법인세법 시행령 제104조 제2항 제3호에 따라 부과처분 당시 ‘소기업에 폐업한 때’에 해당하는 경우 단순경비율로 추계결정하여야 하는지 여부

사 건 2018구합14184 법인세부과처분취소 원 고

1. 라AA

2. 강BB 피 고 의정부세무서장 변 론 종 결 2019.05.14. 판 결 선 고 2019.06.25.

1. 피고가 2017. 5. 18. 원고들을 주식회사 ○○의 제2차 납세의무자로 지정하여 원고 라AA에 대하여 한 2015 사업연도 법인세 29,308,211원(가산세 포함)의 부과처분, 원고 강BB에 대하여 한 2015 사업연도 법인세 24,423,509원(가산세 포함)의 부과 처분을 각 취소한다.

2. 소송비용은 각자 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 주식회사 ○○(이하 ‘소외 회사’라 한다)는 침구류 제조업 등을 목적으로 2013. 3. 15. 설립된 회사로 조세특례제한법 제7조 제1항 제2호 가목에 따른 소기업(이하 ’소기업‘이라 한다)이고, 2016. 5. 25. 피고에 의해 직권폐업되었으며, 원고 라AA은 소외 회사 주식의 48%를 보유하는 주주이자 대표이사이며, 원고 강BB은 원고 라AA의 아들로 소외 회사 주식의 40%를 보유하고 있는 주주이다.
• 나. 피고는 소외 회사가 2015 사업연도 법인세의 과세표준과 세액을 신고하지 아니하고 소득금액 계산에 필요한 장부나 그 밖의 증명서류를 제출하지 아니하자, 2017. 3. 7. 소외 회사에 대하여 법인세법 제66조 제1항, 제3항, 같은 법 시행령 제104조 제1항 제1호 및 제2항 제1호에 따라 기준경비율에 의한 추계결정 방법으로 2015 사업연도 법인세 64,964,770원(가산세 포함)을 결정·고지하였다.
• 다. 소외 회사가 위와 같이 결정·고지된 2015 사업연도 법인세를 납부하지 아니하자, 피고는 2017. 5. 18. 원고들을 소외 회사의 제2차 납세의무자로 지정하여 원고 라AA에 대하여 당시 소외 회사의 체납세액 67,693,280원(가산세 및 가산금 포함) 중 그 주식보유 지분율 48%에 해당하는 32,492,760원을, 원고 강BB에 대하여 그 주식보유 지분율 40%에 해당하는 27,077,300원을 납부할 것을 각 통지하였다.
• 라. 원고들은 이에 불복하여 2017. 8. 16. 피고에게 이의신청을 하였는데, 피고는 2017. 10. 12. 소외 회사가 임차료 15,000,000원을 지출하였다고 인정하여 소외 회사의 2015 사업연도 법인세를 61,058,770원(가산세 포함)으로 감액경정하였고, 그에 따라 원고들에 대한 부과처분도 원고 라AA은 29,308,211원, 원고 강BB은 24,423,509원으로 각 감액되었으나(이하 위와 같이 감액경정된 원고들에 대한 법인세 부과처분을 ‘이 사건 각 처분’이라 한다), 원고들의 그 밖의 매입비용 189,763,380원에 관한 주장은 받아들여지지 아니하여 원고들의 위 이의신청은 2017. 11. 3. 각 기각되었다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 7, 8호증, 을 제1 내지 5, 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부에 관한 판단

• 가. 원고들 주장의 요지

1. 소외 회사가 이 사건 각 처분 당시 폐업한 소기업에 해당하므로 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조 제2항 제3호(이하 ‘이 사건 조항’이라 한다)에 따라 단순경비율을 적용하여 법인세 추계결정을 하여야 함에도, 납세의무성립일인 2015. 12. 31. 당시 폐업한 사업자가 아니라는 이유로 같은 항 제1호에 따라 기준경비율을 적용한 이 사건 각 처분은 조세법률주의 원칙에 위배되어 위법하다.

