임대주택에 대한 사업자등록 사실이 없으므로 1세대1주택 판정시 다른 주택으로 보아야 함.

사 건 2018구합12560 양도소득세부과처분취소 원 고 최AA 피 고 B세무서장 변 론 종 결

2018. 9. 6. 판 결 선 고

2018. 10. 18.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2017. 2. 17. 원고에 대하여 한 양도소득세 89,750,843원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 1988. 5. 9. 서울 00구 00동 000-73 대 188㎡ 및 지상 2층주택(토지와 주택을 모두 합하여 이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)에 관하여 매매를 원인으로 소유권이전등기를 마친 후 위 주택에 거주하다가 2015. 7. 23. 전AA과 이 사건 부동산에 관한 매매계약을 체결하고, 2015. 9. 14. 전AA에게 소유권이전등기를 마쳐주었다.
• 나. 원고는 전AA에게 이 사건 부동산을 양도할 당시에 아래 [표]의 기재와 같은 임대주택(이하 ‘이 사건 임대주택’이라 한다)을 소유하고 있었다.
• 다. 원고는 2015. 9. 18. 피고에게 이 사건 임대주택이 구 소득세법(2015. 12. 15. 법률 제13558호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제89조 제1항 제3호 가목 및 구 소득세법 시행령(2015. 10. 23. 대통령령 제26600호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제155조 제19항 제2호에 따른 장기임대주택에 해당한다는 이유로 이 사건 부동산의 양도소득세신고시 1세대 1주택 비과세를 적용하여 납부할 세액이 없다는 신고를 하였다.
• 라. 이에 피고는 원고의 양도소득세 신고의 적격여부를 검토한 후 원고가 소득세법제168조에 따른 사업자등록을 하지 않아 이 사건 임대주택이 구 소득세법 시행령 제155조 제19항 제2호 가 규정한 장기임대주택에 해당하지 않는다는 이유로 1세대 1주택 비과세규정의 적용을 배제하여 2017. 2. 17. 원고에게 2015년 귀속 양도소득세 138,850,399원을 결정·고지하였다(이하 ‘원 처분’이라 한다).
• 마. 이후 피고는 양도소득세 과세표준 계산시 장기보유특별공제를 적용하여야 함에도 이를 누락한 사실을 확인하고, 2017. 3. 7. 원고에게 49,099,556원을 경정·환급하였다(위와 같이 감액 후 잔존하는 원 처분을 이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 바. 원고는 이에 불복하여 2017. 4. 2. 조세심판원에 심판청구 하였으나, 조세심판원은 2017. 9. 6. 청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증, 을 제1호증(가지번호 있는 경우 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 원고는 2004.경 이 사건 임대주택에 관하여 서울시 00구청에 임대주택법에 따른임대사업자등록을 하였고, 같은 날 C세무서에 소득세법 168조 에 따른 사업자등록을 하였으므로, 이 사건 임대주택은 구 소득세법 시행령 제155조 제19항 제2호 가 규정한 장기임대주택에 해당한다.
• 나. 관계법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 과세처분 취소소송에서 비과세요건이나 감면요건, 공제요건 등에 대한 증명책임은 원칙적으로 납세의무자에게 있고, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이며, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2008. 10. 23. 선고 2008두7830 판결, 대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결 등 참조).

2. 그러므로 보건대, 앞서 본 처분의 경위와 을 제2 내지 4호증(가지번호 있는 경우가지번호 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정 즉, ① 구 소득세법 시행령 제155조 제19항 제2호 에서 장기임대주택의 요건으로 임대 주택법 제6조 에 따른 임대주택 등록과 더불어 소득세법 제168조 에 따른 사업자등록을 명확하게 규정하고 있는 점, ② 그럼에도 원고가 소득세법 제168조 에 따른 사업자등록증을 교부받거나, 사업자등록이 되어 있다고 볼만한 아무런 자료가 없고, 오히려 피고가 제출한 국세청 전산 민원접수조회(을 제2호증의 1)상으로 원고가 2004년부터 2007년까지 사업자등록을 신청한 내역을 전혀 발견할 수 없는 점, ③ 실제 이 사건 사업자등록신청을 하였다는 원고의 배우자인 이AA는 이 법정에 증인으로 출석하여 사업자등록신청 당시에 세무서 직원으로부터 접수증을 받아 세무서 직원의 지시에 따라 1층 민원실에 비치된 함에 접수증을 다시 넣은 후 집으로 돌아왔고, 며칠 후 임대사업자등록증을 받았으나, 사업자등록증은 교부 받은 사실이 없다고 밝히고 있는바, 접수증은 신청사실을 증빙하는 서류이자, 이 사건에서 접수사실을 입증할 만한 유일한 객관적인자료로 보임에도 사업자등록증을 교부받지도 않은 상태에서 단순히 직원의 말만 믿고, 이를 세무서에 다시 반납하였다는 것을 선뜻 납득하기 어렵고, 나아가 임대사업자등록증(갑 제2호증)을 교부받았음에도 사업자등록증이 발급 되지 않는 것에 대하여 아무런 항의나 확인을 거치지 않은 사정, 임대소득에 대한 종합소득세를 납부하는 과정에서도 사업자등록번호를 기재하지 않는 사정(을 제3호증) 등에 비추어 사업자등록신청 사실이 있다는 원고 측의 주장 또한 도저히 납득하기 어려운 점, ④ 원고는 1세대 1주택 비과세혜택을 받기 위해서라도 임대주택법에 따른 임대사업자등록만 하고, 소득세법에따른 사업자등록을 누락할 아무런 이유가 없다고 주장하나, 1세대 1주택 비과세요건으로서의 장기임대주택을 규정한 구 소득세법 시행령 제155조 제19항 제2호 는 2011. 10.14. 대통령령 제23218호로 개정되면서 도입된 규정이므로, 원고가 이 사건 임대주택을 취득하였거나, 임대사업자등록을 한 2004년 또는 2007년에는 위 규정이 적용된바 없어 원고가 이를 누락하였다고 볼 여지가 있는 점, ⑤ 양도소득세 감면은 명백한 특혜규정이므로, 엄격하게 해석하여야 함에 비추어 원고가 이 사건 임대주택으로 얻은 임대소득에 대한 종합소득세를 꾸준히 납부하였다는 사정만으로 사업자등록이 있는 것으로 의제하기도 어려운 점 등을 종합해 보면, 원고는 이 사건 임대주택에 관하여 소득세법 168조 에 따른 사업자등록을 하였다고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 이와 반대의 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.