토지를 8년 이상 직접 경작하였음을 인정하기 어려움

[ 세 목 ] 양도 [ 판결유형 ] 국승 [ 사건번호 ] 의정부지방법원-2023-구단-5781(2024.08.28) [직전소송사건번호 ] [심판청구 사건번호 ] 조심-2022-중부청-7216(2023.02.13) [ 제 목 ] 토지를 8년 이상 직접 경작하였음을 인정하기 어려움 [ 요 지 ] 쟁점토지를 8년 이상 직접 경작하였음을 인정하기 어려움 [ 판결내용 ] 판결내용은 붙임과 같습니다. [

] 조세특례제한법 제69조 사 건 2023구단5781 양도소득세부과처분취소 원 고 이○○ 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2024. 7. 3. 판 결 선 고

2024. 8. 28.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2022. 5. 1. 원고에 대하여 한 2016년 귀속 양도소득세 216,063,590원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2003. 11. 30. AAA과 함께 ○○○시 ○○면 CC리 000-1 답 274㎡, 같은 리 000-2 전 129㎡, 같은 리 000-3 답 100㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 매수하여 2004. 1. 6. 각 1/2 지분에 관하여 소유권이전등기를 마쳤고, 2005. 12. 29.자 공유물분할을 원인으로 2006. 1. 23. AAA의 1/2 지분에 대한 소유권이전등기를 마침으로써 이 사건 토지 전체를 단독 소유하게 되었다. 또한 원고는 위 CC리 000-4 도로 64㎡에 관하여 2016. 6. 28.자 매매를 원인으로 2016. 11. 2. 소유권이전등기를 마쳤다(이하 이 사건 토지와 위 CC리 000-4 도로를 통칭하여 ‘이 사건 토지 등’이라 한다).
• 나. 원고는 2016. 8. 30. BBB과 사이에 이 사건 토지 등에 관하여 매매대금을 6억 3,000만 원으로 하는 매매계약을 체결하고, 2016. 11. 3. BBB에게 각 소유권이전등기를 마쳐주었다(이하 ‘이 사건 양도’라 한다).
• 다. 원고는 2016. 12. 28. 피고에게 아래 표 ‘당초 신고’ 기재 내역과 같이 양도소득세 예정신고를 하였다.
• 라. 피고는 이 사건 토지가 8년 이상 자격농지의 요건을 구비하지 못하였을 뿐만 아니라 비사업용 토지에 해당한다는 이유로 원고의 위 2016년 귀속 양도소득세 신고 내용 중 장기보유특별공제와 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 부인하고, 이 사건 토지가 구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조의3 제1항에서 정하는 비사업용 토지에 해당한다고 보아 같은 법 제104조 제1항 제8호에서 정한 중과세율(48%)을 적용하여 2022. 4. 25. 그와 같은 내용의 과세예고통지를 한 후, 2022. 5. 1. 원고에게 2016년 귀속 양도소득세 216,063,590원을 위 표 ‘경정 결정’ 기재 내역과 같이 경정․결정(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.
• 마. 원고는 이에 불복하여 2022. 7. 27. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2023. 2. 13. 원고의 청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 을 제1, 2호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 절차적 위법 주장 원고는 이 사건 토지 등을 양도한 후 2016. 12. 28. 양도소득세 예정신고를 하였는데, ○○○세무서 담당직원은 당시 이 사건 토지의 경작범위와 관련하여 현장확인을 나와 이 사건 농지 중 일부의 경작사실을 확인하고 원고에게 8년 자경감면을 받을 수 있다고 하였다. 또한 이후 피고는 위 CC리 111 토지에 대한 8년 자경감면신청과 관련하여 사실확인을 위해 2018년경 원고를 양도소득세 일반조사 대상자로 선정하기도 하였다. 즉 원고는 늦어도 2020년경 이미 이 사건 토지와 관련된 사실관계 및 과세자료를 충분히 파악하거나 확보한 상태에 있었음에도 정당한 사유없이 장기간 과세권을 행사하지 않다가 국세부과제척기간(2022. 5. 31.) 만료일이 임박하기 약 1개월 정도 은 시점인 2022. 4. 25. 과세예고통지를 함으로써 원고의 과세전적부심사청구권을 행사할 권리를 침해하였다. 따라서 이 사건 처분에는 중대한 절차적 하자가 있어 위법하다.
• 나. 실체적 위법 주장 원고가 이 사건 토지를 취득할 당시부터 위 토지는 농지로 사용되고 있었고, 원고가 매수한 이후부터 BBB에게 양도할 때까지 아래 빗금친 부분 외의 부분은 농지(이하 ‘이 사건 농지 부분’이라 한다)로, 아래 빗금친 부분은 사업용토지(이하 ‘이 사건 농지 외 부분’이라 한다)로 경작 내지 이용하여 왔다.

