주임종단기대여금 계정에 계상된 금액이 법인의 사업과 관련하여 사용한 것(아파트 신축을 위해 토지를 매입하며 양도소득세를 대납한 비용)임이 인정되므로, 대표자 상여처분은 부적법함

사 건 2021구합16142 종합소득세부과처분취소 원 고 유AA 피 고 BB세무서장 변 론 종 결

2024. 11. 19. 판 결 선 고

2024. 12. 17.

1. 피고가 2021. 1. 13. 원고에 대하여 한 2017년 귀속 종합소득세 41,909,665원 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청구취지 주문과 같다.

• 가. cc시티건설 주식회사(변경 전 상호: 주식회사 DD시티건설, 이하 ‘이 사건 회사’라 한다)는 2006. 11. 16. 부동산개발사업 및 부동산중개·임대업 등을 목적으로 설립된 주식회사로, 남양주시 ○○동 ○ 일대 ○㎡ 대지에 ○세대 공동주택(아파트)을 신축하여 분양하는 사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)을 추진하였고, 원고는 이 사건 회사의 대표자 사내이사이다.
• 나. 이 사건 회사는 2017. 12. 2. 폐업하며 2017 사업연도 법인세를 기한후신고하였다.
• 다. ○○세무서장은 2019. 12. 20. 이 사건 회사에 대한 2017 사업연도 법인세를 결정하며, 이 사건 회사의 표준재무제표상 주주·임원·종업원단기대여금(이하 ‘주임종단기대여금’이라 한다)으로 2,224,800,701원이 계상되어 있음을 확인하고, 위 금액에서 이 사건 회사가 이 사건 사업 추진 중 토지매도인들의 양도소득세를 대납한 것으로 확인된 1,580,106,730원을 토지취득원가로 인정하여 이를 제한 나머지 644,693,971원을 가지급금으로 보아 여기에 이에 대한 인정이자 29,655,922원을 합산한 674,349,893원을 익금산입하였고, 위와 같이 익금산입된 674,349,893원을 이 사건 회사의 대표인 원고에게 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였다.
• 라. 이에 따라 피고는 2021. 1. 13. 원고에게 2017년 귀속 종합소득세 285,477,470원을 경정·고지하였다.
• 마. 원고는 2021. 4. 13. 위 종합소득세 부과처분에 불복하여 심판청구를 제기하였다.
• 바. 조세심판원은 2021. 8. 30. 위 2021. 1. 15. 자 종합소득세 부과처분은, 상여로 소득처분되어 총수입금액에 산입된 위 주임종단기대여금 644,693,971원에서 이 사건 회사가 폐업 전 상환한 주임종단기대여금 218,284,555원과 양도소득세 대납이 추가 인정되는 276,866,060원, 합계 495,150,615원과 이에 대한 인정이자를 제외하고, 나머지 주임종단기대여금에 대하여 이 사건 회사의 재무제표와 금융거래조회내역 등을 기초로 주임종단기대여금의 상환 여부와 양도소득세 등 취득부대비용의 지출 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하라는 결정을 하였다.
• 바. 이에 ○○세무서장은 위 주임종단기대여금 644,693,971원에서 폐업 전 상환된 218,284,555원, 양도소득세 대납이 추가로 인정된 276,866,060원을 제한 나머지 149,543,356원(이하 ‘이 사건 쟁점금액’이라 한다)을 가지급금으로 보아 이에 대한 인정이자와 함께 원고에게 상여 처분하는 것으로 경정하였고, 피고는 원고에 대한 2017년 귀속 종합소득세를 41,909,665원으로 경정·고지하였다(이하 위와 같이 감액경정된 2021. 1. 13. 자 종합소득세 부과처분을 ‘이 사건 처분’이라 한다). [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장 및 이에 대한 판단

