장부상 취득가액이 해당 자산의 실지취득가액을 확정시키는 효과가 있다고 볼 수 없음.

사 건 2013-구단-1155 양도소득세 부과처분 취소 원 고 AAA 피 고 OO세무서장 변 론 종 결 2014.12.1. 판 결 선 고 2014.12.12.

1. 피고가 2012. 11. 13. 원고에 대하여 한 2010년 귀속 양도소득세 295,898,320원의부과 처분을 취소한다.

2. 소송비용 중 감정비용은 원고가, 나머지는 피고가 이를 각 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다(소장 기재 ‘2012. 11. 15.’은 ‘2012. 11. 13.’의 오기이고, ‘290,834,640원’은 ‘295,898,325원’의 오기임이 명백하므로 이를 각 후자로 정정한다).

• 가. 원고는 화성시 동탄면 ○○리 ○○ 지상에 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 신축하여 2000. 중순경 이를 취득하였다.
• 나. 원고는 그 후 위 건물에서 호텔을 운영하였다가 2010. 7. 29. 수용을 원인으로 하여 위 건물 부지 및 위 건물을 한국토지공사에 양도하게 되었다(이 사건 건물은 철거되어 201○. ○. ○.경 멸실됨).
• 다. 원고는 2010. 9. 30. 이 사건 건물의 양도에 관하여 양도소득 과세표준 예정신고를 하면서, 양도가액은 실지거래가액(수용액)인 3,351,074,100원으로, 취득가액은 실지취득가액을 확인할 수 없다는 이유로 환산가액인 2,715,004,873원으로 각 적용하여, 이에 따라 계산된 양도소득금액 426,833,149원에 대하여 양도소득세의 20%를 감면하는 것으로 하여(감면 이유: 수용보상) 신고한 후, 위 신고에 따른 101,659,420원의 양도소득세를 그 무렵 자진 납부하였다.
• 라. 피고는 원고에 대한 세무조사를 실시한 후, 이 사건 건물의 취득가액을 원고가 신고한 환산가액 2,715,004,873원이 아니라 원고가 종합소득세 신고시 제출하였던 대차대조표상의 가액 814,862,000원(= 장부상 취득금액 1,018,577,000원 - 건물감가상각누계액 203,715,000원, 이하 ‘장부가액’이라 한다)으로 보아 2010년 귀속 양도소득세를 과세하겠다는 세무조사결과를 통지하였다.
• 마. 피고는 과세전적부심사를 거쳐 2012. 11. 13.경 원고에게, 이 사건 건물의 취득가액을 원고 주장의 2,715,004,873원이 아닌 장부가액인 814,862,000원으로 하여 2010년도 귀속 양도소득세 528,888,638원(가산세 포함, 기납부세액 101,659,438원 차감)을 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 처분이라 한다. 다만, 뒤에서 보는 감액 경정에 의하여 최종 경정된 양도소득세는 295,898,325원이다).
• 바. 이에 대해 원고는 2012. 11. 26.경 국세청에 심사청구를 하였는데, 국세청은 2012. 12. 28.경 ‘양도가액인 수용액에는 이 사건 건물에 대한 보상비 이외에 내부 인테리어비, 수목, 영업자재, 에어컨, 간판, 조형물 등(이하 ’조형물 등‘이라 한다)에 대한 보상비가 포함되어 있음이 확인되므로, 이러한 조형물 등의 평가액이 분명히 구분되는 경우 이 사건 건물의 수용가액에서 조형물 등의 가액을 제거한 가액을 이 사건 건물의 실지양도가액으로 보아야 하므로, 피고는 감정평가조서의 세부내용 등을 재조사하여 이 사건 건물의 실지 양도가액을 산출한 후 양도소득세를 계산, 정정하라’는 취지의 결정을 하였다. 다만, 국세청은 위 결정에서 이 사건 건물의 실지 취득가액에 대해서는 별다른 언급을 하지 아니하였다.
• 사. 피고는 2013. 2.경 위 국세청 결정에 따라 양도가액을 당초의 3,351,074,100원에서 조형물 등의 평가액을 제외한 2,549,283,594원으로 하고, 취득가액은 이전과 동일하게 장부가액인 814,862,000원으로, 필요경비를 32,390,000원 등으로 하여, 2010년 귀속 양도소득세 295,898,325원(= 본세 320,803,923원 ＋ 가산세 25,802,748원 ＋ 가산세 50,951,092원 － 자진납부액 101,659,438원)을 경정․고지하였다.
• 아. 한편, 이 사건 건물의 실지 양도가액이 2,549,283,594원(= 수용액 3,351,074,100원－조형물 등 평가액 801,790,506원)임은 당사자 간에 별다른 다툼이 없다. [인정근거] 다툼없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 제7 내지 9호증, 을 제1 내지 5호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론의 전취지