① 원고는 CC식당과 구두로 농한기 때는 이 사건 토지 중 일부를 통행로 내지 주차장으로 단기간 사용하되, 농번기 때에는 이를 원상회복하는 조건으로 임대차계약을 체결하였고, 이에 따라 이 사건 농지 부분에서 재배된 배추 등을 CC식당에 판매하고 CC식당으로부터 위 통행료 부분 등에 관한 임대료 상당의 가치를 포함하여 후하게 대가를 지급받았다. 또한 원고가 일시적으로 가스판매업이나 주택신축판매업 등 을 영위하기는 하였으나 이는 일시적으로만 용역을 제공하면 충분하므로 자경 여부와 무관하고, 특별히 많은 소득을 얻지도 못하였으며, 위와 같이 원고가 일부 사업을 영위하였다고 하더라도 주로 농사에 종사하였다는 사정을 부인할 수는 없다. 따라서 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면 규정을 적용하지 아니한 이 사건 처분은 위법하다.

② 이 사건 농지 외 부분과 관련하여, CC식당에서 위 농지 외 부분을 사실상 건축물의 부속토지에 해당하는 통행로 내지 주차장 등으로 사용하여 왔으므로, 이를 비사업용 토지로 취급한 이 사건 처분은 위법하다.

별지 관련법령 기재와 같다.

4. 절차적 위법 주장에 대한 판단

• 가. 관련법리 구 국세기본법(2023. 12. 31. 법률 제19926호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의15 제2항 제2호는 ‘과세예고통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 과세전적부심사를 청구할 수 있다’고 규정하고 있고, 같은 조 제3항 제3호는 ‘과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우에는 제81조의15 제2항을 적용하지 아니한다’ 고 규정하고 있다. 사전구제절차로서 과세전적부심사 제도가 가지는 기능과 이를 통해 권리구제가 가능한 범위, 이러한 제도가 도입된 경위와 취지, 납세자의 절차적 권리 침해를 효율적으로 방지하기 위한 통제 방법과 더불어, 헌법 제12조 제1항에서 규정하고 있는 적법절차의 원칙은 형사소송절차에 국한되지 아니하고, 세무공무원이 과세권을 행사하는 경우에도 마찬가지로 준수하여야 하는 점 등을 고려하여 보면, 과세예고 통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기도 전에 과세처분을 하는 것은 원칙적으로 과세전적부심사 이후에 이루어져야 하는 과세처분을 그보다 앞서 함으로써 과세전적부심사 제도 자체를 형해화시킬 뿐만 아니라 과세전적부심사 결정과 과세처분 사이의 관계 및 불복절차를 불분명하게 할 우려가 있으므로, 그와 같은 과세처분은 납세자의 절차적 권리를 침해하는 것으로서 절차상 하자가 중대하여 위법하다고 보아야 할 것이다. 그러나 국세기본법 및 국세기본법 시행령이 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있거나 과세전적부심사에 대한 결정이 있기 전이라도 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있다는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는 과세예고 통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기도 전에 과세처분을 하였다 하더라도 이를 위법하다고 볼 수는 없다(대법원 2012. 10. 11. 선고 2010두19713 판결, 대법원 2016. 12. 27. 선고 2016두49228 판결 참조).
• 나. 판단 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 든 각 증거 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음의 각 사정들을 종합하여 보면, 피고가 국세부과제척기간 만료일이 임박한 시점에 과세예고통지를 함으로써 원고가 과세전적부심사의 기회를 부여받지 못하였다고 하더라도 이 사건 처분에 어떠한 절차적 위법이 있다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 주장은 이유 없다.

1. 이 사건 양도와 관련한 양도소득세의 부과제척기간 만료일은 2022. 5. 31.이고, 한편 피고가 2022. 4. 25. 원고에게 과세예고통지서를 발송하여 2022. 4. 28. 송달되었는바, 이는 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호 에 따른 ‘과세예고 통지를 하는 날로부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우’에 해당하여 과세전적부심사를 거치지 않고 부과처분을 할 수 있는 예외적인 경우에 해당한다.

