실지조사를 거치고 장부 등을 조사종료 후 확보한 사정만으로 이에 기초한 처분을 위법하다 볼 수 없음

사 건 2021구합12430 법인세등 부과처분 무효확인 원 고 주식회사 AA 외 1명 피 고 BB세무서장 외 1명 변 론 종 결

2024. 3. 12. 판 결 선 고

2024. 4. 16.

1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다. 청 구 취 지 피고 BB세무서장이 2021. 10. 12. 원고 주식회사 AA에 대하여 한 2016 사업연도 법인세 부과처분 중 125,911,452원(가산세 포함) 부분, 피고 CC세무서장이 2022. 3. 2. 원고 남DD에 대하여 한 2016년 귀속 종합소득세 부과처분 중 549,757,700원(가산세 포함) 부분은 무효임을 확인한다.

• 가. 원고들의 지위 원고 주식회사 AA(이하 ‘원고 법인’이라 한다)는 2008. 2. 18. ○

○ 시

○○ 구

○○ 동 369-2를 본점 소재지로 하여 도기타일 등 건축자재 판매업 등을 목적으로 설립되었다가 2017. 6. 14. 폐업신고를 한 주식회사이고, 원고 남DD는 원고 법인의 대표이사이다.

• 나. 최초 법인세 및 부가가치세 부과처분 1)

○○ 지방국세청장(이하 ‘조사청’이라 한다)은 2016. 12. 5.부터 2017. 3. 17.까지 원고 법인에 대한 법인통합조사(조사대상기간: 2011. 1. 1. ~ 2016. 12. 31., 이하 ‘이 사건 조사라 한다)를 실시하였다.

2. 조사청은 이 사건 조사 결과, 원고 법인이 원고 남DD와 박EE, 최FF, 전GG, 김HH 명의의 5개 계좌(이하 ’이 사건 차명계좌‘라 한다) 및 박EE, 최FF 명의의 3개 계좌(이하 ‘이 사건 별개 계좌’라 한다), 합계 8개 계좌를 차명계좌로 사용하여 공급가액 합계 12,287,129,620원 상당의 매출대금(이하 ‘이 사건 매출누락금액’이라 한다) 및 2,040,633,891원 상당의 매입대금(이하 ‘이 사건 매입누락금액’이라 한다)을 수수하였음에도 이와 관련된 세금계산서를 발급․수취하지 않았다고 판단한 뒤, 피고에게 그 과세자료를 통보하였다.

3. 피고 BB세무서장은 이 사건 매출누락금액에 비추어 원고 법인의 수입금액 허위기장률이 평균 42%에 달하고, 이 사건 매출누락금액과 매입누락금액을 반영하여 산정한 원고 법인의 소득률이 평균 36.2%인데 기타 건축자재 도소매업의 업종별 평균 소득률인 7.8%에 비추어 지나치게 높다는 이유로, 원고 법인이 이 사건 조사 당시 제출한 장부나 그 밖의 증명서류의 중요한 부분이 미비되었거나 또는 허위인 경우에 해당한다고 판단하였다. 피고 BB세무서장은 법인세법 제66조 제3항 및 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조 제2항 제1호에 따라 원고 법인의 소득금액을 추계방법으로 산정한 뒤, 이에 근거하여 2017. 4. 6. 원고 법인에 2011 내지 2015 사업연도 법인세 2,547,087,500원(가산세 포함)을 경정․고지하였다(이하 ‘최초 법인세 부과처분’이라 한다).

4. 피고 BB세무서장은 2017. 4. 6. 원고 법인에 이 사건 매출누락금액 중 2012년 1기분부터 2016년 2기분(이하 ‘부가가치세 관련 매출누락금액’이라 한다)에 대하여 부가가치세 1,895,549,030원(가산세 포함)을 경정․고지하였다(이하 ‘최초 부가가치세 부과처분’이라 하며, 최초 법인세 부과처분과 통틀어 ‘최초 과세처분’이라 한다).

5. 원고 법인은 2017. 6. 9. 최초 과세처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였는데, 조세심판원은 2018. 10. 17. 원고 법인의 심판청구를 기각하였다.

