. 12. 29. 전문 개정된 것, 이하 ‘부칙 제8조’라 한다)1)에 따라 1985. 1. 1. 취득한 것으로 의제된다.

• 나. 원고는 2014. 1. 18. 이 사건 지분면적을 2,956,000,000원에 양도하고, 양도가액은 실 지거래가액인 위 가액으로, 환산취득가액은 554,560원으로 하여 산출한 2014년 귀속 양도소득세 765,795,856원을 신고․납부하였다.
• 다. 원고는 2020. 3. 20. 피고에게 이 사건 지분면적의 환산취득가액을 636,608,483원 [① 1990. 1. 1. 기준 개별공시지가 감정가액인 1㎡당 1,720,000원에 ‘환지 전 토지 지분면적(348.66㎡)’을 적용하고, ② 취득 당시의 시가표준액에 관하여, 의제취득일 현재 토지등급을 ‘환지 전 토지의 가장 최근 고시된 토지등급(1986. 8. 1. 고시 204등급, 93,700원)‘을 적용하여 계산]으로, 필요경비를 11,352,131원으로 하여 2014년 귀속 양도소득세 172,207,380원을 환급하여 달라는 경정청구를 하였다.

1. “제94조 제1호에 규정하는 자산으로서 1984년 12월 31일 이전에 취득한 것은 1985년 1월 1일에 취득한 것으로 보며, 동조 제2호 내지 제5호에 규정하는 자산의 경우로서 대통령령이 정하는 자산에 대하여는 대통령령이 정하는 날에 취득한 것으로 본다”

• 라. 이에 대하여 피고는 경정청구를 검토하여 2020. 4. 14. 환산취득가액을 317,657,985원 [① 1990. 1. 1. 기준 개별공시지가 감정가액인 1㎡당 1,720,000원에 ’환지 후 이 사건 지분면적(211.4㎡)‘을 적용하고, ② 취득 당시의 시가표준액에 관하여, 의제취득일 현재 토지등급을 소득세법 기본통칙 99-164···1(이하 ‘이 사건 기본통칙’이라 한다)에 근거 하여, 이 사건 각 토지에 바로 인접한 토지 중 “이 사건 각 토지와 그 용도․지목이 동일 하여 품위․정황이 유사하다고 판단한 ○○ ○○구 ○○동 xxxx-2x 대 2138.2㎡ 및 같은 동 xxxx-2x 대 2248.7㎡의 가장 최근 고시된 토지등급(1985. 7. 1. 고시 200등급, 77,100원)”을 적용하여 계산]으로 결정하고, 기타 필요경비 5,664,541원을 양도가액에 서 차감하여 산출세액을 679,942,208원으로 결정하고 과다납부한 양도소득세 85,853,640원을 환급하고, 나머지 86,353,740원(=172,207,380원-85,853,640원)에 대하여는 환급을 거부하는 처분을 하였다(이하 ‘이 사건 이전 처분’이라 한다).
• 마. 원고는 이 사건 이전 처분에 불복하여 2020. 12. 22. 국세청장에 심사를 청구하였 으나 2021. 3. 31. 기각되었다. 이에 원고는 2021. 7. 29.

○○ 지방법원 20xx구단xxxx호로 이 사건 이전 처분의 취소를 구하는 소(이하 ‘이 사건 이전 소송’이라 한다)를 제기하였고, 위 법원은 2022. 2. 14. ‘취득 당시의 시가표준액을 산정함에 있어 1986. 8. 1. 시장에 의해 수정 결정된 토지등급(204)에 기초한 93,700원을 1985. 1. 1. 당시의 과세시가표준액으로 보아 이 사건 지분면적의 취득가액을 환산하여야 한다’는 이유로 이 사건 이전 처분을 취소하는 원고 승소 판결(이하 ‘이 사건 이전 판결’이라 한다)을 선고하였다. 한편 위 이전 판결은 2022. 3. 10. 확정되었다.

