중소기업특별세액 감면 적용대상 소기업인지 여부

사 건 의정부지방법원 2019구합13577 법인세부과처분취소 원 고 주식회사 ○○ 피 고 AA세무서장 변 론 종 결 2019.11.26. 판 결 선 고 2019.12.10. 주 문

1. 원고의 피고들에 대한 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2018. 11. 9. 원고에 대하여 한 2017년도 귀속 법인세 145,281,070원(가산세포함)의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 비계구조물 해체 공사업 등 건설업을 영위하는 주식회사로, 원고의 2015년 내지 2017년의 각 매출액과 상시 사용하는 종업원의 수는 다음과 같다.
• 나. 원고는 2017년 귀속 법인세를 신고하면서, 구 조세특례제한법 시행령(2016. 2. 5. 대통령령 제26959호로 개정된 것) 부칙 제22조(이하 ‘이 사건 부칙규정’이라 한다)를 근거로 하여, 원고가 건설업을 영위하는 소기업에 해당한다는 이유로 구 조세특례제한법(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되어 2016. 12. 20. 법률 제14390호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법’이라 한다) 제7조 제1항 제1호 (사)목, 제2호 (나)목의 중소기업 특별세액감면규정을 적용하였다.
• 다. OO지방국세청은 2018. 8. 27.부터 2018. 9. 13.까지 피고에 대한 종합감사를 실시한 후 피고에게, 원고의 2017 과세연도 매출액이 100억 원을 초과하여 구 조세특례제한법 제7조 의 소기업 매출액 기준을 충족하지 못하였으므로 2017년 귀속 법인세에 대하여 중소기업 특별세액감면을 배제하라는 취지의 감사결과를 통보하였다.
• 라. 이에 피고는 2018. 11. 9. 원고에게, 중소기업 특별세액감면규정의 적용을 배제하여 2017년 귀속 법인세 145,281,070원(가산세 포함)을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1 내지 4호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고 주장의 요지 이 사건 부칙규정의 취지는, 구 조세특례제한법 시행령(2016. 2. 5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법 시행령’이라 한다) 제6조 제5항의 개정에 따라 소기업의 범위를 축소하면서 구 조세특례제한법의 시행일인 2016. 1. 1. 당시를 기준으로 기존 규정에 따라 소기업에 해당되는 경우에는 2019 과세연도까지 일괄하여 소기업으로 간주한다는 것이다. 원고는 2016. 1. 1. 당시 매출액이 100억 원미만이고, 상시 사용하는 종업원 수가 50명 미만으로 구 조세특례제한법 시행령 제6조 제5항 에서 규정하는 소기업의 요건을 모두 충족하였다. 따라서 원고의 2017 과세연도 매출액이 100억 원을 초과하였다고 하더라도 이 사건 부칙규정에 따라 2019. 1. 1.이 속하는 과세연도까지는 소기업으로 간주되어 원고는 중소기업 특별세액감면 대상에 해당한다. 그럼에도 원고의 2017년 과세연도 매출액이 100억 원을 초과하였다는 이유로 이 사건 부칙규정의 적용을 배제한 이 사건 처분은 이 사건 부칙규정에 관하여 부당한 확장해석 및 유추해석을 함으로써 조세법률주의를 위반하였으므로 취소되어야 한다.
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 관련 법리 및 관련 규정의 개정 경과

