법인세법 시행령 제3조 제2항의 규정을 확장해석하여야 할 합리적인 이유가 충분히 있음.

사 건 2016구단290 양도소득세부과처분취소 원 고 대한예수교장로회 AA의교회 피 고 동BB세무서장 변 론 종 결

2017. 9. 20. 판 결 선 고

2017. 12. 13.

1. 피고가 2015. 3. 6. 원고에게 한 2009년 귀속 양도소득세 426,OO2,190원의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문 기재와 같다.

• 가. 원고는 BB시 CC구 DD동 672-5에 위치한 교회로서, 대표목사인 이EE로부터 2006. 12. 1. 증여받은 BB시 CC구 DD동 476-37 잡종지 1,002㎡, 같은 동 672-5 종교용지 331㎡(이하, 이를 통틀어 ‘이 사건 부동산’이라고 한다)에 대하여 2009. 12. 30. 한국토지주택공사에게 2009. 12. 29.자 공공용지의 협의취득을 원인으로 한 소유권이전등기를 경료해준 후 양도차익을 비영리법인의 수익사업에서 제외되는 고정자산처분이익으로 보고 이EE 명의로 2010. 2. 26. 양도소득세 비과세 신고를 하였다.
• 나. 한편 이EE은 2001. 12. 18. 피고로부터 이 사건 부동산 중 BB시 CC구 DD동 672-5를 사업장 소재지로 한 원고에 대하여 법인으로 보지 않는 고유번호 OOO-OO-OOOOO을 부여받았었는데, 이 사건 부동산 양도일 이후인 2010. 1. 22. 법인으로 보는 단체 등록 승인신청을 하여 2010. 1. 28. 고유번호 OOO-OO-OOOOO을 부여받았으며, 2010. 2. 3. 위 고유번호 OOO-OO-OOOOO에 대하여는 법인전환을 위한 폐업신고를 하였다.
• 다. 피고는 2015. 3. 6. 원고가 이 사건 부동산을 양도할 당시를 기준으로 관할 세무서장으로부터 법인으로 보는 단체로 승인받지 아니하였으므로 이 사건 부동산의 양도에 대하여 양도소득세 납세의무가 있는 거주자에 해당한다고 보아 양도소득세 426,OO2,190원의 부과처분(이하, ‘이 사건 처분’이라고 한다)을 하였다.
• 라. 원고는 이에 불복하여 2015. 6. 3. 심판청구를 하였으나 조세심판원은 2015.

12. 4. 위 청구를 기각하였다. [인정 근거] 다툼이 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 11호증, 을 제1 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 구 법인세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22035호로 개정되기 전의 것) 제3조 제1항은 원고와 같이 국세기본법 제13조 제2항 규정이 적용되는 경우 법인의 최초 사업연도개시일을 관할세무서장의 승인일이라고 규정하고 있으면서 한편 같은 조 제2항은 최초사업연도의 개시일 이전에 발생한 손익이라도 ‘법인으로 보는 단체’에게 사실상 귀속시켰고 조세포탈의 우려가 없을 때에는 1년을 초과하지 않는 범위내에서 최초사업연도의 손익에 산입할 수 있으며 이때 최초사업연도개시일은 당해 법인에 귀속시킨 손익이 최초로 발생한 날로 한다고 규정하고 있는바, 이 사건 부동산 양도이익을 법인으로 보는 단체가 된 원고에게 모두 귀속시켰고 조세포탈의 우려도 전혀 없으며, 이 사건 부동산의 양도가 이루어진 2009. 12. 30.은 고유번호를 변경하여 법인으로 승인된 2010. 1. 28.로부터 1년을 초과하지 않았기 때문에, 이 사건 부동산 양도이익을 법인의 최초사업연도의 손익에 산입할 수 있고, 비영리내국법인인 원고가 처분일 현재3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산인 이 사건 부동산을 처분함으로써 발생한 이익은 법인세법상 과세대상인 각 사업연도 소득의 범위에서 제외되므로, 원고는 양도소득세 및 법인세 납세의무가 없다.
• 나. 관계 법령 별지 관계법령 기재와 같다.
• 다. 판단

