추계신고를 부인하고 실지조사 방법으로 필요경비를 인정한 것은 적법

사 건 의정부지방법원 2019구합10677 종합소득세부과처분취소 원 고 이○○ 피 고

○○세무서장 변 론 종 결 2019.12.17. 판 결 선 고 2020.01.14.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2018. 8. 13. 원고에 대하여 한 2017년 귀속 종합소득세 15,086,080원(가산세포함)의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2006. 3. 17.부터 부동산매매업을 영위하는 개인사업자이다.
• 나. 원고는 2011. 1. 25. 한국자산관리공사로부터 ○○시 ■■동 00 도로 168㎡(이하 ‘이 사건 토지’라고 한다)를 공매로 취득(취득가액 58,370,000원)하여 2017. 5. 2. ○○시에 매매대금을 249,480,000원으로 하여 매도하였다.
• 다. 원고는 2017. 6. 1. 소득세법 제69조 에 따라 이 사건 토지의 매매가액을249,480,000원, 필요경비를 61,055,020원(= 취득가액 58,370,000원 + 취·등록세2,685,020원)으로 하여 매매차익 예정신고를 하고 세액 39,313,220원을 납부하였는데, 2018. 5. 1. 피고에게 2017년 귀속 종합소득세 과세표준확정신고를 하면서 이 사건 토지의 매도대금을 유일한 수입금액으로 하여 단순경비율을 적용한 다음 종합소득세를5,414,031원으로 신고하고 위와 같이 납부한 39,313,220원 중 33,899,189원을 환급해달라고 신청하였다.
• 라. 피고는 원고의 소득세 환급에 대한 확인조사를 한 다음 원고가 단순경비율로 신고한 소득금액을 부인하고 이 사건 토지의 양도가액 249,480,000원에 대응되는 필요경비로 이 사건 토지의 취득가액 58,370,000원과 취·등록세 2,685,020원을 반영하여, 2018. 8. 13. 원고에게 2017년 귀속 종합소득세 15,086,080원(가산세 4,663,552원을 포함하고 기납부세액 39,313,220원을 공제한 금액이다)을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 을 제3, 4, 7, 8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고 주장의 요지

1. 절차적 위법 주장 피고는 원고에 대한 이 사건 종합소득세에 대한 과세예고통지를 하기에 앞서 소득세사무처리규정에 따른 ‘종합소득세 해명자료 제출안내’ 및 ‘종합소득세 수정신고 안내’ 절차를 이행하지 않았다. 또한 국세기본법 제81조의15 제1항 제2호 및 과세전적부심사사무처리규정 제3조 제1항 제4호에 따르면 반드시 현장확인을 한 후 과세예고통지를 하여야 함에도 피고는 실제로 원고의 사업장에 대한 출장 조사를 하지 아니하고 과세예고통지를 한 다음 이 사건 처분을 하기에 이르렀는바, 이 사건 처분에는 중대한 절차상 위법이 있다.

2. 실체적 위법 주장 원고는 간편장부대상자이자 단순경비율 적용대상자로서 매출액을 누락하거나 가공의 필요경비를 계상한 사실이 없는바, 실지조사의 방법에 의하여 계산한 경정소득금액이 단순경비율에 의한 신고소득금액보다 많다는 이유만으로 원고의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있다고 볼 수 없다. 원고가 신고한 2017년 귀속 종합소득세는 신고와 동시에 확정이 되었고 소득세법에서 정한 경정사유가 없음에도 피고는 임의로 실지조사 방법에 따라 위 종합소득세를 경정·고지하였으므로, 이 사건 처분은 위법하다.

• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 절차적 위법 주장 갑 제4 내지 7호증, 을 제6, 9, 내지 14호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하면,① 피고는 2018. 6. 25. 원고의 2017년 귀속 종합소득세 확정신고 및 환급 신청과 관련하여 실지소득 및 신고내용 적정여부 등을 확인하기 위하여 구 소득세사무처리규정(국세청훈령 제2223호, 2017. 11. 17. 시행) 제6조 제1항 제6호에 따라 2018. 7. 2. 부터 2018. 7. 6.까지 원고에 대한 현장확인 계획을 수립한 사실, ② 피고는 2018. 7. 2. 원고에게 종합소득세 현장확인과 관련하여 ‘토지 등 매매차익 예정신고서 및 납부계산서’에 기재하지 못한 추가적인 필요경비가 있는 경우 그 증빙과 내역을 2018. 7. 5.까지 제출하도록 안내한 사실, ③ 원고는 2018. 7. 4. 세무대리인과 함께 의정부세무서에 방문하여 ‘이 사건 토지 취득 당시부터 수 천만 원의 이자 등 경비가 발생하였지만 현재 장부나 증빙서류가 없다’는 내용의 확인서를 작성한 사실, ④ 피고는 2018. 7. 10. 원고에게 현장확인 결과 실지거래가액에 따라 소득금액을 경정하여 종합소득세15,086,087원을 과세할 예정이라는 내용의 과세예고통지를 한 사실이 인정된다. 위 인정사실에 관련 규정의 내용, 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 위 구 소득세사무처리규정 제6조 제1항 제1호는 관할세무서장이 현장확인을 실시할 수 있는 경우의 하나로 ‘소득세 환급 처리를 위한 확인’을 규정하고 있고, 같은 조 제2항은 ‘위 현장확인은 필요한 서류 등을 제출하도록 요구하는 등 서면에 의하는 것을 원칙으로 하고, 직접 현장확인이 필요한 경우에만 실시한다’고 규정하여 서면에 의한 확인을 원칙으로 규정하고 있는바, 소득세 환급 처리를 위한 확인을 함에 있어 현장확인이 필수적인 절차로 요구되는 것은 아닌 점, ② 피고는 원고에 대한 현장확인 계획을 수립한 다음 원고에게 이를 통지하였고 원고는 의정부세무서에 출석하여 필요경비에 대한 추가 증빙서류가 없다는 내용의 확인서를 제출하였으며, 원고가 주장하는 ‘해명자료 제출안내’ 및 ‘수정신고 안내’ 관련 규정은 2018. 7. 10. 시행된 구 소득세사무처리규정 제54조 및 제58조로서 원고에 대한 현장확인 당시 시행된 규정은 아닌 점, ③ 구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것) 제81조의15 제1항 제2호 및 구 국세기본법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29534호로 개정되기 전의 것) 제63조의14 제2항 제2호는 ‘현지 확인조사에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 하는 과세예고통지’에 대하여 과세전적부심사를 청구할 수 있도록 규정하고 있는데, 과세예고통지는 납세자의 사전권리구제 제도인 과세전적부심사청구의 기회를 보장하기 위한 것으로, 위 규정이 과세예고통지를 하기에 앞서 원고가 주장하는 출장조사가 이루어져야 한다는 근거 규정으로 보기는 어려운 점(과세전적부심사사무처리규정 제3조 제1항 제4호의 규정도 ‘현장확인 결과에 따라 납세고지하려는 세액이 있는 때’ 납세자에게 과세전적부심사청구의 기회를 보장하기 위하여 과세예고통지를 하도록 규정하고 있는 것으로, 이를 과세예고통지 전에 반드시 출장조사를 하여야 한다는 근거규정으로 보기는 어렵다) 등을 종합하여 보면, 피고가 원고의 종합소득세환급 신청과 관련하여 관련서류 등의 확인 절차를 거쳐 과세예고통지를 한 것에 어떠한 절차적 위법이 있다고 볼 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2. 실체적 위법 주장 가) 소득세법 제80조 제3항 은 ‘납세지 관할 세무서장은 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 하되, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 소득금액을 추계조사결정할 수 있다’고 규정하고 있고, 구 소득세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29523호로 개정되기 전의 것) 제143조 제1항 제1호는 ‘과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우’를 소득세법 제80조 제3항 단서에서 말하는 예외사유의 하나로 규정하고 있다. 이러한 규정에 따르면, 종합소득세의 과세표준과 세액은 실지조사의 방법에 의하여 밝혀진 실액에 의하여 결정하는 것이 원칙이고 추계조사 방법에 의하여 이를 결정하려면 납세자의 장부나 증빙서류 등이 없거나 그 중요 부분이 미비 또는 허위로 기재되어 신뢰성이 없고 달리 과세관청이 그 소득의 실액을 밝힐 수 있는 방법이 없는 때에 한하여 예외적으로 허용되는 것이므로, 납세자가 소득세법이 정하는 장부를 비치·기장한 바 없다고 하더라도 계약서 등 다른 증빙서류를 근거로 과세표준을 계산할 수 있다면 과세표준과 세액은 실지조사 방법에 의하여 결정하여야 하고 추계조사 방법에 의해서는 아니 되고, 납세자 스스로 추계의 방법에 의한 조사결정을 원하고 있다는 사유만으로는 추계조사의 요건이 갖추어진 것으로 볼 수 없다(대법원 1999. 1. 15. 선고 97누20304 판결, 대법원 2012. 9. 13. 선고 2011두9560 판결 등 참조).

