포괄적 주식교환시 외부평가기관에 의뢰하여 평가한 쟁점주식 교환가액을 시가로 볼 수 있는지 여부

사 건 의정부지방법원2015구합9204 종합소득세부과처분취소 원 고 진OO 외 1명 피 고 OO세무서장 변 론 종 결 2016.11.22. 판 결 선 고 2016.12.20.

1. 피고가 2013. 6. 17. 원고 진○○에 대하여 한 2007년 귀속 종합소득세 ○○억○○○원, 2013. 2. 12. 원고 김○○에 대하여 한 2007년 귀속 종합소득세 ○억○○○원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 원고 진○○은 비상장법인인 ○○○(이하 ‘○○○'라 한다)의 대표이사 겸 주주로서 ○○○ 주식 107,900주를 보유하였던 자이고, 원고 김○○은 원고 진○○의 배 우자로서 ○○○ 발행주식 11,500주를 보유하고 있었다.
• 나. 코스닥 상장법인인 주식회사 ○○○○(이후 ○○○으로 상호가 변경, 이하 ‘○○○○’라고 한다)는 2006. 5. 26. ○○○와 사이에 주식을 포괄적으로 교환하여 ○○○○를 완전모회사, ○○○를 완전자회사로 하는 내용의 주식교환계약(이하 ‘이 사건 교환계약’이라 한다)을 체결하였다. 위 교환계약을 체결함에 있어 ○○○○와 ○○○는 ○○회계법인에 의뢰하여 ○○○ 발행 주식을 1주당 76,305원으로 평가하고, 코스닥시장의 거래가액을 기초로 ○○○○ 발행 주식 1주당 가치를 6,595원으로 산정한 다음, ○○○ 주식 1주당 ○○○○ 주식 11.57013주의 비율로 교환하는 것으로 약정하였다.
• 다. ○○○○와 ○○○는 2006. 7. 14. 임시주주총회를 개최하여 이 사건 교환계약에 대한 승인을 얻었고, 이후 2006. 8. 18. 주식교환으로 인하여 ○○○○는 ○○○의 완전모회사가 되었고, ○○○는 ○○○○의 완전자회사가 되었다.
• 라. 원고들은 2006. 8. 18.자 주식교환으로 원고들이 보유하던 ○○○ 주식 전부가 ○○○○에게 양도된 것으로 보고, 위 양도된 주식과 원고들이 취득하는 ○○○○ 신주의 시가와의 차액을 양도차익으로 하여, 2007. 5.경 양도소득세를 신고·납부하였다.
• 마. 서울지방국세청장은 2009. 8. 25.부터 2009. 10. 20.까지 ○○○○에 대한 법인세 통합조사를 실시하여, 이 사건 교환계약의 성립일은 주주총회 승인이 이루어진 2006. 7. 14.이고, 원고들을 비롯한 이○○, 정○○ 등 ○○○의 주요개인주주들(이하 ‘주요개인 주주들’이라 한다)은 2006. 7. 14. 현재 ○○○○의 주주인 ○○○의 임원 또는 임원의 배우자로서, 주요개인주주들과 ○○○○가 법인세법상 특수관계자에 해당한다고 보았다. 이에 서울지방국세청장은 2010. 1. 4. ○○○○에게, ○○○○가 주요개인주주들로부터 ○○○ 주식을 시가보다 높은 가격으로 매입하였으므로 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제52조의 부당행위계산부인규정을 적용하여, 시가와 거래가액과의 차액을 ○○○○의 법인세 소득금액 계산시 손금 불산입하는 한편 주요개인주주들에 대하여는 기타소득으로 처분하겠다는 취지의 세무조사 결과를 통지하였다.
• 바. 이후 ○○○○가 원천징수신고납부의무를 이행하지 아니하고 폐업하자 피고가위 마. 항의 내용과 같은 과세자료를 통보받아 2013. 2. 1. 원고 진○○에게 2007년 귀속 기타소득 금액 ○○억 ○○○원을 소득금액변동통지하였고, 원고 진○○이 종합소득세를 신고하지 아니하자 2013. 6. 17. 원고에게 2007년 귀속 종합소득세 ○○억 ○○○원(가산세 포함)을 결정·고지하였다. 또한 피고는 2012. 4.경 원고 김○○에게 2007년 귀속 기타소득 금액 ○억 ○○○원을 소득금액변동통지하였고, 원고 김○○이 종합소득세 신고를 게을리하자 2013. 2. 12. 원고 김○○에게 2007년 귀속 종합소득세 ○억 ○○○원(가산세 포함)을 결정·고지하였다(이하 원고들에 대한 각 종합소득세 부과처분을 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).
• 사. 원고들은 이에 불복하여 2013. 8.경 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나,2015. 5. 12. 기각되었다. [인정 근거] 다툼없는 사실, 갑 제1, 4, 5, 6호증, 을 제1, 제2호증의 1 내지 4, 제9, 10호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

