이 사건 폐동 매입 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라고 단정하기 어렵다 할 것이고，달리 이를 인정 할 만한 증거가 부족함

사 건 2012구합701 부가가치세부과처분취소 원 고 주식회사 OO사 피 고 고양세무서장 변 론 종 결

2012. 11. 27. 판 결 선 고

2013. 2. 19.

1. 피고가 2011. 4. 1. 원고에 대하여 한 2009년 2기 부가가치세 000원의 부과처분을 취소 한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청구취지 주문과 같다.

• 가. 원고는 2008. 10. 1.부터 고양시 덕양구 OO동 000에서 고철ㆍ비철금속 등의 도ㆍ소매업을 영위하는 자로서，2009년 2기 부가가치세 과세기간 중 BB자원(대표 최CC)으로부 공급가액 000원 상당의 세금계산서 25매(이하 ’이 사건 세금 계산서’라 한다)를 교부받아 이를 매입세액에 포함하여 부가가치세 신고를 하였다.
• 나. 피고는，이 사건 세금계산서상 재화인 스크랩，꽈배기 등의 폐동(비철금속)의 실제 공급자가 BB자원이 아니라고 보고，이 사건 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서라는 이유로 그 매입세액을 불공제하여，2011. 4. 1. 원고에 대하여 2009년 2기 부가가치세 000원을 부과(이하 ’이 사건 처분’이라 한다)하였다.
• 다. 원고는 이에 불복하여 2011. 6. 8. 조세심판원에 심판청구를 하였으나，위 청구가 2012. 2. 17. 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실， 갑 제1호증， 갑 제7호증의 1， 2， 을 제1， 2호증의 각 기재， 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 원고는 BB자원으로부터 실제로 이 사건 세금계산서상 공급가액에 해당하는 폐동을 수취하고 대금을 지급하였으므로，이 사건 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 아니한다. 가사 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라고 하더라도， 원고는 BB자원의 최CC과 거래를 하면서 사업자등록증 및 통장사본을 확인하고，사 업장까지 확대하는 등 정상적인 거래에서 필요한 확인 및 증빙구비를 마쳤으므로 선의 의 거래당사자에 해당한다. 따라서 이와 다른 전제에서 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다
• 나. 관계 법령 별지 관계법령의 기재와 같다.
• 다. 판단 어느 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 부가가치세 법 제17조 제2항 제1의2호가 규정하고 있는 ’사실과 다른 세금계산서’에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원 2008. 12. 11. 선고 2008 두9737 판결 참조). 살피건대, 을 제3호증， 을 제4호증의 1 내지 3， 을 제5 내지 7호증， 을 제8호증의 1， 2， 을 제9후증의 각 기재에 의하면，① BB자원 사업장의 토지소유자인 김EE가 최 CC을 알지 못하는 사실，② 피고의 세무조사시 원고의 계량확인서에 기재된 차량 운전자 일부가 BB자원의 폐동을 원고의 사업장으로 운반한 사실이 없거나 운반한 기억이 없다는 등의 진술을 하였던 사실， ③ 2009. 9. 16. BB자원이 직권 폐업 처리된 사실，④BB자원이 2009년 2기 과세기간 중에 발행한 매출 세금계산서는 000원이나， 수취한 매입 세금계산서는 000원에 불과한 사실，⑤ 최CC의 계좌에 입금된 물품대금이 전액 현금으로 인출되었던 사실，⑥ 피고가 최CC을 자료상 혐의로 수사기관에 고발한 사실 등은 인정된다. 