부동산개발업자가 자산관리회사에게 지급한 성과보수에 대한 매입세액은 전액 공제대상임

사 건 의정부지방법원2020구합12075 부가가치세환급거부처분취소 원 고 주식회사 AA 피 고

○○세무서장 변 론 종 결 2021.09.28. 판 결 선 고 2021.11.16.

1. 피고가 2019. 4. 24. 원고에 대하여 한 2018년 2기분 부가가치세 3,283,232,396원 의 환급거부처분 및 그 초과환급신고가산세 328,323,239원의 부과처분을 모두 취소한 다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다 1)

• 가. 원고는 부동산 개발 및 공급업 등을 영위하는 법인이다.
• 나. CC 주식회사는 2016. 5. 9. 서울

○○ 구

○○동

○○번지 소재

○○ 호텔의 토지 및 건물(이하, ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 매도인 주식회사 DD 신탁 및 EE 신탁주 식회사로부터 매입하는 매매계약을 체결하였는데 2016. 6.경 원고가 CC 주식회사의 이 사건 부동산에 대한 매수인 지위 일체를 승계하여(갑 제7호증) 2016. 10. 6. 매입 을 마친 후 이를 재건축하는 사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)을 진행하였다.

• 다. 원고는 2016. 6.경 주식회사 BB(이하 ‘BB’라 한다)와 이 사건 사업을 위한 자산 관리 위탁계약(이하, ‘이 사건 자산관리위탁계약’이라 한다, 갑 제1호증)을 체결하였다. 이 사건 자산관리위탁계약의 주요내용은 다음과 같다. 제1조(계약의 목적) 갑(원고)은 이 사건 부동산에서 행하는 이 사건 사업을 시행하고자 하는바, 본 계약의 목적 은 갑이 을(BB)에게 위탁자산의 관리․운용․처분업무 및 그 부수업무와 갑의 일반 사무(이하 통칭하여 위탁업무라 한다)의 처리를 위탁함에 있어 필요한 제반사항을 규정하는 데에 있 다. 단 갑의 정관 및 상법 등에서 갑이 주주총회 또는 이사회의 의결을 받아야 하는 사항, 대표이사의 대표권에 속하는 사항, 감사의 권한에 속하는 사항 및 자금관리회사에게 위탁 되는 갑의 자금에 대한 관리업무 및 이와 관련된 업무는 위탁업무의 범위에서 제외된다. 제8조(자산관리․운용․처분업무의 내용) 을이 갑의 위탁에 따라 담당할 위탁자산의 관리․운용․처분업무의 내용은 다음과 같다.

1. 위탁자로부터 위탁받은 자산을 관리․운용․처분함에 필요한 제반업무

2. 위탁자의 사업시행에 필요한 제반 인허가 및 대관업무

3. 위탁자의 사업시행에 관한 시공사의 선정 및 공사도급계약의 체결, 변경에 관한 제반업 무

4. 위탁자의 부동산 분양, 임대 등 처분에 관한 제반 업무

5. 위탁자의 사업에 관련된 계약의 이행에 필요한 제반 업무

6. 기타 위 각 호에 관련된 부대업무 제15조(수수료 및 비용 부담)

(1) 갑은 을에게 위탁업무 처리에 대한 수수료(이하 관리보수라고 한다)로서 금 삼억원(부 가가치세 별도)을 매월 첫 번째 영업일에 지급하기로 한다. 다만 본 계약이 체결된 날이 속 한 달의 관리보수는 본 계약체결일(당일포함)부터 해당 월의 마지막 날까지의 기간에 대하 여 일할계산된 금액을 본 계약 체결일에 즉시 지급하기로 한다.

(2) 관리보수는 다음 각 호의 비용으로 우선적으로 사용하기로 한다.

(3) 갑은 을에게 본조 제1항의 관리보수 이외에 성과보수로서, 갑이 본건 사업으로 개발하 는 건축물(토지포함)의 처분가격이 조성원가를 상회하는 경우 조성원가를 제한 금액의 30%(부가가치세 별도)에 해당하는 금원을 본항 1, 2, 3목 지급 이후 보통주 배당시 또는 청산등기일 중 빠른 날에 지급한다(이하 생략).

