주거용으로 분양한 오피스텔 분양대가에는 부가가치세가 포함되지 않았다고 보아야함

사 건 2022구합10950 부가가치세등부과처분취소 원 고

○○○○ 주식회사 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2022. 11. 3. 판 결 선 고

2022. 12. 15.

1. 원고의 주위적 청구 및 예비적 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 주위적으로, 피고가 2021. 1. 12. 원고에 대하여 한 별지 1 처분 목록 ‘부과세액’란 기재 각 부가가치세 및 법인세(가산세 포함) 부과처분 중 ‘취소세액’란 기재 각 부가가치세 및 법인세(가산세 포함)의 부과처분을 각 취소한다. 예비적으로, 피고가 2021. 1. 12. 원고에 대하여 한 별지 2 처분 목록 ‘부과세액’란 기재 각 부가가치세 및 법인세(가산세 포함) 부과처분 중 ‘취소세액’란 기재 각 부가가치세 및 법인세(가산세 포함)의 부과처분을 각 취소한다.

• 가. 원고는 종합건설업을 영위하는 사업자로, ○○시 ○○동 ○○○번지 일대와 ○○동 ○○○번지 지상에 조세특례제한법 시행령, 주택법이 정한 국민주택규모 이하의 다세대 주택과 오피스텔로 이루어진 주상복합건물을 각 신축하여 분양하였다.
• 나. 원고는 위 각 주상복합건물 중 공부상 업무시설로 건축허가 및 사용승인을 받은 오피스텔의 공사매출(59호) 및 분양매출(66호)에 대해 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호 (이하 ‘이 사건 면세조항’이라 한다)의 부가가치세가 면제되는 국민주택 및 그 건설용역의 공급으로 보아 부가가치세 신고를 하지 아니하고 면세 매출로 신고하였다(이하 공사매출 및 분양매출이 발생한 오피스텔을 합하여 ‘이 사건 오피스텔’이라 한다).
• 다. ○○지방국세청은 2020. 8. 26.부터 2020. 11. 3.까지 원고의 2015~2019 사업연도를 대상으로 법인통합조사를 실시한 결과, 이 사건 오피스텔의 시공·분양공급을 부가가치세 과세대상으로 보아 피고에게 관련 과세자료를 통보하였다. 피고는 이에 따라 2021. 1. 12. 원고에게 아래와 같이 2016년 제1기~2019년 제1기 부가가치세 합계 1,444,977,000원 및 2015~2019 사업연도 법인세 합계 457,685,090원을 각 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 각 처분’이라 한다). (생략)
• 라. 원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 2021. 4. 5. 조세심판청구를 제기하였으나, 2021. 11. 26. 기각결정을 받았다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 4, 5호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 주위적 청구 이 사건 면세조항에 의하면 ‘대통령령으로 정하는 국민주택’의 공급은 부가가치세면제대상에 해당하는데, 조세특례제한법 시행령 제106조 제4항 제1호 는 위 ’대통령령으로 정하는 국민주택‘을 ’제51조의2 제3항에 규정된 규모 이하의 주택‘으로 정하고 있어 위임하고 있는 범위가 주택의 ‘규모’에 한정된다. 따라서 주택의 의미는 부가가치세 법령에 따라 실질적인 사용 용도를 기준으로 판단하여야 한다. 그런데 이 사건 오피스텔은 공부상 구분만 업무시설로 되어 있을 뿐, 당초부터 주거용으로 설계 및 건축되어 다세대주택과 실질적인 차이가 존재하지 않고, 준공 이후 현재까지 주거 용도로 사용되고 있으므로, 조세특례제한법에 따라 부가가치세가 면제되는 ‘주택’에 해당한다. 따라서 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 각 부과처분은 위법하므로, 별지 1 표의 ‘취소세액’란 기재 각 부가가치세 및 법인세(가산세 포함)의 부과처분은 취소되어야 한다.
• 나. 예비적 청구