• 바. 피고는 이 사건 이전 판결에 따라 이 사건 이전 처분을 취소하고 원고에게 환급을 거부한 86,353,740원을 환급한 후 2022. 6. 2. 위 이전 판결 취지를 반영하여 2014년 귀속 양도소득세 67,856,476원을 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 을 제1, 2호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

① 이 사건 이전 판결에서 ‘이 사건 양도로 인한 필요경비 등을 특정할 수 없고, 따라서 그 양도로 인한 정당한 양도소득세액을 계산할 수 없으므로, 이 사건 이전 처분을 전부 취소할 수 밖에 없다‘라고 판시하였는바, 피고가 이에 대하여 이의가 있었다면 항소를 하여 필요경비 등을 특정해서 정당한 양도소득세를 산정하여야 함에도 항소를 하지 않은 채 위 이전 판결을 확정시켜 놓고, 다시 이 사건 처분을 하는 것은 행정소송법 제30조 제1항에서 규정한 취소판결의 기속력에 위반되고, 확정판결의 기판력에도 저촉되어 위법 할 뿐만 아니라, 권리관계의 안정을 기조로 하는 기판력의 본질에도 위배되고, 또한 절차의 집중, 촉진, 신의칙의 견지에서도 부당하므로, 취소되어야 한다.

② 이 사건 처분은 5년의 부과제척기간이 도과된 후에 이루어진 처분으로 위법하다.

③ 취득 당시 기준시가의 계산산식의 요소인 ‘1990. 1. 1. 기준으로 한 개별공시지가’를 산정하는 방법에 관하여는, 이 사건 각 토지의 환지가 이루어지기 전이기 때문에 환지 전 토지 면적(30분의 4 지분, 348.66㎡)을 적용하여야 함에도 불구하고, 피고는 구 소득세법 시행규칙(2015. 2. 13. 기획재정부령 제459호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제77조 제1항 단서(이하 ‘이 사건 단서조항’이라 한다)에 따라 환지 후 이 사건 지분면적인 211.44㎡를 적용하는 위법을 저질렀다. 이 사건 단서조항은 양도가액 또는 취득가액을 기준시가에 의하는 경우에 해당하는 것이고, 이 사건과 같이 실지거래가액 내지 환산취득가액을 산정할 때에는 적용할 수 없다.

별지 기재와 같다.

• 가. 기판력 저촉 주장에 관하여

1. 관련법리 및 이 사건 이전 판결의 취지 과세처분의 취소소송은 과세처분의 실체적, 절차적 위법을 그 취소원인으로 하는 것으로서 그 심리의 대상은 과세관청의 과세처분에 의하여 인정된 조세채무인 과세표준 및 세액의 객관적 존부, 즉 당해 과세처분의 적부가 심리의 대상이 되는 것이다(대법원 1996. 6. 25. 선고 95누1880 판결 참조). 한편 취소소송의 피고는 처분청이므로 행정청을 피고로 하는 취소소송에 있어 서의 기판력은 당해 처분이 귀속하는 국가 또는 공공단체에 미친다(대법원 1998. 7. 24. 선고 98다10854 판결 참조). 그런데 이 사건 이전 판결은 이 사건 이전 처분이 취득 당시의 시가표준액을 잘못 산정한 위법이 있으나 필요경비 등을 특정할 수 없어 양도에 따른 정당한 양도소득세를 계산할 수 없다는 이유로 그 전부에 대한 취소를 명하였다. 그렇다면 이 사건 이전 판결은 과세관청이 판시 취지에 따라 정당한 세액을 산정하여 다시 부과할 수 있음을 당연한 전제로 하고 있는 것이고, 과세관청이 동일한 과세원인에 근거하여 전의 판결에서 적시된 위법사유를 보완하여 정당한 세액을 산출한 다음 다시 부과처분을 하였다면 이는 이 사건 이전 판결에 의하여 취소된 이 사건 이전 처분과는 다른 별개의 처분이라 할 것이어서, 종전 처분에 관한 취소판결의 기판력이 이 사건 처분에 미친다고 볼 수 없다(대법원 2002. 7. 23. 선고 2000두6237 판결참조). 다만 과세관청은 취소판결의 기속력에 의하여 취소판결의 내용에 저촉되는 처분을 할 수 없고, 그러한 처분을 하였다면 그것이 무효로 될 뿐이다.