• 나) 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 든 증거들과 을 제1, 2호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 사정들, 즉 ① 원고는 2017. 6. 1. 이 사건 토지에 대한 매매차익 예정신고를 하였는데, 매매차익 예정신고의 경우에도 증명서류 등에 의한 실액방법으로 산정하는 것이 원칙이고 원고도 위 매매차익 예정신고를 함에 있어 증명서류에 따라 매매가액을 실지거래가액인 249,480,000원으로, 필요경비를 취득가액58,370,000원과 취·등록세 2,685,020원을 합한 61,055,020원으로 산정한 점, ② 그럼에도 원고는 2017년 귀속 종합소득세 과세표준확정신고를 함에 있어서는 이 사건 토지의 매매대금 249,480,000원을 유일한 수입금액으로 하면서, 위 매매차익 예정신고와 달리 단순경비율을 적용하여 소득금액을 추계금액으로 산정하였는바, 이는 소득세법 제80조 제2항 제1호 의 ‘신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우’에 해당한다고 볼 수 있는 점[원고는, 소득세법 제80조 제2항 제1호 의 ‘신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우’란 신고 내용에서 누락된 것이거나 서면의 형식적인 미비 또는 오류를 말하는 것 인바, 원고의 2017년 귀속 종합소득세 과세표준신고서의 신고 내용에 누락된 것이 있거나 서면의 형식적인 미비 또는 오류가 없으므로, 이 사건 처분인 종합소득세 경정결정을 할 수 없다고 주장하나, 종합소득세 과세표준확정신고서 외의 다른 자료에 의하여도 그 신고 내용에 오류 또는 탈루가 있음을 인정할 수 있다고 할 것이므로(대법원 2007. 10. 26. 선고 2006두16137 판결 참조), 원고의 위 주장은 받아들이지 아니한다], ③ 원고가 종합소득세를 신고함에 있어 단순경비율을 적용받을 수 있는 경우에 해당한다고 하더라도, 앞서 본 바와 같이 실지조사 방법에 의하여 과세표준과 세액을 결정할 수 있다면 단순경비율을 적용한 추계의 방법으로 과세표준과 세액을 결정할 수는 없는 점, ④ 피고는 이 사건 토지에 대한 매각결정통지서, 매매계약서 등 증빙서류에 따라 원고가 신고한 수입금액을 그대로 인정하고 필요경비를 취득가액 58,370,000원과 취·등록세 2,685,020원을 합한 61,055,020원으로 인정하여 이를 근거로 과세표준과 세액을 결정한 점, ⑤ 소득세법 제160조의2 제1항 에 따르면 사업소득금액을 계산함에 있어서 필요경비로 인정받기 위해서는 증빙서류를 갖추어야 할 의무가 있고, 원고가 부동산매매업을 하는 경우 그 필요경비는 대부분 원고의 지배영역 안에 있으며 과세관청이 그 증명을 하는 것이 어려우므로 원고에게 증명의 필요성이 있다고 봄이 타당한데 원고는 피고의 요청에도 불구하고 필요경비라고 주장한 은행 및 사채이자, 차량경비 등에 관한 증빙서류를 전혀 제출하지 아니한 점 등을 종합하여 보면, 피고가 실지조사방법에 의하여 원고의 2017년 귀속 종합소득세의 과세표준과 세액을 경정하여 이 사건 처분을 한 것은 적법하므로, 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 아니한다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.