8년 이상 직접 경작한 사실이 인정되지 않음

사 건 의정부지방법원 2019구합11410 양도소득세등부과처분취소 원 고 이○○ 피 고

○○세무서장 변 론 종 결 2020.03.26. 판 결 선 고 2020.04.09.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2018. 6. 1. 원고에 대하여 한 2014년 귀속 양도소득세 114,132,742원, 과소신고가산세 3,961,274원, 납부불성실가산세 36,653,729원의 각 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 1977. 12. 3. OO시 OO면 OO리 00 전 1,649㎡(면적은 최초 3,190㎡이다가 2차례 분할되어 위 면적이 되었다. 이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 매수하여 1977. 12. 5. 소유권이전등기를 마쳤다.
• 나. 원고는 2014. 7. 8. 최■■에게 이 사건 토지를 374,250,000원에 매도하여 2014. 8. 29. 소유권이전등기를 마쳐주었다.
• 다. 원고는 2014. 10. 24. 피고에게 양도소득세 예정신고(이하 ‘이 사건 신고’라 한다)를 하면서 ‘이 사건 토지가 구 조세특례제한법(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제69조 등이 정한 8년 이상 직접 경작한 농지에 해당하므로양도소득세가 면제되어야 한다.‘는 취지의 감면(면제) 신청을 함께 하였고, 이에 납부할 세액을 0원으로 신고하였으며, 피고는 그 무렵 이를 수리하였다.
• 라. AA지방국세청장은 2017년 말 내지 2018년 초경 피고에 대한 감사를 시행한 후피고에게 ‘원고가 이 사건 토지를 직접 경작한 것으로 볼 수 없어 양도소득세를 감면할 수 없다.’는 취지로 시정 요구하였다.
• 마. 피고는 위와 같은 시정 요구에 따라 2018. 2. 19. 원고에게 이 사건 토지의 양도에 대하여 2014년 귀속 양도소득세 153,018,630원을 예고통지하였다.
• 바. 원고는 2018. 3. 23. AA지방국세청장에게 위 예고통지에 관하여 과세전적부심사를 청구하였으나, AA지방국세청장은 2018. 5. 10. 불채택 결정을 하였고 그 무렵 위 결정을 원고에게 통지하였다.
• 사. 피고는 2018. 6. 1. 원고에게, 원고가 이 사건 토지를 직접 경작하지 아니하였다고 보아 이 사건 토지의 양도에 대하여 구 조세특례제한법 제69조 에 따른 양도소득세감면을 배제하고, 이 사건 토지가 구 소득세법(2014. 12. 23. 법률 제12852호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조의3 제1항 제1호 가.목의 비사업용 토지에 해당한다고 보아 구 소득세법 제104조 제1항 제8호 의 세율을 적용하여 산출한 2014년 귀속 양도소득세 154,747,745원(= 본세 114,132,742원 + 과소신고가산세 3,961,274원 + 납부불성실가산세 36,653,729원)을 경정․고지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.
• 아. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2018. 7. 9. 조세심판원에 심판청구를 하였으나,조세심판원은 2018. 12. 19. 이를 기각하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1, 2, 3, 6, 7호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장

1. 원고는 8년 이상 이 사건 토지 인근의 거주지에서 위 토지를 직접 경작하였으므로, 관련 법령에 따라 위 토지의 양도로 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세를 전액 감면하여야 한다. 그럼에도 피고는 원고가 이 사건 토지를 직접 경작하지 아니한 것으로 보아 양도소득세의 감면을 배제하고, 비사업용 토지의 세율을 적용하였으므로,이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

2. 설령 원고의 양도소득세 본세 납부 의무가 인정된다고 하더라도, 피고의 업무담당자는 그 과실로 이 사건 토지가 양도소득세 감면대상에 해당한다고 보아 이 사건 신고를 적법한 것으로 판단하여 양도소득세 감면처분을 하였다. 원고는 위 담당자의 감면처분을 신뢰한 것이므로 양도소득세를 과소신고․납부하지 아니한 데 정당한 사유가 있다. 그럼에도 피고는 원고에게 과소신고․납부불성실 가산세를 부과하였으므로, 이 사건 처분 중 적어도 가산세 부과 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 첫 번째 주장에 대한 판단

