대주주가 양도하는 중소기업주식에 대하여 20%의 양도세율 적법여부

사 건 2018-구합-15811 양도소득세경정거부처분취소 원 고 AAA 피 고 ooo세무서장 변 론 종 결

2019. 04. 02. 판 결 선 고

2019. 04. 23.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2018. 1. 4. 원고에 대하여 한 2016년도 귀속 양도소득세 부과처분의 경정청구에 대한 거부처분을 취소한다.

• 가. 원고는 주권비상장법인인 BBB주식회사(이하 ‘이 사건 회사’라고 한다)의 총 발행주식수의 45%를 보유하였던 주주이다.
• 나. 원고는 2016. 6. 24. CCC에게 이 사건 회사의 주식 2,000주(이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 5억 원에 양도하고, 2016. 8. 26. 이 사건 주식의 양도로 인한 양도소득금액을 487,500,000원으로 하여 이에 대한 양도소득세 97,000,000원(양도소득세율 20% 적용)을 신고 및 납부하였다.
• 다. 원고는 2018. 1. 2. ‘이 사건 주식은 비상장 중소기업의 주식인데 구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것, 이하 ’구 소득세법‘이라 한다) 제104조 제1항 제11호 (나)목에서 규정하는 대주주에는 비상장 중소기업의 대주주가 포함되지 않으므로 20%가 아니라 10%의 양도소득세율을 적용하여야 한다’는 이유로 이미 납부한 양도소득세 97,000,000원 중 48,500,000원을 감액하여 달라는 취지의 경정청구를 하였다.
• 라. 피고는 2018. 1. 4. ‘비상장주식의 경우에도 대주주가 양도하는 중소기업의 주식에는 20%의 양도소득세율이 적용된다’는 이유로 원고의 경정청구를 거부하는 처분을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고 주장의 요지 구 소득세법 이전에는 모든 중소기업 주식의 양도소득에 대해서는 10%의 세율이 적용되었으나, 구 소득세법은 제104조 제1항 제11호 (나)목에서 중소기업 주식의 양도소득에 대해서 10%의 세율이 적용되는 경우를 ‘대주주가 아닌 자가 양도하는 경우’로 한정함으로써 대주주가 양도하는 경우에는 20%의 세율이 적용되도록 개정하였다. 그런데 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 (가)목에서 ‘대주주’의 범위를 대통령령에 위임하여 같은 법 시행령 제157조 제4항에서 이를 규정하였으나, 위 ‘대주주’는 ‘주권상장법인의 대주주’를 의미하는 것으로서 ‘주권비상장법인의 대주주’의 범위에 대하여는 별도로 위임한 바가 없다. 따라서 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 (나)목에서의 ‘대주주’는 ‘주권상장법인 중 중소기업의 대주주’를 의미하는 것이므로, 주권비상장법인인 중소기업의 주식에 해당하는 이 사건 주식의 양도에 대해서는 10%의 양도소득세율이 적용되어야 한다.
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단 살피건대, 관계 법령의 규정 내용에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 주권비상장법인의 경우에도 구 소득세법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제27829호로 개정되기 전의 것. 이하 ‘구 소득세법 시행령’이라 한다) 제157조 제4항에 해당하면 ‘대주주’라고 봄이 상당하고, 이러한 대주주가 중소기업의 주식을 양도하는 경우에는 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 (다)목에 따라 20%의 양도소득세율을 적용하는 것이 타당하므로, 원고의 주장은 받아들이지 아니한다.

1. 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 (나)목에서는 양도소득의 범위에 대하여 ‘주권상장법인이 아닌 법인의 주식 등’으로 규정하고 있어, 주권비상장법인의 주식인 경우에는 대주주와 대주주가 아닌 주주를 구분하지 아니하고 모두 양도소득의 범위에 포함하고 있다. 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 (가)목의 위임에 따라 구 소득세법 시행령 제157조 제4항 에서는 ‘법인의 주식 등을 소유하고 있는 주주 및 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 그와 다음 각 목의 구분에 따른 자(직계존비속, 친족관계 등, 이하 ’기타주주‘라 한다)가 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 소유한 주식 등의 합계액이 해당 법인의 주식 등의 합계액에서 차지하는 비율이 100분의 1 이상인 경우 해당 주주 1인 및 기타주주’(제1호) 내지 ‘주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 및 기타 주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식 등의 시가총액이 25억 원 이상인 경우의 해당 주주 및 기타주주’(제2호)를 ‘대주주’로 규정하고 있어, 주권상장법인과 주권비상장법인을 구분하지 아니하고 ‘대주주’의 범위를 정하고 있다.