1. 부가가치세 제도는 궁극적으로 최종소비자에게 조세를 부담시키는 간접세이므로, 공급자와 공급받는 자간에 어떠한 가격이나 조건으로 거래를 하였더라도, 최종소비자가 과세재화를 구입하고 지불한 금액은 부가가치세가 포함된 가격으로 보는 것이 과세원리에 부합한다. 원고와 매수인은 분양계약 체결 시 이를 주거용으로 사용하기로 약정하고 이후 과세관청에서 이를 업무시설로 보아 부가가치세를 과세할 경우에는 분양자인 원고가 이를 부담하기로 약정하였다. 이와 같이 이 사건 오피스텔의 분양가액에는 차후에 과세될지 모르는 부가가치세가 포함되어 있으므로, 부가가치세법 제29조 제7항 에 따라 대가로 받은 금액의 100/110을 공급가액으로 보아야 한다. 따라서 이를 초과하는 ‘취소세액’란 기재 각 부가가치세 및 법인세(가산세 포함)의 부과처분은 취소되어야 한다.

2. 설령 이 사건 오피스텔의 공급이 부가가치세 면제대상에 해당하지 않는다고 하더라도, 조세심판원에서 주거용 오피스텔의 공급이 부가가치세 면제대상에 해당한다고 여러 차례 판단하였던 점 등에 비추어, 원고가 이 사건 오피스텔의 공급에 대한 부가가치세를 납부하지 않은 것에 대하여 그 의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 인정되므로, 이 사건 각 처분 중 가산세 부분은 위법하다.

• 가. 주위적 청구에 대한 판단

1. 관련 법리

• 가) 이 사건 면세조항에 따르면 ’대통령령으로 정하는 국민주택‘의 공급에 대해서는 부가가치세가 면제된다. 그 위임에 따른 조세특례제한법 시행령 제106조 제4항 제1호 는 위 ’대통령령으로 정하는 국민주택‘을 ’제51조의2 제3항에 규정된 규모 이하의 주택‘으로 정하고 있고, 같은 법 시행령 제51조의2 제3항은 위 규모를 ’주택법에 따른 국민주택 규모‘라고 정하고 있다. 그리고 주택법 제2조 제6호 는 ’국민주택 규모‘를 “주거의 용도로만 쓰이는 면적(이하 ’주거전용면적‘이라 한다)이 1호(戶) 또는 1세대당 85제곱미터 이하인 주택(수도권정비계획법 제2조제1호 에 따른 수도권을 제외한 도시지역이 아닌 읍 또는 면 지역은 1호 또는 1세대당 주거전용면적이 100제곱미터 이하인 주택을 말한다)”으로 정하고 있다. 또한 주택법 제2조 는 제1호에서 ’주택‘을 ’세대의 구성원이 장기간 독립된 주거생활을 할 수 있는 구조로 된 건축물의 전부 또는 일부 및 그 부속토지‘로 정의하면서이를 ’단독주택‘과 ’공동주택‘으로 구분하고, 이와 별도로 제4호에서 ’준주택‘을 ’주택 외의 건축물과 그 부속토지로서 주거시설로 이용가능한 시설 등‘으로 정의하면서 그 범위와 종류는 대통령령에 위임하고 있다. 그 위임에 따른 주택법 시행령 제4조 는 제4호는 ’준주택‘의 하나로 ’4. 건축법 시행령 별표 1 제14호 나목 2)에 따른 오피스텔‘을 들고 있다. 그리고 용도별 건축물의 종류를 정하고 있는 건축법 시행령 [별표 1] 제14호 나목 2)는 ’오피스텔‘을 ’단독주택‘ 또는 ’공동주택‘과 구분되는 ’업무시설‘의 하나로 정하면서 ’업무를 주로 하며, 분양하거나 임대하는 구획 중 일부 구획에서 숙식을 할 수 있도록 한 건축물로서 국토교통부장관이 고시하는 기준에 적합한 것‘으로 정의하고 있다. 이 사건 면세조항의 위임에 따른 조세특례제한법 시행령 제106조 제4항 제1호 는 위와 같이 ’주택‘이라고만 규정하고 있다. 한편 같은 법령인 조세특례제한법 시행령에는 ’주택‘에 ’ 주택법 시행령 규정에 따른 오피스텔‘ 또는 ’주거에 사용하는 오피스텔‘이 포함된다고 명시하고 있는 다른 규정이 있다. 즉, ① 조세특례제한법 제95조의2 제1항 의 위임에 따라 근로자의 종합소득세액에서 공제되는 월세액의 범위를 정한 조세특례제한법 시행령 제95조 제2항, ② 같은 법 제96조 제1항의 위임에 따라 소형주택 임대사업자에 대한 세액감면이 적용되는 임대주택의 범위를 정한 같은 법 시행령 제96조 제2항 제2호, ③ 같은 법 제97조의6 제1항의 위임에 따라 임대주택 부동산투자회사의 현물출자자에 대한 과세특례가 적용되는 ’임대주택용으로 사용되는 부분‘의 범위를 정한 같은 법 시행령 제97조의6 제2항 제1호, ④ 같은 법 제99조의2 제1항의 위임에 따라 취득자에 대한 양도소득세 과세특례가 적용되는 신축주택 등의 범위를 정한 같은 법 시행령 제99조의2 제1항 제9호 등은 주택에 일정한 주거용 오피스텔을 포함하고 있다.
• 나) 위 법령의 문언․내용과 체계, 이 사건 면세조항이 국민주택 규모 이하의 주택 공급에 대하여 부가가치세를 면제하는 취지, 주택과 오피스텔에 대한 각종 법적 규율의 차이, 특히 조세특례제한법령의 다른 규정에서 이 사건 면세조항과 달리 ’오피스텔‘ 또는 ’주거에 사용하는 오피스텔‘이 ’주택‘에 포함된다고 명시하고 있는 점과의 균형 등을 종합하면, 특별한 사정이 없는 한 공급 당시 공부상 용도가 업무시설인 오피스텔은 그 규모가 주택법에 따른 국민주택 규모 이하인지 여부와 관계없이 이 사건 면세조항의 ’국민주택‘에 해당한다고 볼 수 없다. 공급하는 건축물이 관련 법령에 따른 오피스텔의 요건을 적법하게 충족하여 공부상 업무시설로 등재되었다면, 그것이 공급 당시 사실상 주거의 용도로 사용될 수 있는 구조와 기능을 갖추었다고 하더라도 이를 건축법상 오피스텔의 용도인 업무시설로 사용할 수 있다. 위와 같은 경우 이 사건 면세조항의 적용대상이 될 수 없는 오피스텔에 해당하는지는 원칙적으로 공급 당시의 공부상 용도를 기준으로 판단하여야 한다. 나아가 해당 건축물이 공급 당시 공부상 용도가 업무시설인 오피스텔에 해당하여 이 사건 면세조항에 따른 부가가치세 면제대상에서 제외된 이상 나중에 실제로 주거 용도로 사용되고 있더라도 이와 달리 볼 수 없다.(대법원 2021. 1. 14. 선고 2020두40914판결 참조).

