수도권 과밀억제권역 밖으로 이전하는 중소기업에 대한 세액감면에 해당하지 아니함

사 건 2019구합11236 법인세경정거부처분취소 원 고 AAA 피 고 aaaa 변 론 종 결

2019. 10. 31. 판 결 선 고

2019. 12. 19.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

• 가. BBB은 1998. 12. 27. 업종 칫솔 제조업, 상호 ‘CCC’으로 사업자등록을 하고 칫솔 제조업 등을 하다가 2012. 1. 31. 폐업하였는데, 폐업 전 2008. 6. 17.부터 폐업 시까지 그 사업장 소재지는 수도권 과밀억제권역에 있는 고양시 000구 00로000번길 000-00이었다(이하 BBB이 운영한 개인사업체를 ‘CCC’이라고 한다).
• 나. 원고는 2011. 12. 29. 칫솔 제조 및 판매업을 주된 목적으로 하고, CCC의 위 사업장과 같은 곳을 본점으로 하여 설립된 법인으로 그곳에서 칫솔 제조업 등을 하다가 2012. 11. 7. 수도권 과밀억제권역 밖에 있는 파주시 00면 00로000번길 000로 본점을 이전하였다.
• 다. 원고는 2018. 2. 19. 피고에게 “원고가 구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것, 이하 ’구 조특법‘이라 한다) 제63조 제1항(이하 ’이 사건조항‘이라 한다)의 수도권 과밀억제권역 밖으로 이전한 중소기업에 해당한다”며 이전에 납부한 2013년부터 2016년까지 사업연도 법인세 중 합계 000,000,000원(2013년 사업연도 00,000,000원, 2014년 사업연도 00,000,0000원, 2015년 사업연도 000,000,000원, 2016년 사업연도 000,000,000원)의 환급을 구하는 법인세 경정청구를 하였다.
• 라. 피고는 2018. 4. 16. 원고에 대하여 “원고가 수도권 과밀억제권역에서 2년 이상 계속하여 사업을 영위하다 이전한 경우에 해당하지 않는다”며 원고의 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 마. 원고는 이에 불복하여 2018. 9. 21. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2018. 12. 19. 심판청구를 기각하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 3, 4호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 BBB은 2011. 12. 15. CCC의 영업 이외의 미수금 및 미지급금을 제외한 자산·부채를 시가로 평가하여 이를 원고에게 양도하기로 하고, 2011. 12. 29. 원고를 설립한 후 2012. 1. 1. 원고와 사이에 원고가 CCC을 양수하고 그 종업원을 승계하기로 하는 사업 포괄양수도 약정을 체결하였다. BBB은 위 사업 포괄양수도 약정 직후인 2012. 1. 31. CCC을 폐업하고, 원고를 통하여 종전과 동일한 사업인 칫솔 제조업을 영위하고 있다. 이처럼 CCC과 원고는 사실상 그 형태만 다를 뿐 동일한 사업체라고 볼 수 있으므로, 수도권 과밀억제권역 밖으로 이전하는 중소기업에 대한 세액감면을 적용함에 있어서 원고의 수도권 과밀억제권역에서의 사업 기간은 BBB의 개인사업 기간을 합산하여 2년 이상으로 보아야 한다. 그런데 피고는 이를 합산하지 않고 원고가 설립 이후부터 영업한 기간만 수도권 과밀억제권역에서 사업을 영위한 것으로 보아 그 기간이 2년이 안 된다는 이유로 이 사건 처분을 하였다. 따라서 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.
• 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 이 사건 조항은 “수도권 과밀억제권역에서 2년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 하는 중소기업(내국인만 해당한다)이 대통령령으로 정하는 바에 따라 수도권 과밀억제권역 밖으로 그 공장시설을 전부 이전(본점이나 주사무소가 수도권 과밀억제권역에 있는 경우에는 해당 본점이나 주사무소도 함께 이전하는 경우만 해당한다)하여 2014. 12. 31.까지 사업을 개시한 경우에는 이전 후의 공장에서 발생하는 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 후의 일정 기간 과세연도에 소득세 또는 법인세의 100분의 100 또는 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.”고 규정하고 있다. 그리고 구 조세특례제한법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24368호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법 시행령’이라 한다) 제60조 제1항은 “법 제63조 제1항의 규정에 의하여 세액을 감면받을 수 있는 경우는 수도권 과밀억제권역 안에 소재하는 공장시설의 소유자가 그 공장시설을 수도권 과밀억제권역 밖으로 이전하기 위하여 조업을 중단한 날부터 소급하여 2년 이상 계속 조업한 실적이 있는 공장을 수도권 과밀억제권역 밖으로 이전하여 사업을 개시한 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 경우로 한다.”고 규정하고 있는데, 위 시행령 제60조 제1항에 관한 국세청의 조특법 기본통칙 63-60…1[2년 이상 계속 조업한 실적이 있는 공장의 범위](이하 ‘이 사건 기본통칙’이라 한다) 제1, 2항은 영 제60조 제1항의 ‘수도권 과밀억제권역 안에서 2년 이상 계속조업한 실적이 있는 공장’이 어떠한 경우인지를 정하면서 이를 적용함에 있어서 “개인사업자가 대도시 안에서 영위하던 사업을 구 조특법 제32조의 규정에 의하여 법인으로 전환하고 당해 공장시설을 지방으로 이전하는 경우에는 당해 개인사업자가 조업한 기간을 합산한다.”고 규정하고 있다. 한편 구 조특법 제32조는 법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세를 정한 규정인데, 그 제1항은 “거주자가 사업용 고정자산을 현물출자하거나 대통령령으로 정하는 사업 양도·양수의 방법에 따라 2012. 12. 31.까지 법인으로 전환하는 경우 그 사업용 고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다.”고 규정하고 있고, 여기에서 말하는 ‘대통령령으로 정하는 사업의 양도․양수의 방법’이란 “해당 사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 일정한 금액 이상을 출자하여 법인을 설립하고, 그 법인설립일부터 3개월 이내에 해당 법인에 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것”을 말한다(구 조특법 시행령 제29조 제2항, 5항).

