퇴직금 중간정산이 있는 경우 근속연수는 정산일부터 새로이 기산하여야 함

사 건 2020구합15517 법인세등부과처분취소 원 고 AA 주식회사 피 고 BB세무서장 변 론 종 결 2021.10.14 판 결 선 고 2021.12.02

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2017. 12. 1. 원고에 대하여 한 2015년 귀속 법인세 533, xxx,315원의 부과처분 및 2015년 귀속 1,770, xxx,106원의 각 소득금액변동통지를 취소한다.

• 가. 원고는 1996. 2. 9. 설립되어 수․배전반, 자동제어반을 제조하는 회사이다.
• 나. 원고는 2015. 12. 9. 정CC, 박DD에게 ‘급여를 연봉제로 전환함에 따라 향후 퇴직급여를 지급하지 아니한 조건’으로 퇴직금을 중간정산하면서 정CC의 재임기간을 1996. 2. 9.부터 중간정산일인 2015. 9. 30.까지, 박DD의 재임기간을 1993. 4. 1.부터 중간정산일인 2015. 9. 30.까지 계상하여 퇴직급여를 산출하고 각각 2,311, xxx,500원과 985, xxx,999원 합계 3,296, xxx,499원(이하 “2차 퇴직금”이라 한다)을 지급한 후 법인의 손금으로 계상하여 2015 사업연도 법인세를 신고하였다.
• 다. ○○지방국세청은 2017. 2.경 피고에 대한 업무 감사를 실시한 결과, 정CC은 1993. 4. 1.부터 2005. 12. 31.까지의 퇴직급여 56, xxx,000원, 박DD은 1993. 4. 1.부터 2008. 12. 31.까지의 퇴직급여 44, xxx,000원 합계 100, xxx,00원(이하 “1차 퇴직금”이라 한다)을 이미 정산하였음을 확인하고 중복 지급된 재임기간에 대한 퇴직금을 과다지급한 것으로 보아 법인세법상 손금 불산입하고 해당 금액을 상여로 처분하도록 피고에게 지시하였다.
• 라. 피고는 2017. 12. 1. 원고에게 2015 사업연도 법인세 533, xxx,315원을 경정고지하고, 정CC 1,069, xxx,939원, 박DD 701, xxx,167원에 대한 소득금액 변동통지를 하였다(이하 법인세 경정고지와 소득금액변동통지를 합하여 “이 사건 처분”이라 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1 내지 4호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함), 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부에 관한 판단

• 가. 원고의 주장 이 사건 처분은 다음과 같은 이유로 위법하므로 취소되어야 한다.

1. 원고는 회사의 직원들에 대하여 중간정산을 실시해 오고는 있으나, 대표이사 정CC이나 이사 박DD에 대하여는 중간정산이 필요하지 않았다. 다만 경리직원이 일률적으로 중간정산을 하는 과정에서 정CC, 박DD을 포함시키기는 하였으나 정CC에 대하여 2005년까지, 박DD에 대하여 2008년까지 중간 정산이 되었다는 1차 퇴직금은 실제로 지급된 사실이 없다.

2. 원고는 2011년에서야 정관변경을 통하여 임원퇴직금 규정을 마련하였고, 1차 퇴직금 지급 당시에는 그 규정이 존재하지 않았다. 따라서 설령 1차 퇴직금 상당의 금원이 정CC, 박DD에게 지급되었다고 하더라도 임원퇴직금 규정 없이 이루어진 중간정산은 손금 산입의 대상이 되는 법인세법 시행령 제44조 의 요건을 충족하지 못하므로, 그 실질은 가지급금에 해당한다.

3. 정관에 따른 주주총회 결의 없이 1차 퇴직금 상당 금원이 지급된 것이므로, 상법상 무효인 법률행위에 해당하고, 세법상으로도 동일하게 취급되어야 한다.

• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 인정사실

• 가) 정CC은 1999. 9. 29.부터 2011. 5. 6.까지 원고의 대표이사로 재직하다 현재까지 사내이사로 재직하고 있고, 박DD은 1999. 9. 29.부터 2010. 2. 11.까지 이사로, 2010. 2. 11.부터 2019. 3. 3.까지 사내이사로 각 재직하였다. 정CC은 2015. 12. 31. 기준 원고 발행 주식의 65%를 보유한 최대주주이다.
• 나) 원고의 임원퇴직금지급규정의 제정 및 변동 경위는 아래와 같다. [그림 생략]
• 다) 원고가 2005년 1차 퇴직금 중간 정산을 실시할 당시 정CC, 박DD, 유FF이 등기 임원이었고, 이들에 대하여 중간 정산을 실시한 것으로 퇴직소득지급명세서, 원천징수이행상황신고서, 재무제표 등을 작성하였다. 원고는 당시 정CC, 박DD, 유FF으로부터 소득세와 주민세를 원천징수하였다.
• 라) 원고가 2011. 12. 15. 정관변경을 통해 마련한 임원퇴직금지급규정의 주요 내용은 아래와 같다. 제2조[적용범위]

① 본 규정은 대표이사, 사내이사, 감사에 대하여 적용한다.