1. 관련 법리

• 가) 구 조세특례제한법에 의하면, 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고 있는데(제69조 제1항), 여기에서 ‘대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작’이란 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기􌦖􌦖의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다[구 조세특례제한법 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26070호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제66조 제13항].
• 나) 한편, 구 소득세법 제104조 제1항 제8호 및 제104조의3 제1항 제1호 가.목은 “‘대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지’를 ‘비사업용 토지’로 보고 제55조 제1항에 따른 세율에100분의 10을 더한 세율을 적용한다.”고 정하고 있고, 구 소득세법 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26067호로 개정되기 전의 것) 제168조의8 제2항은 “ 소득세법 제104조의3 제1항 제1호 가.목 본문에서 ‘소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지’라 함은 농지의 소재지와 동일한 시․군․구(자치구인 구를 말한다), 연접한 시․군․구 또는 농지로부터 직선거리 20km 이내에 있는 지역에 주민등록이 되어 있고 사실상 거주(이하 ‘재촌’이라 한다)하는 자가 농지법 제2조 제5호 의 규정에 따른 자경을 하는 농지를 제외한 농지를 말한다.”고 정하고 있으며, 농지법 제2조 제5호 는 “‘자경’이란 농업인이 그 소유농지에서 농작물 경작 또는 다년생식물 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력으로 경작 또는 재배하는 것과 농업법인이 그 소유농지에서 농작물을 경작하거나 다년생식물을 재배하는 것을 말한다.“고 정하고 있다.
• 다) 따라서 소유자가 농지의 양도에 관한 양도소득세를 납부함에 있어 구 조세특례제한법이 정한 자경농지에 대한 감면을 받고, 구 소득세법이 정한 비사업용 토지로 중과되지 않기 위해서는 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것(이하 ‘자경’이라 한다)이 필요한데, 여기에서 말하는 ‘상시’ 또는 ‘2분의1 이상의 자기 노동력’의 의미는 문리대로 해석하여야 하므로, 농작업의 2분의 1 이상을 자신이 직접 또는 손수 담당하여야만 자경 요건을 충족한다고 보아야 하고, ‘자기 노동력’의 의미를 생계나 세대를 같이하는 가족의 도움을 받아 경작하는 경우 또는 자기의 책임․계산 하에 다른 사람을 고용하는 경우까지 포함하는 것으로 볼 수는 없다(대법원 2010. 9. 30. 선고 2010두8423 판결, 대법원 2012. 12. 27. 선고 2012두19700 판결, 대법원 2015. 12. 23.자 2015두51514 판결의 원심인 대전고등법원 2015. 9. 3. 선고 2015누11002 판결 등 참조).
• 라) 한편, 토지가 농지로 경작된 사실이 인정된다고 하더라도 그 소유자가 자경한 사실까지 추정되는 것은 아니어서 토지를 농지로 자경한 사실은 그와 같은 사실을 주장하는 양도자가 입증하여야 하나(대법원 1993. 7. 13. 선고 92누11893 판결 등 참조), 일반적으로 세금부과처분취소소송에 있어서 과세요건사실에 관한 증명책임은 과세권자에게 있다 할 것이어서 양도소득세가 중과되는 비사업용 토지에 해당한다는 사실에 대한 증명책임은 이를 주장하는 과세관청에 있다(대법원 2010. 9. 30. 선고 2010두8423 판결 등 참조). 다만 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사정이 밝혀지면, 상대방이 문제된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 아니하는 한, 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수 없다. 특히 이 사건 처분의 과세요건사실은 ‘이 사건 토지가 원고가 자경한 토지가 아니라는 것’으로 ‘경작하였다’는 적극사실과 달리 ‘경작하지 않았다’는 소극사실을 직접 입증한다는 것은 통상 용이하지 아니하고, 이러한 경우 결국 간접사실 특히 그중에서도 객관적인 정황에 근거하여 경험칙에 따라 그 증명여부를 판단할 수밖에 없다(대법원 2012. 10. 25. 선고 2012두7899 판결 등 참조).

2. 판단 갑 제3, 5호증, 을 제4, 5호증의 각 기재, 갑 제14호증의 일부 기재, 이 법원의 BB시 BB구청에 대한 사실조회결과 중 일부에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 아래와 같은 사실 또는 사정을 종합하여 위와 같은 법리에 비추어 보면, 원고가 이 사건 토지를 자경하였다고 보기 어렵다.