2. 이 사건 조항은 내국인인 중소기업의 소득세 또는 법인세를 감면한다고 규정하고 있고, ‘내국인’이란 소득세법에 따른 거주자 및 법인세법에 따른 내국법인을 말하므로(구 조특법 제2조 제1항 제1호), 소득세법에 따른 거주자인 개인사업자나 법인세법에 따른 내국법인 모두 이 사건 조항의 적용을 받을 수 있다. 그런데 이 사건 조항을 적용받기 위해서는 중소기업인 개인사업자 또는 법인이 수도권 과밀억제권역에서 2년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 조업한 실적이 있어야 하고, 이 사건 조항이나 관련 시행령 규정은 모두 개인사업자가 법인으로 전환한 경우에 개인사업자의 조업 기간을 법인의 조업 기간으로 합산할 수 있다는 규정은 두고 있지 않으므로, 원칙적으로 위 조업 기간은 개업사업자가 수도권 과밀억제권역에서 해당 개인사업자로서 2년 이상 조업하거나 법인이 수도권 과밀억제권역에서 해당 법인으로서 2년 이상 조업하였음을 의미한다고 볼 것이다. 앞서 본 처분의 경위에 의하면 법인인 원고는 수도권 과밀억제권역 밖으로 본점을 이전하기 전 1년이 못 되는 기간만 수도권 과밀억제권역에서 사업을 하였을 뿐이므로 이 사건 조항에서 정한 수도권 과밀억제권역에서의 2년 이상 사업 기간(또는 조업기간)을 충족하지 못하였다. 다만 이 사건 기본통칙에는 개인사업자가 대도시 안에서 영위하던 사업을 구 조특법 제32조의 규정에 의하여 법인으로 전환한 경우 당해 개인사업자가 조업한 기간을 합산한다고 정하고 있으나, 이에 따라 개인사업자의 조업 기간을 법인의 조업 기간에 합산할 수 있다고 보더라도, 이를 적용받기 위해서는 해당 개인사업자가 구 조특법 제32조의 규정에 의하여 법인으로 전환한 경우여야 한다. 그런데 개인사업자인 CCC이 구 조특법 제32조에서 정한 요건을 갖추어 법인인 원고로 전환한 경우에 해당하지 아니한다는 점은 원고도 다투지 아니하므로, 원고에게 이 사건 기본통칙을 적용하여 CCC의 조업 기간을 원고의 조업 기간으로 합산할 수도 없다(원고도 이 사건 기본통칙에 따르더라도 원고가 CCC의 조업 기간을 합산할 수 있는 경우에 해당하지 않는다는 점은 다투지 아니한다).