② 본 규정상의 임원이라 함은 등기임원에 한한다. 제3조[지급사유] 임원에 대한 퇴직금은 다음 각 호에 해당하는 사유가 발생했을 때 지급한다.

① 임기만료 퇴임 ② 사임 ③ 재임 중 사망 ④ 퇴직금 중간정산 ⑤ 기타 이에 준하는 사유로 면직할 경우 제4조[임원의 퇴직금 산정 및 지급]

① 임원의 퇴직금 산정은 [평균임금(기본금+상여금등)×지급률×재직년수]로 한다.

② 퇴직금 산출의 기준이 되는 평균임금=[퇴직일이 속한 달의 직원 3개월 급여÷3] + [퇴직직전 1년 상여금÷12]

③ 임원퇴직금의 지급률은 다음과 같다. 직위 배수 대표이사, 사내이사 평균임금의 6배수 감사 평균임금의 2배수 부칙 제3조[적용시기] 이 규정은 본 규정 시행이전의 근속기간에 대해서도 소급적용한다.

• 마) 원고는 2005년부터 2011년까지 전 직원의 퇴직금을 매년 중간 정산하여 지급하였다.
• 바) 정CC, 박DD은 2015. 10. 5. 원고와 연봉계약을 체결하고, 퇴직금 중간정산을 신청하였다.
• 사) 원고는 2015. 10. 26. 이사회를 개최하여 연봉계약으로 전환 신청한 임원에 대한 퇴직급여 중간정산을 의결하고, 정CC, 박DD 등에게 제2차 퇴직금을 지급하였다.
• 아) 원고가 신고한 퇴직금 정산내역은 아래 표와 같다. 성명 차수 중간정산기간 퇴직금(원) 중간정산일 비고 정CC 1차

1993. 4. 1.~2005. 12. 31. 56, xxx,000

2005. 12. 31. 2차

1996. 2. 9.~2015. 9. 30. 2,328, xxx,660

2015. 9. 30. 박DD 1차

1993. 4. 1.~2005. 12. 31. 24, xxx,000

2005. 12. 31.

2006. 1. 1.~2006. 12. 31. 6, xxx,000

2006. 12. 31.

2007. 1. 1.~2007. 12. 31. 6, xxx, 000

2007. 12. 31.

2008. 1. 1.~2008. 12. 31. 6, xxx,000

2008. 12. 31. 2차

1993. 4. 1.~2015. 9. 30. 985, xxx,999

2015. 9. 30. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제4 내지 6호증, 을 제1 내지 4호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 가지번호 포함), 변론 전체의 취지

2. 법인세법령의 규정 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법’이라 한다) 제26조 제1호는 인건비 중 대통령령이 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정되는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 않도록 규정하고 있다. 그 위임에 따라 구 법인세법 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26068호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법 시행령’이라고만 한다) 제44조 제1항은 법인이 임원에게 지급하는 퇴직급여는 임원이 현실적으로 퇴직하는 경우에 지급하는 것에 한하여 이를 손금에 산입한다고 규정하고, 제2항은 현실적인 퇴직은 법인이 퇴직급여를 실제로 지급한 경우로서 다음 각 호의 경우를 포함한다고 규정하며, 제4호에서 법인의 임원에 대한 급여를 연봉제로 전환함에 따라 향후 퇴직급여를 지급하지 아니하는 조건으로 그 때까지의 퇴직급여를 정산하여 지급한 때(위 제4호의 규정은 ‘일반 근로자와의 형평을 도모’한다는 이유로 2015. 2. 3. 대통령령 제26068호로 개정되면서 삭제되었다. 그리고 위와 같이 개정된 규정은 부칙 제5조에 따라 2016. 1. 1. 이후 퇴직급여를 정산하여 지급하는 경우부터 적용된다), 제5호에서 정관 또는 정관에서 위임된 퇴직급여지급규정에 따라 장기 요양 등 기획재정부령으로 정하는 사유로 그때까지의 퇴직급여를 중간정산하여 임원에게 지급한 때(중간정산시점부터 새로 근무연수를 기산하여 퇴직급여를 계산하는 경우에 한정한다)를 들고 있다. 한편 구 법인세법 시행령 제44조 제4항 은 법인이 임원에게 지급한 퇴직급여 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액을 초과하는 금액은 손금에 산입하지 아니한다고 규정하면서, 제1호에서 정관에 퇴직급여(퇴직위로금 등을 포함한다)로 지급할 금액이 정하여진 경우에는 정관에 정하여진 금액을 들고 있고, 제2호에서 제1호 외의 경우에는 그 임원이 퇴직하는 날부터 소급하여 1년 동안 해당 임원에게 지급한 총급여액의 10분의 1에 상당하는 금액에 기획재정부령으로 정하는 방법에 의하여 계산한 근속연수를 곱한 금액을 지급하되, 해당 임원이 사용인에서 임원으로 된 때에 퇴직금을 지급하지 않은 경우에는 사용인으로 근무한 기간을 근속연수에 합산하여 산정한 금액을 들고 있으며, 제5항은 제4항 제1호는 정관에서 위임된 퇴직급여지급규정이 따로 있는 경우에는 해당 규정에 의한 금액에 의한다고 규정하고 있다.

