토지와 그 토지에 정착된 건물을 함께 공급하는 경우, 재산적 가치가 있는 건물의 매매대금을 0원으로 하는 것은 당사자들 사이의 진정한 합의에 의한 것이 아니거나 통상적인 거래관행에 반하는 것임

사 건 2020구합14781 부가가치세등부과처분취소 원 고 김AA, 이BB, 고CC 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2021. 10. 12. 판 결 선 고

2021. 12. 7.

1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2019. xx. xx. 원고들에 대하여 한 2017년 제2기분 부가가치세 xx,xxx,xxx원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고들은 2013. xx. xx. ◌◌시 ◌◌구 ◌◌동 ◌◌번지 임야 xxx ㎡ 및 같은 동 ◌◌번지 대 x,xxx ㎡(이하 ‘이 사건 각 토지’라고 한다), 같은 동 ◌◌번지 지상의 건물 5동(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 각 1/3 지분씩 매수하고 2014. xx. xx.. 그 각 지분 이전등기를 마쳤다. 원고들은 2013. xx. xx.부터 이 사건 건물에서 상호를 ‘◌◌◌◌’로 하여 ‘부동산임대업’으로 사업자등록을 하였다.
• 나. 원고들은 2017. xx. xx. ㈜◌◌◌◌모터스(이하 ‘◌◌◌◌모터스’라고만 한다)와 사이에 이 사건 각 토지 및 건물에 대하여 매매대금을 ‘ xx 억 원(토지 xx 억 원, 건물 0원)’으로 기재하여 매매계약서를 작성하였고, 2017. xx. xx. ◌◌◌◌모터스에게 이 사건 각 토지 및 건물에 대한 소유권을 이전해주었다.
• 다. 피고는, 원고들이 이 사건 각 토지 및 건물을 매도한 것과 관련하여 구 부가가치세법(2017. 12. 19. 법률 제15223호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제29조 제9항 단서에서 정한 ‘실지거래가액 중 토지와 건물의 가액 구분이 불분명한 경우’에 해당한다고 보아 총 매매대금 xx 억 원을 매매계약일인 2017. xx. xx. 기준 위 각 토지 및 건물의 기준시가로 안분계산하여 xxx, xxx, xxx 원을 이 사건 건물의 공급가액(과세표준)으로 산정하고, 2019. xx. xx. 원고들에게 2017년 제2기분 부가가치세 xx, xxx, xxx 원[가산세 xx, xxx, xxx 원(= 일반무신고가산세 x, xxx, xxx 원 + 납부불성실가산세 x, xxx, xxx 원 + 세금계산서미발급 등 가산세 x, xxx, xxx
• 원) 포함]을 결정․고지하였다.
• 라. 이후 피고는 2019. xx. xx. 이 사건 각 토지 및 건물의 안분계산에 오류가 있음을 확인하고는 이 사건 건물의 과세표준을 xxx, xxx, xxx 원으로 수정하여 부가가치세(가산세 포함) x, xxx, xxx 원을 감액․경정하였다(이하 감액된 잔존세액 xx, xxx, xxx 원 상당의 부과처분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 마. 원고들은 2019. xx. xx. 피고에게 이 사건 처분에 대한 이의신청을 하였으나, 2019. xx. xx. 기각되었다. 또한 원고들은 2019. xx. xx. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2020. xx. xx. 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 7, 8호증, 을 제1, 2, 3호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

이 사건 처분은 다음과 같은 이유로 위법하므로 취소되어야 한다.

