건물을 철거하여 토지만을 이용하려는 목적이었음이 명백한 경우라고 할 수 없음

사 건 의정부지방법원 2019구단7353 양도소득세부과처분취소 원 고 박○○ 피 고

○○세무서장 변 론 종 결 2020.06.22. 판 결 선 고 2020.07.20.

1. 원고 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2019. 1. 4. 원고에게 한 2018년 귀속 양도소득세 244,968,170원의 부과처분 중 71,474,613원을 초과하는 부분을 취소한다.

• 가. oo시 oo구 oo동 oo 대 1,400㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)와 지상일반 철골구조 철근 콘크리트 지붕 지상 1층 내지 5층, 연면적 1,368㎡의 건물(2001. 4.6. 건축허가를 받아 2001. 11. 9. 사용승인을 받음, 이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)의 소유자는 2002. 3. 9.경 □□자동차 주식회사(이하 ‘□□’이라 한다)에 이 사건 건물 1층 일부를 임대하고, 2002. 3. 11. 이 사건 토지에 채권최고액 1억 원의 근저당권을 설정해주었는데, 위 임대차계약은 수차례 갱신을 거쳐 2012. 5. 3. 아래와 같은 내용으로 갱신되었다.

○ 보증금 1억 원, 차임 월 1,850만 원(부가가치세 별도), 관리비 100만 원(부가가치세 별도)+실비

○기간: 2012. 2. 7.부터 2014. 2. 6.까지

○임대차 목적물의 표시: 이 사건 건물 중 1층 337.2㎡와 해당 대지 지분

○제6조 (주차장 및 부대시설의 이용)

① 임대인은 임차인에게 후면의 주차장을 무료로 제공한다. 제15조 (채권보존)

① 임대인은 임차인의 임대차보증금에 대해 채권보전을 위하여 임대차목적물의 토지에 임대차보증금의 100%에 해당하는 금액을 근저당권 설정하기로 하며, 그 비용은 임차인의 부담으로 한다.

• 나. 원고는 2012. 5. 31. 아래와 같이 이 사건 토지와 미등기 상태의 이 사건 건물을일괄하여 52억 원에 매수하는 내용의 매매계약을 체결한 후, 7. 2. 이 사건 토지에 관한 소유권이전등기를 마치고, □□과의 위 임대차계약을 승계하였으며(이 사건 건물 나머지는 공실인 상태임), BB은행에 이 사건 건물 등을 공동담보로 제공하고 채권최고액 48억 원의 근저당권을 설정하였다가 2015. 1. 30. 해지, 말소하고 같은 날 CC금고에 채권최고액 67억 2,000만 원의 근저당권을 설정하였다.

○매매대금 52억 원(계약금 5억 2,000만 원, 잔금 46억 8,000만 원은 2012. 7. 2. 지불하기로, 보증금 1억 원을 승계함)

○제3조 (제한물권 등의 소멸) 매도인은 위 부동산에 설정된 저당권, 지상권, 임차권 등 소유권의 행사를 제한하는 사유가 있거나, 제세공과금 기타 부담금의 미납금 등이 있을 때에는 잔금 수수일까지 그 권리의 하자 및 부담 등을 제거하여 완전한 소유권을 매수인에게 이전한다. 다만, 승계하기로 합의하는 권리 및 금액은 그러하지 아니하다. (□□, 근저당권설정 채권최고액 1억 원 및 전세보증금)

○특약사항: 1. 매도인은, 건물의 건축주는 잔금 지불시까지 건물 소유권보존등기를 마치기로 한다(매도인 부담).

2. 매도인은 잔금 지불일 이전까지 이 사건 건물 2, 3층의 음식점(한우야 한우야) 1) 을 명도하여 매수인이 소유권이전 및 사용할 수 있도록 하여야 하며, 이를 어길 경우 본 계약을 해지하고 계약금의 배액을 매수인에게 지불하기로 한다.

부가가치세법 제3조 제6항 의 규정에 의한 사업양도에 따른 부가가치세의 면제를 받기 위하여 매수인에게 사업 일체를 포괄적으로 양도한다.