3. 판단 원고의 임원퇴직금지급규정은 임시주주총회 결의를 거쳐 제정․개정된 것으로서 위 규정에 의한 임원 퇴직급여는 구 법인세법 시행령 제44조 제2항 제4호, 제4항 제1호 및 제5항에 따라 전액 손금에 산입되는 것이 원칙이다. 그러나 앞서 본 관계 법령의 문언과 취지에 비추어 위에서 든 증거들과 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 모두 종합하여 보면, 원고는 임원퇴직금지급규정에 따라 정CC, 박DD의 퇴직금을 산정하되, 그 근속연수는 제1차 퇴직금 지급일부터 기산하여야 한다. 이와 같은 전제에서 내려진 이 사건 처분은 적법하다.

• 가) 일반적으로 조세소송에 있어서 과세요건사실에 관한 입증책임은 과세권자에게 있다 할 것이나, 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀지면 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 못되는 사정을 입증하지 않는 한 당해 세금부과처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다(대법원 1997. 10. 24. 선고 97누2429 판결, 대법원 1995. 7. 14. 선고 94누3407 판결 등 참조).
• 나) 원고는 제1차 퇴직금과 관련하여 정CC에게 실제로 지급되지 않았고, 박DD은 소액이어서 회계처리를 통하여 반환되었다는 취지로 주장을 한다. 원고가 제1차 퇴직금 지급 당시 중간 정산을 실시한 것으로 퇴직소득지급명세서, 원천징수이행상황신고서, 재무제표 등을 작성하였고, 당시 정CC, 유FF으로부터 소득세와 주민세를 원천징수하였던 사실은 앞서 본 바와 같다. 이러한 사실관계에 비추어 원고가 정CC, 유FF에게 제1차 퇴직금을 지급하였던 것으로 봄이 타당하고, 이와 다른 사정에 관하여 원고가 구체적으로 증명을 하지 않고 있다.
• 다) 이 사건 처분의 적법여부를 판단함에 있어서는 원고의 제2차 퇴직금 산정이 구 법인세법 시행령 제44조 의 요건을 충족하는지 여부를 두고 판단할 것이고, 원고가 지급한 제1차 퇴직금이 구 법인세법 시행령 제44조 의 요건을 충족하였는지 여부를 판단할 일은 아니다. 구 법인세법 제19조, 제26조, 구 법인세법 시행령 제44조 의 규정에 비추어 손금산입의 대상이 될 수 없는 퇴직급여도 얼마든지 존재할 수 있기 때문이다.
• 라) 정관 등에서 이사의 퇴직금에 관하여 주주총회의 결의로 정한다고 규정하면서 퇴직금의 액수에 관하여만 정하고 있다면, 퇴직금 중간정산에 관한 주주총회의 결의가 있었음을 인정할 증거가 없는 한 이사는 퇴직금 중간정산금 청구권을 행사할 수 없기는 하다(대법원 2019. 7. 4. 선고 2017다17436 판결 등 참조). 그러나 위 법리는 이사가 회사를 상대로 상법상 보수(퇴직금)청구권을 인정할 수 있는지 여부에 관한 것이어서, 이미 원고가 정CC, 유FF에게 제1차 퇴직금을 지급하였고, 이에 관하여 어떠한 임직원도 퇴직금 정산이 잘못되었다는 이의를 제기하지 않았으며, 제1차 퇴직금에 관하여 손금산입까지 이루어진 이 사건(이러한 재무제표에 관하여 주주총회에서 승인도 이루어졌을 것으로 보인다)에 그대로 적용할 수는 없을 것으로 보인다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.