2. 원고는, 이 사건과 같이 과세관청이 정당한 사유 없이 과세자료를 장기간 방치하여 귀책사유가 존재하는 경우 구 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호 가 적용될 수 없다는 취지로 주장한다. 그러나 위 규정의 문언 및 부과제척기간은 과세관청과 납세의무자간 조세채권 채무관계를 조속히 종결지어 납세의무자의 법적 안정성을 보장하려는 데 그 취지가 있는 것으로 과세관청으로서는 부과제척기간을 도과하지 않는 한 제척기간 내이면 언제든지 부과권을 행사할 수 있는 것이므로 이러한 부과제척기간 제도의 취지나 특성상 단지 부과권 행사가 제척기간이 얼마 남지 않은 상태에서 이루어졌다는 사정만으로 이를 두고 위법하다고 할 수 없다. 또한 이 사건에서 원고가 과세전적부심사를 받지 못하도록 피고가 고의로 과세예고통지 절차를 장기간 방치하였다거나 이 사건 처분 절차를 지연하였다고 볼 만한 자료가 없다.

3. 부과제척기간이 얼마 남 않은 상태에서 과세전적부심사 절차를 거치도록 하는 경우 부과제척기간의 도과로 정당한 세금을 징수하지 못하게 될 위험이 발생하고, 납세의무자가 부과제척기간을 도과시키기 위한 목적으로 이를 남용할 가능성도 배제할 수 없다. 또한 납세의무자로서는 과세전적부심사 절차를 거치지 않더라도 이의신청, 사청구, 심판청구, 행정소송 등을 통하여 과세처분에 대하여 다툴 수 있는 절차적 기회가 보장되어 있으므로, 관련 법령에 근거하여 과세전적부심사 기회를 부여하지 않았다는 이유만으로 중대한 절차적 하자가 존재한다고 보기 어렵다.

5. 실체적 위법 주장에 대한 판단

• 가. 인정사실

1. 원고는 AAA과 함께 2003. 11. 30. 위 CC리 111 답 1,000㎡ 중 1/2 지분을 매수하였다가 2005. 12. 29. 공유물분할을 원인으로 이를 단독소유하게 되었는데, 이후 위 CC리 111 토지에서 2006. 1. 20. 위 CC리 111-5 답 303㎡가, 2015. 10. 12. 위 CC리 111-21 답 123㎡가 각 분할되어 위 CC리 111 답 574㎡가 되었다. 원고는 위 CC리 111 답 574㎡에 관하여 2016. 11. 5.자 매매를 원인으로 2017. 1. 11. BBB에게 소유권이전등기를 마쳐주었다. 한편 2018. 1. 9. 이 사건 토지 등이 위 CC리 111 토지에 합병되어 현재 위 CC리 111 대 782㎡가 되었다.

2. 이 사건 토지 등의 지목 현황과 이 사건 토지 등에 대한 피고의 이 사건 처분 상세 내역은 아래와 같다.

3. 원고의 사업자등록 내역은 아래와 같고, 한편 원고는 이 사건 토지 등의 일부를 CC식당의 주차장 내지 진입로로 사용하도록 하였다고 주장하면서도 구 부가가치세법 제11조 및 같은 법 시행령 제3조에 따른 부동산 임대업에 대한 사업자등록을 한 사실은 없다.

4. 이 사건 토지 등의 양수인인 BBB과 그의 가족들이 운영한 CC푸줏간과 CC식당은 이 사건 토지 등과 연접한 ○○○시 ○○읍 CC리 255 토지 상에 위치하고 있고, 이 사건 토지 등은 CC푸줏간 옆쪽에 위치하고 있다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2호증, 을 제4 내지 10호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 나. 8년 이상 자경농지에 의한 감면요건 충족 여부

