법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지의 판단

사 건 2020-구합-11362 양도소득세부과처분취소 원 고 AAA 피 고 ooo세무서장 변 론 종 결

2020. 10. 22. 판 결 선 고

2020. 11. 12.

1. 피고가 2019. 5. 1. 원고에 대하여 한 2016년 귀속 양도소득세 917,767,650원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 원고는 2000. 10. 13.부터 XX동 전 3,343㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 소유하던 중 2016. 3. 14. 주식회사 BBB에 이 사건 토지를 매도하고 2016. 4. 29. 그 소유권이전등기를 마쳐주었다.
• 나. 원고는 2016. 6. 30. 이 사건 토지의 양도에 따른 양도소득세로 789,515,060원을 예정신고하고 납부하였다.
• 다. 피고는 2019. 2. 28.부터 2019. 3. 19.까지 이 사건 토지에 대한 양도소득세 조사결과 이 사건 토지가 구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조의3 제1항 제1호의 농지로서 ‘비사업용 토지’에 해당하는 것으로 보아 장기보유특별공제를 배제하고 구 소득세법 제104조 제1항 8호 의 중과세율을 적용하여 원고에게 2016년 귀속 양도소득세 917,767,650원을 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2019. 5. 9. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2019. 12. 24. 이를 기각하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 을 제1 내지 3, 9호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고 주장의 요지 이 사건 토지는 아래와 같은 이유로 비사업용 토지에 해당하지 않으므로, 이 사건 토지를 비사업용 토지로 보아 이루어진 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

1. 이 사건 토지는 2009년경 그 지상에 식재된 배나무 등이 도시개발사업으로 철거된 이후부터 실제로 경작에 사용되지 아니하여 구 소득세법상의 ‘농지’에 해당하지 않고 2011년부터는 지방세법상 재산세 분리과세대상이 되는 토지였으므로 구 소득세법 제104조의3 제1항 제4호 나목에 따라 비사업용 토지에 해당하지 않는다.

2. 설령 이 사건 토지가 농지에 해당할지라도, 이 사건 토지 일대가 도시개발구역으로 지정된 이후부터 이 사건 토지에 죽목의 식재 등 행위를 하려면 관할 자치단체장의 허가를 받아야 했으므로 그 이후부터 이 사건 토지는 구 소득세법 제104조의3 제2항, 구 소득세법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제27829호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제168조의14 제1항 제1호의 ‘토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지’에 해당하여 비사업용 토지로 볼 수 없다.

• 나. 피고 주장의 요지 이 사건 토지는 아래와 같은 이유로 구 소득세법 제104조의3 제1항 제1호 가목의 비사업용 토지에 해당한다.

1. 이 사건 토지의 등기부상 지목, 2014년까지의 재산세 계산내역상 공부 지목과 현황 지목 등에 비추어 보면, 이 사건 토지는 도시개발사업의 부지조성공사 착공일인 2014. 11. 5. 이전까지는 농지로서의 형질을 유지하였으므로 구 소득세법 제104조의3 제1항 제1호 의 농지에 해당한다.

2. 도시개발법에 의한 토지의 사용 금지 또는 제한 여부를 고려하더라도, 이 사건 토지의 사용이 제한되기 시작한 시점은 도시개발법 제37조 에 의한 토지 사용․수익 정지일인 2014. 7. 27.로 보아야 하고, 이 경우 이 사건 토지는 구 소득세법 시행령 제168조의6 제1호 에서 정한 비사업용 토지가 되는 기간을 충족한다.

별지 관계 법령 기재와 같다.

4. 처분의 적법 여부에 관한 판단

• 가. 인정사실

1. 원고는 2000. 10. 13. 배우자 망 CCC으로부터 이 사건 토지를 상속받은 이후 이 사건 토지를 타인에게 임대하여 배나무밭으로 이용하고 있었다.