• 다. 관련 형사사건의 경과

1. 한편, 원고 남DD는 이 사건 조사과정에서 이 사건 매출누락금액이 모두 원고 법인의 매출누락금액임을 시인하였다.

2. 조사청은 2017. 4. 14. 의정부지방검찰청 고양지청장에게 원고 남DD가 이 사건 매출누락금액 및 매입누락금액에 대하여 세금계산서를 미발급․미수취하여 부가가치세와 법인세를 포탈하였다는 취지로 고발하였다가, 2017. 12. 8. 원고 남DD가 부가가치세 관련 매출누락금액에 관하여 거짓으로 기재한 세금계산서합계표를 제출하였다는 취지의 추가고발서를 제출하였다.

3. 원고 남DD에 대한 위 고발사건을 수사한 담당검사는 2017. 12. 19. 부가가치세 관련 매출누락금액에 관한 고발사실들에 관하여, 2012년 1기분과 2012년 2기분 중 620,836,993원에 해당하는 부분(이하 통틀어 ‘①쟁점금액’이라 한다)은 각 공소시효가 지났다는 이유로 공소권 없음의 불기소처분을 하였고, 이 사건 별개 계좌에 입금된 부분(이하 ‘②쟁점금액’이라 한다)은 이 사건 별개 계좌를 원고 법인이 사용하였음을 인정할 증거가 없다는 이유로 혐의없음(증거불충분)의 불기소처분을 하였으며, ①, ②쟁점금액 부분을 제외한 나머지 부분(이하 ‘③쟁점금액’이라 한다)에 대해서는 원고 남DD가 원고 법인의 매출금액을 누락하여 거짓으로 기재된 세금계산서합계표를 제출하였다는 사실로 공소를 제기하였다(고발사실들 중 나머지 부분에 대해서는 별도로 기재하지 않는다).

4. ③쟁점금액에 대한 거짓 세금계산서합계표 제출 혐의로 기소된 원고 남DD는 형사소송 과정에서 그 혐의사실을 모두 자백하였고, 법원은 2018. 4. 12. ③쟁점금액을 원고 법인의 매출누락금액으로 인정하여 그에 관한 공소사실을 모두 유죄로 판결하였으며(의정부지방법원 고양지원 2017고단3

○○ 5호), 위 유죄판결은 2018. 4. 20. 그대로 확정되었다(이하 위 판결을 ‘관련 형사판결’이라 하고, 위 사건을 모두 통틀어 ‘관련 형사사건’이라 한다).

• 라. 관련 행정소송의 경과

1. 원고 법인은 의정부지방법원 2019구합1

○○○ 5호로 피고를 상대로 최초 과세처분의 취소를 구하는 소를 제기하였다.

2. 위 법원은 2021. 2. 9. (1) 최초 법인세 부과처분에 관하여는, 추계과세는 수입금액이나 과세표준의 근거가 되는 납세자의 장부나 증명서류 등이 없거나 그 내용이 미비 또는 허위이어서 근거과세의 방법으로 사용할 수 없는 경우에 예외적으로 인정되는 것인데, 원고가 최초 과세처분의 과세대상기간에 관하여 수기 및 전산장부(이하 ‘이 사건 각 장부’라 한다)를 작성‧관리하였고, 이 사건 조사 당시에도 이 사건 각 장부를 비치‧보관하였던 점, 소송과정에서 이 사건 각 장부가 제출되었고, 피고도 위 전산 장부에 원고 법인의 거래내역이 모두 기재되어 있다고 인정한 점, 이 사건 각 장부는 실지조사를 위한 적법한 자료가 아니라고 볼 수 없고, 이 사건 조사 과정에서 확보한 자료들과 이 사건 각 장부를 더하여 원고 법인의 실제 소득금액을 계산할 수 없다고 보기 어려운 점 등에 비추어 보면, 추계의 방법으로 이루어진 최초 법인세 부과처분은 위법하므로 모두 취소하고, (2) 최초 부가가치세 부과처분에 관하여는, 이에 대한 조사방법은 적법한 실지조사방법에 해당하나, 이 사건 별개 계좌는 원고 법인의 차명계좌로 볼 수 없어 이에 입금된 ②쟁점금액 부분이 원고 법인의 매출누락금액으로 볼 수 없으므로 최초 부가가치세 부과처분 중 ②쟁점금액에 관한 부분은 취소하되, 부가가치세 관련 매출누락금액 중 ①, ③쟁점금액 부분은 원고의 매출누락금액이라고 봄이 타당하다고 보아 그 돈에 대한 부분에 관한 청구는 기각하는 판결을 선고하였다.