2. 만약 기준경비율을 적용한다 하더라도, 폐업한 소기업인 소외 회사에 대하여 증빙자료가 부족하다는 이유로 매입비용 189,763,380원을 인정하지 아니한 이 사건 각 처분은 실질과세 원칙을 위반하여 위법하다.

• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 이 사건 조항의 적용 여부

• 가) 위 관계 법령의 규정내용에 비추어 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하면, 이 사건 조항은 소외 회사에 대한 추계결정에 의한 법인세 부과처분 당시 소외 회사가 폐업한 경우에도 적용된다고 봄이 상당하다. (1) 법인세법 제66조 제1항, 제3항에 의하면, 내국법인이 과세표준 등의 신고를 하지 아니한 경우 원칙적으로 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 법인세의 과세표준과 세액을 결정하되, 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계할 수 있다고 규정하고 있다. 그 위임에 따라 규정된 같은 법 시행령 제104조 제2항에서는, 원칙적으로 ‘사업수입금액 - 주요경비(매입비용 + 임차료 + 인건비) - 기준경비(사업수입금액 × 기준경비율)’을 과세표준으로 하여 법인세액을 결정하도록 하고 있으나(제1호), 기준경비율이 결정되지 아니하였거나 증빙서류가 멸실될 때에는 기장이 가장 정확하다고 인정되는 동일업종의 다른 법인의 소득금액을 참작하여 그 과세표준을 결정하고, 그러한 법인이 없는 경우로서 과세표준 신고 후 증빙서류가 멸실된 경우에는 신고서 및 그 첨부서류에 의하여, 과세표준 신고 전 증빙서류가 멸실된 경우에는 직전 사업연도의 소득률에 의하여 과세표준을 결정하도록 규정하고 있으며(제2호), 소기업이 폐업한 때에는 ① ’수입금액 - 수입금액 × 단순경비율‘, ② 수입금액에 직전 사업연도의 소득률을 곱하여 계산한 금액, ③ 기준경비율에 의한 금액 중 적은 금액을 과세표준으로 하도록 정하고 있다(이사건 조항).

(2) 기준경비율 방법에 따른 추계과세방법은 소득세법 시행령 제143조 가 2000. 12. 29. 개정되면서 표준소득률 제도를 폐지하고 도입되었는데, 장부가 없는 사업소득자의 소득금액을 추계함에 있어서 총수입금액에 표준소득률을 곱하여 계산한 금액을 소득금액으로 하던 종전 방식과 달리, 주요경비는 지출증빙이 있는 경우에만 비용으로 인정하여 소득금액을 계산하도록 함으로써 기장문화 및 증빙에 의한 근거과세가 이루어질 수 있도록 하기 위한 것으로, 법인세법에도 위 소득세법 시행령의 개정사항이 그대로 반영되었다. 이에 대한 예외로서 도입된 이 사건 조항은, 통상 폐업한 소기업의 경우 적자가 누적되어 소득금액이 없고 내부관리 부실로 장부 등이 멸실된 경우가 많아 기준경비율 방법에 따른다면 과다한 조세를 부담하게 될 것임이 예상되므로, 이를 방지하기 위하여 단순경비율을 이용한 추계방법, 직전 사업연도의 소득률을 이용한 추계방법 등을 통하여 실질과세원칙에 부합하는 과세표준을 인정할 수 있도록 함과 동시에 폐업한 영세납세자에게 납세편의를 제공하려는 데 그 입법취지가 있다고 보인다. 이러한 입법취지를 고려하면, 추계결정에 의한 법인세 부과처분 당시 이미 폐업한 소기업의 경우 폐업한 당해 사업연도뿐만 아니라 그 이전의 사업연도들의 경우에도 마찬가지로 이 사건 조항이 적용되어야 할 필요성이 크다.