2. 위 법리에 비추어 이 사건을 살피건대, 이 사건 오피스텔은 공급 당시 관련 법령에 따른 오피스텔의 요건을 충족하고 공부상 용도 역시 업무시설이므로, 그 규모가 주택법에 따른 국민주택 규모 이하인지 여부나 사실상 주거 용도로 사용될 수 있는 구조와 기능을 갖추었고 실제로 주거의 용도로 사용되었는지 여부와 관계없이 이 사건 면세조항에서 말하는 ’국민주택‘에 해당하지 않는다. 따라서 이 사건 면세조항이 적용됨을 전제로 하는 원고의 주위적 청구는 이유 없

• 다. 나. 예비적 청구에 대한 판단 1) 부가가치세법 제29조 제13항 제1호 에 의하면 재화의 공급에 대한 부가가치세 과세표준은 금전으로 대가를 받는 경우 그 대가를 비롯한 공급가액을 합한 금액으로 하되 다만 부가가치세는 제외하므로, 재화를 공급하고 대가로 받은 금액에 부가가치세가 포함되어 있지 아니하면 그 대가가 공급가액으로서 과세표준에 해당한다. 한편, 부가가치세법 제29조 제7항 은 사업자가 재화를 공급하고 그 대가로 받은 금액에 부가가치세가 포함되어 있는지 불분명한 경우에는 그 대가로 받은 금액에 110분의 100곱한 금액이 과세표준이 된다고 정하고 있다.