3. 원고 법인과 피고 BB세무서장은 위 제1심판결에 대하여 항소하였다(서울고등법원 2021누3

○○○ 5호).

4. 피고 BB세무서장은 위 항소심 소송 계속 중인 2022. 1. 11. 소송 과정에서 주장한 각 정당세액을 반영하고, 법인세 부정과소신고 가산세 및 부가가가치세 부당과소신고 가산세 대신 일반과소신고 가산세를 부과하겠다며, 최초 과세처분 중 일부를 직권 취소하여 그만큼 감액 경정하는 취지의 처분을 원고 법인에 고지하였다(이하 위와 같은 과정을 거쳐 남은 과세처분을 각각 ‘종전 법인세 부과처분’, ‘종전 부가가치세 부과처분’이라 하고, 통틀어서는 ‘종전 과세처분’이라 한다).

5. 위 항소심 법원은 2022. 4. 5. (1) 피고 BB세무서장이 직권 감액 경정한 세액 부분에 관한 취소를 구하는 소는 법률상 이익이 없어 부적법하므로 각하하고, (2) 종전 법인세 부과처분 부분은 추계의 방법으로 소득금액을 결정할 요건을 갖추지 못하였음에도 추계에 의한 처분을 한 잘못이 있음을 이유로 취소하며, (3) 부가가치세 관련 매출누락금액 중 ①, ③쟁점금액 부분은 원고 법인의 매출누락금액이라고 봄이 타당하고, ②쟁점금액 부분은 원고 법인의 매출누락금액으로 볼 수 없음을 이유로 종전 부가가치세 부과처분 중 ②쟁점금액에 관한 부분은 취소하고, 나머지 부분에 관한 청구는 기각하는 판결을 선고하였다.

6. 피고 BB세무서장은 위 항소심판결에 대하여 상고하였으나(대법원 2022두4

○○○○ 1호), 2022. 9. 1. 위 상고가 기각되어 위 항소심판결(이하 ‘관련 행정판결’이라 한다)이 그대로 확정되었다(이하 위 행정소송을 ‘관련 행정소송’이라 한다).

• 마. 이 사건 법인세 및 종합소득세 부과처분 등

1. 한편, 원고 법인은 이 사건 조사가 끝난 직후인 2017. 3. 26. 2016 사업연도 법인세 신고를 하였으나, 당시 이 사건 차명계좌를 통한 거래내역은 신고하지 않았다.

2. 피고 BB세무서장은 원고 법인의 법인세 신고내역과 조사내용의 차이가 있음을 확인하고 2019. 7. 1. 매출누락분 1,767,637,658원을 반영하여 원고 법인에 대하여 2016 사업연도 법인세 243,532,300원(가산세 포함)을 경정‧고지하였다.

3. 피고 CC세무서장은 위 매출누락분을 원고 법인의 대표자인 원고 남DD에게 인정상여 처분을 하여 2019. 11. 20. 원고 남DD에 대하여 2016년 귀속 종합소득세 729,847,030원(가산세 포함)을 경정‧고지하였다.

4. 원고들은 2021. 5. 9. 위 각 부과처분이 무효라고 주장하며 이 사건 소를 제기하였다.