• 가) 원고가 주장하는 구체적인 자경 기간과 그 기간 원고의 주민등록지 및 원고 주장 실거주지는 아래와 같은데, 다음과 같은 사정을 종합하면 원고가 위 기간 이 사건 토지에서 일부 경작 또는 재배를 하였더라도 농작업의 1/2 이상을 자기의 노동력을 들여서 직접 또는 손수 담당하였다고 보이지 않는다. 시기 기간 주민등록지 실거주지 1977.12.5.-1978.5.14. 5개월 OO군 OO면 OO리 00 OO리 산00 (현 OO리 00) 1978.5.15.-1979.6.24. 1년 1개월 OO군 OO면 OO리 1979.6.25.-1979.8.30. 2개월 OO군 OO면 OO리 00 1992.10.31.-1996.1.16. 3년 2개월 OO시 OO동 산 00 2009.8.18.-2014.8.29. 5년 OO시 OO구 OO동 00 합계 9년 10개월

(1) 1977. 12. 5.경부터 1979. 8. 30.경까지의 기간 원고는 위 기간 ‘원고가 특별한 직업이 없는 20대로서 축산업과 농업에 종사하는 부모님을 도와 농사일을 하였다’는 것이다. 그런데 이러한 원고의 주장에 의하더라도 원고는 부모님을 도와서 경작을 하였다는 것에 불과하여 적어도 ‘생계나 세대를 같이하는 가족의 도움을 받아 경작한 경우’에 해당한다고 보이고, 원고가 이 사건 토지에서 농작업의 1/2 이상을 원고의 노동력을 들여 경작․재배했다고 보이지는 않는다.

(2) 1992. 10. 31.경부터 1996. 1. 16.경까지의 기간 원고가 위 기간 이 사건 토지 인근인 OO시 OO동 산 00에 주민등록 전입이 되어있었던 사실은 인정된다. 그러나 원고는 위 기간을 포함한 1991. 3. 27.경부터 2004. 5. 18.경까지 서울 OO구 OO동 00에 있는 ◈◈아파트 0동 00호를 소유하고 있었고, 원고의 배우자는 위 기간을 포함한 1989. 2. 22.경부터 2004. 5. 18.경까지 계속 위 원고 소유건물에 주민등록을 두고 있었다. 또한 원고도 위 기간 이전인 1992. 4. 16.경부터 1992. 10. 30.경까지 및 위 기간 이후인 1997. 3. 31.경부터 2004. 5. 18.경까지는 위 원고 소유 건물에 주민등록을 두고 있었다. 나아가 원고는 위 기간을 포함한 1989. 3. 10.경부터 2000. 9. 30.경까지 ‘임대’라는 상호로 ‘서울 OO구 OO동’을 사업장 소재지로 하여 ‘임대/비주거용건물’ 관련 사업을 하였고, 위 기간을 포함한 1992. 1. 15.경부터 1996. 9. 30.경까지 ‘DD석재(주)’라는 상호로 ‘서울 OO구’를 사업장 소재지로 하여 ‘광업/건설용석재’ 관련 사업도 하였으며, 위 기간을 포함한 1991. 4. 20.경부터 2010. 5. 13.경까지 ‘서울 OO구’를 사업장 소재지로 하여 ‘부동산업/점포’ 관련 사업도 하였다. 이러한 사정을 종합하면, 원고는 위 기간 OO시 OO동 00을 주민등록지로 하였을 뿐, 실제로는 서울에 있는 위 원고 소유 건물에 배우자와 함께 거주하면서 그 사업장 소재지가 모두 서울에 있는 곳에서 임대사업이나 석재사업을 영위하였다고 볼 여지가 크고, 원고가 이러한 다수의 사업을 영위하면서도 이 사건 토지에서 농작물 등의 경작․재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 원고의 노동력에 의하여 경작 또는 재배했다고 보기는 부족하다.