• 가. 원고들의 주장

1. 피고는 이 사건 교환계약에 대한 주주총회 승인일인 2006. 7. 14.을 기준으로 원고들이 ○○○○의 특수관계자에 해당한다고 보았으나, 특수관계자 해당 여부는 이 사건 교환계약일인 2006. 5. 26.을 기준으로 판단해야 하고 이 사건 교환계약 당시 원고들은 ○○○○의 특수관계자가 아니었다. 따라서 법인세법상 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 없다.

2. 이 사건 주식 교환 비율을 정하기 위한 ○○○ 주식의 평가액은 증권거래법령에서 정하는 기준에 따라 정당하게 산정된 것으로서 법인세법 제52조 의 ‘시가’에 해당함에도, 피고는 위와 같은 정당한 시가가 아닌 상속세 및 증여세법상 보충적 평가방법을 적용하였으므로 위법하다.

3. 원고들의 ○○○○ 신주 인수가 부당행위계산으로 부인된다고 하더라도, 부인되는 소득금액의 계산은 주식교환일 ○○○○ 주식의 종가인 6,930원이 아니라 주식교환 비율의 기준주가인 6,595원을 기준으로 이루어져야 함에도 피고는 ○○○○ 주식의 종가를 기준으로 기타소득 금액을 산정하였으므로 위법하다.

4. 피고가 원고들에 대한 양도소득세 부과제척기간이 만료되어 불가변력이 발생한상태에서 위 양도소득세 과세대상과 본질적으로 같은 세목에 대해 이 사건 처분을 한 것은 이중과세에 해당한다.

5. 원고들에 대한 2007년 귀속 종합소득세 부과제척기간은 5년으로 보아야 하고,이 사건 처분은 5년의 부과제척기간이 도과한 후에 이루어졌으므로 위법하다.

• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 특수관계자 해당 여부에 관한 판단

1. 관련 법리 구 법인세법 제52조 제1항 은􋺵납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하‘특수관계자’라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 ‘부당행위계산’이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다􋺶라고 규정하고, 위 특수관계자의 범위에 관하여 구 법인세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제87조 제1항 제3호에서는􋺵법인의임원·사용인 또는 주주등의 사용인(주주등이 영리법인인 경우에는 그 임원을, 비영리법인인 경우에는 그 이사 및 설립자를 말한다)이나 사용인 외의 자로서 법인 또는 주주등의 금전 기타 자산에 의하여 생계를 유지하는 자와 이들과 생계를 함께 하는 친족􋺶을 규정하고 있다. 즉, 법인세법상 부당행위계산부인규정이 적용되기 위해서는 ① 특수관계에 있는자와의 거래일 것, ② 정상적이 아닌 부당한 행위계산일 것, ③ 법인소득에 대한 조세 부담을 감소시켰을 것(결과) 등의 요건을 갖추어야 한다. 특수관계에 있는 자와의 거래인지 여부를 판단하는 시점에 관하여, 구 법인세법 시행령 제87조 제2항 은 ‘그 행위당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계자간의 거래(특수관계자외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)’라고 하여 판단의 기준시기를 ‘거래 시기’로 명백히 규정하고 있고, 부당행위계산의 부인은 일정한 특수관계자 사이의 거래가 사회통념이나 관습에 비추어 볼 때 합리적인 경제인이 취할 정상적인 거래로 볼 수 없어 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우 이를 부인하고 법령이 정하는 방법으로 정부가 소득금액을 계산하는 제도이므로 토지나 주식 등의 취득·양도가 정상적인 거래인가의 여부는 그 대금을 확정 짓는 거래 당시를 기준으로 판단(대법원 2010. 5. 13. 선고 2007두14978 판결, 대법원 1999. 1. 29. 선고 97누15821 판결 등 참조)하여야 하므로, 법인 혹은 거주자와 그 거래 상대방 사이의 특수관계는 원칙적으로 법인과 특수관계자 사이의 거래시에 존재하여야 하며, 특수관계가 성립되기 이전이나 소멸된 이후에 발생된 거래에 대하여는 부당행위계산 부인 규정을 적용할 수 없다.

2. 이 사건의 적용 여부 갑 제2, 6호증, 을 제6, 7, 제8호증의 1, 2, 제12호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, ○○○는 이사회 승인을 얻어, 2006. 5. 25. ○○○○의 대주주 ○○○과 사이에 주식 양수도 및 공동경영 계약을 체결하여 ○○○가 ○○○○ 주식 100만주를 2백억 원에 양수하고 ○○○○를 공동으로 경영하기로 하는 내용의 주식 양수도 및 공동 경영계약을 체결한 사실, ○○○는 같은 날 ○○○에게 계약금 20억 원을 지급한 사실, ○○○는 2006. 6. 21. ○○○에게 잔금 180억 원을 지급하여, ○○○○ 총 발행주식의 9.59%에 해당하는 100만주의 주식을 취득한 사실, 이후 ○○○는 2006. 5. 26. ○○○○와 이 사건 교환계약을 체결하고 2006. 7. 14. 개최된 임시주주총회에서 이 사건 교환계약에 대한 승인을 얻은 사실을 각 인정할 수 있고 반증이 없다. 위 인정사실을 앞서 본 법리에 비추어 본다. ○○○가 2006. 5. 26. 이사회의 승인을 얻어 ○○○○와 사이에 이 사건 교환계약을 체결하면서 교환대상인 주식 수와 그 대금 등 거래내용을 확정함으로써 계약은 성립되었다 할 것이고, 이에 대한 주주총희의 승인결의는 이미 성립한 이 사건 교환계약의 효력을 확인하는 요건의 해당할 뿐이어서(특별한 사정이 없는 한 대표기관의 행위는 회사의 행위로 유효하다), 특수관계자 여부 판정의 기준이 되는 ‘행위 당시’는 주주총회 승인일이 아닌 이 사건 교환계약일이라고 보아야 한다. 그런데, ○○○가 ○○○에게 ○○○○ 주식 1백만주에 대한 대금을 납입하여 ○○○가 ○○○○의 주주가 된 날은 이 사건 교환계약일로부터 약 4주 뒤인 2006. 6.21.이고, 이날부터 원고들은 ○○○○의 주주인 ○○○의 임원 또는 그 배우자로서 특수관계자 지위를 갖게 되었다고 보아야 할 것이다. 그러므로, 이 사건 교환계약일 당시 원고들이 ○○○○의 특수관계자에 해당하였다고 볼 수 없다. 따라서 원고들이 이 사건 교환계약 당시 특수관계자임을 전제로 하여 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 없으므로, 이와 다른 전제에서 원고들을 거래 당시 특수관계자로 인정한 이 사건 처분은, 원고들의 나머지 주장을 더 나아가 따져볼 것 없이 위법하다.

그렇다면 원고들의 청구는 정당하므로 인용한다.