• 라. 원고는 이 사건 사업을 진행하던 중 2018. 10. 8. FF사모부동산투자회사(이하 ‘FF ’라 한다)에 이 사건 부동산을 총 1,156,265,505,854원에 매각하였는데 그에 따라 건 물(건설 중인 자산)의 공급가액을 231,253,101,171원, 부가가치세액을 23,125,310,11 7원으로 한 세금계산서를 발급하고, 토지는 부가가치세 면세대상이므로 부가가치세법 상의 세금계산서 대신에 토지의 공급가액을 925,012,404,683원으로 한 법인세법상의 계산서를 발급하였다.
• 마. 원고는 이 사건 부동산의 매각에 따라 이 사건 자산관리위탁계약 제15조 (3)항에 서 정한 성과보수 40,755,119,117원(부가가치세 4,075,511,911원 별도, 이하 ‘이 사건 성과보수’라 한다)을 BB에 지급하고, BB로부터 매입세금계산서를 수취하였다.
• 바. 원고는 2018년 2기분 부가가치세 예정신고를 하면서 이 사건 성과보수에 대한 20 18년 2기분 매입세액 4,075,511,911원이 공제․환급되어야 한다는 취지로 신고하였다. 그러나 피고는 이 사건 성과보수가 이 사건 부동산에 대한 매입세액이라는 판단을 전 제로, 이 사건 성과보수 중 토지에 대한 부분의 매입세액의 경우 구 부가가치세법(201

9. 12. 31. 법률 제16845호로 일부개정되기 전의 것, 이하 ‘구 부가가치세법’이라 한

• 다) 제39조 제1항 제7호(이하 ‘이 사건 조항’이라 한다) 전단에 따라 공제하지 아니하 는 ‘면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함 한다)’ 또는 이 사건 조항 후단에 따라 공제하지 아니하는 ‘대통령령으로 정하는 토지 에 관련된 매입세액’에 해당한다고 보았다. 그에 따라 피고는 2019. 4. 24. 이 사건성 과보수에 대한 2018년 제2기 부가가치세 환급신고세액 4,075,511,911원 중 구 부가가 치세법 제40조에 따라 토지(면세) 매출에 안분한 금액인 3,283,232,396원에 대한 환급 을 거부하고, 그 초과환급신고에 따른 가산세 328,323,239원 또한 환급할 금액에서 뺀다는 취지의 통지를 함으로써, 위 세금계산서 매입세액 상당액의 환급거부처분과 위 가산세액 상당의 가산세 부과처분(이하 위 각 처분을 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다. 이 사건 처분은 위 각 환급거부처분과 위 각 가산세 부과처분이 혼합된 것이다 2) 을 하였다.
• 사. 원고는 2019. 6. 11. 이 사건 처분에 대하여 이의신청을 하였으나, 피고는 2019.

8. 6. 이를 기각하였다(을 제5호증). 원고는 2019. 9. 23. 조세심판원에 이 사건 처분 의 취소를 구하는 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2020. 2. 3. 위 심판청구를 기 각하였다(갑 제3호증). 【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 제7호증, 을 제1 내지 3(가지번호 있는 것은 가지번호 모두 포함, 이하 같음), 제5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 이 사건 성과보수에 대한 매입세액은 원고의 ‘재고자산’인 이 사건 부동산의 ‘처분’에 대한 것이므로, 재고자산이 아닌 고정자산인 토지에 대하여 적용되는 이 사건 조항 후 단의 ‘대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액’에 해당하지 않는다. 한편 이 사건 조항 전단의 ‘면세사업등에 관련된 매입세액’의 경우 면세 대상인 토지에 대한 적용에 있어 토지의 취득원가를 구성하는 매입세액이 아니라면 이를 토지와 관련하여 지출한 것이라 쉽게 단정해서는 아니되는바, 이 사건 성과보수에 대한 매입세액은 토 지 등의 취득과 관련된 것이 아니라 처분과 관련된 것이므로, 이 사건 조항 전단의 면세사업등 에 관련된 매입세액에 해당한다고 볼 수 없다. 그렇다면 이 사건 성과보수에 대한 매 입세액은 공제하지 아니하는 매입세액을 규정한 이 사건 조항의 요건에 해당하지 아니 함에도 피고는 이와 달리 판단하여 이 사건 조항을 적용하여 이 사건 처분을 내렸는바, 이 사건 처분에는 법리를 잘못 적용한 위법이 있으므로 취소되어야 한다.
• 나. 관계법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 이 사건 성과보수에 대한 매입세액이 이 사건 조항 후단에 해당하는지 여부 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실과 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 부동산은 재고자산으로서 이 사건 조항 후단 및 부 가가치세법 시행령 제80조 각호가 정한 ‘대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액’이 아니다. 따라서 피고가 이 사건 조항 후단을 근거로 하여 이 사건 처분을 한 점은 위 법하고, 이를 지적한 원고의 주장은 이유 있다.