(1) 양도소득을 법인으로 보는 단체가 된 원고에게 사실상 귀속시켰는지 여부 원고는 이 사건 부동산에 대한 양도대금을 BB시 CC구 삼송동에 새로운 토지를 매입하여 교회를 설립하는데 사용하였다고 주장하는바, 위 증거에 갑 제5, 16,20, 21호증의 각 기재를 더하여 인정되는 아래와 같은 사정을 종합하면 이를 인정할 수 있다. 즉, 원고가 이 사건 부동산에 대하여 한국토지주택공사로부터 받은 토지보상 금이 1,789,403,990원으로서 그 중 193,403,990원은 현금으로, 나머지 1,596,000,000원은 한국토지주택공사 발행의 채권으로 받은 사실, 원고 명의의 신도농협 삼송유통센터지점 통장에 2009. 12. 31. 한국토지주택공사 명의로 193,403,990원이 입금되었고, AA의 교회 명의로 2009. 12. 31.에 236,184,600원이 입금되고 2010. 1. 5.에 384,544,836원이 대체입금되는 등 AA의 교회 명의로 두 차례에 걸쳐 합계 금620,729,436원이 입금되었으며, 원고가 신도농협 삼송유통센터지점에서 2009. 10. 20.대출한 900,000,000원에 대하여 2010. 1. 3.경 원리금 902,552,054원이 상환된 사실이 인정되는바, 원고가 받은 토지보상금 중 현금은 전부 그대로 원고 명의의 통장에 입금되었으며 채권은 이를 할인(원고 주장의 할인율은 3.357%임)하여 현금화한 후 원고의 위 대출원리금을 변제하는데 사용하였고 나머지 금원{1,596,000,000원 ×(100-3.357)/100 - 902,552,054원 = 639,870,226원) 대부분을 원고 명의의 통장에 입금한 것으로 보인다. 또한 위 통장에서 2009. 12. 31.자로 AA의 교회 명의로 125,000,000원이 대체출금되고 2010. 1. 4.자로 245,000,000원이 ‘대체’로 인출되었으며, 중소기업은행에게 2010. 1. 5.자로 200,000,000원, 2010. 2. 19.자로 55,000,000원, 2010. 4. 16.자로 140,000,000원, 2010. 4. 20.자로 60,989,036원이 각 이체된 사실, 원고가 새로운 교회 설립을 위해 매수한 부동산 중 BB시 CC구 삼송동 91-7 토지 및 지상 주택과 같은 동 91-12 임야에 대한 중도금(360,000,000원) 지급기일은 위 2009.12. 31.이고 잔금(400,000,000원) 지급기일은 위 2010. 1. 4.이며, 원고가 새로운 교회 설립을 위해 매수한 부동산 중 같은 구 삼송동 91-8 토지 및 지상건물과 같은 동 91-13 임야에 대한 근저당 채무금 455,000,000원을 원고가 인수하기로 하였는데 2010. 4. 21. 중소기업은행 명의의 위 근저당권이 말소된 사실이 인정되는바, 이 사건 부동산에 대한 토지보상금 중 현금으로 지급받아 입금된 금원과 채권으로 지급받아 할인 후 대출원리금을 변제하는데 사용한 나머지 금원도 모두 원고가 새로운 교회 설립을 위해 매수한 부동산 대금과 근저당권채무 변제에 사용된 것으로 보인다. 따라서, 이 사건 부동산에 대한 양도소득이 법인으로 보는 단체가 된 원고에게 사실상 귀속된 것으로 봄이 타당하다.

(2) 3년 이상 고유 목적사업에 사용하였는지 여부 피고는 이 사건 부동산 중 BB시 DD동 476-37 잡종지 1,002㎡는 원고의 고유목적사업에 직접 사용하였다고 볼 수 없다고 주장하므로 살피건대, 갑 제18, 19,22호증의 각 기재에 의하면, 원고의 대표목사인 이EE은 2002. 3. 9. 원고의 교회가 있던 BB시 DD동 672-5에서 같은 동 476-37로 전입하였고 이 사건 부동산이 2009.12. 29. 한국토지주택공사로 수용된 후인 2010. 7. 20. 전출한 사실, 위 476-37에는 쇠파이프조 비닐2중 분리형 건물 2OO.44㎡, 샌드위치판넬조 즙 주거용구조물 127.4㎡, 목조 합판 2면 탈의실 9.43㎡ 등의 구조물이 있어 이에 대해 보상금이 지급된 사실, 위476-37은 원고의 교회가 있던 위 672-5로부터 불과 459m 밖에 떨어져 있지 않은 사실이 인정되는바, 위 인정사실에 의하면 위 476-37은 원고의 대표목사인 이EE의 사택으로 사용되었음을 알 수 있고, 한편 비영리사업자인 종교단체가 ‘그 사업에 사용’한다 함은 종교의식, 종교교육, 선교활동 등에 사용하거나 종교활동을 위해 반드시 있어야만 하는 필요불가결한 중추적인 지위에 있는 사람의 주거용으로 사용하는 등 종교목적으로 직접 사용하는 경우를 의미한다고 보아야 하는데(대법원 1997. 12. 12. 선고 97누14644 판결, 대법원 2009. 6. 11. 선고 2007두20027 판결, 대법원 2014. 3. 13. 선고2013두21953 판결 등 참조), 이EE은 원고의 대표목사로서 원고의 종교활동에 필요불가결한 중추적인 지위에 있는 사람이라 할 것이므로 위 476-37 잡종지 1,002㎡는 3년이상 원고의 고유목적사업에 직접 사용하였다고 볼 수 있다.