1. 구 조세특례제한법(2016. 12. 20. 법률 제14390호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)은 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있다(제69조 제1항 본문). ‘농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자‘란 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역에 8년 이상 거주하면서 경작한 자 등을 가리킨다[구 조세특례제한법 시행령(2024. 3. 26. 대통령령 제34356호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제66조 제1항 제3호]. ‘대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작’이란 1) 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것 또는 2) 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 가리킨다(위 시행령 제66조 제13항). 농업에 상시 종사하는 사람에 대하여는 자기 노동력 비율에 관계없이 직접 경작한 것으로 인정하되, 농업에 상시 종사하는 것이 아니라 다른 직업을 가지는 등의 이유로 부분적으로 종사하는 사람은 전체 농작업 중 가족이나 제3자를 제외한 ‘자기’의 노동력 투입 비율이 2분의 1 이상인 경우에 한하여 직접 경작한 것으로 인정함이 타당하다(대법원2010. 9. 30. 선고 2010두8423 판결, 대법원 2012. 12. 27. 선고 2012두19700 판결 등 참조). 한편 과세처분에 관한 행정소송에 있어 과세원인 및 과세표준금액 등 과세요건이 되는 사실에 관하여는 특별한 사정이 없는 한 과세관청에 그 입증책임이 있는데, 양도소득세의 감면요건에 해당하는 사실에 대한 입증책임은 양도소득세의 감면을 주장하는 납세의무자에게 있다고 할 것이다(대법원 1994. 10. 21. 선고 94누996 판결 등 참조).

2. 앞서 인정한 사실에다가 앞서 본 각 증거, 갑 제4, 6 내지 16호증의 각 기재 및 영상에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음의 사실 및 사정들을 종합하여 보면, 원고의 주장에 부합하는 듯한 갑 제17, 18, 21 내지 24호증(가지번호 포함), 증인DDD의 일부 증언은 믿기 어렵고, 원고가 제출한 나머지 증거들만으로는 원고가 이 사건 토지를 양도할 때까지 이 사건 농지 부분을 8년 이상 직접 경작하였음을 인정하기에 부족하며, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 주장은 이유 없다.