2. 이 사건에 관하여 앞서 본 각 증거 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 사실 및 사정에 비 추어 보면, 피고가 구 소득세법(2014. 12. 23. 법률 제12852호로 개정되기 전의것, 이하 같다) 및 같은 법 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 25945호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 에 따라 필요경비를 산정하여 한 이 사건 처분에 위 이전 판결의 기판력이 미친다고 볼 수 없고, 나아가 절차의 집중, 촉진, 신의칙의 견지에서도 부당하다고 볼 수 없다. 따라서 이 사건 처분은 적법하고, 원고의 위 주장은 이유 없다.

① 원고의 이 사건 각 토지에 관한 위 지분의 취득일은 1984. 12. 31. 이전으로, 부칙 제8조에 의하여 1985. 1. 1.로 취득시기가 의제되고, 한편 구 소득세법 제99조 제1항 제1호 가목, 구 소득세법 시행령 제164조 제4항 에 따른 취득 당시 기준시가 계산식은 아래와 같다.

② 피고는 1990. 1. 1. 기준 개별공시지가 감정가액인 1㎡당 1,720,000원2)에 환지 후 ’이 사건 지분면적(211.44㎡)’을 적용하였고, 이 사건 각 토지의 의제취득일인 1985. 1. 1. 취득 당시 시가표준액은 1986. 8. 1. 설정 또는 수정결정된 토지등급(204등급)에 기초한 93,700원을 적용하였으며, 1990. 8. 30. 토지등급(219등급)의 시가표준액 194,000원과 그 직전 토지등급(206등급)의 시가표준액 103,000원을 2로 나눈 금액을 위 산식에 따라 계산하여 아래와 같이 취득 당시 기준시가를 229,471,391원으로 산정하였다.

③ 환산취득가액 적용시 필요경비는 구 소득세법 제97조 제2항 제2호, 제99조 제1항 제1호 가목 단서, 구 소득세법 시행령 163조 6항 제1호, 제164조 제4항에 따라 ‘취득 당시의 기준시가×3/100’로 산정하여야 하는데, 피고는 229,471,391원의 3/100인 6,884,141원(2024. 1. 14. 아래 ④항과 같이 경정하였다)을 필요경비로 산정해 이를 공제하여 이 사건 처분을 하였다.

④ 이후 피고는 2024. 1. 4. 취득가액을 385,978,241원에서 386,051,108원으로, 2024. 1. 12. 필요경비를 6,882,842원에서 6,884,141원으로 각 경정결정하고, 합계 19,720원(△19,380원＋△240원)을 원고에게 환급하였다.

• 나. 제척기간 만료 주장에 관하여

1. 관련규정 및 법리 구 소득세법 제110조 제1항 에 의하면, 양도소득세 부과제척기간은 과세표준 신고기한인 당해 연도의 다음 연도 5. 31.의 다음 날부터 기산한다. 한편 구 국세기본법(2019. 12. 31. 법률 제16841호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조의2는 제1항에서 국세의 부과제척기간을 원칙적으로 5년으로 정하면서, 제2항에서 “국세에 관한 이의신청․심사청구․심판청구, 감사원법에 의한 심사청구 또는 행정소송법에 의한 소송에 대한 결정 또는 판결이 있는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 그 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년이 경과하기 전까지는 당해 결정․판결에 따라 경정결정 기타 필요한 처분을 할 수 있다”라고 규정하고 있다. 부과제척기간에 관한 특별규정인 구 국세기본법 제26조의2 제2항 에 규정된 특례제척기간은, 같은 조 제1항 소정의 과세제척기간이 일단 만료하면 과세권자는 새로운 결정이나 증액경정결정은 물론 감액경정결정 등 어떠한 처분도 할 수 없게 되는 결과, 과세처분에 대한 행정심판청구 또는 행정소송 등의 쟁송절차가 장기간 지연되어 그 결정 또는 판결이 과세제척기간이 지난 후에 행하여지는 경우 그 결정이나 판결에 따른 처분조차도 할 수 없게 되는 불합리한 사례가 발생하는 것을 방지하기 위하여 마련된 것임에 비추어 볼 때, 그 문언상 과세권자로서는 해당 판결 또는 결정에 따른 경정결정이나 그에 부수하는 처분만을 할 수 있을 뿐, 판결 또는 결정이 확정된 날로부터 1년 내라 하여 그 판결이나 결정에 따르지 아니하는 새로운 결정이나 증액경정결정까지도 할 수 있는 것은 아니다(대법원 1994. 8. 26. 선고 94다3667 판결, 대법원 2005. 2. 25. 선고 2004두11459 판결 등 참조).

