확정신고에 의하여 예정신고 및 경정처분으로 이미 확정된 세액이 흡수되어 소멸하 는지의 여부

사 건 2016구단801 양도소득세경정거부처분취소 원 고 조 AA 피 고 AAA세무서장 변 론 종 결

2017. 3. 22. 판 결 선 고

2017. 6. 14.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2015. 10. 16. 원고에 대하여 한 양도소득세경정거부처분을 취소한다.

• 가. 원고는 AA시 AA동 358 대 328㎡ 및 그 지상 단독주택 245.26㎡의 소유자로서, 2014. 4. 16. AA민국에게 2014. 4. 9. 공공용지의 협의취득을 원인으로 이 사건 토지에 대한 소유권이전등기를 경료하고, 2014. 4. 16. AAA에게 2014. 3. 17. 매매를 원인으로 이 사건 건물에 대한 소유권이전등기를 경료 하였으며, 2014. 6. 30. 피고에게 이 사건 토지의 양도가액을 AAAA원, 이 사건 건물의 양도가액을 AAAA원으로 하고 이 사건 건물에 대하여 1세대1주택 고가주택에 대한 비과세를 적용하여 양도소득세 예정신고를 하였다.
• 나. AAA세무서장이 AAA에 대한 양도소득세 조사과정에서 원고가 이 사건 건물의 양도가액을 과소 신고한 혐의가 있음을 확인하고 피고에게 과소 신고된 금액과 허위계약서 작성에 따른 1세대1주택 양도소득세 비과세 규정의 적용 배제 취지의 자료를 통보하자, 피고는 2015. 1. 5. 원고에게 2014년 귀속 양도소득세 AAA원을 경정·고지하였다. 이에 원고가 2015. 5. 7. 이의신청을 하자 AAAA장은 2015. 7. 3.‘이 사건 토지 및 건물에 대한 취득가액을 개별주택가액을 기준시가로 한 환산취득가액으로 산정하여 과세표준과 세액을 경정하고 나머지 청구를 기각한다’는 내용의 결정을 하였고, 피고는 2015. 8. 3. 원고에게 양도소득세를 AAA원으로 감액 경정을하였다. 이에 대하여 원고는 2015. 10. 8. 심판청구를 제기하였으나 조세심판원은 2015. 12. 30. 기각결정을 하였다.
• 다. 한편 원고는 2015. 5. 6. 피고에게 이 사건 토지의 양도가액을 AAAA원으로, 이 사건 건물의 양도가액을 AAA원(= 위 최초 신고한 양도가액 AAA원 + 원고가 AAA으로부터 이축권의 대가로 받은 AAA원 + AA이 이 사건 건물을 원고로부터 취득한 직후 대한민국에게 공공용지의 협의취득을 원인으로 소유권이전등기를 경료해주고 주택보상금을 받아 원고에게 준 AAA원)으로 한 양도소득과세표준 확정신고서를 제출한 후 2015. 8. 10. 피고에게 1세대 1주택 양도소득세 비과세 규정을 적용해달라는 경정청구를 하였다. 그러자 피고는 2015. 10. 16. 원고에게 원고가 국세기본법 제45조의2 에서 규정한 ‘결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여 해당 처분이 있음을 안 날로부터 90일‘이 지난 후 경정청구를 하였다는 이유로 경정거부처분을 하였고(이하, ’이 사건 처분‘이라 한다), 이에 원고가 2016. 1. 13. 이의신청을 하였으나 AAAA장은 2016. 2. 12. ’원고가 피고의 2015. 1. 5.자 경정고지처분에 대하여 이의신청과 심판청구를 하여 판단을 받았으므로 원고의 이 사건 경정청구는 중복으로 제기된 것‘이라는 이유로 각하결정을 하였으며, 이에 원고가 2016. 3. 4. 심사청구를 하자 AAA장은 2016. 5. 9. ’허위의 양도가액으로 과소 신고한 예정신고에 대하여 피고가 경정 처분하여 납세의무를 확정한 이후에는 그에 대하여만 불복할 수 있고 피고의 경정처분과 다른 내용의 확정신고를 할 수 없다‘는 이유로 각하결정을 하였다.

• 가. 원고의 주장 소득세법 제110조 제1항 은 해당 과세기간의 양도소득금액이 있는 거주자는 그 양도소득과세표준을 그 과세기간의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지 확정신고하여야 한다고 규정하고 있고, 같은 조 제4항은 예정신고를 한 자는 제1항에도 불구하고 해당 소득에 대한 확정신고를 하지 아니할 수 있다고 규정하고 있지만 이 규정은 예정신고를 한 자로부터 확정신고를 할 권리를 박탈하는 것이 아니며 예정신고를 한 자라도 확정신고의 실익이 있다면 예정신고와 다른 내용의 확정신고를 할 수 있고, 확정신고를 한 경우에는 예정신고에 의하여 잠정적으로 확정된 과세표준과 세액은 확정신고에 의하여 확정된 과세표준과 세액에 흡수되어 소멸한다고 보아야하며, 한편 확정신고를 한 자는 확정신고기한이 지난 후 3년 이내에 경정청구를 할 수 있는 것이다. 따라서 원고의 2015. 8. 10.자 경정청구에 대하여 2014. 6. 27.자 예정신고를 기초로 이루어진 경정·고지처분이 있음을 안 날로부터 90일이 지났다는 이유로 거부한 피고의 이사건 처분은 위법하다.
• 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 판단 우선, 소득세법 제110조 제4항 본문은 예정신고를 한 자는 원칙적으로 당해 소득에 대한 확정신고를 하지 아니할 수 있다고 규정하고 있을 뿐 예정신고에 의한 확정의 효력이 확정신고에 의하여 상실된다고 볼 법령상의 근거를 찾을 수 없다. 또한 양도소득세 예정신고는 2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정된 국세기본법 제47조의2 제6항 제2호, 부칙 제5조, 제6조에 의하여 만일 이를 이행하지 않는 경우 100분의 20의 무신고가산세가 부과되면서 실질적으로 의무화되었고, 소득세법 제114조 는 세무서장이 확정신고 뿐만 아니라 예정신고의 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에도 과세표준과 세액을 경정할 수 있도록 규정하고 있으며, 국세기본법 제7장은 세무서장의 위와같은 처분에 대한 불복절차를 규정하고 있다. 그런데 만일 확정신고로 인해 예정신고의 효력이 소멸된다면 위에서 본 무신고가산세부과와 불복절차를 모두 무용지물로 만들 위험이 있다. 따라서 원고의 주장과 같이 확정신고에 의하여, 예정신고 및 이에 대한 피고의 경정처분으로 이미 확정된 세액이 흡수되어 소멸한다고 볼 수는 없다. 원고가 주장의 이유로 들고 있는 판결(대법원 2006두1609, 2008다38820, 2009두5237, 2011두22143판결)은 위와 같은 예정신고의 미신고에도 가산세가 부과되기 이전의 판결이어서 이 사건에 원용하기에 적절하지 아니하다.

그렇다면, 원고가 확정신고 후 신청한 경정처분에 대하여 경정을 거부한 피고의 이사건 처분에 어떠한 위법이 있다고 볼 수 없으므로, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.