공사수주를 위해 공사대금 일부로 토지를 취득한 것은 채권을 변제받기 위하여 취득한 토지로 볼 수 없음

사 건 2019구합11205 법인세경정거부처분취소 원 고

□□□□건설 주식회사 피 고 고양세무서장 변 론 종 결 2019.11.19 판 결 선 고 2019.12.17

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2018. 3. 14. 원고에게 한 2016 사업연도 법인세 801,899,057원의 경정청구 거부처분을 취소한다.

• 가. 한국토지주택공사는 2014. 3. 14. “A택지개발사업 지하차도*호 건설공사(이하 ‘이 사건 공사’라 한다) 대행개발사업시행자 선정 입찰공고”(이하 ‘이 사건 입찰공고’라 한다)를 하였는데, 이 사건 입찰공고에 명시된 ‘입찰 우선순위’는 아래 표 기재와 같다.
• 나. 원고는 2014. 4. 14. 주식회사 B(이하 ‘소외 회사’라 하고, 원고와 함께 일컫는 경우 ‘원고 등’이라 한다)과 사이에 이 사건 공사를 공동으로 수급하여 이행하되 그 출자비율은 원고 80%, 소외 회사 20%로 하는 공동수급협정을 체결하였다.
• 다. 원고 등은 이 사건 각 토지를 매입하기로 하여(이 사건 입찰공고상 입찰 우선순위 3순위에 해당) 이 사건 공사를 낙찰받았고, 2014. 4. 25. 한국토지주택공사와 사이에 공사대금을 20,440,000,000원으로 정하여 이 사건 공사에 관한 도급계약(이하 ‘이 사건 도급계약’이라 한다)을 체결하였으며, 같은 날 이 사건 각 토지에 관하여 원고 지분 8/10, 소외 회사 지분 2/10로 하여 매매계약(이하 ‘이 사건 매매계약’이라 한다) 또한 체결하였는데, 그 대금지급에 관하여 제1토지는 7,893,060,000원, 제2토지는5,403,695,000원으로 정하면서 그 중 각 10%는 계약보증금으로 같은 날 지급하되 나머지 매매대금은 특약사항으로 “입찰우선순위에서 정한 상계비율(도급공사비의 30%)로 기성률에 따라 도급공사비와 상계처리하며, 상계처리 후 잔여 토지대금은 공사 준공일로부터 매6개월 단위로 균등분할 납부”하기로 약정하였다.
• 라. 원고 등은 이 사건 매매계약에 따라 2014. 4. 25. 한국토지주택공사에 위 계약보증금을 전액 지급하였고, 이후 이 사건 공사를 수행하면서 2014. 8. 26.부터 2016. 4.12.까지 총 20회에 걸쳐 이 사건 공사 기성금의 30%를 이 사건 각 토지의 매매대금과 상계하였으며, 2016. 5. 18. 이 사건 각 토지의 잔금을 완납하고 소유권이전등기를 마쳤다.
• 마. 한편 원고는 2016. 4. 26. 소외 회사로부터 이 사건 각 토지 2/10 지분을 매수하고, 2016. 5. 18. 위 지분에 관하여 소유권이전등기를 마쳤다.
• 바. 원고는 2016. 3. 17. C 주식회사와 사이에 제1토지를 13,075,229,750원에 매도하는 계약을 체결하였고, 같은 날 D 주식회사(이하 C 주식회사와 함께 ‘양수인들’이라 한다)에게 제2토지를 8,994,307,550원에 매도하는 계약을 체결하였으며, 2016. 5. 18. 양수인들에게 이 사건 각 토지에 관하여 각 소유권이전등기를 경료하여 주었다.
• 사. 원고는 이 사건 각 토지가 법인세법 제55조의2 규정에 의한 비사업용 토지에 해당한다고 보아 2016 사업연도 법인세를 신고·납부하였다.
• 아. 원고는 2018. 1. 15. 피고에게 이 사건 각 토지가 비사업용 토지에 해당하지 않는다는 이유로 2016 사업연도 법인세 중 801,899,057원을 환급하여 달라는 경정청구를하였으나, 피고는 2018. 3. 14. 위 경정청구를 거부하는 처분을 하였다(이하 ‘이 사건처분’이라 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 3, 7 내지 42호증, 을 제1, 2호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고 주장의 요지 원고는 이 사건 공사의 입찰조건에 따라 공사대금 채권을 변제받기 위하여 이 사건 각 토지를 취득하였으므로, 이는 법인세법령에서 정한 ‘부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지’에 해당함에도, 이와 다른 전제에서 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단 1) 법인세법 제55조의2 제1항 제3호 에서는 법인이 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지의 양도소득에 100분의 10을 곱하여 산출한 세액을 법인세액에 추가하여 납부하도록 하면서, 같은 조 제3항에서 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 ‘부득이한 사유’가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다고 규정한다. 그 위임에 따른 법인세법 시행령 제92조의11 제1항 제3호, 법인세법 시행규칙 제46조의2 제1항 제6호 의 규정을 살펴보면, 시행령에서는 ‘부득이한 사유’가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준에 관하여 “공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황·취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지”를 들고 있고, 시행규칙에서는 “저당권의 실행 그 밖에 채권을 변제받기 위하여 취득한 토지” 등을 열거하면서 그 취득일부터 2년간 법인세법 제55조의2 제2항 각 호에 해당(비사업용 토지)하지 않는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정하도록 정하고 있다. 위와 같은 법인세법령의 규정을 종합하면, 토지를 취득하면서 그 매매대금을 현실로 변제하지 아니하고 다른 채권으로 상계하는 방식을 취하는 경우 그와 같이 취득한 토지가 모두 법인세법 시행규칙상 ‘채권을 변제받기 위하여’ 취득한 토지에 해당한다고 할 수는 없고, 그러한 방식을 취하게 된 경위 등을 살펴 상위 법령에서 정한 ‘부득이한 사유’가 있다고 볼 만한 것인지를 판단하여야 할 것이다.

2. 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 인정한 사실에 의하면 원고는 이 사건 공사를 수주하기 위하여 이 사건 입찰공고상 입찰 우선순위 3순위에 해당하도록 이 사건 각 토지를 매입하되 공사대금의 30%에 해당하는 금액을 기성률에 따라 토지 매매대금과 상계하는 조건으로 이 사건 공사 입찰에 응하였고, 그 결과 이 사건 공사를 낙찰받고서 한국토지주택공사와 사이에 이 사건 도급계약을 체결함과 동시에 이 사건 입찰공고의 입찰 우선순위에서 정한 바와 같이 매매대금을 지급하는 내용의 이 사건 매매계약을 체결하였으며, 이후 이 사건 매매계약에 따라 이 사건 각 토지의 매매대금 대부분을 공사대금과 상계하는 방식으로 지급하고 이 사건 각 토지를 취득한 후 이를 즉시 양수인들에게 양도하여 현금화하였다. 이와 같은 이 사건 각 토지의 취득 경위를 앞서 살펴본 법인세법령의 규정에 비추어 보면, 원고는 이 사건 건설공사를 수주하기 위하여 입찰 우선순위에 해당하도록 공사대금의 일부로써 이 사건 각 토지를 취득하는 방식을 자발적으로 선택한 것이므로, 이러한 경우까지 법인세법 시행규칙상 ‘채권을 변제받기 위하여’ 부득이하게 취득한 토지로서 법인세법상 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지에 해당한다고 할 수는 없다.

3. 위와 같은 취지에서 이 사건 각 토지가 비사업용 토지에 해당한다고 보아 피고가 한 이 사건 처분은 적법하다. 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.