2. 이 사건에 대하여 앞서 본 사실관계를 이러한 법리에 비추어 살펴보면, 원고의 2014년 귀속 양도소득세에 대한 부과제척기간은 2015. 6. 1.부터 기산되는데, 원고는 2020. 3. 20. 2014년 귀속 양도소득세 중 172,20,380원을 환급해달라는 경정청구를 하였고, 이에 피고가 2020. 4. 14. 이 사건 이전 처분을 하였는바, 이 사건 이전 판결은 이 사건 이전 처분에 대한 취소소송으로 2022. 3. 10. 확정되었고, 그로부터 약 3개월 후인 2022. 6. 2. 이루어진 이 사건 처분은 위 이전 판결의 취지에 따라 취득 당시의 기준시가와 필요경 비를 다시 산정하여 이 사건 이전 처분보다 더 적은 금액을 산출세액으로 결정한 것으로, 이를 두고 판결이나 결정에 따르지 아니한 새로운 결정이라고 보기 어렵다. 따라서 원고의 위 주장도 이유 없다.

• 다. 취득 당시의 기준시가 산정에 있어 환지 전 토지 면적(348.66㎡)을 적용하여야 한다는 주장에 관하여 1) 이 사건 지분면적의 양도소득세 산정에 있어 양도가액을 실지거래가액으로 산정함에 따라 취득가액도 실지거래가액으로 산정하여야 하는데, 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없어 취득가액은 구 소득세법 제97조 제1항 제1호 나목, 제114조 제7항에 따라 대통령령으로 정하는 방법에 따라 실지거래가액을 환산한 가액으로 산정하되, 그 위임에 따른 구 소득세법 시행령 제163조 제12항, 제176조의2 제4항, 제3항 제3호, 제2항 제2호는, 1984. 12. 31. 이전에 취득한 이 사건 지분면적의 의제취득일 현재의 환산취득가액은 '양도 당시의 실지거래가액 × (취득 당시의 기준시가 / 양도 당시의 기준시가)' 산식에 의한다고 규정하고 있다. 여기서 취득 당시의 기준시가를 산정함에 있어 실제 취득한 종전 토지인 '환지 전 토지 (지분)면적'을 기준으로 하여야 하는지, 의제취득일 현재의 환산예정지인 '이 사건 각 토지 면적(이 사건 지분면적)'을 기준으로 하여야 하는지가 문제된다. 2) 살피건대, 이 사건 단서조항은 1984. 12. 31. 이전에 취득한 토지로서 취득일 전후를 불문하고 1984. 12. 31. 이전에 환지예정지로 지정된 토지의 경우에는 그 취득가액을 환지예정면적에 취득 당시의 단위당 기준시가를 곱하여 산정하도록 규정하고 있긴 하나, 이는 '양도 또는 취득가액을 기준시가에 의하는 경우'의 그 양도 또는 취득가액의 계산 산식을 정한 규정으로, 법규 문언에 의하면 양도 또는 취득가액을 기준시가에 의하여 산정할 때에만 적용되는 규정이므로 취득가액을 환산취득가액으로 산정하는 이 사건에서 바로 적용할 수는 없다. 3) 그렇다면, 이 사건 단서조항을 이 사건에서 ‘취득 당시의 기준시가’를 산정함에 있어 확장해석할 수 있는지 보건대, ① 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 않지만 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피한 점, ② 이 사건과 같이 환지예정지의 양도에 있어 취득가액을 환산가액에 의하는 경우, 앞서 본 산식에 따라 ’취득 당시의 기준시가‘를 산정함에 있어서 실제 취득한 환지 전 종전 토지 면적을 기준으로 하여야 하는지 아니면 의제취득일 현재의 환산예정지 면적을 기준으로 하여야 하는지의 문제가 남게 됨에도 불구하고 그에 관하여 구 소득세법 시 행령과 구 소득세법 시행규칙에 명시적인 규정을 두고 있지 아니한 점, ③ 이 사건 단서 조항은 부칙 제8조의 의제취득일 규정이 적용됨으로 인하여 실제 취득일과 의제 취득일이 달라지고 그 중간에 환지예정지가 지정됨으로써 토지의 면적이나 위치 등이 달라 지는 경우에 실제 취득일 당시의 면적을 기준으로 취득가액을 산정하여야 하는지 아니면 의제 취득일 현재의 환지예정지 면적을 기준으로 취득가액을 산정하여야 하는지에 관하여 양도소득세액 관련 분쟁이 많아지자, 그 산정방식을 구체화하기 위하여 제정된 것인 점,