• 가. 주위적 주장으로서, 원고들과 ◌◌◌◌모터스는 이 사건 각 토지 및 건물을 xx 억원에 일괄매매하면서 이 사건 건물의 매매가격을 0원으로 합의하였던바, 이 사건 건물에 관하여 당사자들 사이에 진정한 의사가 합치된 실지거래가액은 0원이므로, 구 부가가치세법 제29조 제9항 단서에서 말하는 ‘실질거래가액 중 토지와 건물의 가액 구분이 불분명할 경우’에 해당하지 않는다.
• 나. 예비적 주장으로서, 원고들은 2017. xx. xx. 이 사건 건물의 임차인 ㈜◌◌◌◌와 사이의 임대차계약기간이 종료되고 이를 명도받은 후에는 계속 공실로 두었는바, 2017. xx. xx.경에는 부동산임대업을 실질적으로 폐업하였다. 이에 따라 이 사건 건물은 구 부가가치세법 제10조 제6항 에서 정하는 ‘폐업시 잔존재화’에 해당하고, 그 정당한 공급가액은 구 부가가치세법 제29조 제11항, 구 부가가치세법 시행령(2017. 12. 19. 대통령령 제28475호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제66조 제2항 제1호에 따른 금액인 xxx, xxx, xxx 원[= 이 사건 건물의 취득가액 xxx, xxx, xxx 원 × (1 - 감가상각율 5% × 경과된 과세기간의 수인 8)]에 불과하다. 따라서 이 사건 처분 중 이 사건 건물의 위 공급가액에 따라 계산한 세액 xx, xxx, xxx 원을 초과하는 부가가치세 및 가산세 부분은 위법하다.

별지 관계 법령 기재와 같다.

• 가. 구 부가가치세법 제29조 제9항 단서의 적용 여부(주위적 주장에 대한 판단)

1. 구 부가가치세법 제29조 제9항 은 ‘사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.’고 규정하고, 구 부가가치세법 시행령 제64조 는 ‘법 제29조 제9항 단서에 따라 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물 등"이라 한다)의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액을 공급가액으로 한다.’고 규정하면서, 제1호 본문에서 ‘토지와 건물 등에 대한 소득세법 제99조 에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우 에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분 계산한 금액’이라고 정한다. 한편, 매도인이 매수인에게 토지와 그 지상 건물을 함께 매도하는 경우, 매수인이 잔금을 지급한 후 토지와 건물을 인도받았다면 그 때 토지뿐만 아니라 건물 역시 매수인에게 공급된 것인바, 만일 매수인이 장차 지상 건물을 철거할 것이라는 사정만으로 매매당사자들이 매매계약서에 건물의 가액을 통상의 거래관행보다 현저히 낮은 금액(예컨대, 0원)으로 기재한 경우, 이를 그대로 받아들여 건물분 부가가치세를 과세할 수 없다고 한다면, 매매당사자 간의 합의로 철거예정건물의 가액을 토지의 가액에 포함시켜 매매계약서를 작성하는 등으로 국가의 부가가치세 징수권을 무력화시키는 부당한 결과를 피할 수 없게 된다. 따라서 국세기본법 제14조 제2항 의 실질과세원칙에 비추어, 구 부가가치세법 제29조 제9항 의 ‘실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우’라 함은, 토지와 건물을 가액 구분 없이 양도한 경우만을 의미하는 것이 아니라 계약서상 토지의 가액과 건물의 가액이 명확하게 구분되어 있다고 하더라도 그것이 당사자 사이의 진정한 합의에 의한 것이 아님이 명백하거나 통상의 거래관행을 현저히 벗어나 합리적인 가액 구분이라고 볼 수 없는 경우도 포함하는 취지라고 봄이 타당하다.

2. 이 사건의 경우, 앞서 본 증거들과 갑 제4, 6, 9, 10호증, 을 제4, 6, 7, 9 내지 12호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사실 및 사정들을 고려하면, 이 사건 건물의 매매대금 0원은 당사자들 사이의 진정한 합의에 의한 것이 아니라거나, 통상적인 거래관행에 반하는 비합리적인 것이어서, 이를 실지거래 가액으로 인정하기 어렵다. 따라서 이 사건 각 토지 및 건물의 매매는 구 부가가치세법 제29조 제9항 단서에서 정하는 ‘실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우’에 해당한다고 봄이 타당하다.