2. 경기도지사는 2008. 1. 14. 구 도시개발법(2008. 3. 28. 법률 제9044호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3조에 따라 이 사건 토지를 포함한 XX일원을 ‘ YY지구 도시개발구역’으로 지정하고, 위 도시개발구역에서 환지방식의 도시개발사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)을 한다는 내용의 개발계획을 수립하여 이를 고시하였다(경기도 고시 제2008-4호). 이후 2008. 4. 14. ‘YY 도시개발사업조합(이하 ‘조합’이라고만 한다)‘의 설립이 인가되어 조합이 이 사건 사업의 시행자가 되었다.

3. 조합은 이 사건 사업구역 내 지장물 등에 대한 감정평가절차를 거쳐 2008. 8. 13. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제15조 에 따라 지장물 보상 계획을 공고하고, 2009. 3. 13. 원고에게 이 사건 토지에 있는 배나무 등에 대한 보상금을 지급하였다.

4. 조합은 그 무렵 DDD 주식회사(이하 ‘DDD’이라고 한다)를 통하여 위 배나무 등을 포함하여 조합이 협의취득한 지장물을 철거하였고, 또한 2009. 5. 7. DDD과 이 사건 사업구역 내 비계구조물 설치공사계약을 체결하여 그 무렵 DDD을 통해 이 사건 사업구역 경계를 따라 가설 펜스를 설치하였다.

5. 경기도지사는 2010. 11. 24. 이 사건 사업의 실시계획을 인가하였고(경기도 고시 제2010-374호), 이후 조합은 2012. 3.경 이 사건 사업구역 내 토지에 관하여 “본 지역은 도시개발구역이며, 향후 환지계획인가 후 토목공사가 진행될 예정이니 경작을 금지한다. 본 공고 후 경작한 경작물에 대해서는 보상 없이 강제철거한다.”는 내용의 경작금지 안내를 하였다.

6. 경기도지사는 2014. 2. 11. 이 사건 사업의 개발계획변경, 실시계획변경을 인가, 고시하였고, 2014. 5. 22. 그 환지계획을 인가하였다. 이에 조합은 2014. 6. 13. 환지예정지 지정공고를 하였는데, 그 지정공고문에는 도시개발법 제37조 에 의한 사용․수익정지일이 2014. 7. 27.로 되어있다.

7. 조합은 2014. 11. 5.을 착공일로 하여 수급회사를 통해 이 사건 사업 부지조성공사를 시작하였다.

8. 한편 이 사건 토지는 2011년부터 재산세 분리과세대상이 되었는데, 2011년부터 2014년까지 이 사건 토지의 ‘재산세(토지)물건별세액계산’에는 이 사건 토지의 공부지목과 현황지목이 모두 ‘전’으로 기재되어 있다. [인정근거] 갑 제3, 제4 내지 15호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제4 내지 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 나. 판단

1. 관계 규정의 구체적 내용과 쟁점 등

• 가) 구 소득세법 제104조 제1항 제8호, 제104조의3 제1항 제1호 가목, 구 소득세법 시행령 제168조의6 제1호 에 의하면, 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에 ‘양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간, 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간, 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간의 모두에 해당하는 기간(이하 ’기준기간‘이라 한다)’ 동안 “논·밭 및 과수원(이하 ‘농지’라 한다)으로서 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지”는 비사업용 토지로 보아 과세표준별로 양도소득세를 중과하도록 규정하고 있다. 한편 구 소득세법 제104조의3 제2항 의 위임에 따라 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등을 정하고 있는 구 소득세법 시행령 제168조의14 제1항 제1호 는 ‘토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 경우’에는 그 사용이 금지 또는 제한된 기간 동안 비사업용 토지로 보지 아니한다고 규정하고 있다. 그리고 구 소득세법 제104조의3 제1항 제4호 는 기준기간 동안 ‘농지, 임야 및 목장용지 외의 토지(이하 ’농지등 외의 토지‘라 한다)’인 경우 이를 원칙적으로 비사업용 토지로 보면서 그 중 나목에서 ‘지방세법에 따른 재산세 분리과세대상이 되는 토지’는 비사업용 토지로 보지 않는다고 규정하고 있다.
• 나) 이 사건 토지가 2011년부터 지방세법에 따른 재산세 분리과세대상이 되는 토지인 사실은 다툼이 없다. 따라서 만일 이 사건 토지가 ‘농지’가 아니라면 위 구 소득세법 제104조의3 제1항 제4호 나목에 따라 비사업용 토지에 해당하지 않게 된다. 또한 이 사건 토지가 농지라고 하더라도 ‘법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지인지’ 여부 및 ‘사용이 금지 또는 제한된 기간’이 어떠한지에 따라 기준기간의 충족 여부가 달라져서 비사업용 토지에 해당하는지 여부에 차이가 생길 수 있다. 이 사건의 경우 이러한 부분에 관하여 다툼이 있으므로, 이하 쟁점이 되는 위 각 내용을 중심으로 이 사건 토지가 비사업용 토지에 해당하는지를 본다.