(3) 2009. 8. 18.경부터 2014. 8. 29.경까지의 기간 원고가 위 기간 이 사건 토지 인근인 OO시 OO구 OO동 00(이하 ‘▲▲동 00’이라고만 한다)에 주민등록 전입이 되어있었던 사실은 인정된다. 그러나 원고는 앞서 본 바와 같이 위 기간을 일부 포함한 1991. 4. 20.경부터 2010. 5. 13.경까지 ‘서울 OO구’를 사업장 소재지로 하여 ‘부동산업/점포’ 관련 사업을 하였고, 위 기간을 포함한 1996. 4. 15.경부터 ‘◐◐농원’이라는 상호로 ▲▲동 00을 사업장 소재지로 하여 ‘도매/생화 분재’ 관련 사업도 해오고 있다. 게다가 위 기간 중 원고의 국내 체류 일수는 2009년 171일, 2010년 251일, 2011년 297일, 2012년 335일, 2013년 203일, 2014년 217일에 불과하다. 이러한 사정을 종합하면, 원고는 위 기간에도 그 사업장 소재지가 서울에 있는 곳에서 부동산업 등의 사업을 하거나, 분재 관련 사업을 하였다고 볼 여지가 있다. 나아가 설령 원고가 위 사업과 이 사건 토지에서의 농작물 등의 경작․재배를 병행했더라도, 위와 같은 국내 체류 기간에 비추어 원고가 이 사건 토지에서 농작물 등의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 원고의 노동력에 의하여 경작 또는 재배했다고 보기는 부족하다.

(4) 원고는 1,649㎡에 이르는 이 사건 토지를 약 9년 10개월이라는 상당한 기간 자경하였다고 주장하면서 위 (1) 기간 무렵에는 배추, 무, 콩, 깨, 파, 호박, 고추, 고구마, 감자, 토마토, 오이 등의 작물을, 위 (2) 기간 무렵인 1992년부터 1996년 사이에는 두류, 고추, 호박 등을 재배하였고, 위 (3) 기간에는 애플망고, 소나무 분재 등을 시험 재배하거나 고추, 고구마, 상추, 강낭콩 모종을 구매하여 키워보기도 했다고 주장하고 있다. 그러나 원고는 위와 같이 장기간 농작물 등을 재배하였다고 하면서도 재배기간, 수확량, 판매 또는 소비내역, 경작에 필요한 물품의 구입 또는 사용내역, 애플망고나 소나무 분재, 강낭콩 모종 등의 구입내역 등 원고가 자경한 사실을 확인할 수 있는 객관적 증거를 전혀 제출하지 못하고 있다. 그러면서 원고는 “자신과 가족, 형제들이 먹기 위한 작물을 키웠고, 키운 작물은 자신과 가족이 소비하거나, 친척과 친구들에게 나누어 주었으며, 간혹 유상으로 판매하는 경우도 있었으나 대량의 거래나 지속적인거래가 아니어서 세금계산서 등을 발행하지 못하였다.”고 주장하나, 판매한 내역에 관해서는 자료가 없더라도 약 500평에 이르는 토지를 총 9년 이상 경작하면서 필요한 비용의 지출내역 등 경작과 관련한 아무런 자료를 제출하지 못하는 것은 선뜻 납득하기 어렵다[원고는 원고가 이 사건 신고를 할 때 자경을 증명할 서류를 모두 제출했으나 당시 담당자가 업무상 비리로 수사를 받으면서 관련 서류를 모두 압수당하여 현재는 입수할 수가 없다고 주장하나 이러한 원고의 주장을 인정할 증거도 전혀 없다].

(5) 또한 원고는 1992년부터 1996년 사이에 두류를 경작하였다면서 그 사실은 농지원부에도 기재되어 있다고 주장하나, 농지원부에는 2011. 6. 17.부터 이 사건 토지에서 두류를 자경한 것으로 되어있어서 원고가 주장하는 경작기간과는 일치하지 않는다. 게다가 이 사건 토지는 위 2011. 6. 17.에야 원고의 농지원부에 농지로 신규등록되어서(원고가 주장하는 최초 작성일은 원고를 농업인으로 한 농지원부의 작성일이고 이 사건 토지는 2011. 6. 17.에 원고의 소유농지로 신규등록되었다), 이에 의하더라도 원고의 경작기각은 3년 정도에 불과하고, 원고 주장처럼 1978년경부터 혹은 마지막 경작기간으로 주장하는 2009년경부터 원고가 이 사건 토지를 자경했다고 보기 어렵다.

• 나) 한편 원고는 원고의 자경 증거로 사실증명원이나 농지경작사실증명원, 확인서(갑 제10, 11, 12호증), 조합원 증명서(갑 제13호증), 농지원부(갑 제14호증) 등을 제출하고 있다. 그러나 위 각 서증의 기재는 다음과 같이 이를 그대로 믿기 어렵거나, 앞서 본 사실이나 사정에 비추어 그 내용만으로는 원고가 이 사건 토지를 자경한 사실을 인정하기 부족하다.

