토지거래허가구역이 지정 해제된 경우 양도소득세 부과제척기간의 기산점

사 건 2018구합12157 양도소득세부과처분취소 원 고 정AA 피 고 BBB세무서장 변 론 종 결 2018.06.21 판 결 선 고 2018.07.12

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2015. 12. 7. 원고에 대하여 한 2006년 귀속 양도소득세 463,093,120원(가산세포함)의 부과처분을 취소한다.

처분의 경위

• 가. 원고는 1997. 8. 4. 상속을 원인으로 ◯◯시 ◯◯면 ◯◯리 869-1 대 826㎡를,1997. 9. 4. 매매를 원인으로 같은 리 868-1 전 508㎡(위 각 토지를 모두 합하여 이하‘이 사건 토지’라 한다)를 각 취득하였는데, 이 사건 토지는 토지거래허가구역 내에 위치하고 있다.
• 나. 원고는 2006. 2. 16. CCC개발 주식회사 및 주식회사 DDD(위 각 회사를 합하여 이하 ‘CCC개발’이라 한다)와 이 사건 토지를 1,231,000,000원에 매도하기로하는 매매계약(이하 ‘이 사건 매매계약’이라 한다)을 체결하였고, 같은 날 CCC개발로부터 매매대금 1,231,000,000원을 지급받은 후, 2006. 2. 22. 이 사건 토지에 관하여 EEEE신탁 주식회사(이하 ‘EEEE신탁’이라 한다) 앞으로 신탁등기를 경료하였다.
• 다. 2009. 1. 30. 이 사건 토지에 관한 토지거래허가구역지정이 해제되었고, 피고는 토지거래허가구역 내 토지의 경우 토지거래 허가일이나 해제일이 속한 달의 말일부터 2개월 이내에 양도소득세를 신고하여야 함에도 원고가 이를 하지 않았다는 이유로 2015. 12. 7. 원고에게 2006년 귀속 양도소득세 463,093,120원(가산세 포함)을 결정·고지하였다(이하 '이 사건 처분‘이라 한다).
• 라. 원고는 이에 불복하여 2016. 3. 7. 피고에게 이의신청을 하였으나, 2016. 4. 22.이의신청이 기각되었고, 2016. 7. 19. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2016. 12.28. 심판청구가 기각되었다.

• 가. 원고의 주장

1. 원고는 2006. 2. 16. CCC개발과 이 사건 토지에 관한 매매계약을 체결하고,같은 날 매매대금을 지급받은 후, 신탁등기를 할 경우에 토지거래허가증을 첨부할 필요가 없다는 점을 이용하여 토지거래허가를 잠탈하기 위한 목적에서 2006. 2. 22. EEEE신탁 앞으로 신탁등기를 경료하였다. 이 경우 대금이 청산되고, 신탁등기가 완료된2006. 2. 22. 양도소득세 납세의무가 확정된다고 볼 수 있고, 따라서 이 사건 양도소득세 부과제척기간은 2006년 귀속 양도소득세의 과세표준 확정신고기간이 종료하는 시점의 다음날인 2007. 6. 1.부터 7년이 지난 2014. 5. 31. 만료된다고 할 것인데, 이 사건처분은 그 이후인 2015. 12. 7. 있었으므로, 부과제척기간이 도과하여 위법하다.

2. 원고가 이 사건 매매대금으로 받은 1,231,000,000원 중 400,000,000원을 CCC개발에 돌려준 점 등에 비추어 실지양도가액은 831,000,000원이라 할 것임에도, 1,231,000,000원을 양도가액으로 전제한 이 사건 처분은 위법하다.

• 나. 관계법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 부과제척기간 도과 주장에 대한 판단

• 가) 관련법리 자산의 양도에 따른 양도소득세 부과의 제척기간은 원칙적으로 그 과세표준확정신고기한이 종료하는 시점의 다음날인 자산의 양도시기 다음 연도 6. 1.부터 진행하지만, 토지거래허가지역 내의 토지거래계약이 허가를 받지 아니하여 무효의 상태에 있다면 단지 매매대금이 먼저 지급되어 양도인이 이를 보관하고 있다 하여도 이를 두고 양도소득세 과세대상인 자산의 양도에 해당한다거나 자산의 양도로 인한 소득이 있었다고 할 수 없으므로, 이와 같은 경우의 양도인은 구 소득세법(2009. 12. 31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제110조 제1항 소정의 당해 연도의 양도소득금액이 있는 거주자가 아니어서 과세표준확정신고의무가 없고, 그 후 토지거래허가지역의 지정이 해제되는 등의 사유로 토지거래계약이 확정적으로 유효가 된 때에 양도인에게 비로소 자산의 양도로 인한 소득이 있게 되는 것이므로, 양도인은 토지거래계약이 확정적으로 유효가 된 다음 연도 5. 1.부터 5. 31.까지 같은 법 제110조 제1항 소정의 과세표준확정신고를 하여야 하고, 양도소득세 부과의 제척기간은 그 다음날부터 진행한다(대법원 2003. 7. 8. 선고 2001두9776 판결 등 참조).
• 나) 구체적 판단

(1) 위 법리에 비추어 보건대, 2006. 2. 16. 토지거래허가구역 내에 있던 이 사건토지에 관한 매매계약이 체결되고, 대금을 수령한 이후인 2009. 1. 30. 이 사건 토지에 관한 토지거래허가구역지정이 해제되었으므로, 원고는 그 해제일이 속하는 연도의 다음 연도인 2010. 5. 1.부터 2010. 5. 31.까지 구 소득세법 제110조 제1항 소정의 과세표준확정신고를 하여야 하고, 양도소득세 부과제척기간은 그 다음날인 2010. 6. 1.부터 진행한다고 할 것이다.