2. 구 소득세법 시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17032호로 개정되기 전의 것) 제157조 제4항, 제5항에서는 ‘유가증권 시장에 상장된 주권을 발행한 법인(주권상장법인)의 주식’과 ‘한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식’의 양도를 구분하여 규정하면서, 주권상장법인의 대주주에 대하여만 그 범위를 규정하고 있었는데, 위 구 소득세법 시행령에 의하더라도 주권상장법인의 대주주의 개념을 주권비상장법인의 대주주에도 동일하게 적용하여야 하는 것으로 해석하였을 뿐만 아니라(대법원 2007. 11. 29. 선고 2006두18041 판결 참조), 그 후 개정된 구 소득세법 시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17032호로 개정된 것) 제157조 제4항에서는 ‘주권상장법인’과 ‘주권비상장법인’을 구분하지 아니하고 ‘대주주’의 개념을 동일하게 적용하도록 규정한 것으로 보인다.

3. 구 소득세법 시행령(2005. 8. 5. 대통령령 제18988호로 개정된 것)에서 구 소득세법 시행령에 이르기까지 ‘대주주’에 해당하기 위한 요건을 ‘코스닥시장상장법인의 주식’, ‘코넥스시장상장법인의 주식’, ‘벤처기업의 주식’ 및 ‘기타 법인의 주식’을 구분하여 달리 규정하고 있는바, 위와 같은 규정 또한 주권비상장법인의 주식의 경우에도 ‘대주주’가 존재함을 전제로 한 규정이라고 보아야 한다.

4. 구 소득세법 시행령 제157조 제4항 제2호 에서 보유하고 있는 주식 등의 시가총액에 따라 ‘대주주’의 개념을 규정하고 있는데, 구 소득세법 시행령 제157조 제6항 제1호 에서는 ‘주권상장법인의 주식 등’의 시가총액 산정기준을, 제2호에서는 ‘그 외의 모든 주식 등’의 시가총액 산정기준을 각 규정하고 있는 것으로 보이는바, 이는 주권비상장법인의 경우에도 시가총액에 의한 ‘대주주’ 여부를 판단하기 위한 규정이라고 봄이 상당하다.

5. 한편, 2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정된 소득세법 제94조 제1항 제3호 (가)목에서 ‘대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주’라고 규정하여(구 소득세법에서는 ‘대통령령으로 정하는 대주주’라고만 규정하였다) 그 위임 범위를 명확히 규정하였고, 원고는 위와 같은 사정에 비추어 보면 구 소득세법은 ‘비상장법인의 대주주’의 범위에 대하여는 규정하지 않은 것으로 보아야 한다고 주장한다. 그러나 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 (가)목에서는 ‘대통령령으로 정하는 대주주‘ 바로 뒤에 ”(이하 이장에서 ‘대주주’라 한다)”라는 규정을 덧붙임으로써 대주주의 개념을 같은 장에서 통일적으로 사용할 것임을 분명히 하였고 구 소득세법 제94조 및 제104조는 모두 제3장에 속하는 규정인 이상, 구 소득세법이 주권상장법인의 대주주에 한정하여 대통령령으로 정하도록 위임한 것이라고 볼 수는 없다. 오히려 소득세법 및 소득세법 시행령의 개정 경과와 내용 등에 비추어 보면, 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 (가)목과 (나)목은 과세대상이 되는 양도소득을 각 규정한 것이고, 소득세법 시행령은 2017. 2. 3. 대통령령 제27829호로 개정되기 전까지는 양도소득세의 세율에 영향을 미치는 대주주 기준에 관하여 제157조 제4항에서 일괄하여 규정하고 있다가, 그 이후 상장법인과 비상장법인을 구분하여 대주주 기준을 명시하는 내용으로 개정한 것으로 보인다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.