주택부분과 상가부분을 일괄하여 하나의 매매계약을 양도한 것으로 봄이 상당함

사 건 2021구단6315 양도소득세부과처분취소 원 고 이AA 피 고

○○○세무서장 변 론 종 결 2021.11.01. 판 결 선 고 2021.11.15.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2019. 12. 2. 원고에 대하여 한 2019년 귀속 양도소득세 206,440,110원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2008. 11. 5. 백BB으로부터 2008. 8. 28.자 협의분할에 의한 상속을 원인으로 ○○ ○○구 ○○동 ○○○토지 및 지상 4층 건물(이하 ‘이 사건 부동산’이라한다)을 상속받았는데, 이 사건 부동산은 4층 연면적 125.46㎡ 및 54,4826㎡의 부속토지(이하 ‘주택부분’이라 한다) 및 지하1층 ~ 지상 3층 연면적 569.87㎡의 상가 및215.5174㎡의 부속토지(이하 ‘상가부분’이라 한다)로 되어 있다.
• 나. 원고는 2019. 3. 28. ○○○ ○○○지역주택조합(이하 ‘조합’이라고 한다)에 이 사건 부동산을 32억 5,000만 원에 양도하였고(이하 ‘이 사건 양도’라 한다), 2019. 5. 20. 피고에 이 사건 부동산 중 상가부분과 주택부분의 거래가액을 다음과 같이 구분, 산정하여 2019년 귀속 양도소득세 301,415,620원을 신고·납부하였다. (단위: ㎡, 원) 구 분 면 적 양도가액 건물 부속토지 주택부분 125.46 54.4826 1,155,367,222 상가부분 569.87 215.5174 2,094,632,778 합 계 695.33 270 3,250,000,000
• 다. 피고는 2019. 12. 2. 원고에 대하여 이 사건 부동산을 하나의 거래로 양도한 것으로 판단한 후 주택부분 및 상가부분의 양도가액이 기준시가에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있어 구 소득세법(2019. 12. 31. 법률 제16834호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법’이라 한다) 제100조 제3항 가액이 불분명한 경우에 해당한다고 보아 이 사건 부동산의 가액을 기준시가로 안분계산한 후 상가부분 양도분에 대하여 2019년 귀속 양도소득세 206,440,110원을 경정, 고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 행정심판을 청구하였으나 2021.4. 16. 기각되었다. [인정근거] 갑 제1호증, 을 제1 내지 4, 10호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 원고는 주택부분과 상가부분에 대하여 별도로 가액을 산정하여 매매계약서를 작성하였고, 감정평가내역을 비교해 보아도 주택부분의 양도가액은 시장가격에서 크게 벗어나지 않고, 상가부분은 상권이 발달하지 않아 상가 가치가 형성되지 않았고, 2층,3층은 비어 있으며 1층의 상가도 휴업상태로 별 가치가 없어 비교적 싼 가격에 양도가 이루어진 것으로 이 사건 주택부분 매매와 이 사건 상가부분 매매는 별도로 행하는 개별양도임에도, 피고는 이 사건 양도를 일괄양도로 보고 구 소득세법 제100조 제3항 에 따라 기준시가에 따라 안분계산한 양도가액으로 양도차액을 계산하였는바, 피고의 이 사건 처분은 위법하다. 나 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 이 사건 양도가 일괄양도인지 개별양도인지 여부

• 가) 구 소득세법 제100조 제2항 은 양도소득세의 부과를 위하여 양도차익을 산정할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되, 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산하도록 규정하고 있다. 위 조항은 공통의 취득가액이나 양도가액을 안분계산하기 위한 일반적이고도 합리적인 방법을 규정한 것으로서 그 내용과 취지에 비추어 토지와 건물 등을 일괄하여 취득하거나 양도하였으나 그 가액의 구분이 불분명한 경우에만 적용된다. 한편 납세의무자가 경제활동을 할 때 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여 여러 가지의 법률관계 중 하나를 선택할 수 있으므로, 과세관청으로서는 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 한다(대법원 2001. 8. 21. 선고 2000두963 판결 참조).
• 나) 앞서 인정한 사실 및 을 제5 내지 9호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음 각 사실에 의하면, 이 사건 양도는 주택부분과 상가부분을 일괄하여 하나의 매매계약을 양도한 것이라고 봄이 상당하다.

① 원고는 2019. 1. 4. 조합과 사이에 이 사건 부동산 중 주택부분, 상가부분에 대한 매매계약서를 작성하였다.

② 조합은 이 사건 부동산의 상가는 2층, 3층이 비어있는지 오래 되었고, 1층의 상가 중 인쇄소도 휴업상태로 상가로서의 별다른 가치가 없다고 판단하였으며, 조합과 원고는 어차피 매입 후 재개발을 위한 철거를 할 예정이라 상가부분과 주택부분을 구분할 필요가 없어 매매대금 총액에 관하여만 합의하였고, 매매대금 지급 역시 상가부분과 주택부분의 구분 없이 일괄 지급되었다는 내용의 확인서를 작성하였다.