5. 그런데, 법인세의 과세표준(소득금액)은 결산서 당기순이익을 기초로 하여 “결산서 당시순이익 + 익금 –손금”으로 결정되고, 매출누락 및 매입누락액이 확인될 경우 과세관청은 ‘매출누락액에 그에 관한 부가가치세액을 더한 금액’을 익금에 산입하고, ‘위 부가가치세액과 매입누락액’을 손금에 산입하는 방법으로 과세표준을 다시 확정하여 경정 결정을 하게 되는데, 피고 BB세무서장은 매출누락액 1,767,637,658원에 이미 부가가치세가 산입된 것으로 오인하여 위 매출누락액만을 익금에 산입하고, 매입누락액 87,719,408원과 위 매출누락액에 부가가치세가 포함된 것을 가정하여 역산한 부가가치세액 160,694,332원을 손금산입하여 위 법인세 부과처분을 하였고, 위 부분이 감사에서 지적되었다.

6. 이에 피고 BB세무서장은 2021. 10. 12. 원고 법인에 위 매출누락액 1,767,637,658원과 이에 대한 부가가치세 176,763,765원을 익금산입하고, 다시 위 부가가치세액과 위 매입누락액 87,719,408원을 손금에 산입한 후 산정한 정당세액 315,695,300원과 앞서 부과한 법인세액의 차액인 72,163,000원을 증액경정‧고지하였다.

7. 피고 CC세무서장은 2022. 2. 17. 원고 남DD에게 위 매출누락액 1,767,637,658원에 부가가치세액 176,763,765원을 더한 1,944,401,423원을 원고 남DD에 인정상여처분하여 다시 산정한 정당세액 824,423,203원과 앞서 부과한 종합소득세액의 차액 92,848,737원을 증액경정‧고지하였다.

8. 2022. 4. 5. 관련 행정소송 항소심에서 관련 행정판결이 선고되었고, 이에 피고 BB세무서장은 2022. 6. 10. 원고 법인에 관련 행정판결에서 인정된 매출누락액 1,333,046,676원과 부가가치세 133,304,667원을 익금산입하고, 위 부가가치세액과 매입누락액 87,719,408원을 손금산입하여 정당세액을 125,911,452원으로 산정한 후 2021. 10. 12. 자 결정고지세액과의 차액인 189,783,848원만큼 2016 사업연도 법인세를 감액경정‧고지하였다(이하 위와 같은 과정을 거쳐 남은 과세처분을 ‘이 사건 법인세 부과처분’이라 한다).

9. 피고 CC세무서장은 2022. 7. 19. 원고 남DD에게 관련 행정판결에서 인정된 매출누락액 및 부가가치세액 합계액을 인정상여로 보아 정당세액을 621,506,103원으로 산정하고 2022. 2. 17. 자 결정고지세액과의 차액인 202,917,100원만큼 2016년 귀속 종합소득세를 감액경정‧고지하였다[이하 위와 같은 과정을 거쳐 남은 과세처분을 ‘이 사건 종합소득세 부과처분’이라 하고, 이를 이 사건 법인세 부과처분과 통틀어 ‘이 사건 과세처분’이라 한다. 위와 같은 이 사건 과세처분의 경정 등 경위는 별지1, 2 각 표의 기재와 같다(아래 2022. 7. 13. 자 수입금액 경정결정 제외)].

10. 피고 BB세무서장은 2022. 7. 13. 수입금액을 관련 행정판결에서 인정된 수입금액으로 경정하는 경정결정을 하였다(다만 그에 따른 결정고지세액은 이 사건 법인세 부과처분에서 정한 세액과 같다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6, 9, 10, 13, 16 내지 19, 25 내지 28호증, 을 제1, 2, 3, 5, 6, 8, 9호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고들 주장의 요지 아래와 같은 점들에 비추어 보면, 이 사건 과세처분에는 중대하고 명백한 하자가 있어 무효이다.

1. 피고들은 ‘실지조사에 따른 파생자료, 단순과세자료를 근거로 이 사건 과세처분을 하였으나, 아래와 같은 사정들에 비추어 보면, 피고들은 실지조사를 할 자료가 없는 상태에서 실지조사 없이 이 사건 과세처분을 하였다 할 것이므로, 이 사건 과세처분은 위법하다.