• 가. 원고 주장의 요지 이 사건 회사 폐업 당시 표준재무제표상 주임종단기대여금으로 계상된 돈 중에는 이 사건 회사가 이 사건 사업과 관련하여 박EE, 이FF의 부동산을 매수하며 그 양도소득세를 대납해준 돈(이하 ‘이 사건 대납금’이라 한다)이 포함되어 있는바, 이 사건 대납금은 토지취득원가에 해당한다. 그럼에도 피고는 이 사건 대납금을 가지급금으로 보아 원고에 대하여 상여처분하였는바, 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 인정사실 갑 제3호증, 제6호증의 1, 7, 제7호증, 제8호증의 2, 제10호증의 1, 2, 제11, 12, 13호증의 각 기재, 증인 이FF, 박EE의 각 일부 증언, 이 법원의 ○○세무서장, ○○세무서장에 대한 각 과세정보제출명령 결과, 이 법원의 주식회사 하나은행에 대한 2022. 12. 29.자 금융거래정보제출명령 결과 및 변론 전체의 취지를 종합하면 아래의 각 사실이 인정된다.

1. 박EE의 지분 소유 및 이 사건 회사와의 매매계약 등

• 가) 박EE은 2002. 5. 29. 남양주시 ○○동 ○ 토지(이하 ‘분할 전 ○ 토지라 한다) 중 819.16/5,857 지분에 관하여 2002. 4. 16. 자 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤다.
• 나) 박EE은 2002. 6. 15. 이gg에게 분할 전 ○ 토지 중 330.58/5,857 지분을, 이FF(개명 전 성명: 이○○)에게 위 토지 중 165.29/5,857 지분을 각 매도하였고, 2002. 6. 28. 이에 관한 각 소유권이전등기를 마쳐주었다. 이로 인하여 박EE의 위 토지에 대한 지분은 323.29/5,857(이하 ’이 사건 기존 지분‘이라 한다)로 줄어들었다.
• 다) 박EE은 2002. 6. 16. 이gg에게 매도하였던 위 330.58/5,857 지분(이하 ’이 사건 재매수 지분‘이라 한다)을 다시 매수하였고, 2002. 7. 18. 이에 관한 소유권이전등기를 마쳤다. 이로 인하여 박EE의 분할 전 ○ 토지에 대한 지분은 653.87/5,857이 되었다.
• 라) 분할 전 ○ 토지는 2002. 11. 14. 남양주시 ○동 ○ 답 630㎡(이하 ‘●● 토지’라 한다), 같은 동 ★ 답 1,462㎡(이하 ‘★ 토지’라 한다) 등으로 분할되었다.
• 마) 박EE을 포함한 분할 전 ○ 토지의 공유자들은 2002. 11. 30. ●●토지, ★ 토지 등 분할 전 ○ 토지가 분할된 토지들에 대한 공유물분할 협의에 이르렀고, 그에 따라 박EE은 ●● 토지 중 464.71/630 지분, ★ 토지 중 189.16/1,462 지분을 소유하게 되어 2002. 12. 24. 이에 관한 각 소유권이전등기를 마쳤다.
• 바) 박EE은 2007. 2. 27. 이 사건 회사에 ●● 토지 지분 전부(464.71/630) 및 ★ 토지 지분 전부(189.16/1,462)를 매도하였고, 2007. 5. 21. 이에 관한 각 소유권이전등기를 마쳐주며 ●● 토지 지분에 관하여는 618,550,000원, ★ 토지 지분에 관하여는 228,800,000원을 각 거래가액으로 신고하였다.

2. 이FF의 지분 소유 및 이 사건 회사와의 매매계약 등

• 가) 이FF은 2002. 6. 15. 박EE으로부터 분할 전 ○ 토지 중 165.29/5,857지분을 매수하였고, 2002. 6. 28. 이에 관한 소유권이전등기를 마쳤으며, 앞서 본 2002. 11. 30. 자 공유물분할에 따라 ●● 토지 중 165.29/630 지분을 소유하게 되어 2002. 12. 24. 이에 관한 소유권이전등기를 마쳤다.
• 나) 이FF은 2007. 3. 30. 이 사건 회사에 ●● 토지 지분 전부(165.29/630)와 남양주시 호평동 ◆ 답 965㎡(이하 ‘◆ 토지’라 한다)를 매도하였고, 2007. 5. 21. 이에 관한 각 소유권이전등기를 마쳐주며 1,540,000,000원을 위 각 부동산 전체거래가액으로 신고하였다.

