비용이 실제로 지출되었다는 점에 대하여는 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있음

사 건 2018구합15767 부가가치세부과처분취소 원 고 이◯◯ 피 고

○○세무서장 변 론 종 결 2020.07.07 판 결 선 고 2020.09.08

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2017. 11. 1. 원고에 대하여 한 별지 목록 기재 부가가치세 부과처분을 모두 취소한다.

• 가. 원고는 2012. 10. 5.부터 AA시 AA로 1426, 2층 1호에서 ‘BB’라는 상호로 의료기기 도소매업을 영위하고 있다.
• 나. 원고는 2016. 3. 30., 2016. 6. 27., 2016. 6. 29. ‘CC’(이하 ‘이 사건 거래처’라 한다)으로부터 3회에 걸쳐 공급가액 합계 79,969,500원의 세금계산서(이하 ’이사건 세금계산서‘라 한다)를 수취하여 그 합계액 상당액을 2016년 1기분 매입세액으로 공제하여 부가가치세를 신고․납부하였다.
• 다. ◯◯지방국세청은 2016. 6. 30.부터 2016. 8. 31.까지 이 사건 거래처에 대한 거래질서조사를 실시하여 이 사건 거래처가 실물거래 없이 세금계산서를 발급 및 수취한 사실을 확인하고, 이 사건 거래처의 실제 대표인 DD를 수사기관에 고발 조치하였다. △△세무서장은 이와 같은 세무조사 자료를 바탕으로 2016년 제1기 과세기간 동안이 사건 거래처의 매출처에 관하여 세무조사를 실시하였고, 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 발급된 것으로 보아 관련 과세자료를 피고에게 통보하였다.
• 라. 이에 피고는 이 사건 세금계산서에 따라 공제한 매입세액을 전액 부인하여2017. 11. 1. 원고에게 2016년도 1기분 부가가치세 14,344,920원(가산세 포함)을 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다).
• 마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2018. 2. 5. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2018. 6. 19. 그 청구가 기각되었다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 을 제1 내지 5호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 원고는 이 사건 거래처와 실제로 거래를 하였고, 그 이후에 발생된 분쟁으로 거래를 취소하였다가 갈등이 해결되어 부가가치세를 재신고한 것이다. 이 사건 거래처에 대한 세무조사 종결보고서는 원고에 대한 사실 확인 등 충분한 조사가 이루어지지 않은 상태에서 납세의무자 아닌 DD의 일방적 진술에 의존한 것에 불과하여 과세자료로 삼을 수 없고, 피고가 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 허위의 것이라는 점을 충분히 증명하였다고 볼 수 없다. 또한 DD가 이 사건 거래처를 운영하면서 2016년 1기분 부가가치세에 관하여 거짓 세금계산서를 발급하였다는 사실에 관하여 검찰청으로부터 불기소처분을 받기도 한 점, 원고가 실제 거래가 있었음을 증명하는 증거들을 제출한 점에 비추어 보면, 이 사건 세금계산서가 가공의 세금계산서라는 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하고, 취소되어야 한다(원고는 제5회 변론기일에서 별지 목록 제5항 기재 처분만을 다투는 것으로 청구원인을 특정하였다. 원고는 청구취지상 별지 목록 제1 내지 4항 기재 부가가치세 부과처분에 관하여도 취소를 구하나, 이에 관하여는 구체적인 청구원인을 밝히지 않아 받아들일 수 없다).
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 인정사실

1. DD는 2011. 8. 1. EE EE구 EE로 64가길 12-1을 사업장 소재지로, 연구개발 서비스업을 주 업종으로 하여 이 사건 거래처를 개업하였다. 이 사건 거래처는 2016. 6. 10. DD와 FF이 공동사업을 하는 것으로 사업자등록 명의가 정정되었다가, 2016. 7. 13. FF이 단독 대표자로 이 사건 거래처를 운영하는 것으로 정정되었다. HH세무서는 2016. 9. 5.부터 2016. 11. 13.까지 이 사건 거래처에 대한 세무조사를 실시하여 DD를 이 사건 거래처의 실제 사업자로 보아 대표자를 직권 정정하였고, 2016. 11. 9. 이 사건 거래처를 직권으로 폐업하였다.