• 가) 피고 BB세무서장은 관련 행정소송에서 종전 법인세 부과처분에 관하여 실지조사를 할 수 없어 보충적으로 추계조사에 따른 처분을 하였다고 주장하였다.
• 나) 법인세는 신고납부 세목으로, 이에 대한 세무조사는 신고된 내용과 조사하여 확인된 사실의 차이를 밝혀내는 방식으로 이루어지는데, 이 사건 세무조사의 경우 2016 사업연도에 관하여는 이 사건 차명계좌를 통한 매출누락분만을 익금에 산입한 채 2016 사업연도 법인세 신고 이전에 종료되었는바, 원고 법인의 2016년 귀속분 관련 ’손금‘과 그에 따른 ’소득‘ 부분에 관하여는 조사 자체가 이루어질 수 없었다. 따라서 피고들은 이 사건 각 장부 등 실질장부를 확인하지 못한 채 2016년경 최초 각 과세처분을 한 것이고, 달리 피고들이 ’소득‘ 등을 적출한 근거가 존재하지 않는다.
• 다) 추계소득을 산정함에 있어 ’거래상대방이 확인되어 매입비용으로 인정가능한 부외원가로 확인된 금액‘은 제하여야 하고, 그에 따라 이 사건 세무조사 당시 2011년 내지 2015년 귀속분에 관한 부외원가 약 19억 5,000만 원이 인정되었으나, 이에 비하여 2016년 귀속분에 관하여는 위 부외원가 부분이 확인되지 않았다. 2) 법인세법 제66조 제2항 제1호 및 제2호에 따른 경정결정을 하기 위해서는 같은 조 제3항에 따라 “장부나 그 밖의 증명서류”를 근거로 하여야 하나, 앞서 본 바와 같이 피고들은 이 사건 각 장부 등 실질장부의 확인 없이 경정결정을 하였으므로, 이 사건 과세처분은 위법하다.

3. 회계법인이 원고들의 의뢰를 받아 ’관련 행정소송에서 피고 BB세무서장이 이 사건 각 장부를 토대로 정당하게 세액을 산출한 방법이라 인정한 것과 동일한 방법‘으로 산정한 원고 법인의 2016 사업연도 법인세는 34,880,630원에 불과하고 원고 남DD에 대한 소득세 인정상여 처분금액은 존재하지 않고, 피고들 스스로도 이 사건 과세처분 및 종전 과세처분과 관련하여 상당한 감액경정결정을 한 점 등에 비추어 보면, 이 사건 과세처분은 위법하다.

• 나. 관계 법령 별지3 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 관련 법리

1. 과세처분이 당연무효라고 하기 위하여는 그 처분에 위법사유가 있다는 것만으로는 부족하고, 그 하자가 중요한 법규에 위반한 것이고, 객관적으로 명백한 것이어야 하며, 하자가 중대하고도 명백한 것인가의 여부를 판별하는 데에는 그 과세처분의 근거가 되는 법규의 목적, 의미, 기능 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 구체적 사안 자체의 특수성에 관하여도 합리적으로 고찰할 필요가 있다. 이러한 관점에서 볼 때 과세대상이 되는 법률관계나 사실관계가 전혀 없는 사람에게 한 과세처분은 그 하자가 중대하고도 명백하나, 과세대상이 되지 아니하는 어떤 법률관계나 사실관계에 대하여 이를 과세대상이 되는 것으로 오인할 만한 객관적인 사정이 있어 그것이 과세대상이 되는지의 여부가 그 사실관계를 정확히 조사하여야 비로소 밝혀질 수 있는 경우라면, 그 하자가 중대한 경우라도 외관상 명백하다고는 할 수 없으므로, 이러한 과세요건 사실을 오인한 과세처분을 당연무효라고는 할 수 없고, 그러한 하자들이 취소사유에 불과한 이상 이들 하자가 경합된다 하더라도 달리 볼 것은 아니다(대법원 1998. 6. 26. 선고 96누12634 판결 등 참조). 한편, 행정처분의 당연무효를 주장하여 그 무효확인을 구하는 행정소송에 있어서는 원고에게 그 행정처분이 무효인 사유를 주장·입증할 책임이 있다(대법원 2000. 3. 23. 선고 99두11851 판결 등 참조).