3. 이 사건 회사의 소외 곽jj, 김yy과의 매매계약 및 양도소득세 등 대납 등

• 가) 이 사건 회사는 2007. 3. 19. 소외 곽jj, 김yy으로부터 남양주시 호평동 ○ 토지 중 각 일부 지분을 매수하기로 하면서 위 매매로 인하여 발생하는 양도소득세 등을 이 사건 회사가 부담하기로 약정하였다.
• 나) 이 사건 회사는 2007. 6. 4. 위 양도소득세 부담약정에 따라 곽jj에게 부과된 양도소득세 240,156,870원 및 주민세 24,015,680원, 김yy에게 부과된 양도소득세 119,407,520원, 주민세 11,940,750원을 대신하여 납부하였다.
• 다) 원고는 2021. 1. 15. 자 종합소득세 부과처분에 대하여 조세심판원에 심판청구를 하며, 위 곽jj, 김yy의 각 매매계약서, 각 양도소득세 부담약정 관련 합의각서 및 각 양도소득세 및 주민세 납부영수증을 제출하며 위 대납액 상당은 가지급금으로 보는 주임종단기대여금에서 제외되어야 한다고 주장하였고, 조세심판원은 원고의 위 부분 주장을 인정하여 위 대납금액 및 이에 상당하는 인정이자를 상여로 소득처분하여 종합소득세를 과세한 것은 잘못되었다고 판단하였다.

4. 이 사건 회사의 출금내역 등

• 가) 이 사건 회사의 계정별 원장(이하 ‘이 사건 원장’이라 한다)에는 2007. 6. 1. 그 명의의 진흥상호저축은행 계좌에서 주식회사 한국외환은행 계좌(이하 ‘이 사건 계좌’라 한다)로 적요란에 “이FF ◆, ●● 양도소득세분”으로 기재된 399,132,360원, 적요란에 “박EE ●●, ★ 양도소득세분”으로 기재된 155,439,090원이 각 송금된 것으로 기재되어 있고, 같은 날 이 사건 계좌로 적요란에 “박EE 양도소득세분 입금”으로 기재된 23,719,960원이 입금된 것으로 기재되어 있다.
• 나) 이 사건 회사는 2007. 6. 4. 이 사건 계좌에서 수표로 530,480,630원(이하 ‘이 사건 수표인출금’이라 한다), 현금으로 443,331,600원(이하 ‘이 사건 현금인출금’이라 한다), 합계 973,812,230원을 인출하였고, 이 사건 원장에는 같은 날 이 사건 계좌에서 973,812,230원이 인출되었다고 기재되어 있고, 그 적요란에는 “양도세, 주민세납부(곽jj외3)”으로 기재되어 있다.

5. 양도소득세 등 신고 및 양도소득세 납부내역

• 가) 박EE의 ●● 토지 지분 관련

(1) 박EE과 이 사건 회사의 ●● 토지 지분 매매 관련 양도소득과세표준신고 및 납부계산서(이하 ‘박EE 제1 신고 및 납부계산서’라 한다)가 2007. 6. 29. ○○세무서장에게 제출되었는데, 그 중 양도소득금액 계산명세서는 ‘양도일 2007. 5. 21.,취득일 2002. 7. 18., 양도면적 330.580, 양도가액 440,016,911원, 취득가액 250,000,000원, 양도소득금액 187,148,911원’으로 작성되었고, 위 양도소득금액에 따른 납부세액이 ‘99,710,412원’으로 산정된 것으로 작성되었음에도, 지방소득세 부분에는 과세표준이 ‘162,871,880원’으로, 그에 따라 세율 10%에 따른 지방소득세가 ‘16,287,188원’으로 되어 있다(이 법원의 ○○세무서장에 대한 2024. 3. 5. 자 및 2024. 3. 6. 자 각 과세정보제출명령 결과).