• 가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조).
• 나) 구 조세특례제한법 제7조 제1항 본문은 중소기업 중 건설업 등을 경영하는 기업에 대해서는 2017. 12. 31. 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 법인세에 일정한 감면 비율을 곱하여 계산한 세액 상당액을 감면한다고 규정하면서, 제2호 (나)목에서 ‘대통령령으로 정하는 소기업’이 수도권에서 도매 및 소매업, 의료업을 제외한 업종을 경영하는 사업장인 경우 감면 비율을 100분의 20으로 정하고 있다. 그 위임에 따라 구 조세특례제한법 시행령 제6조 제5항 은 ‘대통령령으로 정하는 소기업’이란 중소기업 중 해당 기업에 계속하여 고용되어 있는 근로자로서 기획재정부령으로 정하는 자의 수가 일정 요건을 충족하는 기업을 말하되, 매출액이 100억 원 이상인 경우에는 소기업으로 보지 아니한다고 규정하였다(이하 구 조세특례제한법 시행령 제6조 제5항 을 ‘종전규정’이라 한다).
• 다) 종전규정은 2016. 2. 5. 대통령령 제26959호로 개정되면서 소기업의 고용 촉진을 위하여 중소기업특별세액 감면이 우대 적용되는 소기업 기준을 종전 상시종업원수 및 매출액 기준에서 매출액 기준으로 일원화하였다. 즉 종전규정 중 ‘상시 사용하는 종업원 수’에 관한 요건을 삭제하고, ‘대통령령으로 정하는 소기업’을 중소기업 중 매출액이 업종별로 중소기업기본법 시행령 [별표 3]을 준용하여 산정한 규모 기준 이내인 기업(건설업의 경우 평균 매출액 등 80억 원 이하)을 말하는 것으로 개정되었다(이하 ‘개정규정’이라 한다).
• 라) 한편 이 사건 부칙규정은 소기업의 범위에 관한 경과조치로 ‘구 특례제한법시행 당시 종전규정에 따라 소기업에 해당되었던 기업이 구 특례제한법 시행 이후 개정규정에 따른 소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 개정규정에도 불구하고 2019.1. 1.이 속하는 과세연도까지 소기업으로 본다’고 규정하였다.

2. 원고가 2017 과세연도에 소기업에 해당하는지 여부 살피건대, 구 조세특례제한법 시행령의 개정 경과, 이 사건 부칙규정의 입법 취지와 목적 등에 비추어 인정되는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 원고의 2017년 귀속 법인세에 대하여 중소기업에 대한 특별세액감면규정을 적용할 수는 없다고 봄이 타당하므로, 원고의 주장은 받아들이지 아니한다.

• 가) 경과조치란 법령을 제정하거나 개폐하는 경우에 구법질서 하에서 또는 법령이 전혀 없는 상태에서 유지되던 종전의 지위나 이익을 보호하고, 예측가능성과 법적안정성의 훼손을 방지하며, 종전의 지위가 급격하게 변동되지 않도록 배려하는 등의 방법으로 법질서의 변천을 원활하게 하기 위한 입법적 조치를 말한다. 이 사건 부칙규정 역시 종전규정에 따라 소기업에 해당되었던 기업이 종전규정의 개정으로 인하여 새로이 정한 소기업의 요건에 해당하지 아니하게 된 경우에 개정규정에도 불구하고 납세의무자의 기득권이나 신뢰를 보호하기 위하여 2019. 1. 1.이 속하는 과세연도까지 개정규정의 적용을 유예하여 종전규정에 따라 소기업으로 간주한다는 데에 그 취지가 있다.
• 나) 원고는 2017 과세연도의 매출액이 100억 원을 초과하므로 개정규정뿐 아니라 종전규정에 따르더라도 소기업의 요건에 해당하지 아니한다. 이러한 경우 종전규정의 개정으로 인하여 소기업 해당 여부가 달라진 것이 아니어서 경과조치를 통하여 보호하고자 하는 기득권이나 신뢰가 없다고 할 것이므로, 이 사건 부칙규정의 적용대상에 해당한다고 볼 수 없다.
• 다) 원고의 주장에 의하면 구 조세특례제한법 시행일인 2016. 1. 1.을 기준으로 소기업의 요건을 충족한 기업의 경우에는 향후 매출액이 증가하여 그 규모가 커지더라도 아무런 조건 없이 이 사건 부칙규정에 따라 2019 과세연도까지 계속하여 세액감면을 받게 되는바, 이러한 해석은 이 사건 부칙규정을 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것으로서 허용될 수 없고 이 사건 부칙규정을 통하여 소기업의 범위에 관하여 경과조치를 둔 취지에도 명백히 반한다(법인세는 과세연도인 각 사업연도별로 당해 사업연도의 소득에 의하여 정해진 과세표준에 따라 신고·납부하는 것이므로 구 조세특례제한법상 소기업 해당 여부도 사업연도별로 판단하여야 한다).
• 라) 결국 이 사건 부칙규정은, 종전규정이 개정되지 않았다면 종전규정에 따라 소기업에 해당하여 세액감면을 받을 수 있었는데 그 개정으로 인하여 더 이상 소기업의 요건에 해당하지 아니하게 된 기업을 그 적용대상으로 한다고 봄이 타당하다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.