그러나 갑 제2호증의 1 내지 3，갑 제3호증의 1 내지 64， 갑 제8 내지 14호증， 갑 제15호증의 1， 2， 갑 제16호증의 각 기재 또는 영상， 증인 정FF의 증언 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음의 사실 및 그로부터 추인되는 다음의 사정 즉，㉠ BB자원 사업장의 토지소유자 김EE는 수사기관에서， 위 토지를 최CC에게 임대한 적은 없으나， 2007년경 한GG에게 임대 해준 적은 있고， 이후 한GG이 최CC에게 해당 부지를 전대하였는지는 모르겠으나， 2009년도 무렵에 해당 부지를 확인하니 고물상 을 운영하는 것으로 확인하였다는 취지로 진술하였던 사실，㉡ 원고는 최CC으로부터 폐동을 매입할 때 계량기로 계량한 후 계량확인서를 출력하여 최CC으로부터 서명 확 인을 받는 방법으로 거래를 하였고， 계량확인서에 운송차량번호， 시간대별 총 중량， 공차중량， 품명， 매입처의 서명 등을 받아 이를 보관하였던 사실，㉢ 원고의 경리직원 정 FF도 이 법청에서， BB자원의 폐동을 실은 차량이 들어오면 계근대 위에 차량을 세 워 폐동의 무게를 자동으로 측정하고 이를 출력한 계량확인서에 최CC으로부터 직접 확인서명을 범은 후， 폐동의 매입대금을 최CC 명의의 은행계화로 이체하는 방법으로 지급하였다는 취지로 진술하였던 사실，㉣ BB자원으로부터 폐동의 운반을 의뢰받아 운반한 운전자들 중 차량번호가 정확한 운전자들은 수사기관에서， 대부분 최CC을 알고 있으며 원고에게 폐동을 운반하여 운반비를 받았다는 취지로 진술하였고， 동종업자인 하HH， 이II， 박JJ도 수사기관에서， 집게차를 이용하여 BB자원에서 판매한 폐동을 원고의 사업장에 하차하는 작업을 하였고， 당시 그 자리에서 최CC을 본 사실이 있다고 진술하였던 사실，㉤ 나아가 위 경리직원 정FF도 이 법정에서， 물량을 실은 차량이 원고의 사업장으로 들어오면 육안으로 본 차량번호를 계량기 컴퓨터에 입력 한 후 계량확인서를 출력하므로， 이와 같은 과정에서 차량번호 기재에 오류가 발생할 가능성이 있어， 그로 인해 입력된 일부 차량번호 중 말소 차량과 폐동을 운반할 수 없는 차량이 나올 수도 있다는 취지로 진술하였는바， 위와 같은 오류의 가능성에 비추어 차량번호가 정확하지 않은 일부 운전자의 앞서 본 진술(② 항목)만으로 이 사건 세금 계산서상 거래 전체를 위장거래라고 판단하는 것은 부당하다고 보이는 점，㉥ 최CC 은 피고의 세무조사에서， 사업자등록이 없는 자들이 제공한 폐동이나 철거현장 작업반장이 빼돌린 폐동을 구입하여 원고에게 매도하였으며， 다만 2010년도에 징역을 다녀오는 사이 관련서류가 모두 없어져 제출하지 못한 것이라고 진술하였던 사실，㉦ BB 자원에게 실제 물량을 공급한 것으로 확인된 업체인 한신무역과 일신금속도 세금계산서 발급을 뽑히지 않은 채 무자료 매출을 하였던 것으로 확인되었는바，최CC의 위 진술(㉥ 항목)에 부합하는 점，㉧ 원고가 당시 매입하였던 총 물량과 원고가 주식회사 LL메탈과 후식회사 KKK 등으로 매출한 총 물량이 일치하는 사실，㉨ CC자원으로부터 원고에게 물량대금이 되돌아왔다는 정황이 포착되지 않는 점，㉩ 피고가 최상 식을 자료상으로 고발하였으나， 의정부지방검찰청 고양지청은 물량의 흐름이나 참고인들의 진술을 종합해 보면 허위의 세금계산서를 발행， 교부하였다는 범죄사실을 인정할 증거가 없다는 이유로 혐의 없음 처분을 한 사실，㉪ 위와 같이 최CC이 원고에게 폐동을 공급한 사실이 확인되는 이상， 최CC이 단지 자료를 확보할 수 없었거나 있는 자료를 분실하여 최CC이 위 폐동을 매입한 과정이 확인되지 아니한다 하더라도， 이는 원고와 무관한 영역에서 발생한 것으로 원고에게 그 책임을 물을 수는 없는 것으로 보이는 점 등의 제반 사정을 종합하면， 앞서 본 ① 내지 ⑥ 등의 사정만으로는 이 사 건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라고 단정하기 어렵다 할 것이고， 달리 이를 인정 할만한 증거가 부족하다. 따라서 이와 다른 전제에서 이 사건 세금계산서에 따른 매입세액을 불공제하고 이에 관한 부가가치세를 부과한 이 사건 처분은 위법하다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여，주문과 같이 판결한다.