(2) 2007. 6. 4. 박EE의 ●● 토지 지분 매매에 따른 양도소득세로 99,710,410원이 납부되었다(이 법원의 ○○세무서장에 대한 2022. 7. 19. 자 과세정보제출명령 결과).

• 나) 이FF의 ●● 토지 지분 및 ◆ 토지 관련

(1) 이FF과 이 사건 회사의 ●● 토지 지분 및 ◆ 토지 매매 관련 양도소득과세표준 신고 및 납부계산서(이하 ‘이FF 신고 및 납부계산서’라 한다)가 2007. 6. 29. ○○세무서장에게 제출되었는데, 이FF이 위 지분 및 토지를 1,540,000,000원에 양도함에 따른 양도소득세 납부세액이 ‘362,847,600원’으로, 지방소득세 납부세액이 ‘36,284,760원’으로 산정되어 있다(이 법원의 ○○세무서장에 대한 2023. 5. 23. 자 과세정보제출명령 결과).

(2) 2007. 6. 4. 이FF의 위 매매에 따른 양도소득세로 362,847,600원이 납부되었다(이 법원의 송파세무서장에 대한 2022. 7. 28. 자 과세정보제출명령 결과).

• 다) 박EE의 ★ 토지 지분 관련

(1) 박EE과 이 사건 회사의 ★ 토지 지분 매매 관련 양도소득과세표준신고 및 납부계산서(이하 ‘박EE 제2 신고 및 납부계산서’라 한다)가 2007. 6. 30. ○○세무서장에게 제출되었는데, 박EE이 위 지분을 228,800,000원에 양도함에 따른 양도소득세 납부세액이 ‘87,314,684원’으로, 지방소득세 납부세액이 ‘8,731,468원’으로 산정되어 있다(이 법원의 ○○세무서장에 대한 2024. 10. 17. 자 과세정보제출명령 결과).

(2) 박EE의 ★ 토지 지분 매매에 따른 양도소득세로 2007. 6. 20. 85,964,680원, 2007. 7. 9. 1,350,000원, 합계 87,314,680원이 납부되었다(이 법원의 ○○세무서장에 대한 2024. 11. 4. 자 과세정보제출명령 결과).

6. 이 사건 회사의 기안서 및 자급집행승인서 작성

• 가) 한편, 이 사건 회사에서 사원으로 근무하였던 유mm이 사용하였던 컴퓨터에 작성일자 ‘2007. 6. 1.’, 기안자 ‘사원 유mm’으로 된 아래와 같은 내용의 기안서(이하 ‘이 사건 기안서’라 한다) 파일이 저장되어 있었다.
• 나) 위 컴퓨터에는 작성일자 ‘2007. 6. 1.’, 신청인 ‘사원 유mm’으로 되어 ① 집행처 ‘박EE’, 내용 ‘호평동 ●●외 1필지 양도세 및 주민세’, 금액 ‘179,159,050원’, ② 집행처 ‘이FF’, 내용 ‘호평동 ◆외 1필지 양도세 및 주민세’, 금액 ‘399,132,360원’의 집행 승인을 구하는 자금집행승인서(이하 ‘이 사건 자금집행승인서’라 한다) 파일이 저장되어 있었다.
• 다. 구체적인 판단

1. 앞서 본 인정사실에 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 아래와 같은 사정들이 인정된다.

① 이 사건 회사는 곽jj, 김yy과 매매계약을 체결하며 위 매매에 따른 양도소득세 및 주민세를 이 사건 회사가 부담하기로 약정하였고, 그 약정에 따라 2007. 6. 4. 곽jj, 김yy에게 부과된 양도소득세 및 주민세를 대납하였으며, 위 대납금액에 관하여는 주임종단기대여금 항목에 계상하였다. 위와 같은 사실관계는 조세심판원의 결정에서도 인정된 바 있다(위 곽jj, 김yy 대납액 외에도 대납약정에 관한 자료와 납세영수증이 제출된 대납액에 관하여는 원고의 주장이 위 심판청구에서 받아들여졌다).