3. 이에 대해 원고의 주장은, 이 사건 기본통칙이 일정한 경우 개인사업자의 조업 기간을 법인의 조업 기간으로 합산할 수 있도록 정한 점 등에 비추어 이 사건 조항을 개인사업자가 법인으로 전환된 경우 조업 기간 합산을 허용하지 않는 것으로 해석할 수 없고, 한편 이 사건 기본통칙이 조업 기간 합산을 인정하는 개인사업자의 법인으로의 전환을 구 조특법 제32조에 따른 전환의 경우로만 한정하는 것은 중소기업에 대한 세액감면을 인정하는 이 사건 조항의 취지와 양도소득세의 이월과세를 인정하는 구 조특법 제32조의 취지가 전혀 다른 점 등에 비추어 부당하므로, 개인사업자가 사업을 포괄 양도하여 법인으로 전환된 경우에는 이 사건 조항의 적용에 있어 개인사업자의 조업 기간을 법인의 조업 기간으로 합산하여 판단해야 한다는 것이다. 그러나 다음과 같은 점에서 원고의 이러한 주장은 받아들이기 어렵다.

• 가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조).
• 나) 이 사건 조항은 수도권 과밀억제권역에서 2년 이상 조업하였다가 수도권 과밀억제권역 밖으로 그 공장시설을 이전하는 경우 일정 기간 소득세 또는 법인세를 감면하여 혜택을 주는 것이므로, 엄격하게 해석함이 타당하다. 그런데 이 사건 조항이나 구 조특법 시행령 제60조에는 개인사업자의 조업 기간을 법인의 조업 기간으로 합산할 수 있다는 명시적인 규정이 없고, 구 조특법의 다른 규정을 참조하더라도 소득세 또는 법인세의 감면을 인정하면서 개인사업자가 법인으로 전환한 경우의 사업 기간을 합산하여 그 감면요건의 충족 여부를 판단할 수 있다고 해석할 만한 규정은 없다. 오히려 구 조특법의 전체적인 규정은 소득세법에 따른 개인인 거주자와 법인세법에 따른 법인을 구분하여 각종 과세특례나 세액감면을 정하고 있는 것으로 보인다. 또한 구 조특법 제31조 제5항은 수도권 과밀억제권역 밖으로 이전하는 중소기업이 이 사건 조항에 따른 감면기간이 지나기 전에 같은 조 제1항에 따른 일정 업종을 경영하는 중소기업 간의 통합을 하는 경우 통합법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 남은 감면기간에 대하여 이 사건 조항을 적용받을 수 있도록 정하고 있는데, 위 제31조 제1항의 일정 업종을 경영하는 중소기업 간의 통합이 무엇인지를 정한 구 조특법 시행령 제28조 제1항은 “설립 후 1년이 경과되지 아니한 법인이 출자자인 개인의 사업을 승계하는 것은 이를 통합으로 보지 아니한다.”고 규정하고 있기도 하다.