2. 구 소득세법 제100조 제3항 의 가액 구분이 불분명한 때에 해당하는지 여부

• 가) 구 소득세법 제100조 제3항 의 성격 구 소득세법 제100조 제3항 (이하 ‘이 사건 조항’이라 한다)은 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 위와 같이 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다고 규정하고 있는데, 자산별 가액의 임의적 구분에 의한 조세회피를 방지하기 위한 이 사건 조항의 입법 취지, 예외를 허용하는 단서를 두지 않은 이 사건 조항의 문언 내용 및 형식, 조세명확주의의 원칙 등에 비추어 볼 때, 이 사건 조항은 위 조항의 요건에 해당하는 경우 일응 가액 구분이 불분명한 경우로 추정되나 납세의무자가 그러한 가액 구분이 통상의 거래관행에 따른 합리적인 의사합치의 결과라는 입증을 하면 당사자가 구분한 가액에 의하도록 하는 추정규정이 아니라 반증이 허용되지 아니하는 간주규정으로 해석함이 타당하다. 또한 이 사건 조항에서 말하는 ‘토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때’라 함은 토지와 건물 등을 가액 구분 없이 양도한 경우만을 의미하는 것이 아니라 계약서상 토지와 건물 등의 가액이 명확하게 구분되어 있다고 하더라도 그것이 당사자 사이의 진정한 합의에 의한 것이 아니라거나 통상의 거래관행을 벗어나 합리적인 가액 구분이라고 볼 수 없는 경우도 포함하는 취지라고 해석함이 상당하다(대법원 2013. 1.24. 선고 2012두22492 판결 참조).
• 나) 이 사건의 경우 앞서 채용한 증거에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 원고가 신고한 이 사건 부동산 중 주택부분 및 상가부분의 가액은 구 소득세법 제100조 제2항, 제3항 소정의 ‘가액 구분이 불분명한 때’에 해당하는 것으로 볼 수 있으므로, 피고가 이 사건 상가부분, 주택부분의 양도가액을 위 양도 당시 기준시가에 따라 안분계산하여 양도소득세를 부과한 이 사건 처분은 적법하다.

① 이 사건 부동산 중 주택부분의 이 사건 양도 당시 기준시가는 414,000,000원이고, 이 사건 부동산 중 상가부분의 기준시가는 1,798,410,092원이다.

② 원고는 주택부분을 1,155,367,222원으로, 상가부분을 2,094,632,778원으로 구분하여 양도가액을 신고하였으나, 원고가 신고한 양도가액은 아래 표 기재와 같이 기준시가에 의하여 안분계산한 가액과는 100분의 30 이상의 차이가 난다. (단위: 원, % 원 미만 버림) 구분 신고가액 기준시가 안분가액 차액 (③=①-②) 비율차이 주택부분 1,155,367,222 414,000,000 608,160,059 547,207,163 89.97% 상가부분 2,094,632,778 1,798,410,992 2,641,839,941 -547,207,163 -20.7% 합 계 3,250,000,000 2,212,410,992

③ 상가부분의 양도가액은 상가부분의 기준시가 대비 116%에 해당하는데 비해,주택부분의 양도가액은 주택부분의 기준시가 대비 약 279%나 되는데, 상가부분이 비어있고, 상가로서의 가치가 떨어진다고 하여도 위와 같은 양도가액이 합리적인 가액구분이라고 보기 어렵고, 원고는 이 사건 주택부분의 양도가액을 높여 1세대 1주택 비과세 부분과 장기보유특별공제 한도가 높여 양도소득세액을 낮추기 위하여 이 사건 주택부분의 양도가액을 높게 책정한 것으로 보인다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판단한다. 관계 법령 ■ 구 소득세법(2019. 12. 31. 법률 제16834호로 일부 개정되기 전의 것) 제99조(기준시가의 산정)

① 제100조 및 제114조 제7항에 따른 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 따른다.

1. 제94조 제1항 제1호에 따른 토지 또는 건물

• 가. 토지부동산 가격공시에 관한 법률에 따른 개별공시지가(이하 "개별공시지가" 라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할 세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 고려하여 대통령령으로 정하는 방법에 따라 평가한 금액으로 하고, 지가(지가)가 급등하는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역의 경우에는 배율방법에 따라 평가한 가액으로 한다.
• 나. 건물(다목 및 라목에 해당하는 건물은 제외한다)의 신축가격, 구조, 용도, 위 치, 신축연도 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정ㆍ고시하는 가액 제100조(양도차익의 산정)

① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분 하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계 산한다.

③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분 의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다. ■ 구 소득세법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30395호로 일부 개정되기 전의 것)제166조(양도차익의 산정 등)

⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제64조 에 따라 안분계산 하며, 이를 적용함에 있어 상속세 및 증여세법 제62조 제1항 에 따른 선박 등 그 밖의 유형재산에 대하여 부가가치세법 시행령 제64조 제2호 단서에 해당하는장부가액이 없는 경우에는 상속세 및 증여세법 제62조제1항 에 따라 평가한 가액을 기준으로 한다