2. GG지방국세청은 이 사건 거래처에 대한 세무조사결과 DD가 2014년 2기부터 2015년 2기까지의 신고한 부가가치세 중 매출세금계산서 발급금액 약 2,188,000,000원, 매입세금계산서 수취금액 약 2,001,000,000원 중 매출세금계산서 약 2,143,000,000원, 매입세금계산서 수취금액 약 1,969,000,000원이 실물거래 없이 발급 및 수취되었다고 판단하여 DD를 조세범처벌법 등 위반으로 고발하였다. DD는 세무조사 과정에서 GG지방국세청이 가공의 세금계산서로 판단한 부분이 모두 실제거래 없이 가공 세금계산서를 발급․수취하였다는 내용의 자술서를 제출하고, 조세범칙혐의자 심문과정에서도 동일하게 진술하였다.

3. HH세무서가 실시한 이 사건 거래처에 대한 세무조사 과정에서 현장을 확인한결과 이 사건 거래처가 2016년 1기 과세기간 동안 실제 거래 없이 II덴탈을 운영하던JJ으로부터 합계 2,850,000,000원의 세금계산서를 수취하고 대금을 송금하지 않은사실을 확인하였다. 또한 이 사건 거래처의 사업용 계좌에서 원고가 운영하는 ‘BB’의 대금 입금 내역이 확인되지 않았고, 다른 매출처들의 경우에도 금융거래내역이 확인되지 않거나 실제 거래에 따른 거래로 보기 어렵다는 이유로 HH세무서는 2016년 1기 과세기간 동안 이 사건 거래처가 발급한 매출세금계산서 전부를 거짓 세금계산서로 판단하였다.

4. HH세무서장은 이 사건 거래처가 2016년 1기 부가가치세 과세기간 중에 발급한 매출세금계산서 3,068,703,347원 및 수취한 매입세금계산서 2,850,000,000원 전부가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 보아 2016. 11. 23. DD에게 2016년 1기 부가가치세(세금계산서불성실 가산세) 118,374,060원을 재경정․고지하였다. 이에 DD는 2016년 1기 과세기간 중 이 사건 거래처의 실제 사업자는 FF이라는 취지로 부가가치세 부과처분을 다투는 행정소송을 제기하였으나, DD가 이 사건 거래처를 실질적으로 운영하였다는 이유로 그 청구가 기각되었고(서울행정법원 2017구합74818호), 이에 대한 항소(서울고등법원 2018누60832호) 및 상고(대법원 2019두30409호)가 모두 기각되어 판결이 확정되었다. [인정근거] 앞서 든 증거, 을 제6 내지 12호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 라. 판단 납세의무자가 신고한 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 과세관청에 의해실물거래 없이 허위로 작성된 것이 판명되어 그것이 실지비용인지의 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 입증되었다면, 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 대하여는 그에 관한 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 2014. 12. 11. 선고 2012두20618 판결 등 참조). 앞서 인정한 사실과 앞서 든 증거 및 갑 제2 내지 14호증의 각 기재, 증인 KK의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정에 비추어 보면,이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었거나 그 기재 내용이 사실과 다르다는 점이 피고에 의해 상당한 정도로 증명되었고, 원고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 세금계산서가 실제 거래를 바탕으로 한 세금계산서라는 점을 인정하기에 부족하다. 따라서 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 작성된 세금계산서라는 전제에서 피고가 한 이 사건 처분은 적법하고, 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