2. 과세처분취소소송 등의 소송물은 과세관청이 결정한 세액의 객관적 존부이므로, 과세관청으로서는 소송 도중 사실심 변론종결 시까지 당해 처분에서 인정한 과세표준 또는 세액의 정당성을 뒷받침할 수 있는 새로운 자료를 제출하거나 처분의 동일성이 유지되는 범위 내에서 그 사유를 교환·변경할 수 있는 것이고, 반드시 처분 당시의 자료만에 의하여 처분의 적법 여부를 판단하여야 하거나 처분 당시의 처분사유만을 주장할 수 있는 것은 아니다(대법원 2002. 10. 11. 선고 2001두1994 판결 등 참조).

3. 행정소송의 수소법원이 다른 행정재판의 사실인정에 구속되는 것은 아니지만, 이미 확정된 관련 행정재판에서 인정한 사실은 당해 행정소송에서도 유력한 증거자료가 되므로, 당해 행정소송에서 제출된 다른 증거들에 비추어 관련 행정재판의 사실 판단을 채용하기 어렵다고 인정되는 특별한 사정이 없는 한, 이와 반대되는 사실은 인정할 수 없다(대법원 2009. 9. 24. 선고 2008다92312, 92329 판결, 대법원 2016. 6. 23. 선고 2016두292 판결 등 참조).

• 라. 구체적 판단 위 법리에 비추어 보건대, 앞서 본 사실들에 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 원고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 과세처분에 중대ㆍ명백한 하자가 있다고 볼 수 없다. 이 사건 각 처분이 당연무효라는 원고의 주장은 받아들이지 않는다.

1. 관련 행정판결에서 종전 법인세 부과처분이 위법하다고 보았으나 이는 추계조사의 요건 없이 추계로 이루어졌음을 이유로 한 것이고, 실지조사의 방법으로 이루어진 종전 부가가치세 부과처분에 관하여는 그 조사방법에 관한 위법성을 인정하지 않았다. 이에 비하여 이 사건 과세처분은 모두 원칙적인 조사방법인 ’실지조사‘를 거쳐 이루어진 것이고, 피고들의 그와 같은 조사방법의 채택은 정당해 보인다.

2. 피고들은 이 사건 세무조사 당시 확보한 자료들 및 그 이후 확보한 이 사건 각 장부, 관련 행정판결 및 관련 형사판결 등 자료를 조사하여 이 사건 과세처분을 한 것으로 보이는데, 앞서 본 법리에 비추어 보면 피고들의 2017년 최초 법인세 및 종합소득세 부과처분 당시나 2021. 10. 12. 자 및 2022. 2. 17. 자 각 경정결정 당시 피고들이 이 사건 각 장부 등을 확보하거나 조사하지 않았다 하더라도 이 사건 과세처분이 위법하다거나 법인세법 제66조 제3항 등을 위반하여 이루어진 것이라 볼 수 없고, 과세관청이 세무조사를 통하여 확보한 자료들에 대해서만 실지조사가 가능하다고 보기 어려운 이상 피고들이 이 사건 각 장부 등을 이 사건 세무조사 종료 이후 확보하였다 사정만으로 이에 대한 실지조사 및 그에 기초한 이 사건 과세처분이 위법하다고 볼 수도 없다.

3. 이 사건 과세처분은 확정된 관련 행정판결에서 인정된 이 사건 차명계좌 관련 매출누락액, 매입누락액을 기초로 이루어진 것이고, 원고들이 제출한 증거들만으로는 위 매출누락액 및 매입누락액이 채용되기 어렵다는 특별한 사정이 확인되지 않는다.

4. 원고들은 이 사건 각 장부 등을 토대로 피고 BB세무서장이 정당하다고 인정한 방법에 따라 산정한 법인세 및 종합소득세는 이 사건 과세처분에서 산정된 것보다 현저히 적거나 없다고 주장하나, 설령 산정결과에 일부 차이가 생겨난다 하더라도 그와 같은 차이는 사실관계를 정확히 조사하여야만 확인할 수 있으므로 그 하자가 외관상 명백하다고 보기 어렵고, 이는 피고들이 이 사건 과세처분을 함에 있어 최초 처분보다 감액경정을 한 사정 등이 있다 하더라도 달리 볼 것이 아니다.

그렇다면 원고들의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.