② 박EE 제1 신고 및 납부계산서상 박EE의 ●● 토지 지분에 관한 양도소득세가 99,710,412원으로 산정되어 있고, 이 법원의 송파세무서장에 대한 2022. 7. 19. 자 과세정보제출명령 결과에서 박EE의 위 지분 매매에 따라 2007. 6. 4. 납부된 양도소득세가 99,710,410원이라고 되어 있기는 하나, 앞서 본 사실 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 아래와 같은 사정들에 비추어 보면, 위 박EE 제1 신고 및 납부계산서, 과세정보제출명령 결과는 박EE의 ●● 토지 지분 중 이 사건 재매수 지분에 상응하여 취득한 330.58/630 지분4)의 양도에 따른 것으로 보이고, 박EE의 ●● 토지 지분 전체에 대한 양도소득세는 박EE 제1 신고 및 납부계산서상 지방소득세 항목의 과세표준으로 기재된 ‘162,871,880원’, 주민세는 지방소득세 항목의 납부할 세목으로 기재된 ‘16,287,188원’으로 보인다. ㉠ 박EE은 분할 전 ○ 토지 지분을 2차례에 걸쳐 취득하였고(최초 2002. 5. 29. 취득하였다가 일부 양도하고 남았던 이 사건 기존 지분 및 2002. 7. 18. 다시 취득한 이 사건 재매수 지분), 공유물 분할을 통하여 ●● 토지 지분과 ★ 토지 지분을 취득하게 되었는바, 위 각 지분의 양도에 따른 양도소득세를 산정하기 위해서는 위 2차례에 걸친 각각의 취득에 따른 각 취득금액을 기준으로 양도차익을 계산하여야 한다. ㉡ 박EE 제1 신고 및 납부계산서 중 양도소득금액 계산명세서상으로 취득일은 이 사건 재매수 지분 취득일인 2002. 7. 18.로, 양도면적이 그 지분에 상당한 330.580으로 되어 있고, 그 양도가액 440,016,911원은 박EE의 ●● 토지 지분 전체에 대한 거래신고가액 618,550,000원 중 이 사건 재매수 지분 비율에 해당하는 금액이며, 그에 따라 과세표준이 산출되어 있다. 이에 비추어 보면 위 신고 및 납부계산서는 ●● 토지 지분 중 이 사건 재매수 지분에 상응하여 취득한 지분인 330.58/630 지분의 양도소득세를 신고하기 위하여 작성된 것으로 보이고, 이 법원의 ○○세무서장에 대한 2022. 7. 19. 자 과세정보제출명령 결과에 납부된 양도소득세로 회신된 금액도 이 사건 재매수 지분의 양도에 따른 양도소득세인 것으로 보인다. ㉢ 이 사건 기안서 및 자금집행승인서상 박EE에 관한 지급금액으로 기재된 양도세 합계 162,871,870원(= 99,710,410원 + 63,161,460원)과 주민세 합계 16,287,180원(= 9,971,040원 + 6,316,140원)은 박EE 제1 신고 및 납부계산서에 지방소득세 과세표준으로 표시된 162,871,880원, 지방소득세 납부할 세액으로 표시된 16,287,188원과 거의 유사하다. 비록 이 사건 기안서 및 자금집행승인서에는 위 합계액이 ●● 토지 지분 및 ★ 토지 지분에 관한 양도세 및 주민세 합계액인 것처럼 표시되기는 하였으나, ★ 토지 지분 양도에 관한 박EE 제2 신고 및 납부계산서상 ★ 토지 지분에 관한 양도소득세는 87,314,684원, 지방소득세는 8,731,468원으로 산정되어 이 사건 기안서 및 자금집행승인서상 해당 금액과 전혀 다를 뿐 아니라, 박EE의 ★토지 지분 양도에 따른 양도소득세 납부일은 2007. 6. 20. 및 2007. 7. 9.로 아래에서 보는 이 사건 회사가 박EE의 ●● 토지 지분 관련 양도소득세 및 주민세, 이FF 양도소득세 및 주민세를 대납하기 위하여 이 사건 계좌에서 돈을 인출한 2007. 6. 4.과 상당한 시간 차이를 보이는바, 이 사건 기안서 및 자금집행서상 ‘●●’ 부분은 ‘이 사건 재매수 지분에 상응하여 취득한 지분’, ‘★’ 부분은 ‘이 사건 기존 지분에 상응하여 취득한 지분 중 ●● 토지에 관한 부분’의 오기인 것으로 보인다.