(3) 최초사업연도의 기간이 1년을 초과하지 아니하는지 여부 위 법인세법 시행령 제3조 제1항 제1호 라목은 법인으로 보는 단체의 최초사업연도 개시일은 납세지 관할세무서장의 ‘법인으로 보는 단체’ 승인일이라고 규정하고 있고, 제2항은 “제1항의 규정을 적용함에 있어서 최초사업연도의 개시일전에 생긴 손익을 사실상 그 법인에 귀속시킨 것이 있는 경우 조세포탈의 우려가 없을 때에는 최초사업연도의 기간이 1년을 초과하지 아니하는 범위내에서 이를 당해 법인의 최초사업연도의 손익에 산입할 수 있다. 이 경우 최초사업연도의 개시일은 당해 법인에 귀속시킨 손익이 최초로 발생한 날로 한다”고 규정하고 있고, 원고의 정관(갑 제24호증) 제27조에 따르면 원고의 회계연도는 매년 1. 1.부터 12. 31.까지이므로, 최초사업연도인 2010사업연도는 원칙적으로 법인으로 보는 단체 등록 승인일인 2010. 1. 28.부터 2010. 12.31.까지라 할 것이고, 한편 법인에 귀속시킨 손익이 최초로 발생한 날은 이 사건 토지를 양도한 날인 2009. 12. 30.이다. 원고는 단체등록 승인일인 2010. 1. 28.로부터 역산하여 1년 내인 2009. 12.30.에 이 사건 토지 양도로 인한 손익이 발생하였으므로 위 조항을 적용하여야 한다고 주장하고, 이에 대하여 피고는 이 사건 토지 양도일인 2009. 12. 30.을 최초사업연도 개시일로 보아야 하며 그렇게 되면 최초사업연도기간은 2009. 12. 30.부터 2010. 12.31.로서 그 기간이 1년을 초과함이 역수상 명백하므로 위 조항을 적용할 수 없다고 주장한다. 그러므로 살피건대, 법인세법 시행령 제3조 제2항 은 법인 설립등기 등으로 인하여 최초사업연도가 개시되기 전에 이미 사실상 사업을 개시하여 발생한 손익 또는 법인 설립과정에서 지출된 설립준비비용 등을 설립된 법인에 귀속시키지 못하는 문제점을 해결하기 위하여 규정된 것인 점, 그런데 피고의 주장처럼 해석하는 경우에는 예를 들어 회계연도가 매년 1. 1.에 개시되고 법인설립등기 등도 어느 해 1. 1.에 한 단체는 위 조항의 혜택을 전혀 받지 못하게 되어 평등의 원칙에 반하는 점, 이 사건과 같이 과세관청이 단체등록 승인을 하는 경우 피고가 승인을 언제 하는가에 따라 혜택의 결과가 달라지게 되는 점 등을 종합하면, 피고의 주장과 같이 획일적으로 적용할때 위 규정을 둔 취지에 반할 뿐만 아니라 위 규정을 확장해석하여야 할 합리적인 이유가 충분하므로, 원고의 주장과 같이 단체등록 승인일인 2010. 1. 28.로부터 역산하여1년 내인 2009. 12. 30.에 이 사건 토지 양도로 인한 손익이 발생한 경우에도 위 조항을 적용하는 것이 타당하다.

(4) 조세포탈의 우려가 있는지 여부 앞서 살펴본 인정사실에 의하면 원고는 당초부터 ‘법인 아닌 단체’의 실질을 가지고 있었으므로 소득세와 법인세 중 어떤 과세체계의 적용을 받을 것인지에 관한선택권이 있었던 점, 담당공무원의 올바른 행정지도가 있었다면 원고는 2001.경 최초의 사업자등록 당시부터 ‘법인으로 보는 단체’의 승인을 받을 수 있었던 점, 원고가 처음부터 ‘법인으로 보는 단체’의 승인을 받았더라면 당연히 법인세법이 적용되어 양도소득세의 납세의무가 없었을 것이라는 점, ‘법인으로 보는 단체’의 승인을 받기 전후 원고의 실체가 동일한 점 등을 고려하면, 이 사건 부동산 양도로 인한 손익을 법인에 귀속시키는 결과 양도소득세가 면제된다 하더라도 조세포탈의 우려가 있다고 볼 수는 없다.

• 라. 소결론 따라서, 이 사건 부동산의 양도로 인한 손익은 ‘법인으로 보는 단체’인 원고의 최초사업연도의 손익에 산입되지만 이는 법인세법상 과세제외소득이므로 원고는 양도소득세 뿐만 아니라 법인세 납세의무도 없다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판 결한다.