• 가) 이 사건 조항 후단은 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액을 매출세액에서 공 제하지 아니하는 매입세액으로 규정하고 있고, 그 위임에 따른 부가가치세법 시행령 제80조 는 ‘이 사건 조항에서 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당 하는 경우를 말한다.’고 규정하면서, 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조 성 등에 관련된 매입세액(제1호), 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하 고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액 (제2호), 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관 련된 매입세액(제3호)을 각각 들고 있다. 한편 구 부가가치세법 제26조 제1항 제14호 는 ‘토지’를 면세재화의 하나로 정하고 있다.
• 나) 이러한 관계법령의 내용에 따르면 이 사건 조항 후단의 위임에 따라 부가가치세법 시행령 제80조 각호가 규정하고 있는 ‘토지의 조성 등을 위한 자본적 지출’이란, 기업 이 경영활동을 위하여 장기간에 걸쳐서 계속적으로 반복사용할 목적으로 소유하는 자 산인 고정자산인 토지에 대하여, 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 지출, 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용 하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 지출, 토지의 가치를 현 실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 지출을 의미하고, 면세 재화인 토지를 공급하는 면세사업자가 재고자산인 토지를 취득하면서 지출한 취득가액 액이나 그 취득부대비용에 대한 매입세액은 이 사건 조항 후단이 아닌 이 사건 조항 전단의 면세사업등에 관련된 매입세액이라고 보아야 한다(대법원 2015. 11. 12. 선고 2012두28056 판결 참조).
• 다) 원고는 부동산을 개발하여 분양․공급하는 부동산개발업자이고, 이 사건 부동산이 원고의 부동산개발업을 위한 재고자산에 해당하는 점에 대해서는 당사자들 사이에 다 툼이 없는바, 원고의 재고자산인 이 사건 부동산 중 면세재화인 토지와 관련된 매입세 액에 적용될 수 있는 조항은 이 사건 조항 전단이다.

2. 이 사건 성과보수에 대한 매입세액이 이 사건 조항 전단에 해당하는지 여부 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실과 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 성과보수는 이 사건 토지의 취득원가를 구성하는 것 이 아닌 이 사건 토지의 처분을 위한 지출로서 이 사건 조항 전단이 말하는 면세사업 등에 관련된 매입세액에 해당하지 않는다고 판단된다. 따라서 이 사건 조항 전단을 근 거로 하여 내려진 이 사건 처분은 위법하고, 이를 지적하는 원고의 주장은 이유 있다.

• 가) 과세대상인 주택과 면세대상인 토지를 함께 공급하는 사업을 하는 경우에, 주택과 관련하여 지출한 비용에 대한 매입세액은 과세사업에 관련된 매입세액으로서 매출세액 에서 공제될 수 있는 반면, 재고자산인 토지와 관련하여 지출한 비용에 대한 매입세액 은 면세사업에 관련된 매입세액으로서 이 사건 조항 전단에 따라 매출세액에서 공제될 수 없다. 매출세액에서 공제되지 아니하는 토지에 관한 매입세액은 토지의 취득원가를 구성하여 해당 토지를 양도할 때에 그 취득원가에 산입하는 방법으로 회수되고, 매출 세액에서 공제되는 매입세액의 경우에는 매입세액 공제의 방법으로 회수된다. 따라서 주택재개발정비사업을 시행하는 사업자가 재고자산인 토지와 그 지상의 종전 건축물을 취득하여 종전 건축물을 철거한 후 주택 등의 건축물을 신축하기 위하여 지출한 비용 이 토지의 취득원가를 구성하는 것이 아니라면, 이를 토지와 관련하여 지출한 매입세 액에 해당한다고 쉽게 단정할 것은 아니다(대법원 2016. 2. 18. 선고 2012두22447 판 결 참조).
• 나) 이 사건 성과보수는 이 사건 자산관리위탁계약 제15조 (3)항에서 정한 성과보수로 서, 이 사건 사업에 따른 이 사건 부동산의 처분가격이 조성원가를 상회하는 경우 조 성원가를 제한 금액의 30%(부가가치세 별도)에 해당하는 금원인 점은 앞서 인정한 사 실과 같다. 원고가 수행한 이 사건 사업이 이 사건 부동산을 개발하여 분양․공급하는 사업인 점, 원고가 BB에게 이 사건 부동산을 위탁하여 BB가 이 사건 부동산을 관리, 운용, 처분 함에 필요한 제반업무 등을 하는 대가로 매월 3억 원의 관리보수를 따로 지급하였고 [이 사건 자산관리위탁계약 제15조 (1)항] 이 사건 성과보수는 그와 별개로 BB가 이 사건 부동산을 조성원가를 상회하는 가격으로 처분한데 대한 대가로 지급한 것인 점을 종합하여 보면, 이 사건 성과보수는 이 사건 부동산 중 면세재화인 토지의 취득원가를 구성하는 것이라 볼 수 없고, 달리 토지와 관련하여 지출한 면세사업 비용이라고도 볼 여지 또한 없다.

원고의 청구는 이유 있으므로 이를 모두 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 1) 원고는 부가가치세 환급거부처분과 초과환급신고 가산세를 구분하지 않고 단순히 ‘부가가치세 3,611,555,635원의 환급거부처분(가산세 포함)’의 취소를 청구하나, 이를 주문 제1항과 같이 선해한다. 2) 대법원 2001. 10. 26. 선고 2000두7520 판결 참조