① DD는 2014년 2기부터 2015년 2기까지의 과세기간 동안 이 사건 거래처가 수취․발급한 대부분의 세금계산서가 실제 거래 없이 발급된 가공의 세금계산서라는 사실은 인정하였다. 또한 2016년 1기 과세기간에 이 사건 거래처가 수취․발급한 세금계산서 전부가 실제 거래 없이 발급된 가공의 세금계산서라는 전제에서 HH세무서장이 부과한 부가가치세에 관하여도 DD는 소송을 통해 세금의 귀속주체, 동업관계로 인한 분담비율에 관하여만 다투었을 뿐 수취․발급한 세금계산서가 실제 거래에 따른 것이라는 취지로 다투지는 않았다. 이러한 경위에 비추어 보면 DD가 원고에게 발급한 세금계산서가 실제 거래 없이 발급된 것이라는 점이 추단된다.

② 이 사건 거래처에서 세금계산서 발급업무를 담당한 KK은 이 법원에서 증언하면서 자신이 이 사건 거래처를 실질적으로 운영한 대표자이고, 이 사건 거래처가2016년 1기에 수취한 2,850,000,000원의 세금계산서는 모두 실질 거래에 의한 것이며, 원고와는 월말에 결제하거나 물건이 팔리는 대로 대금을 지급받는 신용거래 방식으로 거래하였다고 증언하였다. 그러나 이러한 증언은 DD가 제기한 행정소송에서 이 사건 거래처의 실질적 운영자가 DD라고 인정된 점, 2016년 1기에 이 사건 거래처로 세금계산서를 발급한 JJ과의 실제 거래를 증명할 자료가 없고, 금융거래내역도 존재하지 않은 점, 원고와 이 사건 거래처간의 대금지급에 관한 금융거래내역도 다음에서 보는 바와 같이 믿기 어려운 점 등에 비추어 신빙성이 낮다.

③ 원고는 이 사건 세금계산서와 관련하여 DD로부터 대금을 받은 것이라고 주장하며 금융거래내역을 제출하였다. 그러나 원고가 주장하는 최초 입금일은 2017. 6. 1.로서 이 사건 세금계산서가 발급되고 상당한 기간이 경과한 후이고, HH세무서가 이 사건 거래처에 관하여 세무조사를 마친 뒤에 이루어진 금융거래로서 이러한 거래내역이 이 사건 세금계산서에 관한 실제 거래가 있었음을 뒷받침한다고 보기 어렵다. 특히 DD로부터 원고에게 지급된 돈 중 상당한 액수는 입금된 날 또는 그 다음날 KK에게 다시 입금되었는바 이러한 사실에 DD가 세무조사과정에서 조작된 금융거래내역에 관한 자료를 사용하기도 하였던 사정을 보태어 보면, 원고가 제출한 금융거래내역이 이 사건 세금계산서에 관한 거래를 증명한다고 볼 수 없다.

④ 또한 원고는 DD가 작성한 납품증명서, 원고가 작성한 진술서 등을 실제 거래에 관한 증거로 제출하였으나 이러한 증거들이 객관적인 증거라고 보기 어렵고, 거래와 관련된 납품, 배송 등에 관한 객관적인 자료로 뒷받침 되지도 않는 점에 비추어이러한 증거들만으로 이 사건 세금계산서에 관한 실제 거래가 있었다는 사실이 증명된다고 볼 수 없다.

⑤ 행정재판은 반드시 검사의 불기소사실에 구속받는 것은 아니고 법원은 증거에의한 자유심증으로써 그와 반대되는 사실을 인정할 수 있다(대법원 1987. 10. 26. 선고87누493 판결 등 참조). 비록 HH세무서장이 이 사건 세금계산서와 관련하여 DD를 고발한 사건에서 검사가 불기소처분을 한 사실은 인정되나, 앞서 본 사정들에 비추어 DD가 형사사건에서 불기소처분을 받았다는 사실만으로 이 사건 세금계산서에 관한 실제 거래가 증명되었다고 보기 어렵다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.