• 다. □□이 퇴거(위 가.항 근저당권은 2014. 5. 27. 해지로 말소됨)하면서 원고는2014. 9. 29. 이 사건 건물에 대한 철거신고를 한 후, 10. 5.부터 11. 30.까지 철거하였다.
• 라. 원고는 2017. 12. 29. 주식회사 ▲▲(원고가 대표자이고, 원고와 매수인 주소가 ‘oo시 oo구 oo동 oo호’로 동일함)에 이 사건 토지를 67억 원에 매도하는 내용의 계약을 체결한 후, 2018. 1. 5. 매수인에게 소유권이전등기를 마쳤다.
• 마. 원고는 2018. 3. 31. 피고에게 양도소득세를 311,356,750원으로 신고하고, 납부하였다.
• 바. 피고는 매입가액 52억 원에서 이 사건 건물의 취득가액으로 412,648,670원을 부인하고 취득가액 중 중개수수료 1억 2,000만 원과 기타(조AA) 5,000만 원을 부인하여 2019. 1. 4. 원고에게 2018년 귀속 양도소득세로 244,968,170원(가산세 포함)을 부과하였다(이하 ’이 사건 처분‘이라 한다).
• 사. 원고는 이에 불복하여 2019. 3. 29. 조세심판원장에게 조세심판을 청구하였으나, 8. 28. 기각되었다(8. 30. 송달됨).
• 아. 한편, 원고가 이 사건 토지와 건물을 매수할 때 양도인과의 특약에 따라 임대사업을 포괄적으로 양수함으로써 원고는 납부해야 할 부가가치세를 징수당하지 않았다. [인정증거: 갑 제1 내지 9호증, 을 제1 내지 4호증]

• 가. 원고 주장 2012년 초순경 건물을 신축하기 위해 토지를 물색하던 중 이 사건 토지를 발견하여 매수하게 되었는데, 당시 이 사건 건물은 미등기상태에다가 지붕에서 물이 새고 전기와 수도 공급에 문제가 발생하는 등 노후하고 임차인들도 정상적으로 영업하는데 상당한 어려움을 겪는 등 이를 통해 수익을 창출하는 것이 사실상 불가능하였고, 이 사건건물의 대부분이 공실이었다. 근저당권이 설정되어 있어 임대차계약을 승계하지 아니하면 양도인이 채무를 이행하지 않을 경우 경매를 통해 소유권을 상실할 위험이 있어 부득이하게 임대차계약을 승계하였을 뿐, □□으로부터 임대수익을 얻기 위해 이사건 건물을 취득한 것이 아니고, □□에 차임에 관한 세금계산서를 발급하기 위하여 사업을 포괄적으로 양수하고 사업자등록을 하였으며, 차임은 사실상 토지 사용에 따른 차임에 해당한다. □□을 위해 2012. 12. 17.부터 2013. 12. 30.까지 7회에 걸쳐 883만 원 정도의 수리비를 지출하기도 하였다. 따라서 원고는 토지만을 이용하기 위하여 지상 건물을 함께 취득한 후 건물을 철거하고 토지만 양도한 경우에 해당하므로 이 사건 건물의 취득가액 412,648,670원을 필요경비로 산입해야 하고, 그 경우 정당한 양도소득세는 71,474,613원이므로 이 사건 처분 중 이를 초과한 부분은 위법하다.
• 나. 관계 법령 구 소득세법(2018. 12. 31. 법률 제16104호로 일부개정되기 전의 것) 제97조(양도소득의 필요경비 계산)

① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액. 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 나목의 금액을 적용한다.

• 가. 제94조제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액
• 나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것 구 소득세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28637호로 일부개정되기 전의 것) 제89조(자산의 취득가액등)

① 법 제39조제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액에 따른다.

1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 취득세·등록면허세 기타 부대비용을 가산한 금액 제163조(양도자산의 필요경비)

③ 법 제97조제1항제2호에서 "자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2제2항에 따른 증명서류를 수취·보관한 경우를 말한다.

3. 양도자산의 용도변경·개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용

• 다. 판단 원칙적으로 양도소득금액은 토지와 건물을 구분하여 계산하는데, 원고가 이 사건 토지만 이용할 목적으로 이 사건 건물을 함께 취득한 것으로 보아 이 사건 건물의 취득가액을 이 사건 토지의 양도와 관련하여 필요경비로 공제할 수 있는지가 이 사건의 쟁점이다. 살피건대, 앞서 본 인정사실에 의하면, 원고가 이 사건 건물을 적극적으로 이용할 의사는 없었다고 볼 여지가 크다. 그러나 이 사건 건물에 대한 구체적인 철거시기가 미리 확정되어 있었다고 볼만한 근거도 없고, 원고가 이 사건 건물을 함께 취득하여 사업자등록까지 마친 후 임대인으로서의 지위를 승계하고 2년가량 이 사건 건물을 사용한 이상 당초부터 건물을 철거하여 토지만을 이용하려는 목적이었음이 명백한 경우에 해당한다고 보기 어렵다. 그리고 원고가 근저당권 때문에 □□과의 계약을 승계할 수밖에 없었다는 취지의 주장은 이해하기 어렵다. 따라서 피고가 이 사건 토지의 양도차익을 산정함에 있어서 이 사건 건물의 취득가액을 필요경비에서 제외한 것은 타당하여 이 사건 처분은 적법하다.

그렇다면, 원고 청구는 이유 없어 이를 기각한다. 재판장 판사 정〇〇 1)

2012. 5. 20.경 퇴거함