• 가) 이 사건 각 토지 및 건물에 대한 2017. xx. xx.자 매매계약서상 제2조(매매대금) 제1항에는 “매매대금은 금 x, xxx, xxx, xxx 원(토지 xx 억, 건물 0원)으로 한다.”고 기재되어 있었으나, 2017. xx. xx. 당사자들 사이에 다시 작성된 매매계약서상에는 이 중 “(토지 xx 억, 건물 0원)” 부분이 삭제되었다. 이에 대하여 원고들은, ◌◌◌◌모터스가 잔금지급 당시 원고들에게 해당 부분의 삭제를 요청하면서 그 법률효과가 동일하다고 하여 단순히 이에 응하였다는 취지로 주장하나, 처분문서로서 수정된 2017. xx. xx.자 매매계약서에는 이 사건 각 토지와 건물의 가액이 구분되어 있지 않은 이상, 당사자들 사이에 이 사건 건물의 가액을 0원으로 한다는 명확한 의사의 합치가 계속 유지되었다고 단정하기는 어렵다.
• 나) 원고들은 2017. xx. xx. 이 사건 각 토지 및 건물의 양도와 관련하여 구 소득세법(2017. 12. 19. 법률 제15225호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제100조 제2항, 제3항에 따라 다음과 같이 토지와 건물의 기준시가별로 안분계산한 취득가액 및 양도가액을 산정하여 2017년 귀속 양도소득세를 신고한 바 있다. (단위:원) 양도가액 취득가액 토지 건물 합계 토지 건물 합계 김AA xxx, xxx, xxx xxx, xxx, xxx xxx, xxx, xxx xxx, xxx, xxx xxx, xxx, xxx xxx, xxx, xxx 이BB xxx, xxx, xxx xxx, xxx, xxx xxx, xxx, xxx xxx, xxx, xxx xxx, xxx, xxx xxx, xxx, xxx 고CC xxx, xxx, xxx xxx, xxx, xxx xxx, xxx, xxx xxx, xxx, xxx xxx, xxx, xxx xxx, xxx, xxx 합계 x, xxx, xxx, xxx xxx, xxx, xxx x, xxx, xxx, xxx x, xxx, xxx, xxx xxx, xxx, xxx x, xxx, xxx, xxx
• 다) 이 사건 건물은 2010. xx. xx. 신축되거나 2012. xx. xx. 증축된 것이다. 그리고 원고들은 2014. xx.경 이 사건 건물을 취득하면서 위 건물의 취득가액(공급가액)을 xxx, xxx, xxx 원으로 하여 세금계산서를 발행받고 부가가치세 xx, xxx, xxx 원 상당을 환급 받았다. 또한 원고들이 신고한 부동산임대공급가액명세상으로도, 이 사건 건물에 대한 임대수입은 2014년 제1기부터 2017년 제1기까지 각 기간별로 x, xxx 여만 원에서 x, xxx 여만 원 사이에 이르렀다. 이에 의하면, 원고들이 ◌◌◌◌모터스에게 이 사건 건물을 매도한 2017. xx.경 당시 이 사건 건물의 재산적 가치가 없다고 볼 수는 없다.
• 라) 이 사건 각 토지에 관하여 원고들의 취득 당시 기준시가(x, xxx, xxx, xxx 원)대비 양도 당시 기준시가(x, xxx, xxx, xxx 원)는 약 3.8% 정도 상승한데 반해, 이 사건 각 토지의 취득 당시 공급가액(x, xxx, xxx, xxx 원)과 양도 당시 공급가액(x, xxx, xxx, xxx 원)을 비교하면 그 상승률이 약 61.4%에 이른다. 물론 실지 거래에서 당사자 사이의 협상 등 을 통해 정해진 매매대금은 구 소득세법 제99조 제1항 제1호 나목에 따라 용도별 건물의 신축가격기준액, 구조지수, 용도지수, 위치지수 등을 고려하여 국세청장이 산정․고시한 기준시가와 다를 수 있으나, 같은 기간 동안 이 사건 각 토지의 기준시가 상승률과 비교하여 공급가액이 그와 같이 과도하게 상승한 경위를 뒷받침할 아무런 자료가 없다. 한편, 이 사건 건물의 경우, 원고들의 취득 당시 기준시가(xxx, xxx, xxx 원)와 양도당시 기준시가(xxx, xxx, xxx 원)를 비교하면 약 13.2% 상승한데 반해, 오히려 공급가액은 취득 당시 xxx, xxx, xxx 원에서 0원으로 하락하였다는 것인바, 원고들이 주장하는 사정을 감안하더라도 이는 합리적인 범위 내라고 보이지 않는다.
• 마) 원고들은, 2016년경부터 이 사건 각 토지상에 다세대주택 등을 신축․분양하기 위하여 이 사건 건물의 멸실을 전제로 건축허가 등 개발행위를 추진해왔고, ◌◌◌◌모터스 역시 이 사건 각 토지를 주차장으로 사용하기 위하여 이를 매수한 것이므로, 2017. xx. xx. 매매 당시 이 사건 건물은 이미 철거가 예정되어 있어서 당사자들 사이에 그 가액 등은 고려대상이 아니었다고 주장한다. 그러나 앞서 본 바와 같이 위 매매 당시 이 사건 건물의 재산적 가치가 인정되고, 원고들은 2017. xx. 이후에도 이 사건 건물의 임차인 모집을 위하여 현수막 등을 통한 홍보활동을 해오고 있었으며, 원고들과 ◌◌◌◌모터스 사이의 매매계약서에 이 사건 건물의 철거에 관한 합의내용이 기재된 바도 없다. 이후 ◌◌◌◌모터스는 2018. xx.경 이 사건 건물을 실제 철거한 것으로 보이기는 하나, 이는 이 사건 건물 공급 이후의 사정에 불과하고, 이러한 사정을 이 사건 건물의 공급과 관련된 부가가치세 산정에 고려할 것은 아니다.