• 다) 국세청의 기본통칙은 과세관청 내부에 있어서 세법의 해석기준 및 집행기준을 시달한 행정규칙에 불과하고 법원이나 국민을 기속하는 효력이 있는 법규가 아니라고 할 것이고, 오랫동안 시행되어 왔다는 사정만으로 법규적 효력을 인정할 수도 없다(대법원 2007. 6. 14. 선고 2005두12718 판결 등 참조). 다만 법원이 세법을 해석함에 있어서 이를 하나의 자료로 사용할 수는 있으므로(대법원 1997. 2. 17. 선고 96다44839 판결 등 참조), 이 사건 통칙을 이 사건 조항의 해석에 참조하여 개인사업자가 법인으로 전환한 경우 개인사업자의 조업 기간을 법인의 조업 기간으로 합산하여 수도권 과밀억제권역에서의 사업 기간 충족 여부를 따질 수 있다고 보더라도, 그처럼 해석하기 위해서는 이 사건 기본통칙이 개인사업자가 어떠한 방법으로 법인으로 전환한 경우 이에 해당한다고 정하고 있는지도 해석에 있어서 참조함이 타당하다. 만일 그렇지 않고 이 사건 기본통칙을 이 사건 조항의 해석에 참조하면서도 단순히 개인사업자가 법인으로 전환한 경우에 조업 기간 합산이 허용된다고 보았다는 부분만 발췌하여 참조할 경우 ‘전환’의 정의조차 명확하지 않을 뿐 아니라 전환의 방법과 정도 등도 매우 다양하여 실제 어떠한 경우 그 합산을 허용할 것인지를 알기 어려워서 조세법률주의의 원칙에 반한다. 한편 원고는 이 사건 조항은 수도권 과밀억제권역 밖으로 공장시설 등의 이전을 유도하기 위하여 세액을 감면하는 규정인데, 구 조특법 제32조는 개인사업의 법인으로의 전환을 촉진하기 위하여 이월과세를 적용받을 수 있게 하는 규정으로 서로 취지와 목적이 다르므로, 이 사건 조항의 적용에서 조업 기간 합산을 인정할 수 있는 개인사업자의 법인으로의 전환범위를 구 조특법 제32조에서 정한 사업 양도․양수의 범위와 일치시킬 이유가 없다고 주장하고 있다. 그러나 앞서 본 바와 같이 이 사건 조항이 원칙적으로 개인사업자가 법인으로 전환한 경우 개인사업자의 조업 기간을 합산하여 해당 조항의 요건 충족 여부를 판단하도록 정하고 있다고 보기 어려운 이상 이 사건 기본통칙에서 일정한 경우 그러한 합산을 인정할 수 있도록 정하여 감면이 인정되는 범위를 넓히면서 그 인정요건을 구 조특법 제32조에 따른 이월과세를 적용받을 수 있는 개인사업자의 법인전환의 경우와 일치시켰다고 해서, 그것이 이 사건 조항의 취지에 반하는 등의 문제가 있다고 보기는 어렵다.

4. 나아가 원고의 주장은, 원고가 CCC의 사업을 포괄적으로 양수하여서 원고와 CCC이 사실상 동일한 사업체임을 전제로 하고 있는데, 앞서 든 증거들 및 갑 제2호증, 을 제6, 9호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 제출된 증거들만으로는 CCC과 원고 사이에 원고 주장과 같은 사업의 포괄양수도가 있었다고 보기도 부족하다.