(3) 이 사건 조항의 문언, 규정 형식을 살펴보더라도, ‘소기업이 폐업한 때에는’ 단순경비율 등을 이용한 추계방법에 따라 추계결정을 하도록 정하고 있어서, 이 사건 조항이 반드시 폐업한 당해 사업연도의 법인세에만 적용되는 것이라고 단정할 수 없고, 소기업이 폐업한 때에는 그 이전 사업연도의 경우에도 이 사건 조항을 적용하여 추계결정을 할 수 있다고 해석하는 것이 보다 자연스럽다.

(4) 법인세는 기간과세 세목으로 사업연도 종료일에 납세의무가 성립하지만, 추계방법 또한 논리필연적으로 사업연도 종료일을 기준으로 확정된다고 할 수는 없다. 구 법인세법 시행령 제104조 제2항 제2호 에서 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때의 추계방법에 관해 정하고 있는바, 이에 비추어 보더라도 사업연도 종료일 이후에 발생한 사정에 따라 추계방법이 달라질 수도 있는 것이다.

(5) 이 사건 조항에서 이미 조세탈루혐의가 있다고 인정되는 경우에는 그 적용을 배제하도록 정하고 있어서, 이 사건 조항을 악용하여 조세채무를 회피하는 사례를 상당 부분 방지할 수 있을 것으로 예상된다.

(6) 폐업일 이전 과세관청이 추계결정을 하여 기준경비율을 적용하였다가 같은 과세기간에 대하여 폐업일 이후 재차 증액경정하게 되는 경우 단순경비율을 적용하는 것은 모순이 아닌지 문제될 수 있으나, 이는 그 사이 발생한 폐업이라는 사정변경에 따른 소기업의 입증 곤란을 감안하여 실질과세원칙에 부합하는 추계방법을 적용함에 따른 결과일 뿐, 그러한 결과가 과세체계, 형평성, 법적안정성을 해하므로 받아들일 수 없는 것이라 할 수는 없다.

• 나) 이 사건의 경우, 소외 회사는 소기업에 해당하고 2016. 5. 25. 피고에 의해 직권폐업된 사실, 피고가 그 이후인 2017. 3. 7. 소외 회사에 대한 2015 사업연도 법인세를 결정·고지한 사실은 앞서 인정한 바와 같으므로(피고는, 소외 회사가 2017. 3. 7.경에는 폐업상태가 아니었다고도 주장하나, 갑 제10, 11호증, 을 제12, 13호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 위 직권폐업일 이후 소외 회사가 발급받은 매입세금계산서의 금액이 3만 원 이하의 소액에 불과한 사실, 소외 회사의 사업장소재지인 ○○○시 ○○읍 ○○리 ○○○-○ ○○○타워 ○○○호는 2015. 5. 8. 제3자인 장○○이 임차한 사실을 인정할 수 있는바, 위 인정사실에 의하면 소외 회사는 2016. 5. 25. 무렵 실질적인 폐업상태에 있었던 것으로 봄이 상당하고, 소외 회사가 피고에게 폐업신고서를 제출한 바 없거나 법인등기부상 2018. 12. 3.에야 해산간주되었다는 사정만으로 이와 달리 볼 수 없다), 소외 회사에 대한 법인세 부과처분 당시 소외 회사는 폐업한 소기업에 해당하여 법인세 추계결정을 함에 있어 이 사건 조항이 적용되어야 한다.

2. 소결론 따라서 이 사건 조항을 적용하지 아니하고 구 법인세법 시행령 제104조 제2항 제1호 가 정한 기준경비율에 의한 추계결정 방법에 따른 이 사건 각 처분은 위법하다(이와 같이 판단하는 이상 기준경비율을 적용하는 경우 소외 회사의 매입비용을 인정하여야 한다는 원고들의 주장에 관하여는 살펴볼 필요가 없다). 그런데 이 사건에서 제출된 자료에 의하여 소외 회사에 대한 정당한 2015 사업연도 법인세액 및 그에 따른 제2차 납세의무자인 원고들에 대한 정당한 세액의 구체적 액수를 산정할 수 없으므로, 결국 이 사건 각 처분 전부를 취소하기로 한다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.