동일한 사업자에게 둘 이상의 사업장이 있는 경우 세금계산서 발급․수수는 각 사업장별로 하여야함

사 건 2019구합12956 부가가치세 가산세 부과처분취소 원 고 주식회사 ◯◯ 피 고

○○세무서장 변 론 종 결 2020.06.16 판 결 선 고 2020.08.25

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2018. 3. 2. 원고에 대하여 한 별지1 목록 기재 각 부가가치세 가산세 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 호텔업 등을 목적으로 설립된 주식회사로, 원고의 본점(이하 ‘이 사건 본점’이라 한다) 소재지는 ‘◯◯ ◯◯구 ◯◯로 118, 1212호 (◯◯동, ◯◯ 199)’이다.
• 나. 원고는 2005. 4. 29. AA시 AA읍 AA리 509-3 외 2필지를 매입한 뒤, 그 지상에 건물을 신축하고 2008년경부터 이를 임대하였는데(이하 위 건물 소재지를 ‘이 사건 지점’이라 한다), 이 사건 지점에 대해 별도의 사업자등록을 하지 않았다.
• 다. ◯◯지방국세청장은 2017. 12. 12.부터 2018. 1. 19.까지 원고에 대한 조사를 실시하였는데, 그 결과 원고가 이 사건 지점에 대한 사업자등록을 하지 아니한 채 부동산임대업을 영위하면서 그 임대수입에 대해 이 사건 본점 명의로 세금계산서를 발급하고 이를 본점의 공급가액에 포함하여 부가가치세를 신고․납부한 사실을 발견하고, 피고에게 그 과세자료를 통보하였다.
• 라. 피고는 2018. 3. 2. 부과제척기간 7년을 적용하여 원고에게 별지1 기재와 같은‘일반무신고가산세’ 및 ‘세금계산서 미발급가산세’를 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 마. 원고는 이 사건 처분에 대한 이의신청을 거쳐 2018. 6. 18. 조세심판원에 심판청구를 하였는데, 2019. 4. 2. 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장

1. 사업장마다 세금계산서를 발급해야 하는 법적 근거가 없다. 따라서 이 사건 본점에서 이 사건 지점의 임대수입에 대한 세금계산서를 발급한 이상, 세금계산서 미발급을 이유로 가산세를 부과할 수 없다(이하 ‘제1주장’이라 한다).

2. 원고는 2007년 제2기부터 2017년 제1기까지 이 사건 지점의 임대수입에 대한세금계산서를 이 사건 본점에서 발급하면서 그에 관한 부가가치세를 이 사건 본점에서 신고․납부해왔다. 과세관청은 이 사건 본점의 부가가치세 신고액에 이 사건 지점의 임대수입이 포함되어 있는 것을 알고 있었음에도 10년간 과오납통지를 한 바 없고, 부가가치세 납부에 대한 행정지도나 안내를 한 바도 없다. 원고는 이러한 과세관청의 태도를 믿고 그에 따라 이 사건 본점에서 이 사건 지점의 임대수입에 관한 부가가치세를 모두 납부하였고 어떠한 부당한 이익을 얻거나 탈세를 한 사실도 없다. 그럼에도 피고는 이 사건 처분을 하였으므로, 이는 신의칙에 반하는 것이고, 과세관청의 태도를 신뢰한 원고에게는 그 의무해태에 관한 정당한 사유가 인정된다(이하 ‘제2주장’이라 한다).

3. 원고가 이 사건 본점에서 이 사건 지점의 임대수입에 대한 부가가치세 신고서를 제출하였지만, 이 사건 본점과 지점 모두 동일한 납세자이므로 5년의 부과제척기간이 적용되어야 한다(이하 ‘제3주장’이라 한다).