④ 1984. 12. 31. 이전에 환지예정지로 지정된 토지는 부칙 제8조에 의해 의제취득일에 취득한 것으로 간주되므로, 이 사건 단서조항과 같이 그 형식이 '환지예정지구내의 토지를 취득한 자가 당해 토지를 양도한 경우'로 해석될 수 있는 점, ⑤ 원고 주장은, 이 사건 단서조항은 합리적인 이유 없이 환지예정지 지정으로 감소된 면적을 취득가액에서 제외시키고 그만큼 취득가액을 적게 하여 위법하다는 것이나, 어떤 토지에 대하여 환지 예정지가 지정되면 그 토지에 대한 가치는, 일반적으로 종전 토지의 위치나 면적이 감안 되지 않고 토지구획정리사업에 따라 가치가 상승할 것으로 예정되는 환지예정지의 위치와 면적에 따라 결정되므로, 기준시가를 평가할 때에도 이러한 점을 감안하여 환지예정지의 위치나 면적을 기준으로 산정하는 것이 합리적인 점, ⑥ 의제취득일 이전의 환지예정지로 지정된 토지에 대하여 그동안 양도소득세를 산정함에 있어 과세관청이 이 사건 단서조항을 적용하여 환지예정면적을 기준으로 양도소득세를 부과하여 왔으므로 납세의무자의 예측가능성과 법적 안정성을 해한다고 보기도 어려운 점, ⑦ 의제취득일 이전에 환지예정된 토지에 대하여 그 취득가액을 기준시가에 의하는 경우에는 여전히 이 사건 단서조항의 산식에 따른 취득가액 산정이 필요하고, 기준시가를 산정함에 있어 해석상 가능한 산정방법은 종전 토지 면적을 기준으로 하는 방법과 환지예정지 면적을 기준으로 하는 방법이 있을 수 있으므로, 이 사건 단서조항은 그 산정방법을 구체화․명확화한 것으로 보이므로 상위법령에 위임근거가 없다고 볼 수는 없는 점 등을 종합하면, 이 사건 단서조항의 '취득가액을 기준시가에 의할 경우'를 취득가액을 기준시가에 의하는 경우뿐만 아니라 이 사건과 같이 취득가액을 환산가액에 의하더라도 그 산정에 있어 관련 규정의 산식에 따라 '취득 당시의 기준시가'가 필요하여 그 기준시가에 의하여 취득 가액을 산정해나가야 하는 경우까지를 포함하는 것으로 확장해석하는 것은 합리적인 이유가 있다고 보인다.

4. 따라서 피고가 ’취득 당시의 기준시가‘를 산정함에 있어 이 사건 단서조항에 따라 환지예정면적인 이 사건 지분면적을 기준으로 한 것은 위법하다고 볼 수 없다고 할 것이므로, 원고의 위 주장도 이유 없다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.