(2) 구 소득세법 제110조 제1항 은 토지거래허가구역 안에 있는 토지를 양도하는경우에 토지의 거래계약허가일이 속하는 연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지과세표준확정신고를 하여야 함을 규정하고 있는데, 이는 매매대금을 청산한 후 토지거래허가를 받은 경우 대금청산일을 기준으로 신고납부기한을 정하면 거래당사자가 토지거래허가를 받기 전에는 계약이 무효라는 이유로 양도소득세 신고를 하지 않고 있다가 부과제척기간이 지난 시점에 토지거래허가를 받은 경우 과세관청이 부과권을 상실하게되는 문제가 생길 수 있으므로, 이를 해소하기 위한 목적에서 제정된 것인 점, 토지거래허가를 받은 경우와 토지거래허가지역의 지정이 해제되는 경우 모두 유동적 무효 상태인 토지거래계약이 확정적으로 유효로 되는 동일한 법률효과를 목적으로 하는 점 등에 비추어 보더라도 토지거래허가의 지정이 해제되는 경우를 토지거래허가를 받은 경우와 달리 볼 이유가 없다.

(3) 원고는 이 사건 매매계약이 토지거래허가를 배제하거나 잠탈할 목적으로 체결된 것으로, 확정적으로 무효이므로, 이 경우 토지거래허가를 받는 것을 전제로 신고납부기한을 규정한 구 소득세법 제110조 제1항 이 적용될 여지가 없으므로, 대금청산일또는 EEEE신탁 명의로 신탁등기가 완료된 날을 기준으로 신고납부기한을 정해야한다고 주장하면서 그 근거로 대법원 2011. 7. 21. 선고 2010두23644 판결을 들고 있으나, ① 위 판결은 토지거래허가를 배제하거나 잠탈하기 위한 목적으로 매매가 아닌증여가 이루어진 것처럼 가장하여 매수인 앞으로 증여를 원인으로 소유권이전등기를마친 경우 또는 토지거래허가를 득하지 않고 소유권이전등기를 마치지도 않은 채 제3자에게 전매하여 매매대금을 수수하고 제3자에게 소유권이전등기를 마친 경우에 각 소유권이전등기가 말소되지 않은 채 남아 있고, 매매대금이 반환되지 않은 채 매도인이그대로 보유하는 예외적인 경우에만 양도소득세 과세대상이 된다고 판시한 것인 점,② 이 사건 매매계약이 토지거래허가를 배제하거나 잠탈하기 위하여 체결된 것임을 인정할 객관적인 증거 또는 징표가 없는 점[이 사건 매매계약이 체결된 이후에 EEEE신탁 명의로 신탁등기가 되었을 뿐, 매수인인 CCC개발에 소유권이전등기가 된 바도없고, 매매계약서(을 제2호증)에도 토지거래허가를 배제하거나 잠탈하기 위하여 그와같이 신탁등기를 하는 것임을 추단할 만한 아무런 내용을 발견할 수 없다]2), ③ 설령,토지거래허가를 배제하거나 잠탈하기 위한 목적으로 이 사건 매매계약이 체결된 것이라고 하더라도 신탁등기는 수탁자로 하여금 신탁목적에 국한하여 재산의 관리 등을 할수 있도록 하는 것으로, 소유권을 종국적으로 변동시키는 이전등기와는 그 성질이 다른 사정에 비추어 그 등기의 존재가 매매거래를 완결하는 등기라고 보기 어려운 점 등을 종합해 보면, 이 사건은 위 판결이 적용되는 사안과 여러 모로 다르다 할 것이어서,원고의 주장은 이유 없다.

(4) 따라서 이 사건 양도소득세의 부과제척기간은 이 사건 양도소득세의 과세표준확정신고기간의 다음날인 2010. 6. 1.부터 진행한다고 할 것이고, 이 사건 처분은 그로부터 부과제척기간인 7년이 도과하기 전인 2015. 12. 7. 있었으므로, 원고의 이 부분주장은 이유 없다.

2. 실지양도가액 주장에 대한 판단

• 가) 관련법리 세금부과처분 취소소송에서 과세요건사실에 관한 입증책임은 과세권자에게 있다. 그러나 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실을 추단할 수 있는 사실이밝혀진 경우에는 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙을 적용하기에 적절하지 아니하다는 등의 반대사정을 입증하지 못하는 한 당해 과세처분을 과세요건이 흠결된 위법한 처분이라고 단정할 수 없다(대법원 2012. 8. 17. 선고 2010두23378 판결 등 참조).
• 나) 구체적 판단 앞서 본 처분의 경위, 갑 제5호증, 을 제2호증의 각 기재에 의하면, 원고와 CCC개발 사이에 이 사건 토지에 관하여 매매대금을 1,231,000,000원으로 하는 매매계약서가 작성되었고, CCC개발이 2006. 2. 16. 원고 명의의 계좌로 위 1,231,000,000을 송금한 사실이 인정되므로, 위 1,231,000,000원을 양도가액으로 추단한 이 사건 처분은 일응 적법한 것으로 추정된다 할 것이어서, 원고가 실지양도가액이 다르다는 사실을 입증하여야 할 것인데, 갑 제5호증의 기재에 의하면, 원고가 CCC개발로부터 매매대금을 지급 받은 2006. 2. 16. 원고 명의 계좌에서 400,000,000원이 인출된 내역만이 확인될 뿐이고, 더 나아가 이 사건 토지의 실지양도가액이 831,000,000원임을 인정할 아무런 객관적 증거가 없으므로, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로, 이를 기각하기로 하여 주문과 같이판결한다