• 가. 당사자들의 주장 원고는, 피고가 이 사건 처분의 근거로 주장하는 장부가액은 이 사건 건물 취득시 실제로 소요된 금액이 아니고, 이 사건 건물의 신축에 소요된 금액을 입증할 수 있는 증빙서류(세금계산서 등)을 원고가 제대로 수취․보관하지 못한 등으로 인해 현재로서는 실지 취득가액을 확인할 수 없는바, 취득가액은 원고가 이 사건에서 건물신축비를 감정한 결과에 따라 2,521,917,800원 상당으로 인정되어야 하므로, 장부가액에 기초한 피고의 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다. 이에 대하여 피고는, 장부가액, 즉, 원고가 종합소득세 신고시 제출하였던 대차대조표상의 이 사건 건물 취득가액을 실지취득가액으로 보아야 한다고 주장한다.
• 나. 관련법령 별지 관련법령 기재와 같다.
• 다. 판단 납세의무자가 작성하여 비치하고 있는 장부에 자산 가액이 기재되어 있다 하더라도 그 기재가 자산의 실지취득가액을 확정시키는 효과가 있다고 볼 수 없음은 물론, 그 기재를 실지취득가액으로 추정하여야 한다거나 그 기재 자체가 납세의무자를 기속하는 효과가 있어 납세의무자는 그 기재에 반한 주장을 할 수 없다고는 볼 수 없다(대법원1988. 2. 9. 선고 87누536 판결 등 참조). 한편, 양도소득세 부과에 대한 과세처분 취소소송의 사실심 종결시까지 당해 양도자산의 시가가 입증된 때에는 그 시가를 기준으로 정당한 양도차익과 세액을 산출한 다음 과세처분의 세액이 정당한 세액을 초과하는지 여부를 판단하여야 한다. 여기서 ‘시가’라 함은, 원칙적으로 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적 교환가격을 의미하지만 이는 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 가액도 포함하는 개념이므로 거래를 통한교환가격이 없는 경우에는 공신력 있는 감정기관의 감정가격도 '시가'로 볼 수 있고, 그 가액이 소급감정에 의한 것이라 하여도 달라지지 않는다(대법원 2012. 2. 9. 선고2010두27592 판결 등 참조). 살피건대, 피고가 이 사건 건물의 실지취득가액으로 인정한 장부가액은 원고가 종합소득세 신고시 제출한 대차대조표에 기재되어 있는 가액이기는 하나, 장부가액도 증빙서류 등에 의하여 그 기재가 실지와 부합하는 것이 확인되는 경우에 한하여 실지거래가액으로 인정하는 것이 원칙인바, 앞서 본 각 증거 및 감정인 ○○○의 건물시가감정 결과에 의하여 알 수 있는 다음의 각 사정에 비추어 보면 장부가액이 이 사건 건물의실지취득가액이라고 인정하기에는 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

① 원고는 2001년경 대차대조표상 이 사건 건물의 취득금액으로 1,018,577,000원을 기재하였고, 이를 기초로 종합소득세를 납부하여 왔다. 한편, 2001년경 시행되던 소득세법 및 같은법 시행령에서는 양도소득세 계산은 실지거래가액이 아닌 기준시가에 의하여 이를 하도록 규정하고 있었고, 위 장부가액이 이 사건 건물의 취득 당시 실지거래가액임을 인정할 만한 별다른 자료는 없다.

