면세사업자인 원고가 지자체와 한 기부채납거래에는 영세율이 적용되지 아니함

사 건 2016구합9959 부가가치세경정거부처분취소 원 고 OOO 피 고 OO세무서장 변 론 종 결 2017.08.29 판 결 선 고 2017.09.19

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 20OO.OO.OO. OOO 주식회사에 대하여 한 2011년 1기분 부가가치세 OOO원, 2011년 2기분 부가가치세 OOO원, 2012년 1기분 부가가치세 OOO원에 대한 경정청구 거부처분을 취소한다.

• 가. OOO 주식회사 2006. 4. 14. OO시 사이에 사회기반시설에 대한 민간투자법(이하 ‘민간투자법’이라고 한다) 및 같은 법 시행령, 민간투자사업 기본계획(재정경제부 고시 제OOO호), OOO 민간투자시설사업 기본계획(OO시 고시 제OOO호)에 의거하여 민간투자법 제4조 제1호 에서 정하는 방식으로 AAA 사업시설(이하 ‘이 사건 사업시설’이라고 한다)을 건설하여 완공과 동시에 그 소유권을 OO시에 귀속시키는 대신 OO년간의 관리운영권을 취득하는 방식으로 AAA 민간투자시설사업의 설계, 건설, 자금조달, 관리, 운영 및 유지보수 등을 수행하기로 하는 내용의 AAA 민간투자사업 실시협약을 체결하였다.
• 나. 원고는 위 실시협약 이행의 첫 단계로서 기부채납의 대상이 되는 이 사건 사업 시설에 대한 건설사업을 시행하기 위하여, 20OO.OO.OO. BBB 주식회사, CCC 주식회사, DDD 주식회사, EEE 주식회사, FFF 주식회사, GGG 주식회사 및 OO 소재 법인 HHH 등 총 7개 법인으로 구성된 공동수급체와 이 사건 사업시설의 건설에 관한 일괄 도급계약을 체결하였고, 위 일괄도급계약에 따라 공동수급체 중 일원인 HHH로부터 2011년 1기 및 2기, 2012년 1기(이하 ‘이 사건 과세기간’이라고 한다) 동안 이 사건 사업시설의 건설과 관련하여 III 및 그 부속품 등(이하 ‘이 사건 III’이라고 한다)을 공급받았다.
• 다. 또한 원고는 이 사건 사업시설 건설사업 관리업무의 수행을 위하여 OO 소재 법인 JJJ, 주식회사 KKK 및 주식회사 LLL와 건설사업관리용역계약을 체결하였고, 위 건설사업관리용역계약에 따라 이 사건 과세기간 동안 건설사업관리용역(이하 ‘이 사건 건설사업관리용역’이라고 한다)을 공급받았다.
• 라. 원고가 이 사건 과세기간 동안 이 사건 III 및 이 사건 건설사업관리용역을 공급받으면서 부담한 매입세액(이하 ‘이 사건 매입세액’이라고 한다)은 다음과 같다.
• 마. 원고는 20OO.OO.OO. 이 사건 사업시설을 준공함과 동시에 이를 OO시에 기부채납(이하 ‘이 사건 기부채납거래’라고 한다)하였다.
• 바. 한편, 원고는 이 사건 매입세액을 면세사업 관련 매입세액으로 보아 매출세액에서 불공제하여 부가가치세를 신고․납부하였다가, 20OO.OO.OO. 피고에게 이 사건 III 및 이 사건 건설사업관리용역을 포함한 이 사건 기부채납거래는 구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제105조 제1항 제3호 가목에 의한 ‘지방자치단체에 직접 공급하는 III건설용역’에 해당되어 영세율이 적용되므로 이 사건 사업시설의 건설단계에서 부담한 이 사건 매입세액은 공제되어야 한다는 이유로 이 사건 과세기간에 대한 부가가치세 과세표준 및 세액의 경정을 청구(이하 ‘이 사건 경정청구’라고 한다)하였다.
• 사. 이에 대하여 피고는 20OO.OO.OO. 원고에게 “III를 건설하여 국가에 기부채납하고 일정기간 무상사용․수익권을 얻어 면세사업에 사용하는 경우 당해 시설의 기부채납거래에 대하여는 부가가치세가 면제되는 것이며, 당해 시설물의 건설단계에서 부담한 매입세액은 공제되지 아니한다.”는 이유로 경정청구 거부 통지(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다)를 하였다.
• 아. 원고는 이에 불복하여 20OO.OO.OO. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 20OO.OO.OO. 기각결정을 하였다. (인정근거)다툼없는 사실, 갑 제1 내지 8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 이 사건 III 및 이 사건 건설사업관리용역을 포함한 이 사건 기부채납거래는 구 조세특례제한법 제105조 제1항 제3호 가목에서 규정하는 지방자치단체에 직접 공급하는 III건설용역에 해당하므로, 이 사건 III 및 이 사건 건설사업관리용역을 포함한 이 사건 기부채납거래에는 영세율이 적용되어야 한다. 설령 이 사건 III 및 이 사건 건설사업관리용역이 직접적인 III건설용역의 범위에 포함되지 않는다고 하더라도, 이는 지방자치단체에 직접 공급하는 III건설용역의 부수재화 또는 부수용역의 공급에 해당하므로, 이 사건 III 및 이 사건 건설사업관리용역에는 III건설용역과 동일하게 영세율이 적용되어야 한다. 따라서 원고가 이 사건 사업시설의 건설단계에서 부담한 이 사건 매입세액은 공제되어야 하는 것임에도 이를 인정하지 아니한 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 관계법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 갑 제7호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 관계법령의 내용을 종합하면, 원고는 민간투자법 제2조 제7호 에 정한 사업시행자이고, 피고는 원고의 이 사건 경정청구 에 대하여 이 사건 기부채납거래에 구 조세특례제한법 제105조 제1항 제3의 2호가 적용됨을 전제로 이 사건 기부채납거래는 부가가치세가 면제되는 사업을 위한 것이어서 영세율을 적용할 수 없다는 취지로 이 사건 처분을 한 사실이 인정된다.