3. 따라서 원고들의 주위적 주장은 이유 없다.

• 나. 폐업시 잔존재화 해당 여부(예비적 주장에 대한 판단)

1. 구 부가가치세법 제9조 제1항 에 의하면 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것이나, 같은 법 제10조 제6항에서 ‘사업자가 폐업할 때 자기생산․취득재화 중 남아 있는 재화는 자기에게 공급하는 것으로 본다.’고 정하여 과세의 공평을 위한 공급간주 규정을 두고 있다. 사업자가 사업의 폐지를 위하여 사업용 자산을 양도한 것이라도 사업자가 계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 재화를 공급한 경우에 해당하는 이상 잔존재화 공급간주 규정이 적용될 여지가 없다(대법원 2008. 7. 24. 선고 2006두2459 판결 참조). 한편, 구 부가가치세법 제5조 의 위임에 따른 구 부가가치세법 시행령 제7조 제1항 에 의하면, ‘사업장별로 그 사업을 실질적으로 폐업하는 날’을 폐업일로 보고, 다만 폐업한 날이 분명하지 아니한 경우에는 폐업신고서의 접수일‘을 폐업일로 본다.

2. 이 사건의 경우, 갑 제12호증, 을 제14, 15호증의 각 기재에 의하면, 원고들은 2017. xx. xx. ‘이 사건 각 토지 및 건물이 2017. xx. xx. ◌◌◌◌모터스로 등기 이전되어 기존의 동업관계를 해지하고 공동사업자(◌◌◌◌)을 폐업하기로 한다’는 내용의 동업해지계약서를 작성하고, 2017. xx. xx. 피고에게 ‘◌◌◌◌’의 폐업신고를 한 사실이 인정되고, 원고들이 2017. xx. xx. ◌◌◌◌모터스에게 이 사건 각 토지 및 건물의 소유권 이전등기를 마쳐준 사실은 앞서 본 바와 같다. 이에 의하면, 원고들은 2017. xx. xx. 폐업하기 전인 2017. xx. xx. 계약상의 원인에 따라 재화(이 사건 건물)를 공급한 것이므로, 이 사건 건물은 구 부가가치세법 제10조 제6항 의 ‘폐업시 잔존재화’에 해당하지 않는다(원고들은 2017. xx. xx. 이후에도 이 사건 건물의 임대 등을 위하여 현수막을 걸고 홍보하기도 하였는바, 이에 의하면 원고들이 그 주장과 같이 2017. xx. xx. 부동산임대업을 폐업하였다고 인정할 수는 없다).

3. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고들의 예비적 주장 역시 이유 없다.

그렇다면, 원고들의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.