2. 이 사건 토지가 구 소득세법 제104조의3 제1항 제1호 의 농지로 비사업용 토지인지 여부

• 가) 관련 규정의 내용과 법리 등 구 소득세법 시행령 제168조의7 본문은 “ 소득세법 제104조의3 의 규정을 적용함에 있어서 농지․임야․목장용지 및 그 밖의 토지의 판정은 이 시행령에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에 의한다.”고 규정하고 있고, 같은 시행령 제168조의8 제1항 전문은 “ 소득세법 제104조의3 제1항 제1호 에서 ‘농지’라 함은 전․답 및 과수원으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실제로 경작에 사용되는 토지를 말한다.”고 규정하고 있다. 한편 공부상 지목이 농지라고 하더라도 양도일 현재 실제로 경작에 사용되고 있지 않는 토지는 농경지로 사용되지 않고 있는 것이 토지소유자의 자의에 의한 것이든 또는 타의에 의한 것이든 일시적으로 휴경상태에 있는 것이 아닌 한 양도일 현재 농지라고 볼 수 없어 양도소득세 비과세대상인 토지에 해당하지 않는다(대법원 1991. 11. 12. 선고 91누7422 판결, 대법원 2008. 4. 11. 선고 2006두13183 판결 등 참조).
• 나) 위 인정사실과 앞서 든 증거들, 갑 제16호증의 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정을 위와 같은 관련 규정이나 법리 등에 비추어 보면, 이 사건 토지가 구 소득세법 제104조의3 제1항 제1호 의 농지에 해당한다고 보기 어렵다.

① 이 사건 토지는 2008. 1. 14. 도시개발구역으로 지정되고, 이에 따라 2009. 3.경 이 사건 사업의 일환으로 이 사건 토지에 식재되어 있던 배나무 등은 조합에 의해 벌채되었다. 그 후 조합은 도시개발구역 경계를 따라 가설 펜스를 설치하여 그 구역 내로 일반인의 출입과 통행을 통제하였으며, 2010. 11. 24. 이 사건 사업의 실시계획이 인가되자 2012. 3.경 도시개발구역 내에서 경작을 금지하고 경작이 있을 경우 강제 철거할 것을 경고하였다. 이에 의하면 2009. 3.경 이후 이 사건 토지를 경작에 사용하는 것은 사실상 불가능했던 것으로 보인다. 한편 2010. 11. 24. 이 사건 사업 실시계획인가 이후 사업이 원활히 진행되지 않다가 2014년경에야 실시계획이 변경되고 환지 계획이 인가되었으나, 그 기간에도 조합은 위와 같이 계속하여 경작을 금지한 것으로 보이고, 실제 2010년부터 2014년까지의 항공사진을 보아도 이 사건 토지는 종래의 경작 당시 현황과 달리 과수원이나 그 밖의 다른 목적의 농지로 사용되지 않은 것을 알 수 있다. 그러다가 2014. 11.경에는 이 사건 사업의 부지조성공사가 시작되었고 그러한 상황에서 이 사건 토지가 2016. 4. 29. 양도되었다.

② 이처럼 이 사건 토지는 2009. 3.경부터 양도시인 2016. 4.경까지 7년가량 실제로 경작에 사용되지 아니하였다. 그 기간이 장기이고 이 사건 사업에 따라 경작이 중단된 후 조합의 경작 제한 등으로 다시 경작을 할 수 없었던 점 등에 비추어 이를 일시적인 휴경상태였다고 볼 수는 없다.