• 가) 원고는 이 사건 토지에 인접해 있고 이 사건 토지의 합병 전의 위 CC리 111 토지를 2017. 1. 11. BBB에게 양도하고, 양도가액 4억 2,000만 원, 취득가액 134,576,172원, 필요경비 1,894,200원, 양도소득금액 198,470,740원, 감면세액 55,068,881원으로 하는 2017년 귀속양도소득세 예정신고를 하였다. ㅇㅇ세무서장은 위 CC리 111 토지에 대한 원고의 8년 자경감면 요건을 확인하기 위해 원고를 양도소득세 일반조사 대상자로 선정하였고, 조사 결과 원고가 위 CC리 111 토지를 직접 경작하지 않은 것으로 판단하여 위 CC리 111 토지에 대한 원고의 양도소득세 감면신청을 부인하고 비사업용 토지로 판단하여 원고에게 2017년 귀속 양도소득세 99,524,750원을 경정․고지하였다. 원고는 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나 조세심판원은 2020. 2. 28. 심판청구를 기각하였고, 원고가 행정소송을 제기하지 않아 해당 처분은 종결되었다. 또한 위 CC리 111 토지에 관한 농지원부에는 2016. 12. 5. 현재 실제 지목이 ‘전’으로, 주재배작물이 ‘벼’, 경작구분이 ‘자경’으로 각 기재되어 있으나, 원고 주장의 작물은 배추, 무 등인 점, 농지원부는 농지관리 및 농업정책의 효율적인 추진을 위해 작성․비치하는 행정내부자료로 행정관청의 실질적 심사에 의해 계속 관리되었다고 단정하기 어려운 점 등에 비추어 보면, 위 CC리 111 토지에 관한 위 농지원부 기재만으로 이 사건 농지 부분 경작 사실을 인정하기 어렵다.
• 나) 갑 제17, 18, 21 내지 24호증(가지번호 포함)의 각 기재, 증인 DDD의 증언에 의하면, ① EEEEE이라는 상호로 농자재 및 비료 등의 도소매업을 하는 FFF은 원고에게 공급연월일이 2005년경부터 2016년경까지로 된 각 연도별 거래명세표 13장(2008년도 거래명세표는 없고, 2015년 거래명세표가 3장 있다)을 작성하여 주었는데, 위 각 거래명세표에는 원고가 2005년경부터 매년 배추, 무, 감자, 고추, 오이 가지, 쪽파, 옥수수, 상추 등의 씨앗이나 모종 등을 구입한 것으로 기재되어 있는 사실, ② 이 사건 토지 근처에 거주하는 주민들(이장인 DDD와 주민인 ○○○, ○○○)은 2016. 12.경 원고나 배우자 GGG이 2004년경부터 2016년경까지 이 사건 토지를 경작하였다는 사실경작확인서를 원고에게 작성하여 주었고, CC식당을 운영하는 BBB이 이 사건 소송 중인 2023. 11. 28. ‘원고의 이 사건 토지 경작사실을 알고 있고, 농한기에 위 토지를 식당 진출입로 사용하였으며, 그 대가로 위 토지에서 재배되는 배추, 무 등을 좋은 가격으로 사주었다’는 확인서를, ○○○과 DDD가 2023. 12. 1. 및 2023. 11. 27. ’원고의 이 사건 토지 경작사실을 알고 있고, 트랙터를 이용하여 위 토지의 밭갈이 및 로타리를 쳐준 적이 있다‘는 취지의 각 확인서를 작성하여 준 사실, ③ 또한 DDD는 이 법정에 출석하여 ’원고와 GGG이 절기마다 배추, 무, 고추, 가지 등을 경작하였고, 원고에게 마을 트랙터를 관리하는 HHH를 소개시켜주어 HHH가 위 토지에서 로타리 작업을 하였다‘는 취지로 진술한 사실은 인정된다. 그러나 EEEEE은 2010. 1. 25. 개인사업자로 등록되었는데, 위 각 거래명세표의 공급자가 EEEEE FFF으로 되어 있고, 나머지 거래연월일, 합계금액, 품목, 규격, 수량 등이 수기로 작성되어 있는 점, 원고도 EEEEE의 전 상호인 ’○○○‘이라는 상호로 2005년경 이전부터 원고와 종자 등을 거래해온 ○○○에게 이 사건과 관련하여 위 각 거래명세표의 소급작성을 요청해 교부받았다는 사실을 인정하고 있는 점, 위 각 사실경작확인서 및 확인서를 작성해 준 사람들은 모두 원고 거주 인근 마을 주민이거나 CC식당을 운영하면서 이 사건 토지를 양수한 BBB으로, 이에 대하여 신빙성을 부여하기 어려운 점 등에 비추어 보면, 위 각 거래명세표와 위 각 확인서 등만으로 원고의 8년 자경 사실을 인정하기 어렵다.
• 다) 이 사건 토지를 2003년, 2004년, 2005년, 2007년, 2010년 각 촬영한 항공사진에는 이 사건 농지 부분의 경작사실이 확인되지 않고, 2014년, 2016년 각 촬영한 항공사진에 이 사건 토지의 극히 일부분만 밭으로 경작하고 있는 사실이 확인되나, 한편 위 각 항공사진을 보면, 이 사건 토지의 대부분이 CC식당의 진출입로나 주차장으로 이용되고 있는 사실이 확인된다. 더구나 구 조세특례제한법 시행령 제66조 제13항 에 의하면 원고가 적어도 농작업의 2분의 1 이상을 자기 노동력에 의하여 경작해야 경작요건이 충족된다고 할 것인데, 이를 인정할 아무런 증거가 없다.
• 라) 원고는 2001년부터 2007년까지 ○○○○라는 상호로 ○○판매사업을 하였고, 2003년부터 2006년까지 주택신축사업 및 비료제조업 등을 영위하였으며, 2012년도에는 펜션 및 음식점을 운영하기도 하였다.
• 마) 원고는 이 사건 농지 부분에서 배추, 무 등을 경작하여 CC식당에 납품하였고, CC식당으로부터 이 사건 토지 중 일부를 통행로 내지 주차장으로 사용하는 임료 상당의 가치를 포함하여 후한 대가를 지급받았다는 취지로 주장하나, 신빙성이 떨어지는 BBB 작성의 사실확인서 외에 원고가 CC식당에 실제 배추, 무 등을 납품하여 납품대금을 지급받았음을 인정할 아무런 증거가 없다.
• 다. 이 사건 농지 외 부분이 사업용토지에 해당하는지 여부 원고가 이 사건 토지를 구 소득세법 시행령 제168조의8 및 구 조세특례제한법 시행령 제66조 제13항 에 따라 직접 경작한 것으로 볼 수 없는 이상, 이 사건 토지는 구 소득세법 제104조의3 제1항 제1호 가.목의 비사업용 토지에 해당한다. 따라서 이 사건 농지 외 부분이 사업용 토지에 해당한다는 원고의 위 주장도 이유 없다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.