2. 앞서 본 사실과 을 제4 내지 7호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고는 이 사건 오피스텔에 대한 분양계약 체결 시 ’주거용으로만 사용한다‘이라는 특약사항을 넣은 사실, 이 사건 오피스텔의 공사매출과 분양매출을 부가가치세 면제대상으로 보아 계약서에 기재된 계약금액 전체에 대하여 세금계산서를 발행한 사실, 부가가치세 신고·납부를 하지 아니한 사실을 인정할 수 있는바, 원고의 의사는 이 사건 오피스텔은 주거용으로 사용되어 면세대상이라는 판단 하에 이에 관한 부가가치세를 수수하지 않은 것이므로, 원고가 대가로 수수한 금액에는 부가가치세가 포함되지 않았다고 보아야 하고, 따라서 대가로 수수한 금액 전체를 과세표준으로 삼은 이 사건 각 처분은 적법하다. 이에 대하여 원고는 이 사건 오피스텔에 관한 도급계약서 및 분양계약서에 부가가치세가 별도로 표시되어 있지 않으므로 부가가치세 집행기준 29-0-4 제1항 중 ’공급가액과 세액이 별도 표시되어 있지 아니한 경우‘에 해당하여 대가로 받은 금액에 110분의 100을 곱한 금액을 공급가액으로 하여야 한다고 주장한다. 그러나 국세청의 기본통칙은 과세관청 내부에 있어서 세법의 해석기준 및 집행기준을 시달한 행정규칙에 불과하고 법원이나 국민을 기속하는 효력이 있는 법규가 아닐 뿐만 아니라, 앞서 본 바와 같이 원고는 이 사건 오피스텔의 공사매출 및 분양매출이 면세대상이라고 보아 세액이 0원이어서 이를 기재하지 않은 것이므로, 이를 계약금액 내에 공급가액과 부가가치세 세액이 모두 포함되어 있으나 별도로 표시되지 않은 경우라고 할 수 없다. 원고의 예비적 청구도 이유 없다.

• 다. 가산세 부과처분 취소 주장에 대한 판단

1. 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우 에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재이다. 따라서 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이러한 제재를 과할 수 없다. 그러나 세법해석상 의의로 인한 견해의 대립 등이 있다고 할 수 없음에도 납세의무자가 자기 나름의 해석에 의하여 납세 등의 의무가 면제된다고 잘못 판단한 것은 단순한 법률의 부지나 오해에 불과하여 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 않는다(대법원 2013. 6. 27. 선고 2011두17776 판결 등 참조).

2. 앞서 인정한 사실관계 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정을 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 원고에게 이 사건 오피스텔의 공급에 대한 부가가치세를 신고·납부할 것을 기대하는 것이 무리라거나 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

① 앞서 본 바와 같이 공부상 용도가 ’업무시설‘인 ’오피스텔‘은 이 사건 면제규정의 ’국민주택‘에 해당한다고 볼 수 없고, 관련 법령의 문언과 체계 등에 비추어 이와 달리 해석할 여지가 있다고 보기 어렵다.

② 한편 조세심판원은 ’오피스텔의 공급이 이 사건 면제규정에 따른 부가가치세 면제대상인지 여부‘에 관하여 2017. 12. 20.자 조세심판관합동회의 결정이 있기 전까지는 이를 긍정하기도 하고 부정하기도 하였다. 그러나 이와 같이 조세심판원의 결정이 일관되지 않았다는 사정만으로 세법해석상 의의로 인한 견해의 대립이 있었다고 인정할 수 있는 정도에 이르렀다고 보기는 어렵다.

③ 이와 같이 조세심판원의 결정이 일관되지 않은 상황이라면 원고는 국세청 등에 질의를 하는 방법 등으로 의문을 충분히 해소할 수 있었을 것으로 보이는데도, 그러한 노력을 전혀 하지 않은 채 자신에게 유리한 조세심판원의 일부 결정만을 근거로 이 사건 오피스텔의 공급에 대한 부가가치세를 신고․납부하지 않았다. 더욱이 원고는 2017. 12. 20.경 오피스텔에 관하여 부가가치세를 과세하는 것이 타당하다는 조세심판관합동회의 결정이 있은 후에 발생한 매출에 관하여도 여전히 부가가치세를 신고·납부하지 않았다.

④ 결국 원고가 이 사건 오피스텔의 공급에 대한 부가가치세가 면제된다고 잘못 판단한 것은 단순한 법률의 부지 또는 착오에 불과하다.

그렇다면 원고의 주위적 청구 및 예비적 청구는 모두 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.