③ 피고는 이 사건 토지가 지목이 전으로 지목전환을 위한 형질변경 등이 이루어지거나 본래의 형상대로 회복하기 어려운 다른 용도로 사용했음이 증명되지 않고, 재산세 세액계산에도 공부지목과 현황지목이 모두 전으로 되어있는 점 등을 근거로 이 사건 토지는 농지라고 보아야 한다고 주장한다. 그러나 구 소득세법 제104조의3 제1항 제1호 의 농지는 지목에 관계없이 실제로 경작에 사용되는 토지를 말하므로, 지목전환이 이루어졌는지의 여부로 농지인지 여부를 판단할 수는 없고, 지목이 전인 농지라고 해서 농지가 아닌 다른 용도로 실제 사용하거나 형질변경 등으로 이용현황이 변경된 경우에만 실제로 경작에 사용되지 않는 토지가 된다고 볼 수도 없다. 또한 재산세를 부과하면서 해마다 이 사건 토지의 실제 이용현황을 확인하였다고 볼 아무런 자료가 없는 이상 재산세 세액계산에 현황지목이 전이라고 기재되어 있다는 사정만으로 이 사건 토지의 실제 이용현황이 경작에 사용되는 토지였다고 보기도 어렵다.

• 다) 그렇다면 이 사건 토지를 구 소득세법 제104조의3 제1항 제1호 의 농지로 보아 이에 따라 비사업용 토지에 해당하는지를 판단할 수는 없고, 이 사건 토지는 농지 등 외의 토지에 해당하여 구 소득세법 제104조의3 제1항 제4호 의 적용대상이 된다. 그런데 이 사건 토지는 2011년부터 지방세법상 재산세 분리과세대상이 되는 토지였으므로 결국 이 사건 토지는 같은 호 나목에 따라 비사업용 토지에 해당하지 않는다.

3. 농지라고 볼 경우 ‘법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지’에 해당하여 비사업용 토지에 해당하지 않는지 여부 설령 이 사건 토지가 구 소득세법 제104조의3 제1항 제1호 의 농지에 해당한다고 하더라도, 다음과 같은 이유로 이 사건 토지는 구 소득세법 제104조의3 제2항 및 구 소득세법 시행령 제168조의14 제1항 제1호 에서 말하는 ‘법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지’에 해당하여 결국 비사업용 토지에 해당하지 않는다.