③ 2007. 6. 4. 이 사건 계좌에서 인출된 돈 중 이 사건 수표인출금 530,480,630원은 같은 날 이 사건 회사가 대납한 김yy의 양도소득세 및 주민세 131,348,270원과 이FF에게 부과된 양도소득세 362,847,600원, 지방소득세 36,284,760원의 합계액과 일치하고, 이 사건 현금인출금 443,331,600원은 같은 날 이 사건 회사가 대납한 곽jj의 양도소득세 및 주민세 264,172,550원과 이 사건 기안서 및 자금집행승인서상 박EE에 관한 양도세로 기재된 162,871,870원, 주민세로 기재된 16,287,180원의 합계액과 일치한다.

④ 이 사건 계좌에서 2007. 6. 4. 인출된 973,812,230원에 관하여 이 사건 원장에도 같은 날, 같은 금액이 인출된 것으로 기재되어 있는데, 그 적요란에는 “양도세, 주민세납부(곽jj외3)”이라 기재되어 있다. 또한, 이 사건 원장에는, ㉠ 2007. 6. 1. 이 사건 회사의 진흥상호저축은행 계좌에서 이 사건 계좌로 399,132,360원이 이체되며 적요란에 “이FF◆, ●● 양도소득세분”으로 기재된 것으로 되어 있는데 위 금액은 이FF에게 부과된 양도소득세 및 지방소득세 합계액과 같고, ㉡ 같은 날 위 진흥상호저축은행 계좌에서 이 사건 계좌로 155,439,090원이 송금되었고, 이 사건 계좌에 23,719,960원이 입금된 것으로 기재되었고 각 그 적요란에 “박EE ●●, ★ 양도소득세분”, 박EE 양도소득세분 입금”으로 기재되었는데, 위 합계액 179,159,050원은 이 사건 기안서 및 자금집행승인서상 박EE에 관한 양도세 및 주민세로 기재된 금액의 합계와 동일할 뿐 아니라 위 23,719,960원은 이 사건 기안서상 박EE이 2007. 6. 1. 이 사건 회사 통장으로 입금할 것이 예정되었다고 기재된 금액과 일치한다.

2. 앞서 본 사정을 앞서 본 사실 및 변론 전체의 취지에 더하여보면, 이 사건 회사는 박EE으로부터 ●● 토지 지분을, 이FF으로부터 ●● 토지 지분 및 ◆ 토지를 각 매수하면서 그에 따른 양도소득세와 주민세를 대납하기로 약정하고, 2007. 6. 4. 이 사건 계좌에서 곽jj 외 3인, 즉 곽jj, 김yy과 박EE, 이FF에게 부과된 양도소득세, 주민세(다만 박EE에 관하여는 ●● 토지 지분 관련분에 한정)를 대납할 목적으로 이 사건 수표인출금 및 현금인출금을 출금하였고, 같은 날 위 양도소득세 및 주민세를 대납하면서 재무제표상 이를 주임종단기대여금으로 계상한 것으로 보이는바, 위와 같이 이 사건 회사가 박EE, 이FF의 양도소득세 및 주민세를 대 납한 이 사건 대납금 578,291,410원(= 박EE 179,159,050원 + 이FF 399,132,360원)을 가지급금으로 보아 이 사건 회사의 대표인 원고에게 상여로 소득처분하고 이에 대한 종합소득세를 부과한 것은 위법하고, 피고가 이 사건 처분을 함에 있어 가지급금으로 본 이 사건 쟁점금액 149,543,356원이 이 사건 대납금액에 미치지 못하므로, 이 사건 처분은 전부 취소되어야 한다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.