(1) 원고가 그로부터 모종을 구입하였다고 하는 김▽▽가 작성한 사실증명원(갑10)에는 “수량은 정확히 확인해 줄 수 없으나 2009년부터 2014년까지 매년 고추 30판, 고구마 20단, 상추 10판, 옥수수 20판, 방울토마토 10판, 강낭콩 360,000판 정도의 수량으로 구매하여 배달까지 해준 것으로 확인하여 드립니다.”라고 기재되어 있다. 그러나 우선 김▽▽가 위와 같은 모종을 판매하는 사람인지 아니면 어떤 직업을 가진 사람인지 알 수 있을 만한 아무런 자료가 없다. 그리고 수량을 확인해줄 수 없다고 하면서도 수량과 금액이 기재되어 있는 점, 그 수량과 금액을 어떻게 확인하여 기재했는지 알 수 있을 만한 장부나 영수증 등의 아무런 서류도 없는 점, 인쇄되어 작성된 내용에 김▽▽의 서명, 날인이 있을 뿐 직접 내용을 기재한 것이 아닌 점 등에 비추어 볼 때, 이를 그대로 믿기 어렵다.

(2) 이 사건 토지 인근에 사는 주민들이라고 하는 윤◀◀, 정◎◎이 작성한 각 농지경작사실증명원(갑11)에는 “이 사건 토지는 전 소유주인 원고가 오래전부터 소유(1977. 12. 5.)하며 매도할 때(2014. 8. 29.)까지 밭작물을 재배한 사실이 있습니다.”라고 기재되어 있다. 그러나 위 작성자들이 실제 이 사건 토지 인근에 거주하였는지, 거주하였다면 언제부터 언제까지 거주했는지 알 수 있을 만한 아무런 자료가 없는 점, 원고가 위 기간 중 언제 이 사건 토지를 경작했는지나 구체적으로 어떤 경작을 했는지도 전혀 특정되지 않은 채 마치 위 기간 계속하여 경작을 한 것처럼 기재되어 있어서1996년부터 2008년까지 미국에서 거주했다는 원고의 주장과도 부합하지 않는 점, 똑같은 내용으로 인쇄되어 작성된 서류에 서명, 날인 등을 한 것에 불과한 점 등에 비추어 이를 그대로 믿기 어렵다.

(3) 마찬가지로 이 사건 토지 인근에 사는 주민들이라고 하는 윤EE, 윤FF, 김▽▽, 장GG, 김HH가 작성한 각 확인서(갑12)에는 “원고는 2009년부터 현재까지 ▲▲동 00에 거주하면서 농사를 지었음을 확인합니다.”라고 기재되어 있다. 그러나 위 각 확인서는 각각 자필로 작성한 것임에도 기재된 내용은 모두 위와 같은 똑같은 내용으로만 되어있고 그 밖에 아무런 구체적인 내용은 없는 점, 실제 위 작성자들이 이 사건 토지 인근에서 위 기간 계속 거주하였는지를 알 수 있을 만한 아무런 자료도 없는 점, 인근 주민들이라고 해서 원고가 직접 자기의 노동력을 1/2 이상 들여서 이 사건 토지를 경작하는지를 알기는 어려워 보이는 점 등에 비추어 이를 그대로 믿기 어렵다.

(4) 조합원 증명서(갑13)로는 원고가 2010. 4. 28. II농업협동조합에 가입한 사실을 인정할 수 있을 뿐이어서 이 사건 토지에서 원고의 자경 사실을 증명할 자료가 되기 어렵다.

(5) 농지원부(갑14)에는 원고가 2011. 6. 15.부터 이 사건 토지를 자경한 것으로 되어있기는 하다. 그러나 농지원부는 농지관리 및 농업정책의 효율적 추진을 위해 작성․비치하는 행정 자료로 각종 조세감면을 위하여 형식적으로만 작성하는 경우가 적지 않고 그에 대한 행정관청의 실질적 심사도 충분하지 않아서 토지의 현황을 정확하게 반영한다고 보기 어렵다. 게다가 앞서 본 바와 같이 원고가 주장하는 경작기간이나 농작물의 종류 등과 농지원부의 기재 내용이 일치하지도 않는다.

3. 소결론 따라서 이 사건 토지는 원고가 자경한 농지로 볼 수 없으므로, 이 사건 토지 양도에 대해 양도소득세의 감면을 배제하고, 이 사건 토지를 비사업용 토지로 보아 과세한 이 사건 처분은 적법하다. 그러므로 이 부분 주장은 받아들이지 아니한다.