2. 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 할 것이다.

3. 구 조세특례제한법 제105조 제1항 은 “다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 영의 세율을 적용한다.”라고 규정하면서, 제3호 가목에서 “국가 및 지방자치단체에 직접 공급하는 III건설용역”을, 제3의 2호에서 “ 민간투자법 제2조 제7호 에 따른 사업시행자가 부가가치세가 과세되는 사업을 할 목적으로 같은 법 제4조 제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 공급하는 같은 법에 따른 사회기반시설 또는 사회기반시설의 건설용역”을 각 규정하고 있다. 구 조세감면규제법(1997. 8. 30. 법률 제5402호로 개정된 것, 이후 1998. 12. 28. 법률 제5584호로 전부개정되면서 법명이 ‘조세특례제한법’으로 변경되었다)은 사회 간접자본의 확충을 위한 민자유치사업의 활성화를 위하여, 국가 또는 지방자치단체에 직접 공급하는 III건설용역에 대한 부가가치세에 영세율을 적용하는 규정과는 별도로 제100조 제1항 제7호에 사회간접자본시설에 대한 민간자본유치촉진법 제22조 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체에 귀속된 사회간접자본시설을 이용하여 제공하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것의 공급에 대하여 부가가치세를 면제한다는 규정을 신설하였는데, 이후 개정된 구 조세특례제한법(1999. 12. 28. 법률 제6045호로 개정된 것)은 위와 같은 부가가치세 면제규정을 삭제하고, 제105조 제3의 2호에 사회간접자본시설에 대한 민간투자법 제4조 제1호 또는 제2호의 규정에 의한 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 공급하는 사회간접자본시설 또는 동 시설의 건설용역에 대한 부가가치세에 있어서는 대통령령이 정하는 바에 따라 영의 세율을 적용한다는 규정을 신설하였다. 그 후 다시 법이 개정되면서 구 조세특례제한법(2004. 12. 31. 법률 제7322호로 개정된 것) 제105조 제1항 제3의 2호는 사회간접자본시설에 대한 민간투자법 제2조 제7호 의 규정에 의한 사업시행자가 부가가치세가 과세되는 사업을 영위할 목적으로 동법 제4조 제1호 또는 제2호의 규정에 의한 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 공급하는 동법에 의한 사회간접자본시설 또는 동 시설의 건설용역에 대한 부가가치세에 있어서는 대통령령이 정하는 바에 따라 영의 세율을 적용한다고 규정하였다.

4. 살피건대, 앞서 본 인정사실에 위와 같은 영세율 적용규정의 입법연혁과 입법목 적 및 영세율은 국가의 정책목적에 따라 일부 거래에 대하여 예외적으로 적용되는 것이므로 영세율 적용규정은 엄격하게 해석할 필요가 있는 점 등을 종합하여 보면, 면세사업자인 원고가 민간투자법 제2조 제7호 에 정한 사업시행자로서 OO시 사이에 한 이 사건 기부채납거래에 구 조세특례제한법 제105조 제1항 제3의 2호가 적용됨을 전제로 한 이 사건 처분에 어떠한 위법이 있다고 보기는 어렵다. 따라서 이 사건 처분은 적법하고, 법령적용의 전제를 달리 하는 원고의 주장은 이유 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 기각한다.