• 가) 위 규정에서 말하는 ‘법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지’란 토지의 용도에 따른 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용이 제한된 토지를 의미한다. 여기에서 ‘토지의 용도에 따른 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용이 제한된 경우’에 해당하는지는 토지의 본래 용도에 따른 사용의 제한 여부를 원칙적인 기준으로 하되, 토지의 취득목적과 실제 이용현황 및 본래 용도의 변경가능성 등도 아울러 고려하여 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2016. 7. 14. 선고 2014두7886 판결 등 참조). 한편 구 도시개발법 제9조, 도시개발법 시행령 제16조 에 의하면, 도시개발구역에서 건축물의 건축, 공작물의 설치, 토지의 형질 변경, 토석의 채취, 토지 분할, 물건을 쌓아놓는 행위, 죽목의 벌채 및 식재 등 대통령령으로 정하는 행위를 하려는 자는 특별시장ㆍ광역시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장 또는 군수(이하 ‘시장 등’이라고 한다)의 허가를 받아야 하고(위 법 제9조 제5항), 시장 등은 이에 따라 행위에 대한 허가를 하려는 경우에 시행자가 이미 지정되어 있으면 미리 그 시행자의 의견을 들어야 하며(위 시행령 제16조 제2항), 그 허가에 관하여는 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에서 정한 개발행위허가의 절차나 기준 등도 준용되어(위 법 제9조 제9항), 도시개발사업의 시행에 지장이 없을 것(국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제58조 제1항 제3호) 등의 기준이 적용된다(이러한 규정은 이 사건 ** YY지구 도시개발구역이 지정, 고시된 무렵인 2008. 1. 14.경부터 현재까지 계속해서 동일하다).
• 나) 앞서 본 제반 사실로 알 수 있는 다음과 같은 사정을 위와 같은 규정과 법리에 비추어 보면, 이 사건 토지는 구 도시개발법 제9조 제5항 에 의하여 죽목의 식재 등이 제한됨으로써 통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용이 제한되었다고 봄이 타당하다. ① 이 사건 토지는 2008. 1. 14. 지정된 도시개발구역 안에 위치한 토지로 원고는 도시개발구역 지정 고시가 있은 2008. 1. 14. 이후부터는 이 사건 사업 시행자인 조합의 의견 등을 고려한 관할 자치단체장의 허가 없이는 이 사건 토지에서 죽목의 벌채 및 식재 등의 행위를 할 수 없게 되었다. ② 그런데 이 사건 사업의 시행자인 조합은 이 사건 토지에 식재되어 있던 배나무 등을 협의취득하여 벌채하고 이 사건 토지를 포함한 도시개발구역에 일반인의 출입과 통행을 통제하며 경작을 할 수 없도록 금지 하였는바, 이러한 상황에서 이 사건 토지에 다시 죽목 등의 식재 행위를 허가받기는 불가능했던 것으로 보인다. ③ 결국 원고는 최소한 배나무 등이 벌채된 이후로는 이 사건 토지에 과목을 식재하는 등으로 이를 본래 용도인 과수원으로 이용할 수 없었을 뿐 아니라, 논·밭 등의 다른 용도로 변경하여 사용하기도 사실상 불가능했다.
• 다) 따라서 이 사건 토지는 구 소득세법 시행령 제168조의14 제1항 제1호 의 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지에 해당하여 ‘사용이 금지 또는 제한된 기간’동안 비사업용 토지로 보지 않게 되는데, 위에서 본 사정에 비추어 보면 이 사건 토지에 대한 법령에 따른 사용 제한의 개시일은 늦어도 도시개발구역 지정, 고시일 이후로 배나무 등이 벌채된 2009. 3.경으로 볼 수 있다. 이에 대해 피고는 이 사건 사업이 환지방식에 의한 사업이므로, 이 사건 토지의 사용이 금지 또는 제한된 시기를 도시개발법 제37조 에 따른 사용․수익 정지일인 2014. 7. 27.로 보아야 한다고 주장한다. 도시개발법 제37조 제1항 은 시행자는 환지를 정하지 아니하기로 결정된 토지소유자등에게 날짜를 정하여 그날부터 해당 토지의 사용 또는 수익을 정지시킬 수 있다고 규정하고 있고, 이 사건 사업 시행자인 조합이 이에 의해 2014. 7. 27.을 사용·수익 정지일로 지정, 공고한 사실은 앞서 본 바와 같다. 그러나 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한되었는지는 ‘통상적인 제한의 범위를 넘어 특별히 사용이 제한되었는지’에 따라 판단해야지 법령에 따라 직접 사용이 금지된 경우에만 이에 해당한다고 볼 수는 없고, 앞서 본 바와 같이 위 일자 전에도 배나무 등이 철거된 이후에는 법령에 따른 허가 없이는 본래의 용도인 과수원으로 이용하기 위한 죽목의 식재가 금지된 이상 그때부터 이 사건 토지는 ‘법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지’가 되었다고 할 것이다.
• 라) 그렇다면 이 사건 토지는 구 소득세법 시행령 제168조의14 제1항 제1호 에 따라 2009. 3.경부터 이 사건 토지의 양도일인 2016. 4. 29.까지는 비사업용 토지로 보지 않아야 하고, 이는 양도일 직전 5년이 넘는 기간이므로, 이 사건 토지는 구 소득세법 시행령 제168조의6 제1호 의 기준기간인 ‘양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간’과 ‘양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간’을 충족하지 못함이 명백하여 비사업용 토지에 해당하지 않게 된다.
• 다. 소결 따라서 어느 모로 보나 이 사건 토지를 비사업용 토지로 볼 수 없으므로, 이와 달리 이 사건 토지를 비사업용 토지로 보아 양도소득세를 중과한 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

그렇다면 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.