• 라. 두 번째 주장에 대한 판단

1. 관련 법리

• 가) 납세의무자의 양도소득과세표준이 되는 양도차익이나 자진 납부할 양도소득세액이 없다는 자산양도차익예정신고에 대하여 과세관청이 그 예정신고내용대로 납부하여야 할 양도소득세액이 없음을 확인하고 수리하는 것은 과세관청의 내부적 의사결정에 불과하여 과세처분에 해당한다고 할 수 없고, 과세관청은 양도소득확정신고기간도과 후에는 과세권이 제척기간에 걸리지 아니하는 한 언제든지 양도소득세부과결정 또는 경정결정을 할 수 있다. 또한, 납세의무자가 자산양도차익예정신고시에 정당한 양도소득세액의 전부 또는 일부를 신고․납부하지 아니하고, 과세표준확정신고기한까지 그 정당한 세액에 대해 과세표준확정신고를 하지 아니한 경우, 과세표준확정신고기한 이후에 양도소득세부과처분을 함에 있어서는 적어도 그 자진신고․납부한 세액을 초과하는 정당한 세액에 대하여는 소득세법상의 신고불성실가산세와 납부불성실가산세를 부과할 수 있다(대법원 2002. 4. 12. 선고 2000두5944 판결 등 참조).
• 나) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고․납부 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의․과실은 고려되지 않고, 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없으나(대법원 2005. 4. 15. 선고 2003두4089 판결 등 참조), 법령의 부지나 오해는 가산세 부과를 면할 수 있는 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다(대법원 1991. 11. 26. 선고 91누5341 판결, 대법원 1995. 11. 7. 선고 95누92 판결, 대법원 2002. 9. 4. 선고 2001두9370 판결 등 참조).

2. 판단 앞서 본 여러 사실이나 사정과 을 제7호증의 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음의 사실이나 사정을 종합하여 위와 같은 법리에 비추어 보면, 원고가 이 사건 토지의 양도로 인한 정당한 양도소득세를 신고․납부하지 아니한 데 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다.

• 가) 원고는 피고가 원고의 이 사건 신고에 대해 그 신고를 적법한 것으로 판단하고 양도소득세 감면처분을 하였다고 주장하나, 피고가 원고의 양도소득세 예정신고를 확인하여 수리하였더라도 앞서 본 법리와 같이 이는 과세관청의 내부적 의사결정에 불과하여 이를 과세처분이라고 보기 어렵다. 또한 신고납세제도의 취지상 과세관청이 이 사건 신고를 수리할 때 납세대상의 현황 등을 확인할 의무가 있다고 보기도 어려워서 피고가 원고의 신고를 수리했다고 해서 그것이 원고의 과소신고를 정당화할 수 있을 만한 피고의 과실이라고 볼 수도 없다.
• 나) 원고는 이 사건 토지의 소유자였으므로 원고가 직접 이 사건 토지를 경작하였는지 여부를 알고 있었다고 보아야 한다. 그런데도 원고는 원고가 직접 8년 이상 이 사건 토지를 자경하였다고 하면서 이 사건 신고와 함께 양도소득세 감면신청을 하였다. 설령 원고가 자경의 의미 등에 관해 제대로 알지 못했더라도 이는 정당한 사유에해당한다고 볼 수 없는 법령의 부지나 오해에 불과하다.
• 다) 과세관청은 납세자의 신고 내용에 탈루가 있는 경우 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 경정하는바(구 소득세법 제80조 제2항), 피고는 이에 근거하여 앞서 본 바와 같은 AA지방국세청장의 시정 요구에 따라 세액을 경정하였을 뿐이다.
• 라) 이러한 여러 사실 내지 사정에 비추어 보면, 피고가 이 사건 신고를 수리하였다고 하여 이를 두고 곧 피고가 원고에게 향후 과세하지 않겠다는 보호할 만한 신뢰를 부여하였다고 볼 수는 없다. 설령 원고가 이러한 양도소득세 예정신고, 확정 및 경정에 관한 관련 법령의 내용 등을 잘 알지 못하였더라도, 이 또한 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없는 법령의 부지나 오해일 뿐이다.

3. 소결론 따라서 원고에게 양도소득세를 신고․납부하지 아니한 데 정당한 사유가 없다고 보아 과소신고불성실가산세 및 납부불성실가산세를 부과한 이 사건 처분 중 가산세 부과 부분도 적법하다. 그러므로 이 부분 주장도 받아들이지 아니한다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.