② 한국토지공사는 이 사건 건물의 수용 당시인 2010년경 3개의 감정기관에 원가법으로 평가한 위 건물의 감정평가액 산정을 의뢰하였는데, 이에 따라 위 감정기관들은, 수용 당시를 기준으로 위 건물을 신축하는 데 드는 원가총액을 산출한 후 이 사건 건물의 사용연수 등에 따른 감가수정을 한 감정평가액을 제출하였고, 이에 따라 수용절차에서 결정된 이 사건 건물에 대한 보상액은 2,549,283,549원(조형물 등의 가액을 제외한 나머지 금액임)이었다.

③ 이 법원의 감정인 ○○○은 이 사건 건물을 2000. 5. 25. 기준으로 하여 신축하는 데 드는 비용은 2,521,917,800원 상당(조형물 등의 가액을 제외한 나머지 금액임)이라는 취지의 감정서를 제출하였다. 위 감정인은 건물신축단가를 계산함에 있어서 2000년도에 한국감정원이 발행한 건물신축단가표 등을 이용하여 이를 계산하였다. 앞서 본 위 각 사정, 특히, 수용 당시 감정기관의 감정평가액과 이 법원 감정인의 감정평가액이 비록 그 가액 산정 방법은 다소 다르다고는 하나 그 가액이 유사한 점, 위 각 감정평가액은 장부가액의 2배가 넘는 금액으로서 10억 이상 차이가 나는 점, 이 법원 감정인의 감정평가액은 단순히 이미 멸실된 이 사건 건물의 외관(사진 등)만을 기초로 한 것이 아니라, 당초 건물의 설계내역서를 기초로 한 후 단가표를 이용하여 건물신축비를 산정한 것으로서 이 사건 건물의 2000년 기준 신축가격을 적정하게 평가한 것으로 볼 수 있는 점 등을 종합하면, 이 사건 건물의 취득일 당시(2000년 중순경)의 실지취득가액은 장부가액인 10억 원 상당을 훨씬 넘는 25억 2,100만 원 상당일것으로 추단된다. 따라서 피고가 장부가액을 기초로 실지취득가액을 인정한 후 이 사건 건물의 양도차익을 산정한 것은 위법하다 {한편, 정당양도소득세액에 관하여 보건대, 다툼이 없는 양도가액인 2,549,283,594원에서 실지취득가액 25억 2,100만원 상당을 공제한 후 필요경비(32,390,000원)를 공제하면, 이 사건 건물의 양도에 있어서 양도차익이 존재하지 아니하므로, 부과할 세액이 없어 이 사건 처분은 전부 취소되어야 한다}.

원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다(다만, 소송비용의 부담과 관련하여, 원칙적으로 과세표준의 입증책임은 과세관청에 있으나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것으로서 그 경비 발생은 대부분 납세의무자가 지배하는 영역에서 이루어지는 것이어서 그가 입증하는 것이 손쉬운 것이고, 따라서 과세관청으로서는 어느 정도 합당한 필요경비를 사실심 변론종결시까지 주장․입증하였다면 이로서족하다 할 것이며, 납세의무자가 이보다 많은 필요경비를 주장하는 경우에는 납세의무자가 그 부분에 대한 입증의무와 이에 따른 소송비용을 부담하는 것이 공평의 관념에부합한다. 원고의 경우 이 사건 건물의 취득 당시 세금계산서 수취 등을 게을리 하여증빙을 제대로 갖추어두지 않았다가, 원고가 기장한 장부가액을 기초로 한 피고의 이사건 처분이 있은 후에 장부가액보다 많은 실질취득가액을 주장하면서 이를 입증하기위하여 건물시가감정에 이른 것인바, 위와 같은 시가감정비용은 원고의 증빙서류 구비미비, 허위장부가액 기재 등 권리를 지키는 데 필요하지 아니한 원고 자신의 행위로 말미암은 소송비용이라고 보이므로, 위 감정비용은 민사소송법 제99조 에 의하여 원고가 부담하는 것으로 결정한다).