• 가) 원고가 CCC과 원고 사이의 사업 포괄양수도 약정이라며 제출한 계약서는, ① 이 법원에 증거로 제출한 2011. 12. 15.자 사업의 포괄적양도양수 계약서(갑2, 이하 ‘제1계약서’라 한다), ② 원고가 피고에게 법인세 경정청구를 하면서 제출한 2011. 12. 5.자 사업 양도양수 계약서(을6, 이하 ‘제2계약서’라 한다), ③ 원고가 인천공항세관장에게 통관고유부호 지위승계신청을 하면서 제출한 2012. 1. 31.자 사업 포괄 양도양수 계약서(갑9, 5쪽 및 6쪽, 이하 ‘제3계약서’라 한다)가 있다. 그런데 제1계약서와 제2계약서는 그 작성일이 같음에도 문서 양식 등이 전혀 다를 뿐 아니라 양도·양수하는 자산 및 부채를 평가하는 방식이 장부상 가액으로 계산하는 것(제1계약서)과 시가로 계산하는 것으로(제2계약서) 서로 다르고, 종업원 승계와 관련해서도 근속연수를 포함하여 모두 고용을 승계하는 것(제1계약서)과 퇴직금을 인계인수하지 않는 것(제2계약서)으로 서로 다르며, 그 밖의 다른 사항들도 전체적으로 그 내용이 다르다. 또한 제2계약서와 제3계약서는 그 내용은 거의 같으나 계약서 작성 일자가 2011. 12. 15.(제2계약서)과 2012. 1. 31.(제3계약서)로 다르다. 더구나 제1계약서에는 제1조 목적에 ‘ 부가가치세법 제10조 제8항 제2호 ’라는 내용이 기재되어 있는데, 위 규정은 부가가치세법이 2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부 개정되면서 기존의 제6조 제6항 제2호에서 옮겨 규정된 것이어서, 위 계약서는 그 작성일로 되어있는 2011. 12. 15.이 아닌 위 법률개정일인 2013. 6. 7. 이후에 작성된 것임이 명백하다. 이러한 사정 등에 비추어 볼 때 위 각 계약서들은 실제 사업을 포괄 양도양수 하면서 작성된 것이 아니라 각 제출 시기마다 제출 목적을 위해 필요한 내용으로 작성된 것으로 보이고, 특히 제1계약서는 원고가 이 사건 소송을 제기하면서 법인세 감면목적으로 작성일을 소급하여 작성된 것으로 보이므로, 위 계약서들 기재 내용을 그대로 믿기 어렵다.
• 나) BBB은 개인사업인 CCC을 폐업하기 직전에 원고에게 CCC 소유의 기계장치 등 고정자산에 대해 공급가액 000,000,000원의 세금계산서를 발급하고 부가치세를 신고하였고, 원고 역시 위 세금계산서를 수취하여 매입세액 공제를 적용하여 부가가치세를 신고한 것으로 보인다. 그런데 BBB과 원고 사이에 원고 주장과 같은 사업 포괄양수도 약정이 있는 경우 세금계산서 발급 대상이 아니므로 BBB이 위와 같은 세금계산서를 발급할 이유가 없다.
• 다) BBB이 CCC을 폐업하면서 제출한 폐업신고서에는 폐업 사유에 양도·양수 란이 따로 있음에도 BBB은 폐업 사유를 기타로 기재하였고, 폐업 사유가 사업의 포괄 양도양수인 경우 사업양도 내용, 양수인의 사업자등록번호(또는 주민등록번호)를 기재하고, 사업 양도양수 계약서 사본을 첨부하게 되어있는데, BBB은 위와 같은 사항을 기재하거나 계약서를 첨부하지 아니하였다.
• 라) 그밖에 제출된 다른 증거들에 의하더라도 BBB과 원고 사이에 그 주장과 같은 사업 포괄양수도가 있었음을 인정하기 충분하지 않다.

5. 따라서 피고가 원고에게 이 사건 조항을 적용하여 법인세를 감면할 수 있는지 판단함에 있어서 CCC의 수도권 과밀억제권역에서의 사업 기간을 원고의 위 권역에서의 사업 기간에 합산하지 않고, 설립 이후 원고의 사업 기간만 고려하여 수도권 과밀억제권역에서 2년 이상 계속 사업을 영위한 경우에 해당하지 않는다고 본 이 사건 처분에 위법이 있다고 보기 어렵다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.