• 나. 관계 법령별지2 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 제1주장에 대한 판단 사업자는 사업장마다 사업자등록을 하여야 하고, 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 ‘공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭’을 기재한 세금계산서를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다(부가가치세법 제8조 제1항, 제32조 제1항 제1호). 이와 같이 부가가치세법이 사업장마다 사업자등록을 하도록 규정함으로써 사업장을 실질적인 납세단위로 삼고 있고, 세금계산서에 공급하는 사업자의 등록번호를 기재하도록 하고 있으므로, 동일한 사업자에게 둘 이상의 사업장이 있는 경우 세금계산서 발급․수수는 각 사업장별로 하여야한다고 봄이 타당하다(대법원 2009. 5. 14. 선고 2007두4896 판결 등 참조). 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2. 제2주장에 대한 판단

• 가) 어느 과세처분이 신의성실의 원칙에 위배되어 위법한 것이 되기 위하여는 먼저 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 할 것인바, 과세관청이 납세의무자인 사업자로부터 부가가치세의 예정신고 및 확정신고를 받은 행위만으로는 과세관청이 부가가치세의 과세에 관하여 어떠한 공적인 견해를 표명한 것이라고 할 수 없고(대법원 1992. 2. 25. 선고 91누6415 판결 등 참조), 또한 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 사유 없이 법에 규정된 신고․납세 등 각종 의무를 위반한 경우 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의․과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지․착오 등은 그 의무의 위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다(대법원 2009. 4. 23. 선고 2007두3107 판결 등 참조).
• 나) 위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 원고가 세법을 숙지하지 못하여 이 사건 지점에 관한 사업자등록을 하지 아니하고 이 사건 지점의 임대수입을 이 사건 본점의 공급가액으로 포함시켜 부가가치세를 신고․납부함으로써 그 효력을 인정받지 못한 것은 법령의 부지․착오로 인한 것이라고 볼 수밖에 없을 뿐만 아니라, 이 사건 본점 관할 세무서장이 원고의 위와 같은 신고․납부를 10년간 그대로 받아들였다는 사정이나 이 사건 지점 관할 세무서장이 이 사건 지점에 대한 사업자등록을 시키지 않았고 이 사건 지점의 임대수입을 본점과 구분하여 신고할 것을 지도․안내하지 않았다는 사정만으로는 이 사건 처분이 신의칙에 반한다거나 원고에게 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 제3주장에 대한 판단

• 가) 앞서 본 바와 같이 사업자는 사업장마다 사업자등록을 하여야 하고, 부가가치세는 사업장마다 납부하도록 되어 있으며, 부가가치세 예정 및 확정신고는 납세의무자, 사업장소, 사업자등록번호와 세액 및 그 산출근거 등을 기재하여 사업장 관할 세무서장에게 제출하도록 되어 있다(부가가치세법 제6조 제1항, 제8조 제1항, 같은 법 시행령 제90조, 제91조, 같은 법 시행규칙 제62조 제1항3)). 이러한 규정들에 의하면, 부가가치세는 사업장마다 부과하고 납부하도록 되어 있어 그 신고도 사업장마다 그 매출액을 구분하여 하여야 하는 것임을 알 수 있고, 따라서 지점의 매출액을 본점의 매출액으로 예정, 확정신고한 경우 그것은 본점의 매출액을 과다신고한 것으로는 볼 수있을지언정, 지점의 매출액에 대한 신고로서는 볼 수 없는 것이므로, 그에 대한 신고는 지점의 신고로서 유효한 것이 아니다(대법원 1984. 7. 24. 선고 84누272 판결, 대법원 1985. 6. 11. 선고 84누502 판결 등 참조).
• 나) 구 국세기본법(2019. 12. 31. 법률 제16841호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제1항 제2호는 ‘납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우’에 대해 그 부과제척기간을 7년으로 정하고 있는바, 위 법리에 비추어 보면, 원고가 이 사건 지점의 임대수입을 이 사건 본점의 공급가액에 포함시켜 부가가치세 예정 및 확정신고서를 이 사건 본점 관할 세무서장에게 제출하였다고 하더라도 이를 이 사건 지점의 공급가액에 대한 신고로는 볼 수 없다. 따라서 이 사건 지점의 임대수입에 대한 부가가치세 신고 자체가 없는 것으로 되므로, 원고가 이 사건 본점에서 이 사건 지점의 임대수입에 대한 부가가치세 신고서를 제출한 것을 ‘법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출’한 것이라고 평가할 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 않는다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.